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- EMDB-61968: A cryo-EM structure of B. oleracea RNA polymerase V in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-61968
タイトルA cryo-EM structure of B. oleracea RNA polymerase V in complex with 7U sacffold at 3.42 Angstrom
マップデータ
試料
  • 複合体: DNA-directed RNA polymerase V in complex with 7U scaffold
    • 複合体: DNA-directed RNA polymerase V
      • タンパク質・ペプチド: x 7種
      • DNA: x 2種
    • 複合体: DNA-RNA
      • タンパク質・ペプチド: x 3種
  • リガンド: x 2種
キーワードDNA-dependent RNA polymerase V / TRANSCRIPTION / plant
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase IV complex / RNA polymerase V complex / nuclear DNA-directed RNA polymerase complex / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / RNA polymerase I complex / RNA polymerase III complex / transcription elongation by RNA polymerase I / RNA polymerase II, core complex / tRNA transcription by RNA polymerase III / transcription by RNA polymerase I ...RNA polymerase IV complex / RNA polymerase V complex / nuclear DNA-directed RNA polymerase complex / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / RNA polymerase I complex / RNA polymerase III complex / transcription elongation by RNA polymerase I / RNA polymerase II, core complex / tRNA transcription by RNA polymerase III / transcription by RNA polymerase I / transcription-coupled nucleotide-excision repair / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / DNA-directed RNA polymerase activity / transcription by RNA polymerase II / nucleic acid binding / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / nucleolus / DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Pol II subunit B9, C-terminal zinc ribbon / RNA polymerase RBP11 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / : / RNA polymerase, Rpb8 ...Pol II subunit B9, C-terminal zinc ribbon / RNA polymerase RBP11 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / : / RNA polymerase, Rpb8 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase Rpb8 / RNA polymerase subunit 8 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / Zinc finger, TFIIS-type / Transcription factor S-II (TFIIS) / Zinc finger TFIIS-type profile. / C2C2 Zinc finger / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5/Rpb5 / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / RNA polymerase Rpb5, C-terminal domain / Archaeal Rpo6/eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, 14-18kDa subunit, conserved site / RNA polymerases K / 14 to 18 Kd subunits signature. / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein / DNA-directed RNA polymerase subunit / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / DNA-directed RNA polymerase RpoA/D/Rpb3-type domain-containing protein / DNA-directed RNA polymerase RBP11-like dimerisation domain-containing protein / RNA polymerase subunit H/Rpb5 C-terminal domain-containing protein / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Brassica oleracea (キャベツ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.42 Å
データ登録者Xie G / Du X / Du J
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Other government
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2026
タイトル: A spontaneous termination mechanism of RNA polymerase V shapes the DNA methylation landscape in plants.
著者: Guohui Xie / Xuan Du / Yifang Tan / Yuxing Zhou / Cheng Chi / Sixian Zhou / Colette L Picard / Songge Chai / Lei Wu / Danling Zhu / Jun Zhao / Yan Xue / Sisi Li / Steven E Jacobsen / Zhe Wu / Jiamu Du /
要旨: DNA methylation plays critical roles in eukaryotic gene silencing, genome imprinting, viral defense, and suppression of transposable elements. In plants, RNA Polymerase V (Pol V)-generated non-coding ...DNA methylation plays critical roles in eukaryotic gene silencing, genome imprinting, viral defense, and suppression of transposable elements. In plants, RNA Polymerase V (Pol V)-generated non-coding RNA guides DNA methylation through the RNA-directed DNA methylation (RdDM) pathway; however, how these RNAs are selected is unknown. Here, we show that the 3'-ends of Pol V transcripts are enriched at A-rich template DNA (A-rich-DNA). Arabidopsis RdDM regions possess AT-rich boundaries genome-wide, suggesting that Pol V likely terminates at A-rich-DNA, which subsequently defines the DNA methylation landscape in plants. A-rich-DNA successfully stops Pol V transcription in vitro. Structural snapshots of Pol V transcribing A-rich-DNA show that accumulation of unstable rU:dA pairs in the RNA-DNA hybrid promotes transcription bubble collapse and spontaneous transcription termination. These findings identify an intrinsic Pol V termination signal that shapes genomic DNA methylation patterning in plants and reveals a common mechanism for spontaneous transcription termination.
履歴
登録2024年10月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年4月15日-
マップ公開2026年4月15日-
更新2026年4月15日-
現状2026年4月15日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_61968.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_61968.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 300 pix.
= 328.5 Å		1.1 Å/pix.
x 300 pix.
= 328.5 Å		1.1 Å/pix.
x 300 pix.
= 328.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.095 Å
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ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0114
最小 - 最大-0.0424661 - 0.10291006
平均 (標準偏差)0.00025485494 (±0.0025695374)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 328.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_61968_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_61968_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : DNA-directed RNA polymerase V in complex with 7U scaffold

