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- EMDB-61940: Structure of PSI-LHCI-LHCII supercomplex from Bryopsis corticulans -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-61940
タイトルStructure of PSI-LHCI-LHCII supercomplex from Bryopsis corticulans
マップデータ
試料
  • 複合体: Bc-PSI-LHCI-LHCII
    • タンパク質・ペプチド: x 29種
  • リガンド: x 13種
キーワードphotosystem II / PHOTOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


plastid thylakoid membrane / photosynthesis, light harvesting / chloroplast thylakoid lumen / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / photosystem II / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane ...plastid thylakoid membrane / photosynthesis, light harvesting / chloroplast thylakoid lumen / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / photosystem II / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis / chloroplast / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / protein domain specific binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem I PsaH, reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction center subunit psaK, plant / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant / Photosystem I PsaG/PsaK domain, chloroplastic / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK ...Photosystem I PsaH, reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction center subunit psaK, plant / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant / Photosystem I PsaG/PsaK domain, chloroplastic / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaD / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / PsaD / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Photosystem I PsaA / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / : / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Photosystem I reaction center subunit XII / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I reaction center subunit IX / PsaK / Photosystem I reaction center subunit XI, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic ...Photosystem I reaction center subunit XII / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I reaction center subunit IX / PsaK / Photosystem I reaction center subunit XI, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / photosystem I / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic / PsaE / Photosystem I reaction center subunit III / PsaH / Photosystem I reaction center subunit VIII
類似検索 - 構成要素
生物種Bryopsis corticulans (ネザシハネモ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.73 Å
データ登録者Liu XY / Wang WD
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Chinese Academy of Sciences 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural insights into photosystem II supercomplex and PSI-LHCI-LHCII supercomplexes of a siphonous green algae Bryopsis corticulans
著者: Liu XY
履歴
登録2024年10月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年2月25日-
マップ公開2026年2月25日-
更新2026年2月25日-
現状2026年2月25日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_61940.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_61940.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 512 pix.
= 532.48 Å		1.04 Å/pix.
x 512 pix.
= 532.48 Å		1.04 Å/pix.
x 512 pix.
= 532.48 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.217
最小 - 最大-0.33660734 - 1.5569565
平均 (標準偏差)0.0002880042 (±0.027287759)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 532.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_61940_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_61940_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Bc-PSI-LHCI-LHCII

全体名称: Bc-PSI-LHCI-LHCII
要素
  • 複合体: Bc-PSI-LHCI-LHCII
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
    • タンパク質・ペプチド: photosystem I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: PsaE
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit III
    • タンパク質・ペプチド: PsaG
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit VIII
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IX
    • タンパク質・ペプチド: PSI subunit V
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I iron-sulfur center
    • タンパク質・ペプチド: PsaK
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit XII
    • タンパク質・ペプチド: PsaO
    • タンパク質・ペプチド: Lhcb-a
    • タンパク質・ペプチド: Lhcb-c
    • タンパク質・ペプチド: Lhcb-b
    • タンパク質・ペプチド: Lhcb-d
    • タンパク質・ペプチド: Lhcb-f
    • タンパク質・ペプチド: PsaH
    • タンパク質・ペプチド: Lhcb-i
    • タンパク質・ペプチド: Lhcb-e
  • リガンド: CHLOROPHYLL B
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: (6'R,11cis,11'cis,13cis,15cis)-4',5'-didehydro-5',6'-dihydro-beta,beta-carotene
  • リガンド: Siphonein
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: Siphonaxanthin
  • リガンド: PHYLLOQUINONE
  • リガンド: CHLOROPHYLL A ISOMER
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
  • リガンド: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL

+
超分子 #1: Bc-PSI-LHCI-LHCII

超分子名称: Bc-PSI-LHCI-LHCII / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#29
由来(天然)生物種: Bryopsis corticulans (ネザシハネモ)

+
分子 #1: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bryopsis corticulans (ネザシハネモ)
分子量理論値: 26.910092 KDa
配列文字列: MVFALSSFVG RPVVVGHAQP RAVRNVTRMA AERPMWYPGA TAPKHLDGSM LGDYGYDPLD LGANPDSLAW FREAELMNGR YAMLGVMGG AFVNAFGLPN WWEAGAKVDV PISLGVLIAL ELAIFAVFEY KRYEGFKKTG ECGVLSFMPF DPLNMRSEEN K LKELKNGR ...文字列:
MVFALSSFVG RPVVVGHAQP RAVRNVTRMA AERPMWYPGA TAPKHLDGSM LGDYGYDPLD LGANPDSLAW FREAELMNGR YAMLGVMGG AFVNAFGLPN WWEAGAKVDV PISLGVLIAL ELAIFAVFEY KRYEGFKKTG ECGVLSFMPF DPLNMRSEEN K LKELKNGR LAMVASVGFI SQYLVTGKGP VDNLKDHIVD PLHNNIYTSS VGNEVTVAIV FAAMWPMFAE AKKALGGKDD TF RAIPW

