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- EMDB-63069: Cryo-EM structure of the SPATA5-SPATA5L1-CINP-C1orf109 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-63069
タイトルCryo-EM structure of the SPATA5-SPATA5L1-CINP-C1orf109 complex
マップデータ
試料
  • 複合体: The SPATA5 complex
    • タンパク質・ペプチド: ATPase family gene 2 protein homolog A
    • タンパク質・ペプチド: Cyclin-dependent kinase 2-interacting protein
    • タンパク質・ペプチド: cDNA FLJ55172
    • タンパク質・ペプチド: ATPase family gene 2 protein homolog B
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードribosomal biogenesis / SPATA5 / ATPase complex / CYTOSOLIC PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


preribosome binding / mitotic spindle disassembly / VCP-NPL4-UFD1 AAA ATPase complex / retrograde protein transport, ER to cytosol / non-chaperonin molecular chaperone ATPase / polyubiquitin modification-dependent protein binding / autophagosome maturation / ribosomal large subunit biogenesis / brain development / spindle ...preribosome binding / mitotic spindle disassembly / VCP-NPL4-UFD1 AAA ATPase complex / retrograde protein transport, ER to cytosol / non-chaperonin molecular chaperone ATPase / polyubiquitin modification-dependent protein binding / autophagosome maturation / ribosomal large subunit biogenesis / brain development / spindle / spermatogenesis / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / cell differentiation / DNA replication / cell division / DNA repair / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosome biogenesis protein C1orf109-like / Ribosome biogenesis protein C1orf109-like / Cyclin-dependent kinase 2-interacting protein / : / Aspartate decarboxylase-like domain superfamily / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) ...Ribosome biogenesis protein C1orf109-like / Ribosome biogenesis protein C1orf109-like / Cyclin-dependent kinase 2-interacting protein / : / Aspartate decarboxylase-like domain superfamily / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
cDNA FLJ55172 / ATPase family gene 2 protein homolog A / ATPase family gene 2 protein homolog B / Cyclin-dependent kinase 2-interacting protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.51 Å
データ登録者Dai Y / Zhang Y / Gao N
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, China)32230051 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: cryo-EM structure of the SPATA5-SPATA5L1-CINP-C1orf109 complex
著者: Dai Y / Zhang Y / Gao N
履歴
登録2025年1月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月23日-
マップ公開2025年4月23日-
更新2025年4月23日-
現状2025年4月23日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_63069.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_63069.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 280 pix.
= 305.76 Å		1.09 Å/pix.
x 280 pix.
= 305.76 Å		1.09 Å/pix.
x 280 pix.
= 305.76 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.092 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.0
最小 - 最大-0.44249752 - 18.330857999999999
平均 (標準偏差)0.071063876 (±0.70587814)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 305.76 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : The SPATA5 complex

全体名称: The SPATA5 complex
要素
  • 複合体: The SPATA5 complex
    • タンパク質・ペプチド: ATPase family gene 2 protein homolog A
    • タンパク質・ペプチド: Cyclin-dependent kinase 2-interacting protein
    • タンパク質・ペプチド: cDNA FLJ55172
    • タンパク質・ペプチド: ATPase family gene 2 protein homolog B
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: The SPATA5 complex

超分子名称: The SPATA5 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: ATPase family gene 2 protein homolog A

分子名称: ATPase family gene 2 protein homolog A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: non-chaperonin molecular chaperone ATPase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 97.276453 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSSKKNRKRL NQSAENGSSL PSAASSCAEA RAPSAGSDFA ATSGTLTVTN LLEKVDDKIP KTFQNSLIHL GLNTMKSANI CIGRPVLLT SLNGKQEVYT AWPMAGFPGG KVGLSEMAQK NVGVRPGDAI QVQPLVGAVL QAEEMDVALS DKDMEINEEE L TGCILRKL ...文字列:
MSSKKNRKRL NQSAENGSSL PSAASSCAEA RAPSAGSDFA ATSGTLTVTN LLEKVDDKIP KTFQNSLIHL GLNTMKSANI CIGRPVLLT SLNGKQEVYT AWPMAGFPGG KVGLSEMAQK NVGVRPGDAI QVQPLVGAVL QAEEMDVALS DKDMEINEEE L TGCILRKL DGKIVLPGNF LYCTFYGRPY KLQVLRVKGA DGMILGGPQS DSDTDAQRMA FEQSSMETSS LELSLQLSQL DL EDTQIPT SRSTPYKPID DRITNKASDV LLDVTQSPGD GSGLMLEEVT GLKCNFESAR EGNEQLTEEE RLLKFSIGAK CNT DTFYFI SSTTRVNFTE IDKNSKEQDN QFKVTYDMIG GLSSQLKAIR EIIELPLKQP ELFKSYGIPA PRGVLLYGPP GTGK TMIAR AVANEVGAYV SVINGPEIIS KFYGETEAKL RQIFAEATLR HPSIIFIDQL DALCPKREGA QNEVEKRVVA SLLTL MDGI GSEVSEGQVL VLGATNRPHA LDAALRRPGR FDKEIEIGVP NAQDRLDILQ KLLRRVPHLL TEAELLQLAN SAHGYV GAD LKVLCNEAGL CALRRILKKQ PNLPDVKVAG LVKITLKDFL QAMNDIRPSA MREIAIDVPN VSWSDIGGLE SIKLKLE QA VEWPLKHPES FIRMGIQPPK GVLLYGPPGC SKTMIAKALA NESGLNFLAI KGPELMNKYV GESERAVRET FRKARAVA P SIIFFDQLDA LAVERGSSLG AGNVADRVLA QLLTEMDGIE QLKDVTILAA TNRPDRIDKA LMRPGRIDRI IYVPLPDAA TRREIFKLQF HSMPVSNEVD LDELILQTDA YSGAEIVAVC REAALLALEE DIQANLIMKR HFTQALSTVT PRIPESLRRF YEDYQE