全体名称: DNA-directed RNA polymerase V in complex with 7U scaffold
要素
  • 複合体: DNA-directed RNA polymerase V in complex with 7U scaffold
    • 複合体: DNA-directed RNA polymerase V
      • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase subunit H/Rpb5 C-terminal domain-containing protein
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase RpoA/D/Rpb3-type domain-containing protein
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II, IV and V subunit 8
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II, IV and V subunit 10
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase RBP11-like dimerisation domain-containing protein
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II, IV and V subunit 12
      • DNA: DNA (34-MER)
      • DNA: DNA (34-MER)
    • 複合体: DNA-RNA
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase V largest subunit
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase RpoA/D/Rpb3-type domain-containing protein
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: CALCIUM ION

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超分子 #1: DNA-directed RNA polymerase V in complex with 7U scaffold

超分子名称: DNA-directed RNA polymerase V in complex with 7U scaffold
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#12
由来(天然)生物種: Brassica oleracea (キャベツ) / 組織: inflorescence

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超分子 #2: DNA-directed RNA polymerase V

超分子名称: DNA-directed RNA polymerase V / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4-#12

+
超分子 #3: DNA-RNA

超分子名称: DNA-RNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#3

+
分子 #1: DNA-directed RNA polymerase V largest subunit

分子名称: DNA-directed RNA polymerase V largest subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Brassica oleracea (キャベツ)
分子量理論値: 222.876891 KDa
配列文字列: MEEASSSDIL EAEIVGISFA LATHRQIRLA SISDAGINHA SQLSNAFLGL PLEFGKCEAC GATEPDKCEG HFGYIHLPVP IYHPAHVSE LKQMLSLLCL KCLKIKKIKS TSSGLAERLL GVCCEEASNI TIKDKSSDGA SYLQLKLPSR TRLQEGFWNF L ERYGYRYG ...文字列:
