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万見
- EMDB-63260: LGP2:dsRNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-63260
タイトルLGP2:dsRNA complex
マップデータA primary map.
試料
  • 複合体: Complex of LGP2 and dsRNA
    • 複合体: LGP2
      • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent RNA helicase DHX58
    • 複合体: dsRNA
      • RNA: RNA
      • RNA: RNA
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードInnate immune system / RNA receptor / Cryo-EM / IMMUNE SYSTEM / IMMUNE SYSTEM-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of MDA-5 signaling pathway / negative regulation of MDA-5 signaling pathway / negative regulation of RIG-I signaling pathway / positive regulation of RIG-I signaling pathway / regulation of innate immune response / negative regulation of type I interferon production / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / positive regulation of type I interferon production / negative regulation of innate immune response / antiviral innate immune response ...positive regulation of MDA-5 signaling pathway / negative regulation of MDA-5 signaling pathway / negative regulation of RIG-I signaling pathway / positive regulation of RIG-I signaling pathway / regulation of innate immune response / negative regulation of type I interferon production / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / positive regulation of type I interferon production / negative regulation of innate immune response / antiviral innate immune response / response to bacterium / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / response to virus / double-stranded RNA binding / RNA helicase activity / single-stranded RNA binding / RNA helicase / ATP hydrolysis activity / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RIG-I-like receptor, C-terminal / RIG-I receptor C-terminal domain / RIG-I-like receptor, C-terminal regulatory domain / RIG-I-like receptor, C-terminal domain superfamily / : / C-terminal domain of RIG-I / RIG-I-like receptor (RLR) C-terminal regulatory (CTR) domain profile. / Helicase/UvrB, N-terminal / Type III restriction enzyme, res subunit / Helicase conserved C-terminal domain ...RIG-I-like receptor, C-terminal / RIG-I receptor C-terminal domain / RIG-I-like receptor, C-terminal regulatory domain / RIG-I-like receptor, C-terminal domain superfamily / : / C-terminal domain of RIG-I / RIG-I-like receptor (RLR) C-terminal regulatory (CTR) domain profile. / Helicase/UvrB, N-terminal / Type III restriction enzyme, res subunit / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-dependent RNA helicase DHX58
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / uncultured archaeon (環境試料)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.36 Å
データ登録者Kurihara N / Isayama Y / Nureki O / Kato K
資金援助 日本, 1件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)23H04768 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: LGP2:dsRNA complex
著者: Kurihara N / Isayama Y / Nureki O / Kato K
履歴
登録2025年1月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年1月28日-
マップ公開2026年1月28日-
更新2026年1月28日-
現状2026年1月28日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_63260.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_63260.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈A primary map.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 288 pix.
= 239.04 Å		0.83 Å/pix.
x 288 pix.
= 239.04 Å		0.83 Å/pix.
x 288 pix.
= 239.04 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.06
最小 - 最大-0.38760453 - 0.48537245
平均 (標準偏差)0.0002490785 (±0.010178894)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 239.04 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_63260_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: A half map B.

ファイルemd_63260_half_map_1.map
注釈A half map B.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: A half map A.

ファイルemd_63260_half_map_2.map
注釈A half map A.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of LGP2 and dsRNA

全体名称: Complex of LGP2 and dsRNA
要素
  • 複合体: Complex of LGP2 and dsRNA
    • 複合体: LGP2
      • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent RNA helicase DHX58
    • 複合体: dsRNA
      • RNA: RNA
      • RNA: RNA
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Complex of LGP2 and dsRNA

超分子名称: Complex of LGP2 and dsRNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3

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超分子 #2: LGP2

超分子名称: LGP2 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: dsRNA

超分子名称: dsRNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: uncultured archaeon (環境試料)

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分子 #1: ATP-dependent RNA helicase DHX58

分子名称: ATP-dependent RNA helicase DHX58 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA helicase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 76.72682 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MELRSYQWEV IMPALEGKNI IIWLPTGAGK TRAAAYVAKR HLETVDGAKV VVLVNRVHLV TQHGEEFRRM LDGRWTVTTL SGDMGPRAG FGHLARCHDL LICTAELLQM ALTSPEEEEH VELTVFSLIV VDECHHTHKD TVYNVIMSQY LELKLQRAQP L PQVLGLTA ...文字列:
MELRSYQWEV IMPALEGKNI IIWLPTGAGK TRAAAYVAKR HLETVDGAKV VVLVNRVHLV TQHGEEFRRM LDGRWTVTTL SGDMGPRAG FGHLARCHDL LICTAELLQM ALTSPEEEEH VELTVFSLIV VDECHHTHKD TVYNVIMSQY LELKLQRAQP L PQVLGLTA SPGTGGASKL DGAINHVLQL CANLDTWCIM SPQNCCPQLQ EHSQQPCKQY NLSHRRSQDP FGDLLKKLMD QI HDHLEMP ELSRKFGTQM YEQQVVKLSE AAALAGLQEQ RVYALHLRRY NDALLIHDTV RAVDALAALQ DFYHREHVTK TQI LCAERR LLALFDDRKN ELAHLATHGP ENPKLEMLEK ILQRQFSSSN SPRGIIFTRT RQSAHSLLLW LQQQQGLQTV DIRA QLLIG AGNSSQSTHM TQRDQQEVIR KFQDGTLNLL VATSVAEEGL DIPHCNVVVR YGLLTNEISM VQARGRARAD QSVYA FVAT EGSRELKREL INEALETLME QAVAAVQKMD QAEYQAKIRD LQQAALTKRA AQAAQRENQR QQFPVEHVQL LCINCM VAV GHGSDLRKVE GTHHVNVNPN FSNYYNVSRD PVVINKVFKD WKPGGVISCR NCGEVWGLQM IYKSVKLPVL KVRSMLL ET PQGRIQAKKW SRVPFSVPDF DFLQHCAENL SDLSLD

UniProtKB: ATP-dependent RNA helicase DHX58

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分子 #2: RNA

分子名称: RNA / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: uncultured archaeon (環境試料)
分子量理論値: 4.035343 KDa
配列文字列:
(GTP)ACUGACUGA GA

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分子 #3: RNA

分子名称: RNA / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: uncultured archaeon (環境試料)
分子量理論値: 3.749256 KDa
配列文字列:
UCUCAGUCAG UC

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分子 #4: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #5: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #6: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.83 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.36 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 50094
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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