[日本語] English
万見
- EMDB-63194: DOI-bound Serotonin 2A (5-HT2A) receptor-Gq complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-63194
タイトルDOI-bound Serotonin 2A (5-HT2A) receptor-Gq complex
マップデータ
試料
  • 複合体: 5-HT2AR-bound DOI in complex with Gi heterotrimer
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1,Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short,Guanine nucleotide-binding protein G(q) subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: 5-hydroxytryptamine receptor 2A
  • リガンド: (2~{R})-1-(4-iodanyl-2,5-dimethoxy-phenyl)propan-2-amine
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: water
キーワードcomplex / agonist / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to cytoskeleton / positive regulation of heat generation / 1-(4-iodo-2,5-dimethoxyphenyl)propan-2-amine binding / Gq/11-coupled serotonin receptor activity / positive regulation of phosphatidylinositol biosynthetic process / G protein-coupled serotonin receptor signaling pathway / G protein-coupled serotonin receptor complex / neurofilament / Fatty Acids bound to GPR40 (FFAR1) regulate insulin secretion / Acetylcholine regulates insulin secretion ...protein localization to cytoskeleton / positive regulation of heat generation / 1-(4-iodo-2,5-dimethoxyphenyl)propan-2-amine binding / Gq/11-coupled serotonin receptor activity / positive regulation of phosphatidylinositol biosynthetic process / G protein-coupled serotonin receptor signaling pathway / G protein-coupled serotonin receptor complex / neurofilament / Fatty Acids bound to GPR40 (FFAR1) regulate insulin secretion / Acetylcholine regulates insulin secretion / phospholipase C-activating G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / cell body fiber / PLC beta mediated events / phospholipase C-activating serotonin receptor signaling pathway / artery smooth muscle contraction / positive regulation of cytokine production involved in immune response / Serotonin receptors / serotonin receptor activity / regulation of platelet activation / entrainment of circadian clock / G protein-coupled serotonin receptor activity / sensitization / serotonin receptor signaling pathway / urinary bladder smooth muscle contraction / neurotransmitter receptor activity / serotonin binding / positive regulation of platelet aggregation / negative regulation of synaptic transmission, glutamatergic / regulation of canonical Wnt signaling pathway / positive regulation of DNA biosynthetic process / glutamate receptor signaling pathway / temperature homeostasis / positive regulation of vasoconstriction / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / regulation of dopamine secretion / negative regulation of potassium ion transport / protein tyrosine kinase activator activity / phototransduction, visible light / PKA activation in glucagon signalling / developmental growth / hair follicle placode formation / positive regulation of execution phase of apoptosis / photoreceptor outer segment / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / D1 dopamine receptor binding / positive regulation of fat cell differentiation / intracellular transport / neuropeptide signaling pathway / postsynaptic cytosol / vascular endothelial cell response to laminar fluid shear stress / renal water homeostasis / activation of adenylate cyclase activity / Hedgehog 'off' state / adenylate cyclase inhibitor activity / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / positive regulation of protein localization to cell cortex / behavioral response to cocaine / enzyme regulator activity / T cell migration / Adenylate cyclase inhibitory pathway / D2 dopamine receptor binding / response to prostaglandin E / release of sequestered calcium ion into cytosol / adenylate cyclase regulator activity / G protein-coupled serotonin receptor binding / adenylate cyclase-inhibiting serotonin receptor signaling pathway / regulation of insulin secretion / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / cellular response to glucagon stimulus / cellular response to forskolin / GTPase activator activity / regulation of mitotic spindle organization / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / positive regulation of glycolytic process / adenylate cyclase activator activity / dendritic shaft / trans-Golgi network membrane / glycolytic process / Regulation of insulin secretion / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / negative regulation of insulin secretion / G protein-coupled receptor binding / response to peptide hormone / bone development / caveola / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / platelet aggregation / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / centriolar satellite / cognition / memory / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / Olfactory Signaling Pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Activation of the phototransduction cascade / intracellular calcium ion homeostasis / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors
類似検索 - 分子機能
5-Hydroxytryptamine 2A receptor / G-protein alpha subunit, group Q / 5-hydroxytryptamine receptor family / G-protein alpha subunit, group S / G-protein alpha subunit, group I / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. ...5-Hydroxytryptamine 2A receptor / G-protein alpha subunit, group Q / 5-hydroxytryptamine receptor family / G-protein alpha subunit, group S / G-protein alpha subunit, group I / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / G protein beta WD-40 repeat protein / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
5-hydroxytryptamine receptor 2A / Guanine nucleotide-binding protein G(q) subunit alpha / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short / Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.76 Å
データ登録者Xu Z / Shao ZH
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82404716 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: DOI-bound Serotonin 2A (5-HT2A) receptor-Gq complex
著者: Xu Z / Shao ZH
履歴
登録2025年1月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年1月14日-
マップ公開2026年1月14日-
更新2026年1月14日-
現状2026年1月14日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_63194.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_63194.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.75 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.095
最小 - 最大-0.6292666 - 1.0550704
平均 (標準偏差)-0.00037061996 (±0.024702035)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 216.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
追加マップ: #1

ファイルemd_63194_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_63194_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_63194_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : 5-HT2AR-bound DOI in complex with Gi heterotrimer

全体名称: 5-HT2AR-bound DOI in complex with Gi heterotrimer
要素
  • 複合体: 5-HT2AR-bound DOI in complex with Gi heterotrimer
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1,Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short,Guanine nucleotide-binding protein G(q) subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: 5-hydroxytryptamine receptor 2A
  • リガンド: (2~{R})-1-(4-iodanyl-2,5-dimethoxy-phenyl)propan-2-amine
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: water