MEEASSSDIL EAEIVGISFA LATHRQIRLA SISDAGINHA SQLSNAFLGL PLEFGKCEAC GATEPDKCEG HFGYIHLPVP IYHPAHVSE LKQMLSLLCL KCLKIKKIKS TSSGLAERLL GVCCEEASNI TIKDKSSDGA SYLQLKLPSR TRLQEGFWNF L ERYGYRYG SDHTRPLLAR EVKEILRRIP EETRKKLTAK GHIPQEGYIL EYLPVPPNCL SVPEVSDGSN SMSVDPSRIE LK DVLRKVV AINNSRSGET NFESHRAEAN EMFRVVDTYL QVRGTAKPTR NIDMRFGVSK ISDSSSSKAW TEKMRTLFIR KGS GFSSRS VITGDAFRNV NEVGIPMEIA HRITFEERVS VHNIGYLQEL VDNKMCLSYT QGSTTYSLRD GSKGHTVLKP GQIV HRRVM DGDVVFINRP PTTHKHSLQA LRVYVHEDNT VKINPLMCGP LSADFDGDCV HLFYPQSLTA KAEVLELFSV DKQLR SSHT GQLILQLGLD SLLSLRVMME QVFLDKASAQ QLAMYGSRSL PSPAVVKSSK SGPAWTFFQI LQLAFPERLS CRGDGF IVG GSDLLSFDFG VDALASIING IVTGIMVEKG PKEALAFFDS LQPLLMEHLD PQGFSLSLED LSMSREDMGV IHNLIVR EI SPMVSRLRLS YEDELQLENS IQKVKEVAAN FMLKSYSMRN LIDIKSNSAI NKLVQQIGFL GLQLSDKKKL YTKTLVED M AQFYKKKYVS TSSSGDFGIV KGCFFHGLDP YEEMAHSVAA REVIVRSSRG LAEPGTLFKN LMAVLRDIVI TNDGTVRNT CSNSIVQFKY ELSSDNENQG LFEAGDPVGV LAATAMSNPA YKAVLDSSPN SNSSWELMKE VLLCKVNFQN TTNDRRVILY LNECRCGKK YCQENSAYTV RNKLKKVSLK DTAVEFLVEY RKQQAISEIF GMDICLHGHI HLNKTLLEGW NISMQDILQR C EDAINSLV QKKKKKAEDF KKMNLSVSEC CSFRGPGSSK DSDMPCLMFS SYNATDPDLE RTLDVLCNTI YPVLLETVIK GD PRIASAN IIWNSPETTT WIRSLHASRR GEWVLDVTVE KSDVKQSGDA WRVVIDSCLS VLHLIDTKRS IPYSIKQVQE LLG LSCAFE QAVQRLSASV RKVSKGVLKE HIILVANNMT CSGDMLGFNY GGYKALTRSL NIKAPFTEAT LIAPRKCFEK AAEK CHKDS LSTVVGSCSW GKRVDVGTGS QFELLWNKKE TGLENDDETD VFSFLQMVRS TKTADAYVSS PGFDVTEEEM AEWAE SPER DSALGEPKFD DSAEFQNLLD EGKASESKWD NGSLWENGCS SGSEWGVSKN AGGEENTQSG WGKAANVENE DASSGW NSK KDAQEATNTD SWGAWGSKTK DDAENATPNW GTKPAQNDSV VIENGEPSSD VWGPKAVSDK PWGKKNSETE PAPAAWG KT NSESESAAAA WGSDDEKNTG TESDAAGWGS TYKKNPETEL NAAAWGSGAK MNKETEPAPA AWGSWGKKSS ETVSGGAD W GNRGKRVSET ESGAGGWASR NRSLENQSGG ATWGSRDKSK FETESGGAAW GSQAKNNSET EPGSGAAALG TWDKKKPET ETGGGGAAWG SQAKNNSETE SGSGAAAWGT WDKKKSETES GGGAWGSQAK KNSETESGAG ASTWGAWDKK KPETESGGGG AAWGSQAKN NSETESGSGA AAWGSQAKKN SESQLGTANW GSKDTNNSEN GSDSAAWGKK KNSEAEPTSV AWCSWGQPSP P ASDKDAQE DDGNPWVSLK ATSSGDKEGN ETSQWGVPNK RYPSAGSQSQ GGGGGADWKR NRPPRTPGSE SILGPMFTAT RQ RVDMFTS EEQELLSDVD PVMRRLRKIM HQSGYTDGEP ISDEDKTYVL EQILNYHPDK DAKLGPGLDF ITVDKHTTFT ESR CFFVVS TDGTKQDFSY RKCINNYLVE KHPNLAEEFI AKYFRKRDNE NRDKNSQEAT PPGEQESQTQ PIDNGSQDSQ PQPI GNEGG DTQPQSQIED IQPIGNGGED SQTEPQA

