EMDB-62320: Structural Basis for the Recognition of Blood Group Trisaccharide...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-62320

タイトル

Structural Basis for the Recognition of Blood Group Trisaccharides by Tulane virus

マップデータ

試料

複合体: VP1
- タンパク質・ペプチド: Capsid protein

キーワード

VP1 / VIRAL PROTEIN

機能・相同性

Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / virion component / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / host cell cytoplasm / Capsid protein

機能・相同性情報

生物種

Rhesus macaque recovirus (ウイルス)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Qian Y / Cong J / Li X / Chen Y

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural Basis for the Recognition of Blood Group Trisaccharides by Tulane virus
著者: Qian Y / Cong J / Li X / Chen Y

履歴

登録	2024年11月8日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2025年11月12日	-
マップ公開	2025年11月12日	-
更新	2025年11月12日	-
現状	2025年11月12日	処理サイト: PDBj / 状態: 公開

添付画像	emd_62320.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_62320.map.gz	49.3 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-62320-v30.xml emd-62320.xml	14.3 KB 14.3 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_62320.png	40.6 KB
Filedesc metadata	emd-62320.cif.gz	5.6 KB
その他	emd_62320_half_map_1.map.gz emd_62320_half_map_2.map.gz	39.6 MB 39.6 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-62320 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-62320	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_62320_validation.pdf.gz	836.1 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_62320_full_validation.pdf.gz	835.6 KB	表示
XML形式データ	emd_62320_validation.xml.gz	11.6 KB	表示
CIF形式データ	emd_62320_validation.cif.gz	13.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-62320 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-62320	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9kgiMC 62263C 9kd6C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (4)

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_62320.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	0.65 Å/pix. x 240 pix. = 156. Å	0.65 Å/pix. x 240 pix. = 156. Å	0.65 Å/pix. x 240 pix. = 156. Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 0.65 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.01
最小 - 最大	-0.10088322 - 0.117371425
平均 (標準偏差)	-0.00011966632 (±0.0043559014)

対称性

空間群: 1

詳細

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_62320_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_62320_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : VP1

全体	名称: VP1
要素	複合体: VP1 タンパク質・ペプチド: Capsid protein

-
超分子 #1: VP1

超分子	名称: VP1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)	生物種: Rhesus macaque recovirus (ウイルス)

-
分子 #1: Capsid protein

分子	名称: Capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)	生物種: Rhesus macaque recovirus (ウイルス)
分子量	理論値: 57.744688 KDa
組換発現	生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列	文字列: MESTTEVTGA TGVVTNVAAA PLPEATSSMS LAPTVNSIDP WIFLNPTEVP GGTFTVASNT QPGTMLLDIE ISPELNIFTA HMFRMYAGW SGGFAIKLLV AGNAFSAGKL IVAIIPPNVQ VPNSAYLLTG FPHEILDFRT ADQVEIIAPD IKNLDYHFRG D KLGRLVVM ...文字列: MESTTEVTGA TGVVTNVAAA PLPEATSSMS LAPTVNSIDP WIFLNPTEVP GGTFTVASNT QPGTMLLDIE ISPELNIFTA HMFRMYAGW SGGFAIKLLV AGNAFSAGKL IVAIIPPNVQ VPNSAYLLTG FPHEILDFRT ADQVEIIAPD IKNLDYHFRG D KLGRLVVM VYSPLRSTAT DFEIEIKLLS APLPDFKFTM LVPPVQNNAL PIWQIPPTPP GAMVNPRSPL TPVVDLYINS SW TTCNHQL GRYTIDGGAI GNSTFNPSGL WTGTFTAESG SVSGQTNWRI AMLDNPYNPT SDPTLPPVPR GFCDWGSGVK SGA RQHLVC FTGVETDNGE GYKDVDAHMW DYGDDATIGL DNTYQRQIYI SDPTALDSGK RYIIIPMGAS GSATDDTLQI SPNC YGSWD YAPTIAPPLG EQIVWFRSYL PASSTSASSG VNSVSAHISS LMSPDLIRSA YVSGFPEGKA ALLDYVLYGG SVVEQ FKMY REGYLTANAT GTNTGFIIPP DGYFRFNSWV SPTFVIGNVV DLSSSRSLTF H UniProtKB: Capsid protein

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液	pH: 7.5
凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	TFS KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデル	モデルのタイプ: OTHER
最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 95000
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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