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- EMDB-62385: Cryo-EM structure of BUM-bound atABCB19 in lipid nanodisc -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-62385
タイトルCryo-EM structure of BUM-bound atABCB19 in lipid nanodisc
マップデータ
試料
  • 複合体: BUM-bound atABCB19 in lipid nanodisc
    • タンパク質・ペプチド: ABC transporter B family member 19
  • リガンド: 2-[4-(diethylamino)-2-oxidanyl-phenyl]carbonylbenzoic acid
キーワードABCB19 / Plant hormone transport / BUM-bound / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


acropetal auxin transport / leaf phyllotactic patterning / formation of plant organ boundary / basipetal auxin transport / auxin transport / regulation of secondary shoot formation / anthocyanin accumulation in tissues in response to UV light / positive regulation of brassinosteroid mediated signaling pathway / response to strigolactone / response to red or far red light ...acropetal auxin transport / leaf phyllotactic patterning / formation of plant organ boundary / basipetal auxin transport / auxin transport / regulation of secondary shoot formation / anthocyanin accumulation in tissues in response to UV light / positive regulation of brassinosteroid mediated signaling pathway / response to strigolactone / response to red or far red light / flower structural organization / plant epidermal cell differentiation / flower morphogenesis / regulation of auxin mediated signaling pathway / regulation of leaf morphogenesis / gametophyte development / regulation of unidimensional cell growth / lateral root development / stamen development / response to brassinosteroid / auxin export across the plasma membrane / auxin efflux transmembrane transporter activity / positive gravitropism / response to far red light / auxin polar transport / root development / brassinosteroid mediated signaling pathway / photomorphogenesis / pollen development / response to auxin / response to blue light / auxin-activated signaling pathway / regulation of cell size / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ABC-type transporter activity / transmembrane transport / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. ...Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ABC transporter B family member 19
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Liu Y / Liao M
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: Conformational cycle and small-molecule inhibition mechanism of a plant ABCB transporter in lipid membranes.
著者: Yong Liu / Maofu Liao /
要旨: In plants, ATP-binding cassette (ABC) transporters are crucial for nutrient uptake, phytohormone transport, and environmental response. It is of great interest to understand the mechanisms of these ...In plants, ATP-binding cassette (ABC) transporters are crucial for nutrient uptake, phytohormone transport, and environmental response. It is of great interest to understand the mechanisms of these transporters and develop small-molecule modulators to regulate plant growth. ABCB19 was recently shown to transport brassinosteroid, shaping hormone dynamics and plant architecture. However, the conformational cycle and inhibitor mechanism of ABCB transporters remain elusive. We reconstituted ABCB19 into lipid nanodiscs, where activity was drastically higher than in detergents, and determined its cryo-electron microscopy structures in substrate-free, substrate-bound, vanadate-trapped, and inhibitor-bound states. Inward-facing ABCB19 moved inward upon substrate binding and fully closed with vanadate trapping, unexpectedly temperature dependent. Two inhibitor molecules locked ABCB19 in the inward-facing conformation. Mutagenesis identified key residues for substrate and inhibitor binding, revealing differential contributions to transporter function and inhibition. These results deepen knowledge of plant ABCB transporters, laying a foundation for targeted manipulation to enhance plant resilience and productivity.
履歴
登録2024年11月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年5月21日-
マップ公開2025年5月21日-
更新2025年12月3日-
現状2025年12月3日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_62385.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_62385.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 256 pix.
= 218.88 Å		0.86 Å/pix.
x 256 pix.
= 218.88 Å		0.86 Å/pix.
x 256 pix.
= 218.88 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.855 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.012
最小 - 最大-0.035132043 - 0.06745528
平均 (標準偏差)0.000038091675 (±0.0020706302)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 218.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_62385_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_62385_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_62385_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : BUM-bound atABCB19 in lipid nanodisc

全体名称: BUM-bound atABCB19 in lipid nanodisc
要素
  • 複合体: BUM-bound atABCB19 in lipid nanodisc
    • タンパク質・ペプチド: ABC transporter B family member 19
  • リガンド: 2-[4-(diethylamino)-2-oxidanyl-phenyl]carbonylbenzoic acid

