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- EMDB-62495: Cryo-EM structure of Saccharomyces cerevisiae Mitochondrial Respi... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-62495
タイトルCryo-EM structure of Saccharomyces cerevisiae Mitochondrial Respiratory Complex II in pydiflumetofen-bound state
マップデータ
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of Saccharomyces cerevisiae Mitochondrial Respiratory Complex II in pydiflumetofen-bound state
    • タンパク質・ペプチド: Succinate dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein subunit, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Succinate dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur subunit, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Sdh3p
    • タンパク質・ペプチド: Succinate dehydrogenase [ubiquinone] cytochrome b small subunit, mitochondrial
  • リガンド: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
  • リガンド: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: FE3-S4 CLUSTER
  • リガンド: Pydiflumetofen
  • リガンド: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine
キーワードComplex / mitochondria / ELECTRON TRANSPORT / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Citric acid cycle (TCA cycle) / Maturation of TCA enzymes and regulation of TCA cycle / respiratory chain complex II (succinate dehydrogenase) / mitochondrial electron transport, succinate to ubiquinone / succinate dehydrogenase (quinone) activity / succinate dehydrogenase / cellular respiration / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / ubiquinone binding / tricarboxylic acid cycle ...Citric acid cycle (TCA cycle) / Maturation of TCA enzymes and regulation of TCA cycle / respiratory chain complex II (succinate dehydrogenase) / mitochondrial electron transport, succinate to ubiquinone / succinate dehydrogenase (quinone) activity / succinate dehydrogenase / cellular respiration / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / ubiquinone binding / tricarboxylic acid cycle / aerobic respiration / respiratory electron transport chain / mitochondrial membrane / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / flavin adenine dinucleotide binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / mitochondrial inner membrane / heme binding / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Succinate dehydrogenase [ubiquinone] cytochrome b small subunit, CybS / CybS, succinate dehydrogenase cytochrome B small subunit / Succinate dehydrogenase, cytochrome b subunit, conserved site / Succinate dehydrogenase cytochrome b subunit signature 1. / Succinate dehydrogenase cytochrome b subunit signature 2. / Succinate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit / Succinate dehydrogenase, flavoprotein subunit / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase type B, transmembrane subunit / Succinate dehydrogenase/Fumarate reductase transmembrane subunit / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase, transmembrane subunit ...Succinate dehydrogenase [ubiquinone] cytochrome b small subunit, CybS / CybS, succinate dehydrogenase cytochrome B small subunit / Succinate dehydrogenase, cytochrome b subunit, conserved site / Succinate dehydrogenase cytochrome b subunit signature 1. / Succinate dehydrogenase cytochrome b subunit signature 2. / Succinate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit / Succinate dehydrogenase, flavoprotein subunit / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase type B, transmembrane subunit / Succinate dehydrogenase/Fumarate reductase transmembrane subunit / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase, transmembrane subunit / : / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase, flavoprotein subunit / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase, FAD-binding site / Fumarate reductase / succinate dehydrogenase FAD-binding site. / FAD-dependent oxidoreductase SdhA/FrdA/AprA / 4Fe-4S dicluster domain / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase iron-sulphur protein / Succinate dehydogenase/fumarate reductase N-terminal / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein-like, C-terminal / Fumarate reductase flavoprotein C-term / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein-like, C-terminal domain superfamily / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein, catalytic domain superfamily / FAD-dependent oxidoreductase 2, FAD binding domain / FAD binding domain / Alpha-helical ferredoxin / 2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Sdh3p / Succinate dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur subunit, mitochondrial / Succinate dehydrogenase [ubiquinone] cytochrome b small subunit, mitochondrial / Succinate dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein subunit, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.23 Å
データ登録者Li ZW / Ye Y / Yang GF
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM structure of the yeast Saccharomyces cerevisiae SDH provides a template for eco-friendly fungicide discovery.
著者: Zhi-Wen Li / Yuan-Hui Huang / Ge Wei / Zong-Wei Lu / Yu-Xia Wang / Guang-Rui Cui / Jun-Ya Wang / Xin-He Yu / Yi-Xuan Fu / Er-Di Fan / Qiong-You Wu / Xiao-Lei Zhu / Ying Ye / Guang-Fu Yang /
要旨: Succinate dehydrogenase (SDH) is a key fungicidal target, but rational inhibitors design has been impeded by the lack of fungal SDH structure. Here, we show the cryo-EM structure of SDH from ...Succinate dehydrogenase (SDH) is a key fungicidal target, but rational inhibitors design has been impeded by the lack of fungal SDH structure. Here, we show the cryo-EM structure of SDH from Saccharomyces cerevisiae (ScSDH) in apo (3.36 Å) and ubiquinone-1-bound (3.25 Å) states, revealing subunits architecture and quinone-binding sites (Q). ScSDH is classified as a heme-deficient type-D SDH, utilizing conserved redox centers (FAD, [2Fe-2S], [4Fe-4S] and [3Fe-4S] clusters) for electron transfer. A 3.23 Å structure with pydiflumetofen (PYD) identified critical interactions, including hydrogen bonds with Trp_SDHB194 and Tyr_SDHD120, and a cation-π interaction with Arg_SDHC97. Leveraging this, we designed a SDH inhibitor E8 (enprocymid), exhibiting significant fungicidal activity (K = 0.019 μM) and reduced zebrafish toxicity (LC (96 h) = 1.01 mg a.i./L). This study elucidates the structure of fungal SDH and demonstrates the potential of ScSDH for rational design of next-generation fungicides, addressing fungal resistance and environmental toxicity in agriculture.
履歴
登録2024年11月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年9月3日-
マップ公開2025年9月3日-
更新2025年10月22日-
現状2025年10月22日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_62495.png

