[日本語] English
万見
- EMDB-62799: Cryo-EM structure of the inactive chemokine-like receptor 1 (CMKLR1) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-62799
タイトルCryo-EM structure of the inactive chemokine-like receptor 1 (CMKLR1)
マップデータ
試料
  • 複合体: CMKLR1 with ICL3-BRIL complex with anti-BRIL Fab and the antagonist LRH7-C2
    • タンパク質・ペプチド: The light chain of anti-BRIL Fab
    • タンパク質・ペプチド: Chemerin-like receptor 1,Soluble cytochrome b562
  • タンパク質・ペプチド: The heavy chain of anti-BRIL Fab
  • タンパク質・ペプチド: LRH7-C2
キーワードGPCR / CMKLR1 / MEMBRANE PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / MEMBRANE PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


adipokinetic hormone binding / adipokinetic hormone receptor activity / complement receptor activity / chemokine receptor activity / negative regulation of interleukin-12 production / complement receptor mediated signaling pathway / Class A/1 (Rhodopsin-like receptors) / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / positive regulation of macrophage chemotaxis / positive regulation of fat cell differentiation ...adipokinetic hormone binding / adipokinetic hormone receptor activity / complement receptor activity / chemokine receptor activity / negative regulation of interleukin-12 production / complement receptor mediated signaling pathway / Class A/1 (Rhodopsin-like receptors) / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / positive regulation of macrophage chemotaxis / positive regulation of fat cell differentiation / regulation of calcium-mediated signaling / skeletal system development / G protein-coupled receptor activity / electron transport chain / chemotaxis / signaling receptor activity / positive regulation of cold-induced thermogenesis / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / periplasmic space / electron transfer activity / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / inflammatory response / iron ion binding / heme binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Chemerin-like receptor 1 / Formyl peptide receptor-related / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Soluble cytochrome b562 / Chemerin-like receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Zhu Y / He M / Wu B / Zhao Q
資金援助 中国, 3件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, China)2022YFA1302900 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82121005 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32401012 中国
引用ジャーナル: Protein Cell / 年: 2025
タイトル: Structural insights into the distinct ligand recognition and signaling of the chemerin receptors CMKLR1 and GPR1.
著者: Xiaowen Lin / Lechen Zhao / Heng Cai / Xiaohua Chang / Yuxuan Tang / Tianyu Luo / Mengdan Wu / Cuiying Yi / Limin Ma / Xiaojing Chu / Shuo Han / Qiang Zhao / Beili Wu / Maozhou He / Ya Zhu /
履歴
登録2024年12月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月12日-
マップ公開2025年3月12日-
更新2025年6月11日-
現状2025年6月11日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_62799.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_62799.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 274.176 Å		1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 274.176 Å		1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 274.176 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.071 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.15
最小 - 最大-0.0007284089 - 3.2198277
平均 (標準偏差)0.0036116086 (±0.042761914)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 274.176 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_62799_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_62799_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : CMKLR1 with ICL3-BRIL complex with anti-BRIL Fab and the antagoni...

全体名称: CMKLR1 with ICL3-BRIL complex with anti-BRIL Fab and the antagonist LRH7-C2
要素
  • 複合体: CMKLR1 with ICL3-BRIL complex with anti-BRIL Fab and the antagonist LRH7-C2
    • タンパク質・ペプチド: The light chain of anti-BRIL Fab
    • タンパク質・ペプチド: Chemerin-like receptor 1,Soluble cytochrome b562
  • タンパク質・ペプチド: The heavy chain of anti-BRIL Fab
  • タンパク質・ペプチド: LRH7-C2

-
超分子 #1: CMKLR1 with ICL3-BRIL complex with anti-BRIL Fab and the antagoni...