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

+
分子 #2: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bryopsis corticulans (ネザシハネモ)
分子量理論値: 24.458012 KDa
配列文字列: MASALMQKSC VSAVVARPSR VTNRSVRVQA RPGNWLPGSE APSYLPEDLP GNYGYDPLGI SENPANMERM IECEVMNGRW AMLAVPGML AQEALGFGNW HDAPSWVYEG GSPTWFGAGM PITDIKLLAV IELVLMGGAE AMRASEPDME KRVYPGGAFD P AGFSKGNL ...文字列:
MASALMQKSC VSAVVARPSR VTNRSVRVQA RPGNWLPGSE APSYLPEDLP GNYGYDPLGI SENPANMERM IECEVMNGRW AMLAVPGML AQEALGFGNW HDAPSWVYEG GSPTWFGAGM PITDIKLLAV IELVLMGGAE AMRASEPDME KRVYPGGAFD P AGFSKGNL AELKLKEIKN ARLAMFAFVG FVLQYYATGK GPVQCWTEHI ADPLGANFAT NGTSLPFF

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

+
分子 #3: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bryopsis corticulans (ネザシハネモ)
分子量理論値: 27.808264 KDa
配列文字列: MASILQQSTA FSCRSGAFTS STRSQNASRA QGARNVAVKA ADRPVWYPGN SPPEWLDGSL PGDYGYDPLG LASDPEMLKW WVQAELVHG RWAMLGTVGM IVPGVAARAG GDFPQWYDAG KVYIENSSIP FGALLMTQVL MMGWSEMMRY YEFVSPGSQG T GSFMGFTE ...文字列:
MASILQQSTA FSCRSGAFTS STRSQNASRA QGARNVAVKA ADRPVWYPGN SPPEWLDGSL PGDYGYDPLG LASDPEMLKW WVQAELVHG RWAMLGTVGM IVPGVAARAG GDFPQWYDAG KVYIENSSIP FGALLMTQVL MMGWSEMMRY YEFVSPGSQG T GSFMGFTE AFAGTGENGY PGGRFFDPFG LAKGDPAKLQ EYKVKEIKNG RLAMFSCLGY YAQYAATGKG PVDNWFDHIA DP FHNTCAT NGVSVPFLN

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

+
分子 #4: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bryopsis corticulans (ネザシハネモ)
分子量理論値: 30.409689 KDa
配列文字列: MAAALLSSPI VAGVQAPKAK FVSTPKVNPT VHGLGAALKV KAEDAKVAKV DRSKDTLFFA DENSLTYLDG TLPGDYGFDP FGLLEPGNG DVGFINPSWL RYSEVIHGRF AMLGAAGCIT PEILSSLGVI PESTGIVWYR NGVIPPAGSS DVYWVDPYTL F FVEVVAMQ ...文字列:
MAAALLSSPI VAGVQAPKAK FVSTPKVNPT VHGLGAALKV KAEDAKVAKV DRSKDTLFFA DENSLTYLDG TLPGDYGFDP FGLLEPGNG DVGFINPSWL RYSEVIHGRF AMLGAAGCIT PEILSSLGVI PESTGIVWYR NGVIPPAGSS DVYWVDPYTL F FVEVVAMQ FAELRRLQDY RNPGSMGKQY FLGLEGVLGG SGDPSYPGGA FFNMFNLGKT EESMKVMKTR EIKNGRLAMM AM FGFGAQA ILTGKGPYQN LLDHLSDPFN NNILTNWTSV YGQL

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

+
分子 #5: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bryopsis corticulans (ネザシハネモ)
分子量理論値: 29.30068 KDa
配列文字列: MGAILSAGRA HVAFSSKSVQ RTGFRAVSNG SRVTMSASRP LWLPGSTPPA HLDGSMTGDF GWDPLGLGAN PEAMTWFREA ELQNGRWAM MGVFGILVQE LVKPDVFWYD APTKIDLPFN IIGIVAFQAF AMHYVEIRRW QDLRKPGSVN KDPIFSNYSL P EHEPGYPG ...文字列:
MGAILSAGRA HVAFSSKSVQ RTGFRAVSNG SRVTMSASRP LWLPGSTPPA HLDGSMTGDF GWDPLGLGAN PEAMTWFREA ELQNGRWAM MGVFGILVQE LVKPDVFWYD APTKIDLPFN IIGIVAFQAF AMHYVEIRRW QDLRKPGSVN KDPIFSNYSL P EHEPGYPG GIFAPFVPGD IEELKLKELK NARLSMLAFV GFVMQAQITG KGPIACWTDH LADPFGTTIF SKAVITLGGA VK PTCQIPD HVAFQGIDIP TPCFFEGFWP