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_62495.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.75 Å/pix.
x 384 pix.
= 288. Å		0.75 Å/pix.
x 384 pix.
= 288. Å		0.75 Å/pix.
x 384 pix.
= 288. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.75 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.364
最小 - 最大-1.1954713 - 2.4136195
平均 (標準偏差)0.00084163813 (±0.038679767)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 288.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_62495_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_62495_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of Saccharomyces cerevisiae Mitochondrial Respi...

全体名称: Cryo-EM structure of Saccharomyces cerevisiae Mitochondrial Respiratory Complex II in pydiflumetofen-bound state
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of Saccharomyces cerevisiae Mitochondrial Respiratory Complex II in pydiflumetofen-bound state
    • タンパク質・ペプチド: Succinate dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein subunit, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Succinate dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur subunit, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Sdh3p
    • タンパク質・ペプチド: Succinate dehydrogenase [ubiquinone] cytochrome b small subunit, mitochondrial
  • リガンド: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
  • リガンド: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: FE3-S4 CLUSTER
  • リガンド: Pydiflumetofen
  • リガンド: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine

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超分子 #1: Cryo-EM structure of Saccharomyces cerevisiae Mitochondrial Respi...

超分子名称: Cryo-EM structure of Saccharomyces cerevisiae Mitochondrial Respiratory Complex II in pydiflumetofen-bound state
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: RedStar

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分子 #1: Succinate dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein subunit, mitoch...

分子名称: Succinate dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein subunit, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: Sequence reference for Saccharomyces cerevisiae (strain RedStar) is not available at the time of biocuration. Current sequence reference is from UniProt id Q00711.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: succinate dehydrogenase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: RedStar
分子量理論値: 65.699047 KDa
配列文字列: KYHIIDHEYD CVVIGAGGAG LRAAFGLAEA GYKTACISKL FPTRSHTVAA QGGINAALGN MHKDNWKWHM YDTVKGSDWL GDQDSIHYM TREAPKSIIE LEHYGVPFSR TENGKIYQRA FGGQTKEYGK GAQAYRTCAV ADRTGHALLH TLYGQALRHD T HFFIEYFA ...文字列:
KYHIIDHEYD CVVIGAGGAG LRAAFGLAEA GYKTACISKL FPTRSHTVAA QGGINAALGN MHKDNWKWHM YDTVKGSDWL GDQDSIHYM TREAPKSIIE LEHYGVPFSR TENGKIYQRA FGGQTKEYGK GAQAYRTCAV ADRTGHALLH TLYGQALRHD T HFFIEYFA LDLLTHNGEV VGVIAYNQED GTIHRFRAHK TIIATGGYGR AYFSCTSAHT CTGDGNAMVS RAGFPLQDLE FV QFHPSGI YGSGCLITEG ARGEGGFLVN SEGERFMERY APTAKDLACR DVVSRAITME IREGRGVGKK KDHMYLQLSH LPP EVLKER LPGISETAAI FAGVDVTKEP IPIIPTVHYN MGGIPTKWNG EALTIDEETG EDKVIPGLMA CGEAACVSVH GANR LGANS LLDLVVFGRA VAHTVADTLQ PGLPHKPLPS DLGKESIANL DKLRNANGSR STAEIRMNMK QTMQKDVSVF RTQSS LDEG VRNITAVEKT FDDVKTTDRS MIWNSDLVET LELQNLLTCA SQTAVSAANR KESRGAHARE DYPNRDDEHW MKHTLS WQK DVAAPVTLKY RRVIDHTLDE KECPSVPPTV RAY

UniProtKB: Succinate dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein subunit, mitochondrial

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分子 #2: Succinate dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur subunit, mitocho...