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超分子 #1: BUM-bound atABCB19 in lipid nanodisc

超分子名称: BUM-bound atABCB19 in lipid nanodisc / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 136.79 KDa

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分子 #1: ABC transporter B family member 19

分子名称: ABC transporter B family member 19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 136.932562 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSETNTTDAK TVPAEAEKKK EQSLPFFKLF SFADKFDYLL MFVGSLGAIV HGSSMPVFFL LFGQMVNGFG KNQMDLHQMV HEVSRYSLY FVYLGLVVCF SSYAEIACWM YSGERQVAAL RKKYLEAVLK QDVGFFDTDA RTGDIVFSVS TDTLLVQDAI S EKVGNFIH ...文字列:
MSETNTTDAK TVPAEAEKKK EQSLPFFKLF SFADKFDYLL MFVGSLGAIV HGSSMPVFFL LFGQMVNGFG KNQMDLHQMV HEVSRYSLY FVYLGLVVCF SSYAEIACWM YSGERQVAAL RKKYLEAVLK QDVGFFDTDA RTGDIVFSVS TDTLLVQDAI S EKVGNFIH YLSTFLAGLV VGFVSAWKLA LLSVAVIPGI AFAGGLYAYT LTGITSKSRE SYANAGVIAE QAIAQVRTVY SY VGESKAL NAYSDAIQYT LKLGYKAGMA KGLGLGCTYG IACMSWALVF WYAGVFIRNG QTDGGKAFTA IFSAIVGGMS LGQ SFSNLG AFSKGKAAGY KLMEIINQRP TIIQDPLDGK CLDQVHGNIE FKDVTFSYPS RPDVMIFRNF NIFFPSGKTV AVVG GSGSG KSTVVSLIER FYDPNSGQIL LDGVEIKTLQ LKFLREQIGL VNQEPALFAT TILENILYGK PDATMVEVEA AASAA NAHS FITLLPKGYD TQVGERGVQL SGGQKQRIAI ARAMLKDPKI LLLDEATSAL DASSESIVQE ALDRVMVGRT TVVVAH RLC TIRNVDSIAV IQQGQVVETG THEELIAKSG AYASLIRFQE MVGTRDFSNP STRRTRSTRL SHSLSTKSLS LRSGSLR NL SYSYSTGADG RIEMISNAET DRKTRAPENY FYRLLKLNSP EWPYSIMGAV GSILSGFIGP TFAIVMSNMI EVFYYTDY D SMERKTKEYV FIYIGAGLYA VGAYLIQHYF FSIMGENLTT RVRRMMLSAI LRNEVGWFDE DEHNSSLIAA RLATDAADV KSAIAERISV ILQNMTSLLT SFIVAFIVEW RVSLLILGTF PLLVLANFAQ QLSLKGFAGD TAKAHAKTSM IAGEGVSNIR TVAAFNAQS KILSLFCHEL RVPQKRSLYR SQTSGFLFGL SQLALYGSEA LILWYGAHLV SKGVSTFSKV IKVFVVLVIT A NSVAETVS LAPEIIRGGE AVGSVFSVLD RQTRIDPDDA DADPVETIRG DIEFRHVDFA YPSRPDVMVF RDFNLRIRAG HS QALVGAS GSGKSSVIAM IERFYDPLAG KVMIDGKDIR RLNLKSLRLK IGLVQQEPAL FAATIFDNIA YGKDGATESE VID AARAAN AHGFISGLPE GYKTPVGERG VQLSGGQKQR IAIARAVLKN PTVLLLDEAT SALDAESECV LQEALERLMR GRTT VVVAH RLSTIRGVDC IGVIQDGRIV EQGSHSELVS RPEGAYSRLL QLQTHRI

UniProtKB: ABC transporter B family member 19

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分子 #2: 2-[4-(diethylamino)-2-oxidanyl-phenyl]carbonylbenzoic acid

分子名称: 2-[4-(diethylamino)-2-oxidanyl-phenyl]carbonylbenzoic acid
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: A1EFV
分子量理論値: 313.348 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.8 / 詳細: 20mM Tris-HCl,pH 7.8, 150mM NaCl
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 101931
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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