-
超分子 #1: 5-HT2AR-bound DOI in complex with Gi heterotrimer

超分子名称: 5-HT2AR-bound DOI in complex with Gi heterotrimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
分子 #1: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 37.41693 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSELDQLRQE AEQLKNQIRD ARKACADATL SQITNNIDPV GRIQMRTRRT LRGHLAKIYA MHWGTDSRLL VSASQDGKLI IWDSYTTNK VHAIPLRSSW VMTCAYAPSG NYVACGGLDN ICSIYNLKTR EGNVRVSREL AGHTGYLSCC RFLDDNQIVT S SGDTTCAL ...文字列:
MSELDQLRQE AEQLKNQIRD ARKACADATL SQITNNIDPV GRIQMRTRRT LRGHLAKIYA MHWGTDSRLL VSASQDGKLI IWDSYTTNK VHAIPLRSSW VMTCAYAPSG NYVACGGLDN ICSIYNLKTR EGNVRVSREL AGHTGYLSCC RFLDDNQIVT S SGDTTCAL WDIETGQQTT TFTGHTGDVM SLSLAPDTRL FVSGACDASA KLWDVREGMC RQTFTGHESD INAICFFPNG NA FATGSDD ATCRLFDLRA DQELMTYSHD NIICGITSVS FSKSGRLLLA GYDDFNCNVW DALKADRAGV LAGHDNRVSC LGV TDDGMA VATGSWDSFL KIWN

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

-
分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.861143 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI L

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

-
分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1,Guanine n...

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1,Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short,Guanine nucleotide-binding protein G(q) subunit alpha
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3
詳細: the aa 1-19 and 61-180 are chimera of Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1; the aa 20-60 and 181-346 are chimera of Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha; ...詳細: the aa 1-19 and 61-180 are chimera of Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1; the aa 20-60 and 181-346 are chimera of Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha; the aa 347-361 are the C terminal (345-359) of Guanine nucleotide-binding protein G(q) subunit alpha
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 41.664285 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGCTLSAEDK AAVERSKMIE KQLQKDKQVY RRTLRLLLLG ADNSGKSTIV KQMRIYHVNG YSEEECKQYK AVVYSNTIQS IIAIIRAMG RLKIDFGDSA RADDARQLSV LAGAAEEGFM TAELAGVIKR LWKDSGVQAC FNRSREYQLN DSAAYYLNDL D RIAQPNYI ...文字列:
MGCTLSAEDK AAVERSKMIE KQLQKDKQVY RRTLRLLLLG ADNSGKSTIV KQMRIYHVNG YSEEECKQYK AVVYSNTIQS IIAIIRAMG RLKIDFGDSA RADDARQLSV LAGAAEEGFM TAELAGVIKR LWKDSGVQAC FNRSREYQLN DSAAYYLNDL D RIAQPNYI PTQQDVLRTR VKTSGIFETK FQVDKVNFHM FDVGAQRDER RKWIQCFNDV TAIIFVVDSS DYNRLQEALN DF KSIWNNR WLRTISVILF LNKQDLLAEK VLAGKSKIED YFPEFARYTT PEDATPEPGE DPRVTRAKYF IRKEFVDIST ASG DGRHIC YPHFTCSVDT ENARRIFNDC KDIILQMNLR EYNLV

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1, Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short, Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1, ...UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1, Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short, Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1, Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short, Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short, Guanine nucleotide-binding protein G(q) subunit alpha

-
分子 #4: 5-hydroxytryptamine receptor 2A

分子名称: 5-hydroxytryptamine receptor 2A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 52.648945 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MDILCEENTS LSSTTNSLMQ LNDDTRLYSN DFNSGEANTS DAFNWTVDSE NRTNLSCEGC LSPSCLSLLH LQEKNWSALL TAVVIILTI AGNILVIMAV SLEKKLQNAT NYFLMSLAIA DMLLGFLVMP VSMLTILYGY RWPLPSKLCA VWIYLDVLFS T ASIMHLCA ...文字列:
MDILCEENTS LSSTTNSLMQ LNDDTRLYSN DFNSGEANTS DAFNWTVDSE NRTNLSCEGC LSPSCLSLLH LQEKNWSALL TAVVIILTI AGNILVIMAV SLEKKLQNAT NYFLMSLAIA DMLLGFLVMP VSMLTILYGY RWPLPSKLCA VWIYLDVLFS T ASIMHLCA ISLDRYVAIQ NPIHHSRFNS RTKAFLKIIA VWTISVGISM PIPVFGLQDD SKVFKEGSCL LADDNFVLIG SF VSFFIPL TIMVITYFLT IKSLQKEATL CVSDLGTRAK LASFSFLPQS SLSSEKLFQR SIHREPGSYT GRRTMQSISN EQK ACKVLG IVFFLFVVMW CPFFITNIMA VICKESCNED VIGALLNVFV WIGYLSSAVN PLVYTLFNKT YRSAFSRYIQ CQYK ENKKP LQLILVNTIP ALAYKSSQLQ MGQKKNSKQD AKTTDNDCSM VALGKQHSEE ASKDNSDGVN EKVSCV

UniProtKB: 5-hydroxytryptamine receptor 2A

-
分子 #5: (2~{R})-1-(4-iodanyl-2,5-dimethoxy-phenyl)propan-2-amine

分子名称: (2~{R})-1-(4-iodanyl-2,5-dimethoxy-phenyl)propan-2-amine
タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: A1EK5
分子量理論値: 321.155 Da

-
分子 #6: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL

-
分子 #7: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 13 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.76 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 238373
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る