[日本語] English
万見
- EMDB-62003: Cryo-EM structure of the YnpsCas9-guide RNA-target DNA complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-62003
タイトルCryo-EM structure of the YnpsCas9-guide RNA-target DNA complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of the YlCas9-guide RNA-target DNA complex
    • タンパク質・ペプチド: YnpsCas9
    • RNA: Guide RNA
    • DNA: Target DNA strand
    • DNA: Non-target DNA strand
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: water
キーワードRNA-guided DNA nuclease / RNA BINDING PROTEIN
生物種metagenome (メタゲノム) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.38 Å
データ登録者Nagahata N / Yamada S / Yamashita K / Nishimasu H
資金援助 日本, 3件
OrganizationGrant number国
Japan Science and TechnologyJPMJCR23B6 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP21H05281 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP22H00403 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of the YlCas9-guide RNA-target DNA complex
著者: Nagahata N
履歴
登録2024年10月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年2月4日-
マップ公開2026年2月4日-
更新2026年2月4日-
現状2026年2月4日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_62003.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_62003.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.96 Å/pix.
x 280 pix.
= 268.92 Å		0.96 Å/pix.
x 280 pix.
= 268.92 Å		0.96 Å/pix.
x 280 pix.
= 268.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.96043 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.06
最小 - 最大-0.10538769 - 0.33964002
平均 (標準偏差)-0.00039277188 (±0.008752807)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 268.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_62003_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_62003_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_62003_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Cryo-EM structure of the YlCas9-guide RNA-target DNA complex

全体名称: Cryo-EM structure of the YlCas9-guide RNA-target DNA complex
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of the YlCas9-guide RNA-target DNA complex
    • タンパク質・ペプチド: YnpsCas9
    • RNA: Guide RNA
    • DNA: Target DNA strand
    • DNA: Non-target DNA strand
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: water

-
超分子 #1: Cryo-EM structure of the YlCas9-guide RNA-target DNA complex

超分子名称: Cryo-EM structure of the YlCas9-guide RNA-target DNA complex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: metagenome (メタゲノム)

-
分子 #1: YnpsCas9

分子名称: YnpsCas9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: metagenome (メタゲノム)
分子量理論値: 88.414531 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGHHHHHHGS LQDSEVNQEA KPEVKPEVKP ETHINLKVSD GSSEIFFKIK KTTPLRRLME AFAKRQGKEM DSLRFLYDGI RIQADQAPE DLDMEDNDII EAHREQIGGG SNTETREQVL GIAFGPKHVG IALVARGASS EEVLFVAEVR LRDRKSLLAD R RALRRGRR ...文字列:
MGHHHHHHGS LQDSEVNQEA KPEVKPEVKP ETHINLKVSD GSSEIFFKIK KTTPLRRLME AFAKRQGKEM DSLRFLYDGI RIQADQAPE DLDMEDNDII EAHREQIGGG SNTETREQVL GIAFGPKHVG IALVARGASS EEVLFVAEVR LRDRKSLLAD R RALRRGRR GRKRYRQPKI PQRGGGATSQ SGEESERGRA AAPEYRRATG LNTGRRRCKF VDPQTGEICG WNTPRKANVR DL LLWNICR HLPVSVSEQA GFLAYVNQTN LHRAEILGAL PAEEQAPLEA VFSQQRRPKD ERLKDRLRRL GVDRHLRSQV TDI VGITSR RPLSGRLSFC REHFLRHHEQ SRVPRPSVWL PNTVEMKQAD VLKVCRQEVA PRWRVDCIVL ERANFDLQLL RQQT AIEWS VEDWQRGPRW GYRNTFEAKK QEQGNRCAYC GSKPTAKNRL RLELEAVIPG GGDTWENLVL SCRKCNEGKG NRSPA QAGM RFWTDTETGE TLSPAPLGAA HVSRYMTQTD QGWRRLQAAL QQVFPQAAVE HTWGYVTSFY RNRWNLPKKH FVDAAV IAS SHELERPVSV PEQPQRFAPT SGGKQLFDTN PLSKRPEGRF AQSKAIVCEQ GTLAFKDVAK VENPRKRATL QRVADEA TA AAKARGETPP TAFTAEMLPK IPFKSVRLAK QDASDTNTRR LGRHWFKVAS AVNIATIVYQ LDGKVCMQLQ RNPAVFRH D PGLPQGARVV ATFRKGDLVE CDAGRGRVTK NHSNCTLTVE LLDSGKEVTR LAKSFRPRHG

-
分子 #2: Guide RNA

分子名称: Guide RNA / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: metagenome (メタゲノム)
分子量理論値: 136.647094 KDa
配列文字列: GGGGAAAUUA GGUGCGCUUG GCAUUUCGCC CUCGCAUUGG UGGACAGCAC GGGUUCUGGG GCGAUCAGCG AGGGGAGCGA GGGCGCGCG AGGAAUGAGU UGGGGACGCA GUAGGUAUGU AUAGGUUUCC ACCAGUGUUG AAGGGCGAAA GCAGCCCAGC C AAGUCUCC ...文字列:
GGGGAAAUUA GGUGCGCUUG GCAUUUCGCC CUCGCAUUGG UGGACAGCAC GGGUUCUGGG GCGAUCAGCG AGGGGAGCGA GGGCGCGCG AGGAAUGAGU UGGGGACGCA GUAGGUAUGU AUAGGUUUCC ACCAGUGUUG AAGGGCGAAA GCAGCCCAGC C AAGUCUCC GCCCAUGGCG GAGCACGGGA AACCGGUGGG GAAACCCGGC CGGCCACCGU AAGGAGGCAC GUUUGGGGAA CA GGUAGGG GUAACCCUGA GUGCAACCUG GGGUGCACCU UCAGCUCCAG GCUCUGCAAG GCUCGGCCCA GAGGAUUAAC GCC CUAAUC CGCCUCUGGC GGAAGGGAGA GAAAGGCGGU CGUGAGGCCG CAAGGCAAGC CGAGCCAUAC UCCUGUACCC AAAC CUGAG CGGGAAGGAG AACAA

-
分子 #3: Target DNA strand

分子名称: Target DNA strand / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 12.973302 KDa
配列文字列:
(DA)(DC)(DC)(DC)(DG)(DT)(DT)(DC)(DC)(DC) (DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC) (DA)(DC)(DC)(DT)(DA)(DA)(DT)(DT)(DT) (DC)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DC) (DC) (DT)(DC)(DT)

-
分子 #4: Non-target DNA strand

分子名称: Non-target DNA strand / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 13.400581 KDa
配列文字列:
(DA)(DG)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC) (DG)(DG)(DG)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DT) (DC)(DC)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DA)(DA) (DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DA)(DC) (DG) (DG)(DG)(DT)

-
分子 #5: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 5 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

-
分子 #6: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

-
分子 #7: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 22 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 6
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.38 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 514345
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る