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分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Brassica oleracea (キャベツ)
分子量理論値: 132.377766 KDa
配列文字列: MTDIDIEEIE AAGEVDLRDL GEPFLQSFCK KAATSFFDEY GLVSHQLNSY NFFIEHGLQS VFESSGEMLV EPSFDPTKNK DHEWRYATV KFGEVSVDKP TLYSDDKELV FLPWHARLQN MTYSARMKVN VDVEVFVKKV VKRDKFKTGQ DEYVEKQILS K KTQDIPIG ...文字列:
MTDIDIEEIE AAGEVDLRDL GEPFLQSFCK KAATSFFDEY GLVSHQLNSY NFFIEHGLQS VFESSGEMLV EPSFDPTKNK DHEWRYATV KFGEVSVDKP TLYSDDKELV FLPWHARLQN MTYSARMKVN VDVEVFVKKV VKRDKFKTGQ DEYVEKQILS K KTQDIPIG RIPVMVKSVL CNTTEKGKNG ESYRKGECAF DQGGYFVIKG AEKVFIAQEQ ICTKRLWISN SPWTVSYRSE TK RNRFIVR LSENQKAEDF KRKEKVLTVY FLSTEIPVWV LFFALGVASD KEAVDLIAFD GGDASITNSV VASIQEADSV CED FRHGRN ALAYVEQQIK GTKFPPGESV DECLSLYLFP GLKSLTQKAR FLGYMVKCLF SAYAGKRKCE NRDNFRNKRI ELAG ELLER ELRVHLAHAR RTMTKAMQRH LTGDGDLKPI EHYLDASIIT NGLSRAFSTG AWCHPFRKME RVSGVVANLG RANPL QSLI DLRRTRQQVL YTGRVGDARY PHPSHWGRLC FLSTPDGENC GLVKNLSLLG LVSTQIMEPV VEELFDSGME ELMDDT STP LSGKHKVLLN GDWVGVCSDS DYFVADLKSR RRQSELPRQM EIKLDKDDKE VRIFTDAGRL LRPLLVVENL HKLKQSK PS KYTFEHLLDQ GILELIGIEE EEDCTTAWGT KQLLKQQKSY THCELDLSFL LGVSCAIVPF ANHDHGRRVL YQSQKHCQ Q AIGFCSTNPN IRCDTLSQQL FYPQRPLFKT MASECLQKDV LFNGQNAIVA VNVHLGFNQE DSIVMNKASL ERGMFRSEQ IRSYKADVDS KDSEKRKKMD EVVQFGKTHS KIGRVDSLDD DGFPFVGANM HSGDIVIGRC TESGTDHSVK LKHTERGIVQ KVVLSSNDD GKNYATVSLR QVRSPCLGDK FSSMHGQKGV LGYIEEQENF AFTNQGIVPD IVINPHAFPS RQTPGQLLEA A LSKGIACP MQKKKGKSDA YSKVTRHATP FSTPSVDDIT DQLHRAGFSR SGNERVYNGR TGEMMRSLIF MGPNFYQRLI HM SEDKVKF RNTGPVHPLT RQPVADRKRF GGIKFGEMER DCLIAHGASA NLHERLFTLS DSSQMHICRN CKSAANVIER VAS SGRRIR GPYCRLCESP DYVVMVNVPY GAKLLYQELF SMGICLNFET NLC

+
分子 #3: DNA-directed RNA polymerase RpoA/D/Rpb3-type domain-containing protein

分子名称: DNA-directed RNA polymerase RpoA/D/Rpb3-type domain-containing protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Brassica oleracea (キャベツ)
分子量理論値: 35.48407 KDa
配列文字列: MDTGATYQRF PKVKIRELKD DYAKFELRDT DVSMANALRR VMISEVPTVA IDLVEIEVNS SVLNDEFIAH RLGLIPLTSE RAMSMRFSR DCDACDGDGQ CEFCSVEFRL SAKCVTDQTL DVTSKDLYSA DPTVTPVDFG DSSGADSSEQ RGIIIVKLRR G QELKLRAI ...文字列:
MDTGATYQRF PKVKIRELKD DYAKFELRDT DVSMANALRR VMISEVPTVA IDLVEIEVNS SVLNDEFIAH RLGLIPLTSE RAMSMRFSR DCDACDGDGQ CEFCSVEFRL SAKCVTDQTL DVTSKDLYSA DPTVTPVDFG DSSGADSSEQ RGIIIVKLRR G QELKLRAI ARKGIGKDHA KWSPAATVTF MYEPDIIINE DMMDTLTDDE KIDLIESSPT KVFDFDAVTR QVVVVDPEAY TY DEEVIKK AEAMGKQGLI EIRPKDDSFI FTVESTGAVK ASQLVLNAID LLKQKLDAVR LSDDTVEADD QFGELGAHMR GG

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase RpoA/D/Rpb3-type domain-containing protein

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分子 #4: RNA polymerase subunit H/Rpb5 C-terminal domain-containing protein

分子名称: RNA polymerase subunit H/Rpb5 C-terminal domain-containing protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Brassica oleracea (キャベツ)
分子量理論値: 26.260105 KDa
配列文字列: MEGIGNDKSS CSSSSTVPSP CLSKYVDPSS EESHRYYLAR RNALEMLRDR GYEVSLEDIN LSLQDFRTVY GERPDVDRLR ISAHHRSDS SNKVKVVFFG TGKVKVNTIR SVAAEILSQE TITGLILVLQ NQVTDKALKA IELFTFKVEI FQITDLLVNL T KHVLSLRH ...文字列:
MEGIGNDKSS CSSSSTVPSP CLSKYVDPSS EESHRYYLAR RNALEMLRDR GYEVSLEDIN LSLQDFRTVY GERPDVDRLR ISAHHRSDS SNKVKVVFFG TGKVKVNTIR SVAAEILSQE TITGLILVLQ NQVTDKALKA IELFTFKVEI FQITDLLVNL T KHVLSLRH RVLTDGEKKA LLKQFNIEEK QLPRISKKDA VVRYYGLEKG QIVKVSYRGE LTESYVAYRC VW

