EMDB-63142: The cryo-EM structure of amyloid fibrils from abdominal fat of a ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-63142

タイトル

The cryo-EM structure of amyloid fibrils from abdominal fat of a multiple myeloma patient (case 2).

マップデータ

試料

組織: amyloid light chain
- タンパク質・ペプチド: Monoclonal immunoglobulin light chains (LC)

キーワード

amyloid / PROTEIN FIBRIL

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Yao YX / Zhao QY / Liu C / Li D

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The cryo-EM structure of amyloid fibrils from abdominal fat of a multiple myeloma patient (case 2).
著者: Yao YX / Zhao QY / Liu C / Li D

履歴

登録	2025年1月14日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2026年1月7日	-
マップ公開	2026年1月7日	-
更新	2026年1月7日	-
現状	2026年1月7日	処理サイト: PDBc / 状態: 公開

添付画像	emd_63142.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_63142.map.gz	17.9 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-63142-v30.xml emd-63142.xml	14 KB 14 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_63142_fsc.xml	10.2 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_63142.png	41.5 KB
Filedesc metadata	emd-63142.cif.gz	4.8 KB
その他	emd_63142_half_map_1.map.gz emd_63142_half_map_2.map.gz	71.2 MB 71.2 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-63142 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-63142	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9ljcMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_63142.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	0.83 Å/pix. x 288 pix. = 239.04 Å	0.83 Å/pix. x 288 pix. = 239.04 Å	0.83 Å/pix. x 288 pix. = 239.04 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 0.83 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.014
最小 - 最大	-0.0363433 - 0.066512294
平均 (標準偏差)	0.0002224154 (±0.0026428471)

対称性

空間群: 1

詳細

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_63142_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_63142_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : amyloid light chain

全体	名称: amyloid light chain
要素	組織: amyloid light chain タンパク質・ペプチド: Monoclonal immunoglobulin light chains (LC)

-
超分子 #1: amyloid light chain

超分子	名称: amyloid light chain / タイプ: tissue / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
分子 #1: Monoclonal immunoglobulin light chains (LC)

分子	名称: Monoclonal immunoglobulin light chains (LC) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量	理論値: 13.65779 KDa
配列	文字列: NFMLTQPHSV SESPGKTVTI SCTGSSGSIA SNYVQWYQQR PGSAPTTVIY EDSQRPSGVP DRFSGSIDSS SNSASLTISG LKTEDEADY YCQSYDGPTQ VFGGGTKLTV LGQPKNAPSV TLFPPSSEEL

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	らせん対称体再構成法
試料の集合状態	filament

-
試料調製

緩衝液	pH: 7
凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	TFS KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 55.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

最終再構成	想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 4.8 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 1.8 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C₁ (非対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 21654
CTF補正	タイプ: NONE
初期モデル	モデルのタイプ: NONE
最終角度割当	タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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超分子 #1: amyloid light chain

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分子 #1: Monoclonal immunoglobulin light chains (LC)

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