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- EMDB-62134: Cryo-EM Structure of hAGO2D669A-siRNA-target (19-nt) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-62134
タイトルCryo-EM Structure of hAGO2D669A-siRNA-target (19-nt)
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of hAGO2D669A-siRNA-target (19-nt)
    • タンパク質・ペプチド: Protein argonaute-2
    • RNA: RNA (5'-R(P*UP*AP*CP*AP*AP*GP*AP*GP*CP*CP*UP*UP*UP*CP*UP*GP*UP*UP*G)-3')
    • RNA: RNA (5'-R(P*CP*AP*AP*CP*AP*GP*AP*AP*AP*GP*GP*CP*UP*CP*UP*UP*GP*UP*U)-3')
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードArgonaute protein / siRNA / RNA BINDING PROTEIN/RNA / RNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


: / endoribonuclease activity, cleaving miRNA-paired mRNA / endoribonuclease activity, cleaving siRNA-paired mRNA / siRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / miRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / Post-transcriptional silencing by small RNAs / Competing endogenous RNAs (ceRNAs) regulate PTEN translation / Regulation of CDH11 mRNA translation by microRNAs / Regulation of NPAS4 mRNA translation / Regulation of PTEN mRNA translation ...: / endoribonuclease activity, cleaving miRNA-paired mRNA / endoribonuclease activity, cleaving siRNA-paired mRNA / siRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / miRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / Post-transcriptional silencing by small RNAs / Competing endogenous RNAs (ceRNAs) regulate PTEN translation / Regulation of CDH11 mRNA translation by microRNAs / Regulation of NPAS4 mRNA translation / Regulation of PTEN mRNA translation / negative regulation of amyloid precursor protein biosynthetic process / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / positive regulation of trophoblast cell migration / Transcriptional Regulation by MECP2 / RISC-loading complex / miRNA metabolic process / mRNA cap binding / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / RISC complex assembly / miRNA processing / miRNA-mediated gene silencing by inhibition of translation / pre-miRNA processing / RNA 7-methylguanosine cap binding / siRNA processing / siRNA binding / regulation of synapse maturation / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / RISC complex / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / TGFBR3 expression / Regulation of RUNX1 Expression and Activity / P-body assembly / miRNA binding / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / MicroRNA (miRNA) biogenesis / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / RNA polymerase II complex binding / Regulation of MECP2 expression and activity / core promoter sequence-specific DNA binding / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / negative regulation of translational initiation / translation initiation factor activity / RNA endonuclease activity / positive regulation of translation / post-embryonic development / TP53 Regulates Metabolic Genes / Transcriptional regulation by small RNAs / P-body / MAPK6/MAPK4 signaling / Pre-NOTCH Transcription and Translation / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / positive regulation of angiogenesis / double-stranded RNA binding / Ca2+ pathway / Estrogen-dependent gene expression / single-stranded RNA binding / postsynapse / translation / dendrite / glutamatergic synapse / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein argonaute-2 / Protein argonaute, Mid domain / Mid domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / Protein argonaute, N-terminal / Argonaute-like, PIWI domain / N-terminal domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / DUF1785 / Argonaute, linker 1 domain ...Protein argonaute-2 / Protein argonaute, Mid domain / Mid domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / Protein argonaute, N-terminal / Argonaute-like, PIWI domain / N-terminal domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / DUF1785 / Argonaute, linker 1 domain / Argonaute linker 1 domain / Piwi domain profile. / Piwi domain / Piwi domain / Piwi / PAZ domain superfamily / PAZ / PAZ domain / PAZ domain profile. / PAZ domain / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein argonaute-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Li ZZ / Xu QK / Wu JP / Shen EZ
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Other private
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2025
タイトル: Mechanistic insights into RNA cleavage by human Argonaute2-siRNA complex.
著者: Zhenzhen Li / Qikui Xu / Yan Zhang / Jing Zhong / Tianxiang Zhang / Junchao Xue / Shuxian Liu / Haishan Gao / Z Z Zhao Zhang / Jianping Wu / En-Zhi Shen /
要旨: In animals, AGO-clade Argonaute proteins utilize small interfering RNAs (siRNAs) as guides to recognize target with complete complementarity, resulting in target RNA cleavage that is a critical step ...In animals, AGO-clade Argonaute proteins utilize small interfering RNAs (siRNAs) as guides to recognize target with complete complementarity, resulting in target RNA cleavage that is a critical step for target silencing. These proteins feature a constricted nucleic acid-binding channel that limits base pairing between the guide and target beyond the seed region. How the AGO-siRNA complexes overcome this structural limitation and achieve efficient target cleavage remains unclear. We performed cryo-electron microscopy of human AGO-siRNA complexes bound to target RNAs of increasing lengths to examine the conformational changes associated with target recognition and cleavage. Initially, conformational transition propagates from the opening of the PAZ domain and extends through a repositioning of the PIWI-L1-N domain toward the binding channel, facilitating the capture of siRNA-target duplex. Subsequent extension of base pairing drives the downward movement of the PIWI-L1-N domain to enable catalytic activation. Finally, further base pairing toward the 3' end of siRNA destabilizes the PAZ-N domain, resulting in a "uni-lobed" architecture, which might facilitate the multi-turnover action of the AGO-siRNA enzyme complex. In contrast to PIWI-clade Argonautes, the "uni-lobed" structure of the AGO complex makes multiple contacts with the target in the central region of the siRNA-target duplex, positioning it within the catalytic site. Our findings shed light on the stepwise mechanisms by which the AGO-siRNA complex executes target RNA cleavage and offer insights into the distinct operational modalities of AGO and PIWI proteins in achieving such cleavage.
履歴
登録2024年10月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年6月25日-
マップ公開2025年6月25日-
更新2025年6月25日-
現状2025年6月25日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_62134.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_62134.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 13.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.14 Å/pix.
x 154 pix.
= 175.56 Å		1.14 Å/pix.
x 154 pix.
= 175.56 Å		1.14 Å/pix.
x 154 pix.
= 175.56 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.14 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.248
最小 - 最大-1.1720711 - 1.8565143
平均 (標準偏差)-0.00013257875 (±0.041119643)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ154154154
Spacing154154154
セルA=B=C: 175.56 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_62134_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_62134_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of hAGO2D669A-siRNA-target (19-nt)