UniProtKB: ATPase family gene 2 protein homolog A

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分子 #2: Cyclin-dependent kinase 2-interacting protein

分子名称: Cyclin-dependent kinase 2-interacting protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 27.42109 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MWSHPQFEKG GGSGGGSGGS AWSHPQFEKG MEAKTLGTVT PRKPVLSVSA RKIKDNAADW HNLILKWETL NDAGFTTANN IANLKISLL NKDKIELDSS SPASKENEEK VCLEYNEELE KLCEELQATL DGLTKIQVKM EKLSSTTKGI CELENYHYGE E SKRPPLFH ...文字列:
MWSHPQFEKG GGSGGGSGGS AWSHPQFEKG MEAKTLGTVT PRKPVLSVSA RKIKDNAADW HNLILKWETL NDAGFTTANN IANLKISLL NKDKIELDSS SPASKENEEK VCLEYNEELE KLCEELQATL DGLTKIQVKM EKLSSTTKGI CELENYHYGE E SKRPPLFH TWPTTHFYEV SHKLLEMYRK ELLLKRTVAK ELAHTGDPDL TLSYLSMWLH QPYVESDSRL HLESMLLETG HR AL

UniProtKB: Cyclin-dependent kinase 2-interacting protein

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分子 #3: cDNA FLJ55172

分子名称: cDNA FLJ55172 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 31.59227 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MYPYDVPDYA MSEKRRRLDA RNPLKQETAL SRLPFPRGNQ GLLQKAEAGR ARWLTPVIPA LWKTEAGGSP EKMTQDRPLL AVQEALKKC FPVVEEQQGL WQSALRDCQP LLSSLSNLAE QLQAAQNLRF EDVPALRAFP DLKERLRRKQ LVAGDIVLDK L GERLAILL ...文字列:
MYPYDVPDYA MSEKRRRLDA RNPLKQETAL SRLPFPRGNQ GLLQKAEAGR ARWLTPVIPA LWKTEAGGSP EKMTQDRPLL AVQEALKKC FPVVEEQQGL WQSALRDCQP LLSSLSNLAE QLQAAQNLRF EDVPALRAFP DLKERLRRKQ LVAGDIVLDK L GERLAILL KVRDMVSSHV ERVFQIYEQH ADTVGIDAVL QPSAVSPSVA DMLEWLQDIE RHYRKSYLKR KYLLSSIQWG DL ANIQALP KAWDRISKDE HQDLVQDILL NVSFFLEE

UniProtKB: cDNA FLJ55172

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分子 #4: ATPase family gene 2 protein homolog B

分子名称: ATPase family gene 2 protein homolog B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: non-chaperonin molecular chaperone ATPase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 80.409742 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAPDSDPFPE GPLLKLLPLD ARDRGTQRCR LGPAALHALG ARLGSAVKIS LPDGGSCLCT AWPRRDGADG FVQLDPLCAS PGAAVGASR SRRSLSLNRL LLVPCPPLRR VAVWPVLRER AGAPGARNTA AVLEAAQELL RNRPISLGHV VVAPPGAPGL V AALHIVGG ...文字列:
MAPDSDPFPE GPLLKLLPLD ARDRGTQRCR LGPAALHALG ARLGSAVKIS LPDGGSCLCT AWPRRDGADG FVQLDPLCAS PGAAVGASR SRRSLSLNRL LLVPCPPLRR VAVWPVLRER AGAPGARNTA AVLEAAQELL RNRPISLGHV VVAPPGAPGL V AALHIVGG TPSPDPAGLV TPRTRVSLGG EPPSEAQPQP EVPLGGLSEA ADSLRELLRL PLRYPRALTA LGLAVPRGVL LA GPPGVGK TQLVRAVARE AGAELLAVSA PALQGSRPGE TEENVRRVFQ RARELASRGP SLLFLDEMDA LCPQRGSRAP ESR VVAQVL TLLDGASGDR EVVVVGATNR PDALDPALRR PGRFDREVVI GTPTLKQRKE ILQVITSKMP ISSHVDLGLL AEMT VGYVG ADLTALCREA AMHALLHSEK NQDNPVIDEI DFLEAFKNIQ PSSFRSVIGL MDIKPVDWEE IGGLEDVKLK LKQSI EWPL KFPWEFVRMG LTQPKGVLLY GPPGCAKTTL VRALATSCHC SFVSVSGADL FSPFVGDSEK VLSQIFRQAR ASTPAI LFL DEIDSILGAR SASKTGCDVQ ERVLSVLLNE LDGVGLKTIE RRGSKSSQQE FQEVFNRSVM IIAATNRPDV LDTALLR PG RLDKIIYIPP PDHKGRLSIL KVCTKTMPIG PDVSLENLAA ETCFFSGADL RNLCTEAALL ALQENGLDAT TVKQEHFL K SLKTVKPSLS CKDLALYENL FKKEGFSN

UniProtKB: ATPase family gene 2 protein homolog B

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分子 #5: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 8 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #6: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.51 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 194789
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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