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- EMDB-62652: The cryo-EM structure of porcine serum MGAM -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-62652
タイトルThe cryo-EM structure of porcine serum MGAM
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: porcine serum MGAM
    • タンパク質・ペプチド: Maltase-glucoamylase
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードalpha-glucosidase / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Digestion of dietary carbohydrate / dextrin catabolic process / maltose catabolic process / alpha-1,4-glucosidase activity / Neutrophil degranulation / endomembrane system / carbohydrate binding / apical plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
P-type trefoil, conserved site / P-type 'Trefoil' domain signature. / Trefoil (P-type) domain / P-type trefoil domain / P-type trefoil domain superfamily / P-type 'Trefoil' domain profile. / P or trefoil or TFF domain / Glycosyl hydrolases family 31, active site / Glycosyl hydrolases family 31 active site. / Glycoside hydrolase family 31, N-terminal domain ...P-type trefoil, conserved site / P-type 'Trefoil' domain signature. / Trefoil (P-type) domain / P-type trefoil domain / P-type trefoil domain superfamily / P-type 'Trefoil' domain profile. / P or trefoil or TFF domain / Glycosyl hydrolases family 31, active site / Glycosyl hydrolases family 31 active site. / Glycoside hydrolase family 31, N-terminal domain / Glycosyl hydrolase 31 N-terminal galactose mutarotase-like domain / : / Glycosyl hydrolase family 31 C-terminal domain / Glycoside hydrolase family 31 / Glycosyl hydrolases family 31 TIM-barrel domain / Galactose mutarotase-like domain superfamily / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Maltase-glucoamylase
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa domesticus (ブタ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.17 Å
データ登録者Tagami T / Kawasaki M / Adachi N
資金援助 日本, 1件
OrganizationGrant number国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP21am0101071 日本
引用ジャーナル: J Enzyme Inhib Med Chem / 年: 2026
タイトル: Porcine serum maltase-glucoamylase: structure, kinetics, and inhibition.
著者: Ken Watanabe / Takayoshi Tagami / Chihiro Biwa / Masato Kawasaki / Naruhiko Adachi / Toshio Moriya / Toshiya Senda / Masayuki Okuyama /
要旨: Maltase-glucoamylase (MGAM) is a small-intestinal enzyme comprising two tandem α-glucosidase units, NtMGAM and CtMGAM, each capable of hydrolysing maltodextrins into glucose. MGAM serves as a ...Maltase-glucoamylase (MGAM) is a small-intestinal enzyme comprising two tandem α-glucosidase units, NtMGAM and CtMGAM, each capable of hydrolysing maltodextrins into glucose. MGAM serves as a therapeutic target for managing postprandial hyperglycaemia; comprehensive insights into its full-length three-dimensional structure and inhibitor kinetics remains limited. Here, we demonstrate that the α-glucosidase in porcine serum is comparable to that encoded by the MGAM gene. Using cryo-electron microscopy, we determined the complex structure of serum MGAM with the inhibitor acarviosyl-maltotriose (AC5), which was found to bind exclusively to the active sites of each unit, confirming the presence of independent catalytic sites. AC5 was shown to exhibit mixed-type inhibition towards full-length serum MGAM and competitive inhibition against both recombinant NtMGAM and CtMGAM. The apparent mixed-type inhibition can be more accurately attributed to dual competitive inhibition mechanisms. These findings contribute to the advancement of functional foods and therapeutic interventions for postprandial hyperglycaemia and type 2 diabetes.
履歴
登録2024年12月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月10日-
マップ公開2025年12月10日-
更新2026年1月28日-
現状2026年1月28日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_62652.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_62652.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 67 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.88 Å/pix.
x 260 pix.
= 228.8 Å		0.88 Å/pix.
x 260 pix.
= 228.8 Å		0.88 Å/pix.
x 260 pix.
= 228.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.88 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.055
最小 - 最大-0.13881978 - 0.26039085
平均 (標準偏差)0.00072872767 (±0.013544852)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ260260260
Spacing260260260
セルA=B=C: 228.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_62652_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_62652_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_62652_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : porcine serum MGAM

全体名称: porcine serum MGAM
要素
  • 細胞器官・細胞要素: porcine serum MGAM
    • タンパク質・ペプチド: Maltase-glucoamylase
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: porcine serum MGAM

超分子名称: porcine serum MGAM / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Sus scrofa domesticus (ブタ) / 株: Duroc x Landrace x Large White / 組織: serum
分子量理論値: 351 KDa