分子名称: Succinate dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur subunit, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: Sequence reference for Saccharomyces cerevisiae (strain RedStar) is not available at the time of biocuration. Current sequence reference is from UniProt id P21801.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: succinate dehydrogenase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: RedStar
分子量理論値: 27.0934 KDa
配列文字列: TPRLKTFKVY RWNPDEPSAK PHLQSYQVDL NDCGPMVLDA LLKIKDEQDS TLTFRRSCRE GICGSCAMNI GGRNTLACIC KIDQNESKQ LKIYPLPHMF IVKDLVPDLT NFYQQYKSIQ PYLQRSSFPK DGTEVLQSIE DRKKLDGLYE CILCACCSTS C PSYWWNQE ...文字列:
TPRLKTFKVY RWNPDEPSAK PHLQSYQVDL NDCGPMVLDA LLKIKDEQDS TLTFRRSCRE GICGSCAMNI GGRNTLACIC KIDQNESKQ LKIYPLPHMF IVKDLVPDLT NFYQQYKSIQ PYLQRSSFPK DGTEVLQSIE DRKKLDGLYE CILCACCSTS C PSYWWNQE QYLGPAVLMQ AYRWLIDSRD QATKTRKAML NNSMSLYRCH TIMNCTRTCP KGLNPGLAIA EIKKSLAF

UniProtKB: Succinate dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur subunit, mitochondrial

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分子 #3: Sdh3p

分子名称: Sdh3p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3
詳細: Sequence reference for Saccharomyces cerevisiae (strain RedStar) is not available at the time of biocuration. Current sequence reference is from UniProt id C7GVH5.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: RedStar
分子量理論値: 16.26702 KDa
配列文字列:
MNTKAAIAEE QILNKQRARR PISPHLTIYQ PQLTWYLSSF HRISLVLMGL GFYLFTILFG VSGLLGLGLT TEKVSNWYHQ KFSKITEWS IKGSFAYLFA IHYGGAIRHL IWDTAKELTL KGVYRTGYAL IGFTAVLGTY LLTL

UniProtKB: Sdh3p

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分子 #4: Succinate dehydrogenase [ubiquinone] cytochrome b small subunit, ...

分子名称: Succinate dehydrogenase [ubiquinone] cytochrome b small subunit, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4
詳細: Sequence reference for Saccharomyces cerevisiae (strain RedStar) is not available at the time of biocuration. Current sequence reference is from UniProt id P37298.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: RedStar
分子量理論値: 14.441644 KDa
配列文字列:
LPVLPQKPGG VRGTPNDAYV PPPENKLEGS YHWYMEKIFA LSVVPLATTA MLTTGPLSTA ADSFFSVMLL GYCYMEFNSC ITDYISGRV YGVWHKYAMY MLGLGSAVSL FGIYKLETEN DGVVGLVKSL WD

UniProtKB: Succinate dehydrogenase [ubiquinone] cytochrome b small subunit, mitochondrial

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分子 #5: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE

分子名称: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: FAD
分子量理論値: 785.55 Da
Chemical component information

ChemComp-FAD:
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD*YM

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分子 #6: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

分子名称: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: FES
分子量理論値: 175.82 Da
Chemical component information

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

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分子 #7: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER

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分子 #8: FE3-S4 CLUSTER

分子名称: FE3-S4 CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: F3S
分子量理論値: 295.795 Da
Chemical component information

ChemComp-F3S:
FE3-S4 CLUSTER

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分子 #9: Pydiflumetofen

分子名称: Pydiflumetofen / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 1 / 式: A1EE4
分子量理論値: 426.673 Da

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分子 #10: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine

分子名称: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 1 / 式: PEE
分子量理論値: 744.034 Da
Chemical component information

ChemComp-PEE:
1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / DOPE, リン脂質*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
平均電子線量: 50.11 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.23 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 99627
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-9kq3:
Cryo-EM structure of Saccharomyces cerevisiae Mitochondrial Respiratory Complex II in pydiflumetofen-bound state

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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