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

+
分子 #6: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bryopsis corticulans (ネザシハネモ)
分子量理論値: 28.621643 KDa
配列文字列: MAACGMATAA PFVGTQKNST LRTSSTTRPR PVNCSAADRK LWAPGVAAPS YLDGSLAGDY GWDPMGLSSD PKALAWYRQA ELVHSRWAM MGVVGILGQE ILNPDVFWYE AGLPKNLPEQ VSGLNLGGIL AFEFCMMHYV EVRRWQDYKN FGSVNEDPVF K GNSVPNEV ...文字列:
MAACGMATAA PFVGTQKNST LRTSSTTRPR PVNCSAADRK LWAPGVAAPS YLDGSLAGDY GWDPMGLSSD PKALAWYRQA ELVHSRWAM MGVVGILGQE ILNPDVFWYE AGLPKNLPEQ VSGLNLGGIL AFEFCMMHYV EVRRWQDYKN FGSVNEDPVF K GNSVPNEV MGYPGGIFDP FGFAKGKDIE DLKTKEIKNG RLAMVAWTGF ALQAQATGKG PIACWKDHLA DPFVSNITAN IG TCVIPDS VDVGGVNIPL YCLWPGQ

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

+
分子 #7: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bryopsis corticulans (ネザシハネモ)
分子量理論値: 26.575912 KDa
配列文字列: MATMMASSGV VARPAAFVGT QLPKVGVAAR PSLAVVRAAD RPIWLPGADV PEWLDGTIPG DFGYDPLKLG KDPETLKWYV QAELVHGRF AMMGLVGMLV PELLTNAGIG LPAKGTEWFN AGAAPMFAPT GVLFAMQFLL MGWAEIRRYQ DFKNPGSVNV D PIFGGKLP ...文字列:
MATMMASSGV VARPAAFVGT QLPKVGVAAR PSLAVVRAAD RPIWLPGADV PEWLDGTIPG DFGYDPLKLG KDPETLKWYV QAELVHGRF AMMGLVGMLV PELLTNAGIG LPAKGTEWFN AGAAPMFAPT GVLFAMQFLL MGWAEIRRYQ DFKNPGSVNV D PIFGGKLP DGNIPGYPGG IFDPFGFAKG DVDSLKLKEV KNGRLAMFAT LGFYCQAVVT GKGPIACWTS HLADPWANNV WS IELAKVI K

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

+
分子 #8: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bryopsis corticulans (ネザシハネモ)
分子量理論値: 24.152645 KDa
配列文字列: MASSMLLGLT KPVVVGGARV QARRNMNVAC NAASRPMWLV GASAPDYLDG SMAGDYGYDP LGLGSDADRL AWYREAEKVN GRWAMNAVA GIVFCELLGI QTNWWEVGQN PDLPVDLPFN ALVAIEAVIM GFFEVKRYQG WKDTGMSGLN DSFPWDPLGM T SERVELAE ...文字列:
MASSMLLGLT KPVVVGGARV QARRNMNVAC NAASRPMWLV GASAPDYLDG SMAGDYGYDP LGLGSDADRL AWYREAEKVN GRWAMNAVA GIVFCELLGI QTNWWEVGQN PDLPVDLPFN ALVAIEAVIM GFFEVKRYQG WKDTGMSGLN DSFPWDPLGM T SERVELAE IKNGRLAMFA WTGFIAQAVV VRKGPVACLN AHLADPFGQN ILTNVLNIPE NIAQ

