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- EMDB-61821: Tribolium castaneum ABCH-9C in complex with NBD-ceramide(d36:1) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-61821
タイトルTribolium castaneum ABCH-9C in complex with NBD-ceramide(d36:1)
マップデータ
試料
  • 複合体: ABCH-9C in complex with NBD-ceramide(d36:1)
    • タンパク質・ペプチド: ABC transporter G family member 23-like Protein
  • リガンド: ~{N}-[(~{E},2~{S},3~{R})-18-[(4-nitro-2,1,3-benzoxadiazol-7-yl)amino]-1,3-bis(oxidanyl)octadec-4-en-2-yl]octadecanamide
  • リガンド: [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-[(5~{Z},8~{Z},11~{E},14~{E},17~{Z})-icosa-5,8,11,14,17-pentaenoxy]propan-2-yl] octadecanoate
キーワードATP-binding cassette (ABC) transporter / ABCH / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


ABC-type transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ABC-2 transporter / : / ABC transporter integral membrane type-2 domain profile. / ABC-2 family transporter protein / ABC-2 type transporter / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. ...ABC-2 transporter / : / ABC transporter integral membrane type-2 domain profile. / ABC-2 family transporter protein / ABC-2 type transporter / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ABC transporter G family member 23-like Protein
類似検索 - 構成要素
生物種Tribolium castaneum (コクヌストモドキ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.02 Å
データ登録者Chen J / Duan Y / Zhou Y / Yang Q
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32161133010 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis of ceramide transportation and its regulation by ABCH transporter
著者: Chen J / Duan Y / Zhou Y / Yang Q
履歴
登録2024年10月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月22日-
マップ公開2025年10月22日-
更新2025年10月22日-
現状2025年10月22日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_61821.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_61821.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 300 pix.
= 322.2 Å		1.07 Å/pix.
x 300 pix.
= 322.2 Å		1.07 Å/pix.
x 300 pix.
= 322.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.074 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.33
最小 - 最大-1.5389044 - 2.2561672
平均 (標準偏差)-0.00055454334 (±0.045055386)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 322.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_61821_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_61821_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : ABCH-9C in complex with NBD-ceramide(d36:1)

全体名称: ABCH-9C in complex with NBD-ceramide(d36:1)
要素
  • 複合体: ABCH-9C in complex with NBD-ceramide(d36:1)
    • タンパク質・ペプチド: ABC transporter G family member 23-like Protein
  • リガンド: ~{N}-[(~{E},2~{S},3~{R})-18-[(4-nitro-2,1,3-benzoxadiazol-7-yl)amino]-1,3-bis(oxidanyl)octadec-4-en-2-yl]octadecanamide
  • リガンド: [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-[(5~{Z},8~{Z},11~{E},14~{E},17~{Z})-icosa-5,8,11,14,17-pentaenoxy]propan-2-yl] octadecanoate

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超分子 #1: ABCH-9C in complex with NBD-ceramide(d36:1)

超分子名称: ABCH-9C in complex with NBD-ceramide(d36:1) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Tribolium castaneum (コクヌストモドキ)

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分子 #1: ABC transporter G family member 23-like Protein

分子名称: ABC transporter G family member 23-like Protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: reference: XP_974932.1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tribolium castaneum (コクヌストモドキ)
分子量理論値: 87.774414 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGEDDKLKRM FSWSSNALSE GSAMGERVEP VVPGPDLVGV NVERPPAPLV HQQSTVWSKR QHAVCVRHAF KQYGSKKNPN HVLSDLNMT VAKGTIYGLL GASGCGKTTL LSCIVGRRRL NTGEIWVLGG KPGTKGSGVP GKRVGYMPQE IALYGEFSIK E TMMYFGWI ...文字列:
MGEDDKLKRM FSWSSNALSE GSAMGERVEP VVPGPDLVGV NVERPPAPLV HQQSTVWSKR QHAVCVRHAF KQYGSKKNPN HVLSDLNMT VAKGTIYGLL GASGCGKTTL LSCIVGRRRL NTGEIWVLGG KPGTKGSGVP GKRVGYMPQE IALYGEFSIK E TMMYFGWI FGMESSEINE RLQFLLNFLD LPSQNRLVKN LSGGQQRRVS FAVALMHDPE LLILDEPTVG VDPLLRQSIW NH LVQITKD GNKTVIITTH YIEEARQAHT IGLMRSGKLL AEESPHVLLS MYGCQSLEEV FLKLSRKQGQ ANQNDINISN NIS LATLNW GKKDSISVTE ESGVVGLNFH QSKEILIADS TNGHIDLNGL GKPSSSKSSM ADACDDCSCS DMTSWGKIKA LLQK NFLRM WRNVGVMLFI FALPVMQVIL FCLAIGRDPT GLKLAIVNHE KNYTNQSYQE CSFDYGCKFS YLSCRYLNNL RNSTI LKEY YPDPESAVDA VKQGHAWGAL YFTENFTDAL VARMALGKDA DPETLDQSEV RVWLDMSNQQ IGIILQRDLQ LSYQDF AKD LLGACEQNPD LAEIPISFKE PIYGSNKPSF TDFVAPGVIL TIVFFLAVAL TSSALIIERM EGLLDRSWVA GVTPGEI LF SHVVTQFVVM CGQTALVLIF MILVFGVQCK GDIGWVIVLT ILQGLCGMCF GFVISAICEL ERNAIQLALG SFYPTLLL S GVIWPIEGMP TVLRYVSTFL PLTLATTSLR AMLTRGWSIA EPAVYYGFLA TIIWIVAFLT ISMLVLRFKR G

UniProtKB: ABC transporter G family member 23-like Protein

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分子 #2: ~{N}-[(~{E},2~{S},3~{R})-18-[(4-nitro-2,1,3-benzoxadiazol-7-yl)am...

分子名称: ~{N}-[(~{E},2~{S},3~{R})-18-[(4-nitro-2,1,3-benzoxadiazol-7-yl)amino]-1,3-bis(oxidanyl)octadec-4-en-2-yl]octadecanamide
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: A1EC8
分子量理論値: 744.059 Da

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分子 #3: [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-[(5~{Z},8~{Z...

分子名称: [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-[(5~{Z},8~{Z},11~{E},14~{E},17~{Z})-icosa-5,8,11,14,17-pentaenoxy]propan-2-yl] octadecanoate
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: A1D7S
分子量理論値: 752.056 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClsodium chloride
50.0 mMTristrishydroxymethylaminomethane
1.0 mMDTTDithiothreitol
0.05 %GDNGlyco-diosgenin
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 22500 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.02 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 241308
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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