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万見
- EMDB-63229: Sixteen polymer Msp1 from S.cerevisiae (with a catalytic dead mut... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-63229
タイトルSixteen polymer Msp1 from S.cerevisiae (with a catalytic dead mutation) in complex with an unknown peptide substrate
マップデータ
試料
  • 複合体: Sixteen polymer Msp1 from S.cerevisiae (with a catalytic dead mutation) in complex with an unknown peptide substrate
    • タンパク質・ペプチド: Outer mitochondrial transmembrane helix translocase
    • タンパク質・ペプチド: An unknown peptide substrate
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードComplex / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Class I peroxisomal membrane protein import / extraction of mislocalized protein from mitochondrial outer membrane / membrane protein dislocase activity / Translocases; Catalysing the translocation of amino acids and peptides; Linked to the hydrolysis of a nucleoside triphosphate / protein targeting to ER / protein hexamerization / peroxisomal membrane / : / mitochondrial outer membrane / ATP hydrolysis activity ...Class I peroxisomal membrane protein import / extraction of mislocalized protein from mitochondrial outer membrane / membrane protein dislocase activity / Translocases; Catalysing the translocation of amino acids and peptides; Linked to the hydrolysis of a nucleoside triphosphate / protein targeting to ER / protein hexamerization / peroxisomal membrane / : / mitochondrial outer membrane / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / ATP binding
類似検索 - 分子機能
: / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer mitochondrial transmembrane helix translocase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.97 Å
データ登録者Chengdong H / Simin W / Xuan C
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Sixteen polymer Msp1 from S.cerevisiae (with a catalytic dead mutation) in complex with an unknown peptide substrate
著者: Chengdong H / Simin W / Xuan C
履歴
登録2025年1月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年1月28日-
マップ公開2026年1月28日-
更新2026年1月28日-
現状2026年1月28日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_63229.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_63229.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.3 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.41 Å/pix.
x 700 pix.
= 287. Å		0.41 Å/pix.
x 700 pix.
= 287. Å		0.41 Å/pix.
x 700 pix.
= 287. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.41 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.03
最小 - 最大-0.17148772 - 0.3239076
平均 (標準偏差)-0.00003368592 (±0.009637758)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ700700700
Spacing700700700
セルA=B=C: 287.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_63229_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_63229_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Sixteen polymer Msp1 from S.cerevisiae (with a catalytic dead mut...

全体名称: Sixteen polymer Msp1 from S.cerevisiae (with a catalytic dead mutation) in complex with an unknown peptide substrate
要素
  • 複合体: Sixteen polymer Msp1 from S.cerevisiae (with a catalytic dead mutation) in complex with an unknown peptide substrate
    • タンパク質・ペプチド: Outer mitochondrial transmembrane helix translocase
    • タンパク質・ペプチド: An unknown peptide substrate
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Sixteen polymer Msp1 from S.cerevisiae (with a catalytic dead mut...

超分子名称: Sixteen polymer Msp1 from S.cerevisiae (with a catalytic dead mutation) in complex with an unknown peptide substrate
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)

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分子 #1: Outer mitochondrial transmembrane helix translocase

分子名称: Outer mitochondrial transmembrane helix translocase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: 1.Have deleted residue 1-32. 2.Have a mutation with E193Q
コピー数: 16 / 光学異性体: LEVO
EC番号: Translocases; Catalysing the translocation of amino acids and peptides; Linked to the hydrolysis of a nucleoside triphosphate
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
分子量理論値: 36.787133 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: DVESGPLSGK SRESKAKQSL QWEKLVKRSP ALAEVTLDAY ERTILSSIVT PDEINITFQD IGGLDPLISD LHESVIYPLM MPEVYSNSP LLQAPSGVLL YGPPGCGKTM LAKALAKESG ANFISIRMSS IMDKWYGESN KIVDAMFSLA NKLQPCIIFI D QIDSFLRE ...文字列:
DVESGPLSGK SRESKAKQSL QWEKLVKRSP ALAEVTLDAY ERTILSSIVT PDEINITFQD IGGLDPLISD LHESVIYPLM MPEVYSNSP LLQAPSGVLL YGPPGCGKTM LAKALAKESG ANFISIRMSS IMDKWYGESN KIVDAMFSLA NKLQPCIIFI D QIDSFLRE RSSTDHEVTA TLKAEFMTLW DGLLNNGRVM IIGATNRIND IDDAFLRRLP KRFLVSLPGS DQRYKILSVL LK DTKLDED EFDLQLIADN TKGFSGSDLK ELCREAALDA AKEYIKQKRQ LIDSGTIDVN DTSSLKIRPL KTKDFTKKLR MDA TSTLSS QPLD

UniProtKB: Outer mitochondrial transmembrane helix translocase

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分子 #2: An unknown peptide substrate

分子名称: An unknown peptide substrate / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: The sequence of this peptide substrate is unknown. / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
分子量理論値: 2.486056 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

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分子 #3: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 14 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #4: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 14 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 2.3000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.3 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.97 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2) / 使用した粒子像数: 103558
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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