超分子名称: CMKLR1 with ICL3-BRIL complex with anti-BRIL Fab and the antagonist LRH7-C2
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
分子 #1: The heavy chain of anti-BRIL Fab

分子名称: The heavy chain of anti-BRIL Fab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 26.917025 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: EISEVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF NVVDFSLHWV RQAPGKGLEW VAYISSSSGS TSYADSVKGR FTISADTSKN TAYLQMNSL RAEDTAVYYC ARWGYWPGEP WWKAFDYWGQ GTLVTVSSAS TKGPSVFPLA PSSKSTSGGT AALGCLVKDY F PEPVTVSW ...文字列:
EISEVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF NVVDFSLHWV RQAPGKGLEW VAYISSSSGS TSYADSVKGR FTISADTSKN TAYLQMNSL RAEDTAVYYC ARWGYWPGEP WWKAFDYWGQ GTLVTVSSAS TKGPSVFPLA PSSKSTSGGT AALGCLVKDY F PEPVTVSW NSGALTSGVH TFPAVLQSSG LYSLSSVVTV PSSSLGTQTY ICNVNHKPSN TKVDKKVEPK SGPISTINPC LE VLFQGPH HHHHH

-
分子 #2: The light chain of anti-BRIL Fab

分子名称: The light chain of anti-BRIL Fab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.586205 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: SDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQSV SSAVAWYQQK PGKAPKLLIY SASSLYSGVP SRFSGSRSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC QQYLYYSLVT FGQGTKVEIK RTVAAPSVFI FPPSDSQLKS GTASVVCLLN NFYPREAKVQ WKVDNALQSG N SQESVTEQ ...文字列:
SDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQSV SSAVAWYQQK PGKAPKLLIY SASSLYSGVP SRFSGSRSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC QQYLYYSLVT FGQGTKVEIK RTVAAPSVFI FPPSDSQLKS GTASVVCLLN NFYPREAKVQ WKVDNALQSG N SQESVTEQ DSKDSTYSLS STLTLSKADY EKHKVYACEV THQGLSSPVT KSFNRGEC

-
分子 #3: Chemerin-like receptor 1,Soluble cytochrome b562

分子名称: Chemerin-like receptor 1,Soluble cytochrome b562 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 56.102949 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MRMEDEDYNT SISYGDEYPD YLDSIVVLED LSPLEARVTR IFLVVVYSIV CFLGILGNGL VIIIATFKMK KTVNMVWFLN LAVADFLFN VFLPIHITYA AMDYHWVFGT AMCKISNFLL IHNMFTSVFL LTIISSDRCI SVLLPVWSQN HRSVRLAYMA C MVIWVLAF ...文字列:
MRMEDEDYNT SISYGDEYPD YLDSIVVLED LSPLEARVTR IFLVVVYSIV CFLGILGNGL VIIIATFKMK KTVNMVWFLN LAVADFLFN VFLPIHITYA AMDYHWVFGT AMCKISNFLL IHNMFTSVFL LTIISSDRCI SVLLPVWSQN HRSVRLAYMA C MVIWVLAF FLSSPSLVFR DTANLHGKIS CFNNFSLSTP GSSSWPTHSQ MDPVGYSRHM VVTVTRFLCG FLVPVLIITA CY LTIVCKL QRNARRQLAD LEDNWETLND NLKVIEKADN AAQVKDALTK MRAAALDAQK ATPPKLEDKS PDSPEMKDFR HGF DILVGQ IDDALKLANE GKVKEAQAAA EQLKTTRNAY IQKYLERARS TLTKKPDKII VTIIITFFLC WCPYHTLNLL ELHH TAMPG SVFSLGLPLA TALAIANSCM NPILYVFMGQ DFKKFKVALF SRLVNALEFL EVLFQGPWSH PQFEKGGGSG GGSGG SAWS HPQFEKDYKD DDDK

UniProtKB: Chemerin-like receptor 1, Soluble cytochrome b562, Chemerin-like receptor 1

-
分子 #4: LRH7-C2

分子名称: LRH7-C2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 842.918 Da
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
H(DTR)NTVVS

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 70.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 260967
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る