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

+
分子 #9: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Bryopsis corticulans (ネザシハネモ)
分子量理論値: 83.412336 KDa
配列文字列: MTISPPEREI KKVKVIVDRN TTDTSFEKWA KPGHFSRTLA KGPTTTTWIW NLHADAHDFD SHTSDLEDIS RKVFSAHFGQ LGIILIWLS GMYFHGARFS NYEAWLSDPT HIKPSAQVVW PIVGQEILNG DVGGGFQGIQ ITSGFFQLWR ASGITSELEL Y STALGGLL ...文字列:
MTISPPEREI KKVKVIVDRN TTDTSFEKWA KPGHFSRTLA KGPTTTTWIW NLHADAHDFD SHTSDLEDIS RKVFSAHFGQ LGIILIWLS GMYFHGARFS NYEAWLSDPT HIKPSAQVVW PIVGQEILNG DVGGGFQGIQ ITSGFFQLWR ASGITSELEL Y STALGGLL LASAMFFAGW FHYHKAAPKL EWFQNVESMM NHHLAGLLGL GSLGWAGHQI HLSIPINKLL DAGVDPKEIP LP HEFLLNR ELMAGLYPSF SAGLKPFFTL NWSEYSDFLT FKGGLNPING GLWLTDIAHH HLAIAVLFII AGHMYRTNWG IGH SMKEIL ESHKGPFTGA GHQGLYEILT NSWHAQLAIN LALFGSLSII VAHHMYAMPP YPYLATDYGT QLSLFTHHTW IGGF CIVGA GAHAAIFMVR DYDPTNNYNN LLDRVIRHRD AIISHLNWVC IFLGFHSFGL YIHNDTMSAL GRPQDMFSDT TIQLQ PIFA QWIQSIHYAA PQLTAPTASA ATSLTWGGDI VSVGGKVAMM PISLGTSDFM VHHIHAFTIH VTALILLKGV LYSRSS RLI PDKANLGFRF PCDGPGRGGT CQVSAWDHVF LGLFWMYNSL SIVIFHFSWK MQSDVWGTVS ESGVSHITGG NFANSAN AI NGWLRDFLWA QSSQVIQSYG SALSAYGLVF LGAHFVWAFS LMFLFSGRGY WQELIESILW AHNKLKVAPA IQPRALSI T QGRAVGVAHY IFGGIVTTWS FFLARIIAVG

UniProtKB: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

+
分子 #10: photosystem I

分子名称: photosystem I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Bryopsis corticulans (ネザシハネモ)
分子量理論値: 82.164461 KDa
配列文字列: MATKFPKFSQ GLAQDPTTRR IWFGVATAHD FESHDSITEE TLYQKIFASH FGQLSIIFLW TSGNLFHVAW QGNFEAWVQD PLHIRPIAH AIWDPHFGQS AVEAFTRGGA SGPVNIATSG VYQWWYTIGM RTNQDLYQGS VFLSIAAGLF LIAGWLHLQP K FQPTLSWF ...文字列:
MATKFPKFSQ GLAQDPTTRR IWFGVATAHD FESHDSITEE TLYQKIFASH FGQLSIIFLW TSGNLFHVAW QGNFEAWVQD PLHIRPIAH AIWDPHFGQS AVEAFTRGGA SGPVNIATSG VYQWWYTIGM RTNQDLYQGS VFLSIAAGLF LIAGWLHLQP K FQPTLSWF KNAESRLNHH LAGLFGVSSL AWTGHLVHVA IPESRGIHVR WDNFLTILPH PLGLKPFFTG NWSAYAQNPD TI NHIFSTN TGSGDAILTF LGGFHPQTQS LWLTDMAHHH LAIAVLFIIA GHMYRTNFGI GHSMKEILDM HTPPSGNLGA GHQ NLFDTI NNSLHFQLGL ALASAGTICS MVAQHMYSLP AYAFIASDFT TQASLYTHHQ YIAGFMLCGA FAHGAIFFIR DYDP VANKG NVLARILDHK EAIISHLSWV SLFLGFHTLG LYVHNDVMLA FGTPEKQILI EPVFAQWIQA AQGKSLYGFD FLLAS STSP AFNASQTVWL PGWLDAINNP TNSLFLTIGP GDFLVHHAIA LGLHTTTLIL VKGALDARGS KLMPDKKDFG YSFPCD GPG RGGTCDISAW DAFYLSVFWM LNTIGWVTFY WHWKHLGIWQ GNVNQFNESS TYLMGWLRDY LWLNSSQLIN GYNPFGM NS LSVWAWMFLF GHLVYATGFM FLISWRGYWQ ELIETLAWAH ERTPLANLVR WKDKPVALSI VQARLVGLAH FSVGYIFT Y AAFLIASTSG KFG

