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万見
- EMDB-63111: Structure of the wild-type ABCC2 in Arabidopsis thaliana in the a... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-63111
タイトルStructure of the wild-type ABCC2 in Arabidopsis thaliana in the apo state
マップデータ
試料
  • 複合体: ABCC2(WT) monomer
    • タンパク質・ペプチド: ABC transporter C family member 2
キーワードPlant detoxification effect / Transporter / ABCC2 protein / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


(+)-abscisic acid D-glucopyranosyl ester transmembrane transporter activity / (+)-abscisic acid D-glucopyranosyl ester transmembrane transport / plant-type vacuole / vacuole / ABC-type xenobiotic transporter / vacuolar membrane / ABC-type xenobiotic transporter activity / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ABC-type transporter activity / calmodulin binding ...(+)-abscisic acid D-glucopyranosyl ester transmembrane transporter activity / (+)-abscisic acid D-glucopyranosyl ester transmembrane transport / plant-type vacuole / vacuole / ABC-type xenobiotic transporter / vacuolar membrane / ABC-type xenobiotic transporter activity / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ABC-type transporter activity / calmodulin binding / endoplasmic reticulum / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
ABC transporter C family, six-transmembrane helical domain 2 / ABC transporter C family, six-transmembrane helical domain 1 / : / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter ...ABC transporter C family, six-transmembrane helical domain 2 / ABC transporter C family, six-transmembrane helical domain 1 / : / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ABC transporter C family member 2
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Sun L / Liu X / Yang Z / Gao Y / Qiu X
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, China)32322041, 32321001, 31900885 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the wild-type ABCC2 in Arabidopsis thaliana in the apo state
著者: Sun L / Liu X / Yang Z / Gao Y / Qiu X
履歴
登録2025年1月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月24日-
マップ公開2025年12月24日-
更新2025年12月24日-
現状2025年12月24日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_63111.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_63111.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 256 pix.
= 281.6 Å		1.1 Å/pix.
x 256 pix.
= 281.6 Å		1.1 Å/pix.
x 256 pix.
= 281.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.43
最小 - 最大-2.2916226 - 3.3863227
平均 (標準偏差)0.005990288 (±0.077126086)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 281.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_63111_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_63111_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_63111_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : ABCC2(WT) monomer

全体名称: ABCC2(WT) monomer
要素
  • 複合体: ABCC2(WT) monomer
    • タンパク質・ペプチド: ABC transporter C family member 2

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超分子 #1: ABCC2(WT) monomer

超分子名称: ABCC2(WT) monomer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

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分子 #1: ABC transporter C family member 2

分子名称: ABC transporter C family member 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ABC-type xenobiotic transporter
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 182.310922 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGFEFIEWYC KPVPNGVWTK QVANAFGAYT PCATDSFVLG ISQLVLLVLC LYRIWLALKD HKVERFCLRS RLYNYFLALL AAYATAEPL FRLIMGISVL DFDGPGLPPF EAFGLGVKAF AWGAVMVMIL METKIYIREL RWYVRFAVIY ALVGDMVLLN L VLSVKEYY ...文字列:
MGFEFIEWYC KPVPNGVWTK QVANAFGAYT PCATDSFVLG ISQLVLLVLC LYRIWLALKD HKVERFCLRS RLYNYFLALL AAYATAEPL FRLIMGISVL DFDGPGLPPF EAFGLGVKAF AWGAVMVMIL METKIYIREL RWYVRFAVIY ALVGDMVLLN L VLSVKEYY SSYVLYLYTS EVGAQVLFGI LLFMHLPNLD TYPGYMPVRS ETVDDYEYEE ISDGQQICPE KHANIFDKIF FS WMNPLMT LGSKRPLTEK DVWYLDTWDQ TETLFTSFQH SWDKELQKPQ PWLLRALNNS LGGRFWWGGF WKIGNDCSQF VGP LLLNQL LKSMQEDAPA WMGYIYAFSI FVGVVFGVLC EAQYFQNVMR VGYRLRSALI AAVFRKSLRL TNEGRRKFQT GKIT NLMTT DAESLQQICQ SLHTMWSAPF RIIIALILLY QQLGVASLIG ALLLVLMFPL QTVIISKMQK LTKEGLQRTD KRIGL MNEV LAAMDTVKCY AWENSFQSKV QTVRDDELSW FRKSQLLGAL NMFILNSIPV LVTIVSFGVF TLLGGDLTPA RAFTSL SLF AVLRFPLFML PNIITQVVNA NVSLKRLEEV LATEERILLP NPPIEPGEPA ISIRNGYFSW DSKGDRPTLS NINLDVP LG SLVAVVGSTG EGKTSLISAI LGELPATSDA IVTLRGSVAY VPQVSWIFNA TVRDNILFGS PFDREKYERA IDVTSLKH D LELLPGGDLT EIGERGVNIS GGQKQRVSMA RAVYSNSDVY IFDDPLSALD AHVGQQVFEK CIKRELGQKT RVLVTNQLH FLSQVDRIVL VHEGTVKEEG TYEELSSNGP LFQRLMENAG KVEEYSEENG EAEADQTAEQ PVANGNTNGL QMDGSDDKKS KEGNKKGGK SVLIKQEERE TGVVSWRVLK RYQDALGGAW VVMMLLLCYV LTEVFRVTSS TWLSEWTDAG TPKSHGPLFY N LIYALLSF GQVLVTLTNS YWLIMSSLYA AKKLHDNMLH SILRAPMSFF HTNPLGRIIN RFAKDLGDID RTVAVFVNMF MG QVSQLLS TVVLIGIVST LSLWAIMPLL VLFYGAYLYY QNTAREVKRM DSISRSPVYA QFGEALNGLS TIRAYKAYDR MAD INGRSM DNNIRFTLVN MGANRWLGIR LETLGGLMIW LTASFAVMQN GRAENQQAFA STMGLLLSYA LNITSLLTGV LRLA SLAEN SLNAVERVGN YIEIPPEAPP VIENNRPPPG WPSSGSIKFE DVVLRYRPQL PPVLHGVSFF IHPTDKVGIV GRTGA GKSS LLNALFRIVE VEKGRILIDD CDVGKFGLMD LRKVLGIIPQ SPVLFSGTVR FNLDPFGEHN DADLWESLER AHLKDT IRR NPLGLDAEVS EAGENFSVGQ RQLLSLSRAL LRRSKILVLD EATAAVDVRT DALIQKTIRE EFKSCTMLII AHRLNTI ID CDKILVLDSG RVQEFSSPEN LLSNEGSSFS KMVQSTGAAN AEYLRSLVLD NKRAKDDSHH LQGQRKWLAS SRWAAAAQ F ALAASLTSSH NDLQSLEIED DSSILKRTND AVVTLRSVLE GKHDKEIAES LEEHNISREG WLSSLYRMVE GLAVMSRLA RNRMQQPDYN FEGNTFDWDN VEM

UniProtKB: ABC transporter C family member 2

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 182194
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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