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分子 #1: Maltase-glucoamylase

分子名称: Maltase-glucoamylase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa domesticus (ブタ) / 株: Duroc x Landrace x Large White / 組織: serum
分子量理論値: 203.509734 KDa
配列文字列: VLSARESLES KDAGTPGPST PDSAECAVAN ELERINCIPD QSPTKATCDQ RGCCWKPQGA ISVPWCYYST NHGYQVEGDL VNTNAGFTA QLKRLPSPSL FGNDINNVLL RAEYQTATRF HFKLTDQNQD RYEVPHEHVQ PFQGNAASPL TYEVMVSKQP F SIKVIRTS ...文字列:
VLSARESLES KDAGTPGPST PDSAECAVAN ELERINCIPD QSPTKATCDQ RGCCWKPQGA ISVPWCYYST NHGYQVEGDL VNTNAGFTA QLKRLPSPSL FGNDINNVLL RAEYQTATRF HFKLTDQNQD RYEVPHEHVQ PFQGNAASPL TYEVMVSKQP F SIKVIRTS NSRVLFDSSI GPLLFADQFL QLSIRLPSAN VYGLGEHVHQ QYRHDMNWKT WPIFARDTVP NGDGNNLYGA QT FFLCLED ASGLSFGVFL MNSNAMEVAL QPAPAVTYRT TGGILDFYVL LGNTPEQVVQ EYLQLIGLPA LPPYWALGFH LSR YDYETL DNMREVVERN RAAQLPYDVQ HADIDYMDKR RDFTYNPVDF KGFPELAQDL HNNGQKLVII VDPAISNDSS PSSP YGPYD RGSDAKIWVN DPDGVTPLIG EVWPGKTVFP DYTNPKCTTW WENEFKLFHN QVDFDGIWID MNEVANFVDG SVSGC STSN LNYPPFTPRI LDGYLFSKTL CMDAVQHWGK QYDVHNLYGY SMAIATAEAV KTVFSNKRSF ILTRSTFAGS GKFAAH WLG DNAATWDDLR WSIPGMLEFN LFGIPMVGSD ICGFLLDTSE ELCRRWMQVG AFYPFSRNHN GQGYKVQDPA SFGADSL LL NSSRHYLSIR YTLLPYLYTL FYHAHSRGDT VARPLLHEFY EDSNTWDVYQ QFLWGPGLLI TPVLDEGAEK VTAYVPDA V WYDYETGGRV TWRKQKVEME LPGDKIGLHL RGGYIFPTQQ PATTTVASRQ NPLGLIIALD DNKEAKGELF WDDGEAKDT VANKVYLLYE FSVTQNRLDV KILQSTYTDP NNLVFKEIKI LGTQEPSNVI VKQNDIPVQV SPNVAYDSNL QVALITEIEL ELGKNYTVE WDVKIRDEEK IDCYPDETGA SEGNCVARGC AWEASTSPGV PHCYFVDELY SVSDVQYDSF GATAAISLKS S LYASALPS VPVNSLRLSV TYHKENMLQF KIYDPSNNRY EVPVPLNVPR VPSGTSESRL YDVLIKKNPF GIEIRRKSTG TV IWDSQLL GFTFNDMFIQ ISTRLPSQYL YGFGETEHTA FRRNLNWHTW GMFSRDQPPG YKMNSYGVHP YYMALEEDGN AHG VLLLNS NAMDVTFQPL PALTYRTTGG ILDFYVLLGP TPELVTQQYT ELIGRPVMVP YWSLGFQLCR YGYENDSEIA SLYE DMVAA QIPYDVQYSD IDYMERQLDF TLSPKFDGFP ALINRMKANG MRVILILDPA ISGNETKPYP PFTRGVEDDV FIKYP NDGS IVWGKVWPDF PDIFVNSSLD WDSQVEQYRA YVAFPDFFRN STITWWKREL RELYTNPQDP EKSLKFDGMW IDMNEP SSF VNGAVSPGCR DSSLNHPPYM PYLESRNSGL SSKTLCMEGE QILPDGSRVR HYDVHSLYGW SQTRPTYEVV QEVTGER GI IISRSTYPSS GRWSGHWLGD NTAAWDQLRK SIIGMMEFSL FGISYTGADI CGFFQDAEFE MCARWMQLGA FYPFSRNH N SIGTRRQDPV SWNDTFVNIS RSVLETRYTL LPYLYTLMHM AHTEGSTVVR ALLHEFVSDR VTWDLDSQFL LGPAFLVSP VLEPNARNVT AYFPRARWYD YYTGVDINAR GEWRDLSAPL DHINLHIRGG YILPWQEPAQ NTYFSRQKFM GFKVALDDDG TAEGWLFWD DGQSIDTYEQ GLYYLANFSV SQNTMQSHVI FNKYISDANP LKLGYIEIWG VGSAPISSVS ISASGEVITP I FIHDSATQ VLNINVTNGN LSLHNFSSLT WTSAPDS

UniProtKB: Maltase-glucoamylase

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.2 mg/mL
緩衝液pH: 6 / 構成要素 - 濃度: 20.0 mM / 構成要素 - 式: CH3COONa / 構成要素 - 名称: sodium acetate
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: The grid was washed by acetone prior to use.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 291 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Blotting time was 5 seconds and blot force was 15..

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 919 / 平均露光時間: 66.1 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 120000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 385565
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: An ab initio model was generated using RELION3's own implementation of Stochastic Gradient Descent (SGD) algorithm and low-pass filtered to 60 A for use as an initial model for Refine3D (C1).
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.17 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3) / 使用した粒子像数: 79313
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)
最終 3次元分類クラス数: 2 / 平均メンバー数/クラス: 105687 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

2qmj

chain_id: A, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

3top

chain_id: A, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER / 当てはまり具合の基準: correlation coefficient
得られたモデル

PDB-9kz6:
The cryo-EM structure of porcine serum MGAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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