UniProtKB: photosystem I

+
分子 #11: Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic

分子名称: Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bryopsis corticulans (ネザシハネモ)
分子量理論値: 21.733045 KDa
配列文字列: MASSMTSSRT TVLTSRPAFA GQRVCAKVVR TRVTPAKFAV RAADAEAPAE EAPKVWTPPQ LDPNTPSPIF GGSTGGLLRK AQVEEFYVI TWEAKKEQIF EMPTGGAAIM RKGPNLLKLA RKEQCLALTT QLRTKFKTDA CFYRVFPSGE VQYLHPKDGV Y PEKVNAGR ...文字列:
MASSMTSSRT TVLTSRPAFA GQRVCAKVVR TRVTPAKFAV RAADAEAPAE EAPKVWTPPQ LDPNTPSPIF GGSTGGLLRK AQVEEFYVI TWEAKKEQIF EMPTGGAAIM RKGPNLLKLA RKEQCLALTT QLRTKFKTDA CFYRVFPSGE VQYLHPKDGV Y PEKVNAGR EGANQNMRSI GENVNPIKVK FTGKIGPFDV

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic

+
分子 #12: PsaE

分子名称: PsaE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bryopsis corticulans (ネザシハネモ)
分子量理論値: 10.096458 KDa
配列文字列:
MQFSAVRIAT SVRATPVRAA KAEPETPPPV GPKRGSRVKI LRPESYWYNR AGKVVSCDQT GIKYPVTVRF EDVNYAGVST NNFGLQEVE EL

UniProtKB: PsaE

+
分子 #13: Photosystem I reaction center subunit III

分子名称: Photosystem I reaction center subunit III / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bryopsis corticulans (ネザシハネモ)
分子量理論値: 25.129158 KDa
配列文字列: MATVFCASPL QLSSKCGLKP LKAKAPAPKA VRAVRAVSCS AENTTKNVAT TVAAAALAAV VSFGAVGEAK ADIAGLTPCS ESKAFKRRE NKEVKSLQKR MAKYEEGSAP ALALQATAER TQKRFEFYGK SGLLCGNDGL PHLIADPGLA FRYGHAGDIM I PTVLFIYM ...文字列:
MATVFCASPL QLSSKCGLKP LKAKAPAPKA VRAVRAVSCS AENTTKNVAT TVAAAALAAV VSFGAVGEAK ADIAGLTPCS ESKAFKRRE NKEVKSLQKR MAKYEEGSAP ALALQATAER TQKRFEFYGK SGLLCGNDGL PHLIADPGLA FRYGHAGDIM I PTVLFIYM AGYTGYAGRE YLLATRGEKK PTQKEIIIDV PLALKCVAGS AGWPLRAFND LRSGSLLEKE ENITVSPR

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit III

+
分子 #14: PsaG

分子名称: PsaG / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bryopsis corticulans (ネザシハネモ)
分子量理論値: 18.2266 KDa
配列文字列:
MAAATASLSS TLLAPCSSKQ PQPQQQHQHQ QLKCKSFSGL RPLKLNISSN NSSSSLSMSS ARRSMTCRAE LSPSLVISLS TGLSLFLGR FVFFNFQREN VAKQVPEQNG LTHFEAGDTR AKEYVSLLKS NDPVGFNIVD VLAWGSIGHI VAYYILATTS N GYDPSFF

+
分子 #15: Photosystem I reaction center subunit VIII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit VIII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bryopsis corticulans (ネザシハネモ)
分子量理論値: 3.859615 KDa
配列文字列:
MNAAYLPSIF VPLVGLVFPA IAMASAFLYI EKSAIE

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit VIII

+
分子 #16: Photosystem I reaction center subunit IX

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bryopsis corticulans (ネザシハネモ)
分子量理論値: 4.744679 KDa
配列文字列:
MQNLKIYLST APVIAFIWLS LLSSLIIEVN RFFPDPLIFA F

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit IX

+
分子 #17: PSI subunit V

分子名称: PSI subunit V / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bryopsis corticulans (ネザシハネモ)
分子量理論値: 21.338602 KDa
配列文字列: MASVAGQCVA KPLVGSVFGK LNGMTPRAPM RSRSITVVVR AADEQKQVIQ PINGDPFIGM LETPVTSAPI VAGFLSNLPA YRTGVSPLL RGVEIGLTHG FLVAGPFIKL GPLRDAAGGA AETAGCLSGA LLVIILTACL TIYGQATFED DEPQIGVKTL S GRDIARDP ...文字列:
MASVAGQCVA KPLVGSVFGK LNGMTPRAPM RSRSITVVVR AADEQKQVIQ PINGDPFIGM LETPVTSAPI VAGFLSNLPA YRTGVSPLL RGVEIGLTHG FLVAGPFIKL GPLRDAAGGA AETAGCLSGA LLVIILTACL TIYGQATFED DEPQIGVKTL S GRDIARDP LQSAEGWNEF TSGWLVGGLS GVAWAYLCTQ FLPFYS

