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- EMDB-62870: Structures and mechanism of the nicotinamide nucleotide transhydr... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-62870
タイトルStructures and mechanism of the nicotinamide nucleotide transhydrogenase from E. coli
マップデータ
試料
  • 複合体: The E. coli nicotinamide nucleotide transhydrogenase complex
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P) transhydrogenase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P) transhydrogenase subunit beta
  • リガンド: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: Palmitoyl-CoA
キーワードNicotinamide nucleotide transhydrogenase / Mitochondrial inner membrane / E. coli transhydrogenase / Hydride transfer / Proton motive force / NAD+ / NADH / NADP+ / NADPH / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


proton export across plasma membrane / proton-translocating NAD(P)+ transhydrogenase activity / proton-translocating NAD(P)+ transhydrogenase / NADPH regeneration / NADP binding / protein dimerization activity / oxidoreductase activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
NAD(P) transhydrogenase, alpha subunit / NAD(P) transhydrogenase, alpha subunit, C-terminal / 4TM region of pyridine nucleotide transhydrogenase, mitoch / NADP transhydrogenase, beta subunit / NADP transhydrogenase beta-like domain / NAD(P) transhydrogenase beta subunit / Alanine dehydrogenase/NAD(P) transhydrogenase, conserved site-1 / Alanine dehydrogenase & pyridine nucleotide transhydrogenase signature 1. / Alanine dehydrogenase/pyridine nucleotide transhydrogenase, conserved site-2 / Alanine dehydrogenase & pyridine nucleotide transhydrogenase signature 2. ...NAD(P) transhydrogenase, alpha subunit / NAD(P) transhydrogenase, alpha subunit, C-terminal / 4TM region of pyridine nucleotide transhydrogenase, mitoch / NADP transhydrogenase, beta subunit / NADP transhydrogenase beta-like domain / NAD(P) transhydrogenase beta subunit / Alanine dehydrogenase/NAD(P) transhydrogenase, conserved site-1 / Alanine dehydrogenase & pyridine nucleotide transhydrogenase signature 1. / Alanine dehydrogenase/pyridine nucleotide transhydrogenase, conserved site-2 / Alanine dehydrogenase & pyridine nucleotide transhydrogenase signature 2. / Alanine dehydrogenase/PNT, C-terminal domain / Alanine dehydrogenase/pyridine nucleotide transhydrogenase, N-terminal / Alanine dehydrogenase/PNT, N-terminal domain / Alanine dehydrogenase/PNT, C-terminal domain / Alanine dehydrogenase/PNT, N-terminal domain / Alanine dehydrogenase/pyridine nucleotide transhydrogenase, NAD(H)-binding domain / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NAD(P) transhydrogenase subunit alpha / NAD(P) transhydrogenase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.88 Å
データ登録者Zhu J / Zhang K / Gennis RB / Li J
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32201038 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structures and mechanism of the nicotinamide nucleotide transhydrogenase from E. coli
著者: Zhu J / Zhang K / Gennis RB / Li J
履歴
登録2024年12月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年1月7日-
マップ公開2026年1月7日-
更新2026年1月7日-
現状2026年1月7日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_62870.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_62870.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 320 pix.
= 262.4 Å		0.82 Å/pix.
x 320 pix.
= 262.4 Å		0.82 Å/pix.
x 320 pix.
= 262.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.22565874 - 0.5155926
平均 (標準偏差)0.0003709001 (±0.014299385)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 262.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_62870_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_62870_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : The E. coli nicotinamide nucleotide transhydrogenase complex

全体名称: The E. coli nicotinamide nucleotide transhydrogenase complex
要素
  • 複合体: The E. coli nicotinamide nucleotide transhydrogenase complex
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P) transhydrogenase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P) transhydrogenase subunit beta
  • リガンド: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: Palmitoyl-CoA

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超分子 #1: The E. coli nicotinamide nucleotide transhydrogenase complex

超分子名称: The E. coli nicotinamide nucleotide transhydrogenase complex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 200 KDa

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分子 #1: NAD(P) transhydrogenase subunit alpha

分子名称: NAD(P) transhydrogenase subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proton-translocating NAD(P)+ transhydrogenase
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 11.747049 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
YALMALAIIL FGWMASVAPK EFLGHFTVFA LACVVGYYVV WNVSHALHTP LMSVTNAISG IIVVGALLQI GQGGWVSFLS FIAVLIASI NIFGGFTVTQ RMLKMFRKN

UniProtKB: NAD(P) transhydrogenase subunit alpha

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分子 #2: NAD(P) transhydrogenase subunit beta

分子名称: NAD(P) transhydrogenase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proton-translocating NAD(P)+ transhydrogenase
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 48.762746 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSGGLVTAAY IVAAILFIFS LAGLSKHETS RQGNNFGIAG MAIALIATIF GPDTGNVGWI LLAMVIGGAI GIRLAKKVEM TEMPELVAI LHSFVGLAAV LVGFNSYLHH DAGMAPILVN IHLTEVFLGI FIGAVTFTGS VVAFGKLCGK ISSKPLMLPN R HKMNLAAL ...文字列:
MSGGLVTAAY IVAAILFIFS LAGLSKHETS RQGNNFGIAG MAIALIATIF GPDTGNVGWI LLAMVIGGAI GIRLAKKVEM TEMPELVAI LHSFVGLAAV LVGFNSYLHH DAGMAPILVN IHLTEVFLGI FIGAVTFTGS VVAFGKLCGK ISSKPLMLPN R HKMNLAAL VVSFLLLIVF VRTDSVGLQV LALLIMTAIA LVFGWHLVAS IGGADMPVVV SMLNSYSGWA AAAAGFMLSN DL LIVTGAL VGSSGAILSY IMCKAMNRSF ISVIAGGFGT DGSSTGDDQE VGEHREITAE ETAELLKNSH SVIITPGYGM AVA QAQYPV AEITEKLRAR GINVRFGIHP VAGRLPGHMN VLLAEAKVPY DIVLEMDEIN DDFADTDTVL VIGANDTVNP AAQD DPKSP IAGMPVLEVW KAQNVIVFKR SMNTGYAGVQ NPLFFKENTH MLFGDAKASV DAILKAL

UniProtKB: NAD(P) transhydrogenase subunit beta

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分子 #3: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: PC1
分子量理論値: 790.145 Da
Chemical component information

ChemComp-PC1:
1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / リン脂質*YM

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分子 #4: Palmitoyl-CoA

分子名称: Palmitoyl-CoA / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: PKZ
分子量理論値: 1.005943 KDa
Chemical component information

ChemComp-PKZ:
Palmitoyl-CoA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 1.2 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.88 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 210838
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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