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万見
- EMDB-62579: Cryo-EM structure of C-Methyltransferase from Rhododendron dauricum -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-62579
タイトルCryo-EM structure of C-Methyltransferase from Rhododendron dauricum
マップデータ
試料
  • 複合体: C-Methyltransferase from Rhododendron dauricum
    • タンパク質・ペプチド: C-Methyltransferase from Rhododendron dauricum
キーワードMethyltransferase / Dimer / TRANSFERASE
生物種Rhododendron dauricum (エゾムラサキツツジ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.42 Å
データ登録者Ye YM / Dai ZD / Zhang MZ
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: J Am Chem Soc / 年: 2025
タイトル: Molecular and Structural Characterization of a Chalcone di--Methyltransferase RdCMT from and Its Application in De Novo Biosynthesis of Farrerol in .
著者: Meng Zhang / Yang-Oujie Bao / Zonglin Dai / Zhilan Qian / Haishuang Yu / Jia-Jing Zhou / Yi Chen / Zilong Wang / Kaituo Wang / Menghao Cai / Min Ye /
要旨: Methylation plays a crucial role in drug design and optimization. While numerous methyltransferases have been characterized from plants, -methyltransferases, particularly those targeting phenolic ...Methylation plays a crucial role in drug design and optimization. While numerous methyltransferases have been characterized from plants, -methyltransferases, particularly those targeting phenolic skeletons, are rare. In this study, we identified a novel di--methyltransferase RdCMT from the medicinal plant . RdCMT catalyzes a sequential two-step 3'-/5'--methylation of naringenin chalcone, leading to the biosynthesis of farrerol. RdCMT exhibited a strict substrate specificity for chalcones. Through combinatorial catalysis, a series of -methylated flavonoids were synthesized. Moreover, farrerol was synthesized de novo in and with yields of 0.4 mg/g (dry weight) and 149.0 mg/L, respectively. The structure of RdCMT was determined using cryo-electron microscopy (cryo-EM), revealing that residues R328 and G296 significantly influence the substrate specificity of RdCMT. This work not only introduces a potent biocatalyst for the preparation of -methylated flavonoids but also offers insights into the catalytic mechanisms of -methyltransferases.
履歴
登録2024年12月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年5月21日-
マップ公開2025年5月21日-
更新2025年6月4日-
現状2025年6月4日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_62579.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_62579.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 256 pix.
= 217.6 Å		0.85 Å/pix.
x 256 pix.
= 217.6 Å		0.85 Å/pix.
x 256 pix.
= 217.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.08
最小 - 最大-0.4877802 - 0.71780914
平均 (標準偏差)0.0003085626 (±0.01669806)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 217.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_62579_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_62579_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : C-Methyltransferase from Rhododendron dauricum

全体名称: C-Methyltransferase from Rhododendron dauricum
要素
  • 複合体: C-Methyltransferase from Rhododendron dauricum
    • タンパク質・ペプチド: C-Methyltransferase from Rhododendron dauricum

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超分子 #1: C-Methyltransferase from Rhododendron dauricum

超分子名称: C-Methyltransferase from Rhododendron dauricum / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Rhododendron dauricum (エゾムラサキツツジ)

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分子 #1: C-Methyltransferase from Rhododendron dauricum

分子名称: C-Methyltransferase from Rhododendron dauricum / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhododendron dauricum (エゾムラサキツツジ)
分子量理論値: 43.111586 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列: MDQEKELPTS NKIDVENGDG SNRAEEEELC SYSNAIELAF SVVLPMVMKA AVELQVLDII AKAGPRAQLS PSQIASQLPA AALRCSPDA PKMLDRMLCL LASHSILTCS AVDFHSDDHN DSPSTAAAAL EDKRLYGLTP LAKYFVPNQD GVSLGPLMCL V QDKVCMKS ...文字列:
MDQEKELPTS NKIDVENGDG SNRAEEEELC SYSNAIELAF SVVLPMVMKA AVELQVLDII AKAGPRAQLS PSQIASQLPA AALRCSPDA PKMLDRMLCL LASHSILTCS AVDFHSDDHN DSPSTAAAAL EDKRLYGLTP LAKYFVPNQD GVSLGPLMCL V QDKVCMKS WYELKGAVLE GGVPFMRVYG VESFDYPGTD PRFNEVLNNA MVNYSTIFLK KLMQSSYNGF EQVETLVDVG GG LGVALEL ITSKYPHIKA INFDLPHVIK HAKPYPGLEH VGGDMFESVP KGDAIFMKGV LHDWSDDLCL KLLKNCYKAL PDN GKIIAV ERILPEMPNS AGKGIFLMDL QMMTHHLGGR ERTQQEYFDL AISAGFSGIR LECLVCNLWV IELYK

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度10 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.42 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 60207
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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