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit XI, chloroplastic

+
分子 #18: Photosystem I iron-sulfur center

分子名称: Photosystem I iron-sulfur center / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Bryopsis corticulans (ネザシハネモ)
分子量理論値: 8.880307 KDa
配列文字列:
MSHNVKIYDT CIGCTQCVRA CPTDVLEMVP WDGCKAKQIA SAPRTEDCVG CKRCETACPT DFLSVRVYLG AETTRSMGLA Y

UniProtKB: Photosystem I iron-sulfur center

+
分子 #19: PsaK

分子名称: PsaK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bryopsis corticulans (ネザシハネモ)
分子量理論値: 12.487672 KDa
配列文字列:
MTASKMSSFT GLKANTRIPS SRVVQAPVVR SRRSVKVSAD FIGSTPNLIM VASTGLCLAA GRFGLAPTVN KFATSGLNLV DKPLGLKTG DPAGFTAVDV LALGSFGHMI GIGIVLGLKA TGGL

UniProtKB: PsaK

+
分子 #20: Photosystem I reaction center subunit XII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit XII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20
詳細: Sequence reference for source organism Bryopsis corticulans is not available in UniProt at the time of biocuration. Current sequence reference is from UniProt id A0A1L2EDU0.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bryopsis corticulans (ネザシハネモ)
分子量理論値: 3.505114 KDa
配列文字列:
MSISESQIFI AIFLALINGF LALRLGSTLY NS

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit XII

+
分子 #21: PsaO

分子名称: PsaO / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bryopsis corticulans (ネザシハネモ)
分子量理論値: 15.052442 KDa
配列文字列:
MATSMKTIRG IPSLSGRVQV SRSGLAGSRL RSGAVRRVTA MSGKGFDKNW LMASPMVNIL GFFGWVVPSS TPVPAFDGNS LTGLFFAQI PLEWAHWPTG PALDSPFWLY MVTWHLGLFT CLTLGQIGWN GRKQGYFQ

+
分子 #22: Lhcb-a

分子名称: Lhcb-a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bryopsis corticulans (ネザシハネモ)
分子量理論値: 27.003594 KDa
配列文字列: MAFSVSANTF AGTLTKGVTK SRQVSVRGAV EWYGPDRAKW LGPYSEGATP GYLTGEFPGD YGWDSAGLAS DPQTFAAYRE AELMHARWA MMGVAGCLTP ELLEKFAGLE FGESVWFKAG GQIFSDGGLD YLGNSGLIHA QSILAIVWIQ AVLMGLAEAY R VNGGPLGE ...文字列:
MAFSVSANTF AGTLTKGVTK SRQVSVRGAV EWYGPDRAKW LGPYSEGATP GYLTGEFPGD YGWDSAGLAS DPQTFAAYRE AELMHARWA MMGVAGCLTP ELLEKFAGLE FGESVWFKAG GQIFSDGGLD YLGNSGLIHA QSILAIVWIQ AVLMGLAEAY R VNGGPLGE DPMYPGGAFD PLGMANDPDT FAELKVKEIK NGRLAMFAMF GFFTQAMQTG KGPVDCWLTH LADPVNNNGF VY ATKFFGV KYF

+
分子 #23: Lhcb-c

分子名称: Lhcb-c / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bryopsis corticulans (ネザシハネモ)
分子量理論値: 27.448963 KDa
配列文字列: MASTMMAKSL VGVTVHTPAV RGKASRHVTK AATEWYGPNR ALWLGPYSGG DVPDYLTGEF PGDYGWDTAG LSADPEMFKQ NRELEVIHS RWAMLGTVGC LTPELLAKYG NVDLPSPVWF SAGSQIFSDG GIDYLGNPNF VHAQSILAIC GIQAVLMSLC E GYRCSGGP ...文字列:
MASTMMAKSL VGVTVHTPAV RGKASRHVTK AATEWYGPNR ALWLGPYSGG DVPDYLTGEF PGDYGWDTAG LSADPEMFKQ NRELEVIHS RWAMLGTVGC LTPELLAKYG NVDLPSPVWF SAGSQIFSDG GIDYLGNPNF VHAQSILAIC GIQAVLMSLC E GYRCSGGP LGEPTDSLYP GESFDPFNFA ADPETFSELK VKEIKNGRLA MFSMFGYFVQ AIVTGKGPVE NWAAHIADPA NN NIFTDGV ITRFAPN