UniProtKB: RNA polymerase subunit H/Rpb5 C-terminal domain-containing protein

+
分子 #5: DNA-directed RNA polymerase RpoA/D/Rpb3-type domain-containing protein

分子名称: DNA-directed RNA polymerase RpoA/D/Rpb3-type domain-containing protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Brassica oleracea (キャベツ)
分子量理論値: 16.686348 KDa
配列文字列:
MAEDDYNEVD DLGYEDEPAE PEIEEGIEED ADMKDNDDIN GEPLETEDKV ETEPVQRPRK TSKFMTKYER ARILGTRALQ ISMNAPVMV ELEGETDPLE IAMKELRQRK IPFTIRRYLP DGSFEEWGVD ELIVEDSWKR QVGGD

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #6: DNA-directed RNA polymerase II, IV and V subunit 8

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II, IV and V subunit 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Brassica oleracea (キャベツ)
分子量理論値: 16.607275 KDa
配列文字列:
MASSIIMFED IFVVDKLDPD GKKFDKVTRI EATSHNLDMF MHLDVNTEVY PMAVGDKFTL AMAPTLNLDG TPDTGYFTPG AKKTLADKY EYVMHGKLYK ITERDGQTPK AEMYVSFGGL LMLLRGDPAH ISHFELDQRL FLLMRKL

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #7: DNA-directed RNA polymerase subunit

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Brassica oleracea (キャベツ)
分子量理論値: 13.12378 KDa
配列文字列:
MSTMKFCREC NNILYPKEDR EQSILLYACR NCDHQEAADD NCVYRNEVHH SVSEQTQILS DVASDPTLPR TKAVRCAKCQ HGEAVFFQA TARGEEGMTL FFVCCNPNCG HRWRE

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit

+
分子 #8: DNA-directed RNA polymerase II, IV and V subunit 10

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II, IV and V subunit 10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Brassica oleracea (キャベツ)
分子量理論値: 8.167508 KDa
配列文字列:
MIIPVRCFTC GKVIGNKWDT YLDLLQADYT EGDALDAIGL VRYCCRRMLM THVDLIEKLL NYNTLEKSDA N

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #9: DNA-directed RNA polymerase RBP11-like dimerisation domain-contai...

分子名称: DNA-directed RNA polymerase RBP11-like dimerisation domain-containing protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Brassica oleracea (キャベツ)
分子量理論値: 13.538273 KDa
配列文字列:
MNAPDRYERF VVPEGTKKVS YERDTKIINA ASFTIEREDH TIGNIVRMQL HRDENVLFAG YQLPHPLKYK IIVRIHTTSQ SSPMQAYNQ AINDLDKELD FLKSQFEAEV AKFSNPY

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase RBP11-like dimerisation domain-containing protein

+
分子 #10: DNA-directed RNA polymerase II, IV and V subunit 12

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II, IV and V subunit 12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Brassica oleracea (キャベツ)
分子量理論値: 5.983796 KDa
配列文字列:
MDQQSEPVTY VCGDCGQENT LKSGDVIQCR ECGYRILYKK RTRRVVQYEA R

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #11: DNA (34-MER)

分子名称: DNA (34-MER) / タイプ: dna / ID: 11 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Brassica oleracea (キャベツ)
分子量理論値: 10.484846 KDa
配列文字列:
(DA)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DG)(DT) (DA)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DC)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC) (DG)(DA)(DG)(DT)(DA)

+
分子 #12: DNA (34-MER)

分子名称: DNA (34-MER) / タイプ: dna / ID: 12 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Brassica oleracea (キャベツ)
分子量理論値: 10.433726 KDa
配列文字列:
(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DA)(DG) (DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC) (DA)(DA)(DG)(DT)(DA)(DC)(DT)(DT)(DG) (DA)(DG)(DC)(DT)(DT)

+
分子 #13: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 7 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #14: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 1 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.8
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 280 K

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 2566 / 平均露光時間: 2.9975 sec. / 平均電子線量: 1.5625 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: OTHER
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 236332
CTF補正ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.2) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.42 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.2) / 使用した粒子像数: 62139
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.2)

-
原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-9k18:
A cryo-EM structure of B. oleracea RNA polymerase V in complex with 7U sacffold at 3.42 Angstrom

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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