[日本語] English
万見
- EMDB-62049: Cryo-EM structure of glomalin (a group I chaperonin) from Rhizoph... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-62049
タイトルCryo-EM structure of glomalin (a group I chaperonin) from Rhizophagus irregularis BGC BJ09
マップデータmap
試料
  • 複合体: glomalin (a group I chaperonin) from Rhizophagus irregularis BGC BJ09
    • タンパク質・ペプチド: glomalin
キーワードglomalin / Rhizophagus irregularis / hsp60 / CHAPERONE
生物種Rhizophagus irregularis (菌類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Wang Y / Jia M / Tan W
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32061123007 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)41977023 中国
引用ジャーナル: Soil Biol.Biochem. / 年: 2025
タイトル: Soil aggregates stability is evidently enhanced by super-binding of the N-terminal disordered tail of glomalin to soil minerals
著者: Jia M / Wang Y / He J / Chou SH / Luo D / Fang L / Hou J / Fan Y / Zhang W / Chen H / Zhou D / Liu Y / Feng Y / Koopal L / Tan W
履歴
登録2024年10月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年8月13日-
マップ公開2025年8月13日-
更新2025年8月13日-
現状2025年8月13日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_62049.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_62049.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 400 pix.
= 440. Å		1.1 Å/pix.
x 400 pix.
= 440. Å		1.1 Å/pix.
x 400 pix.
= 440. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.4
最小 - 最大-0.2976207 - 1.143285
平均 (標準偏差)-0.0011717296 (±0.041100617)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 440.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_62049_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: map sharp

ファイルemd_62049_additional_1.map
注釈map_sharp
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: map half A

ファイルemd_62049_half_map_1.map
注釈map_half_A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: map half B

ファイルemd_62049_half_map_2.map
注釈map_half_B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : glomalin (a group I chaperonin) from Rhizophagus irregularis BGC BJ09

全体名称: glomalin (a group I chaperonin) from Rhizophagus irregularis BGC BJ09
要素
  • 複合体: glomalin (a group I chaperonin) from Rhizophagus irregularis BGC BJ09
    • タンパク質・ペプチド: glomalin

-
超分子 #1: glomalin (a group I chaperonin) from Rhizophagus irregularis BGC BJ09

超分子名称: glomalin (a group I chaperonin) from Rhizophagus irregularis BGC BJ09
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Rhizophagus irregularis (菌類)

-
分子 #1: glomalin

分子名称: glomalin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 14 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhizophagus irregularis (菌類)
分子量理論値: 63.925082 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MHHHHHHQRV SQFFNKAPHI TIPPSLSMVS RNSKRPFLSR FYATHKELKF GVEGRASLLK GVDILAKAVA VTLGPKGRNV LIEQPYGSP KITKDGVTVA KSISLKDKFE NLGARLVQDV ANKTNEVAGD GTTTATILTR AIFAEGVKNV AAGCNPMDLR R GVQMAVDS ...文字列:
MHHHHHHQRV SQFFNKAPHI TIPPSLSMVS RNSKRPFLSR FYATHKELKF GVEGRASLLK GVDILAKAVA VTLGPKGRNV LIEQPYGSP KITKDGVTVA KSISLKDKFE NLGARLVQDV ANKTNEVAGD GTTTATILTR AIFAEGVKNV AAGCNPMDLR R GVQMAVDS IVKFLREKSR VITTSEEIAQ VATISANGDT HVGKLIANAM EKVGKEGVIT VKEGKTIEDE LEITEGMRFD RG YISPYFI TDAKTQKVEF EKPLILLTEK KISILQDILP ALETSSTQRR PLLIIAEDID GEALAACILN KLRGNLQVAA VKA PGFGDN RKSILGDLAI LTGGTVFSDE LDIKLERATP DLFGSTGSVT ITKEDTILLN GEGSKDMINQ RCEQIRAAIN DSSV SDYER EKLQERLAKL SGGVAVIKVG GSSELEVGEK KDRFVDALNA TRAAVEEGTV PGGGVALLKS TKCLDKLTPG NFDQQ LGIN IIKSALQKPA KIIADNAGEE GAVIVGKILD NHTDDFNYGY DAAKSEYGDL VSRGIVDPLK VVRTALVDAS GVASLL TTT ECTITEAPEE NKTAGGMGRM GGMGGMGDMG MM

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
ソフトウェア名称: EPU
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D7 (2回x7回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.85 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3) / 使用した粒子像数: 411609
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る