+
分子 #24: Lhcb-b

分子名称: Lhcb-b / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bryopsis corticulans (ネザシハネモ)
分子量理論値: 27.263975 KDa
配列文字列: MATSTMSTAL VGTSVKGAIQ SRQKTITHAK KKGVEWYGPN RPLWLGPYSA NTVPEYLNGE FPGDYGWDTM RLAADPQTFE RYREAEVMH ARWAMVGVTG CFVPEALNRF AGVDLGETTW FKAGSQIFDS EGLDYLGLLH VKPAGMTGIF VVQVILMGLA E AYRSGGGP ...文字列:
MATSTMSTAL VGTSVKGAIQ SRQKTITHAK KKGVEWYGPN RPLWLGPYSA NTVPEYLNGE FPGDYGWDTM RLAADPQTFE RYREAEVMH ARWAMVGVTG CFVPEALNRF AGVDLGETTW FKAGSQIFDS EGLDYLGLLH VKPAGMTGIF VVQVILMGLA E AYRSGGGP LGEGKVYPGE AFDPMGMADD PDTLAELKVK EIKNGRLAMF AMFGNFVQAM QTGKGPVDNW VSHLADPYAA NG FAYATKF TPGN

+
分子 #25: Lhcb-d

分子名称: Lhcb-d / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bryopsis corticulans (ネザシハネモ)
分子量理論値: 29.898654 KDa
配列文字列: MASAAMAQNA IGFQVSTRVS LEAELNSVGA SMGLSCTNMV VDASARTQAT KQVTRAAVEF YGPDRALWLG PYSEGAVPSY LTGEFPGDY GWDSAGLSAD PETFAANREL ELIHARWAML GTVGCLTPEA LEKYGGVEFG EAVWFKAGSQ IFAEGGLDYL G NPSLVHAQ ...文字列:
MASAAMAQNA IGFQVSTRVS LEAELNSVGA SMGLSCTNMV VDASARTQAT KQVTRAAVEF YGPDRALWLG PYSEGAVPSY LTGEFPGDY GWDSAGLSAD PETFAANREL ELIHARWAML GTVGCLTPEA LEKYGGVEFG EAVWFKAGSQ IFAEGGLDYL G NPSLVHAQ SILAICWTQV VLMGLAEGYR CSGGPLGEAT DPLYPGEAFD PMGMADDPET FAELKTKEIK NGRLAMFAMF GF FVQSLQT GKGPVECWAE HIADPVANNG FVYATKFFGA QIF

+
分子 #26: Lhcb-f

分子名称: Lhcb-f / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bryopsis corticulans (ネザシハネモ)
分子量理論値: 27.946268 KDa
配列文字列: MASFLGSTTG LASQTKPAAS PARNVVVMRR (TPO)MAGSKGDES PWYGPNRGLW LGPFTKVPSY LTGEFAGDYG WDTMGL SSD PETFARYREA EIQHARWAML GVVGCLTPEA LDKFAGVSFG ESVWFKAPTQ IFTDDGINYL GNEGLIHAQS ILAIVFS QA ...文字列:
MASFLGSTTG LASQTKPAAS PARNVVVMRR (TPO)MAGSKGDES PWYGPNRGLW LGPFTKVPSY LTGEFAGDYG WDTMGL SSD PETFARYREA EIQHARWAML GVVGCLTPEA LDKFAGVSFG ESVWFKAPTQ IFTDDGINYL GNEGLIHAQS ILAIVFS QA LLMGLIEGYR VSGGPAGEGL DLNYPGGDYF DPLGLADDPD TFAELKVKEI KNGRLAMFAM TGFFTQAAIT GNGPVQNW L DHLADPANVT GFTYATKFEV GQ

+
分子 #27: PsaH

分子名称: PsaH / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bryopsis corticulans (ネザシハネモ)
分子量理論値: 14.40036 KDa
配列文字列:
MSVSAAKVST FVRGTPVRMS APKAKIQRAP ICTAPRAKYG ESDRYFDLDD LENTLGSWDM YGQEDQKRYP GLQNEFFERA GESLTRREA IRSVLFLGGG GALLAWGAKG ASDVTLPITV GPQKGGEKGP KGKI