全体名称: Complex of hAGO2D669A-siRNA-target (19-nt)
要素
  • 複合体: Complex of hAGO2D669A-siRNA-target (19-nt)
    • タンパク質・ペプチド: Protein argonaute-2
    • RNA: RNA (5'-R(P*UP*AP*CP*AP*AP*GP*AP*GP*CP*CP*UP*UP*UP*CP*UP*GP*UP*UP*G)-3')
    • RNA: RNA (5'-R(P*CP*AP*AP*CP*AP*GP*AP*AP*AP*GP*GP*CP*UP*CP*UP*UP*GP*UP*U)-3')
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Complex of hAGO2D669A-siRNA-target (19-nt)

超分子名称: Complex of hAGO2D669A-siRNA-target (19-nt) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Protein argonaute-2

分子名称: Protein argonaute-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 97.306164 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MYSGAGPALA PPAPPPPIQG YAFKPPPRPD FGTSGRTIKL QANFFEMDIP KIDIYHYELD IKPEKCPRRV NREIVEHMVQ HFKTQIFGD RKPVFDGRKN LYTAMPLPIG RDKVELEVTL PGEGKDRIFK VSIKWVSCVS LQALHDALSG RLPSVPFETI Q ALDVVMRH ...文字列:
MYSGAGPALA PPAPPPPIQG YAFKPPPRPD FGTSGRTIKL QANFFEMDIP KIDIYHYELD IKPEKCPRRV NREIVEHMVQ HFKTQIFGD RKPVFDGRKN LYTAMPLPIG RDKVELEVTL PGEGKDRIFK VSIKWVSCVS LQALHDALSG RLPSVPFETI Q ALDVVMRH LPSMRYTPVG RSFFTASEGC SNPLGGGREV WFGFHQSVRP SLWKMMLNID VSATAFYKAQ PVIEFVCEVL DF KSIEEQQ KPLTDSQRVK FTKEIKGLKV EITHCGQMKR KYRVCNVTRR PASHQTFPLQ QESGQTVECT VAQYFKDRHK LVL RYPHLP CLQVGQEQKH TYLPLEVCNI VAGQRCIKKL TDNQTSTMIR ATARSAPDRQ EEISKLMRSA SFNTDPYVRE FGIM VKDEM TDVTGRVLQP PSILYGGRNK AIATPVQGVW DMRNKQFHTG IEIKVWAIAC FAPQRQCTEV HLKSFTEQLR KISRD AGMP IQGQPCFCKY AQGADSVEPM FRHLKNTYAG LQLVVVILPG KTPVYAEVKR VGDTVLGMAT QCVQMKNVQR TTPQTL SNL CLKINVKLGG VNNILLPQGR PPVFQQPVIF LGADVTHPPA GDGKKPSIAA VVGSMDAHPN RYCATVRVQQ HRQEIIQ DL AAMVRELLIQ FYKSTRFKPT RIIFYRAGVS EGQFQQVLHH ELLAIREACI KLEKDYQPGI TFIVVQKRHH TRLFCTDK N ERVGKSGNIP AGTTVDTKIT HPTEFDFYLC SHAGIQGTSR PSHYHVLWDD NRFSSDELQI LTYQLCHTYV RCTRSVSIP APAYYAHLVA FRARYHLVDK EHDSAEGSHT SGQSNGRDHQ ALAKAVQVHQ DTLRTMYFA

UniProtKB: Protein argonaute-2

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分子 #2: RNA (5'-R(P*UP*AP*CP*AP*AP*GP*AP*GP*CP*CP*UP*UP*UP*CP*UP*GP*UP*UP...

分子名称: RNA (5'-R(P*UP*AP*CP*AP*AP*GP*AP*GP*CP*CP*UP*UP*UP*CP*UP*GP*UP*UP*G)-3')
タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 6.016577 KDa
配列文字列:
UACAAGAGCC UUUCUGUUG

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分子 #3: RNA (5'-R(P*CP*AP*AP*CP*AP*GP*AP*AP*AP*GP*GP*CP*UP*CP*UP*UP*GP*UP...

分子名称: RNA (5'-R(P*CP*AP*AP*CP*AP*GP*AP*AP*AP*GP*GP*CP*UP*CP*UP*UP*GP*UP*U)-3')
タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 6.062657 KDa
配列文字列:
CAACAGAAAG GCUCUUGUU

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分子 #4: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 51296
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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