UniProtKB: PsaH

+
分子 #28: Lhcb-i

分子名称: Lhcb-i / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bryopsis corticulans (ネザシハネモ)
分子量理論値: 30.726541 KDa
配列文字列: MASVMFEKAI VGTPVQRESV GVQNGSRTTM RVTKTSKGKV TGARK(TPO)IRER AGWWQKKDTT SSPWYGPDRN LWMGPL TPT PPSYLTGEFP GDYGWDTMSL SADPETFSRY REAEIQHARW AMLGVVGCLT PEALEKYGGA NFGEAVWFKA GTQIFAE GG ...文字列:
MASVMFEKAI VGTPVQRESV GVQNGSRTTM RVTKTSKGKV TGARK(TPO)IRER AGWWQKKDTT SSPWYGPDRN LWMGPL TPT PPSYLTGEFP GDYGWDTMSL SADPETFSRY REAEIQHARW AMLGVVGCLT PEALEKYGGA NFGEAVWFKA GTQIFAE GG LDYLGSPNLI HAQSILNILA VQVVLMGLAE SYRAGGGPLG KDLDRDYPGG PYFDPLGFAD DPDTFAELKV KEIKNGRL A MFAMTGFFVQ AVQTGEGPVS NWANHIADPA VANGFAYATK FAPGQ

+
分子 #29: Lhcb-e

分子名称: Lhcb-e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bryopsis corticulans (ネザシハネモ)
分子量理論値: 27.045701 KDa
配列文字列: MMSSMIAPSV ALAPKVIATK QVTRASIEFY GPDRALWLGP YSEGAVPSYL TGEFPGDYGW DTAGLSADPE TFAANRELEL IHARWAMLG VVGCLTPELL SKYSGVEFGE AVWFKAGSQI FAEGGLDYLG NPQLVHAQSI LAICWTQVVL MGLAEGYRCS G GPLGEVTD ...文字列:
MMSSMIAPSV ALAPKVIATK QVTRASIEFY GPDRALWLGP YSEGAVPSYL TGEFPGDYGW DTAGLSADPE TFAANRELEL IHARWAMLG VVGCLTPELL SKYSGVEFGE AVWFKAGSQI FAEGGLDYLG NPQLVHAQSI LAICWTQVVL MGLAEGYRCS G GPLGEVTD PLYPGEAFDP MGMADDPETF AELKTKEIKN GRLAMFAMFG FFVQALQTGK GPVECWAEHI ADPVANNGFV YA TKFFGTS FYD

+
分子 #30: CHLOROPHYLL B

分子名称: CHLOROPHYLL B / タイプ: ligand / ID: 30 / コピー数: 130 / 式: CHL
分子量理論値: 907.472 Da
Chemical component information

ChemComp-CHL:
CHLOROPHYLL B

+
分子 #31: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 31 / コピー数: 247 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #32: (6'R,11cis,11'cis,13cis,15cis)-4',5'-didehydro-5',6'-dihydro-beta...

分子名称: (6'R,11cis,11'cis,13cis,15cis)-4',5'-didehydro-5',6'-dihydro-beta,beta-carotene
タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 38 / 式: 8CT
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-8CT:
(6'R,11cis,11'cis,13cis,15cis)-4',5'-didehydro-5',6'-dihydro-beta,beta-carotene

+
分子 #33: Siphonein

分子名称: Siphonein / タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 28 / 式: 0UR
分子量理論値: 781.157 Da
Chemical component information

ChemComp-0UR:
Siphonein

+
分子 #34: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 34 / コピー数: 32 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / リン脂質*YM

+
分子 #35: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

分子名称: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
タイプ: ligand / ID: 35 / コピー数: 1 / 式: SQD
分子量理論値: 795.116 Da
Chemical component information

ChemComp-SQD:
1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

+
分子 #36: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 36 / コピー数: 10 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #37: Siphonaxanthin

分子名称: Siphonaxanthin / タイプ: ligand / ID: 37 / コピー数: 20 / 式: 0IE
分子量理論値: 600.87 Da
Chemical component information

ChemComp-0IE:
Siphonaxanthin

+
分子 #38: PHYLLOQUINONE

分子名称: PHYLLOQUINONE / タイプ: ligand / ID: 38 / コピー数: 2 / 式: PQN
分子量理論値: 450.696 Da
Chemical component information

ChemComp-PQN:
PHYLLOQUINONE

+
分子 #39: CHLOROPHYLL A ISOMER

分子名称: CHLOROPHYLL A ISOMER / タイプ: ligand / ID: 39 / コピー数: 1 / 式: CL0
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CL0:
CHLOROPHYLL A ISOMER

+
分子 #40: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 40 / コピー数: 3 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER

+
分子 #41: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 41 / コピー数: 1 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

+
分子 #42: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY...

分子名称: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5- ...名称: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL
タイプ: ligand / ID: 42 / コピー数: 9 / 式: NEX
分子量理論値: 600.87 Da
Chemical component information

ChemComp-NEX:
(1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI SPHERA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm

+
画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.73 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 213217
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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