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- EMDB-61725: Cryo-EM Structure of Fructose Dehydrogenase Variant from Gluconob... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-61725
タイトルCryo-EM Structure of Fructose Dehydrogenase Variant from Gluconobacter japonicus Truncating Heme 1c and C-Terminal Hydrophobic Regions
マップデータ
試料
  • 複合体: D-fructose dehydrogenase Variant from Gluconobacter japonicus Truncating Heme 1c and C-terminal Hydrophobic Regions
    • タンパク質・ペプチド: Fructose dehydrogenase large subunit
    • タンパク質・ペプチド: Fructose dehydrogenase small subunit
    • タンパク質・ペプチド: Fructose dehydrogenase cytochrome subunit
  • リガンド: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
  • リガンド: FE3-S4 CLUSTER
  • リガンド: HEME C
キーワードComplex / OXIDOREDUCTASE Membrane-bound protein / OXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


fructose 5-dehydrogenase / fructose 5-dehydrogenase activity / oxidoreductase activity, acting on CH-OH group of donors / fructose metabolic process / flavin adenine dinucleotide binding / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
FAD-containing D-sorbitol dehydrogenase small subunit / Membrane bound FAD containing D-sorbitol dehydrogenase / Membrane-bound alcohol dehydrogenase, cytochrome c subunit / : / : / NAD(P)-binding Rossmann-like domain / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, N-terminal / GMC oxidoreductase / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, C-terminal / GMC oxidoreductase ...FAD-containing D-sorbitol dehydrogenase small subunit / Membrane bound FAD containing D-sorbitol dehydrogenase / Membrane-bound alcohol dehydrogenase, cytochrome c subunit / : / : / NAD(P)-binding Rossmann-like domain / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, N-terminal / GMC oxidoreductase / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, C-terminal / GMC oxidoreductase / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Cytochrome c / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Fructose dehydrogenase cytochrome subunit / Fructose dehydrogenase small subunit / Fructose dehydrogenase large subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Gluconobacter japonicus (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Adachi T / Ichikawa K / Miyata T / Makino F / Tanaka H / Namba K / Sowa K / Shirai O
資金援助 日本, 3件
OrganizationGrant number国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP23ama121003 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP23K19281 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP22K14831 日本
引用ジャーナル: ACS Electrochem / 年: 2025
タイトル: Improved Direct Bioelectrochemical Fructose Oxidation with Surfactant-Free Heterotrimeric Fructose Dehydrogenase Variant Truncating Heme 1c and C-Terminal Hydrophobic Regions
著者: Adachi T / Ichikawa K / Miyata T / Makino F / Tanaka H / Namba K / Sowa K
履歴
登録2024年9月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年8月6日-
マップ公開2025年8月6日-
更新2025年8月6日-
現状2025年8月6日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_61725.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_61725.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.87 Å/pix.
x 320 pix.
= 278.4 Å		0.87 Å/pix.
x 320 pix.
= 278.4 Å		0.87 Å/pix.
x 320 pix.
= 278.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.87 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.6
最小 - 最大-1.0077624 - 3.351777
平均 (標準偏差)-0.00038134438 (±0.049778115)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 278.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_61725_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_61725_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_61725_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : D-fructose dehydrogenase Variant from Gluconobacter japonicus Tru...

全体名称: D-fructose dehydrogenase Variant from Gluconobacter japonicus Truncating Heme 1c and C-terminal Hydrophobic Regions
要素
  • 複合体: D-fructose dehydrogenase Variant from Gluconobacter japonicus Truncating Heme 1c and C-terminal Hydrophobic Regions
    • タンパク質・ペプチド: Fructose dehydrogenase large subunit
    • タンパク質・ペプチド: Fructose dehydrogenase small subunit
    • タンパク質・ペプチド: Fructose dehydrogenase cytochrome subunit
  • リガンド: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
  • リガンド: FE3-S4 CLUSTER
  • リガンド: HEME C

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超分子 #1: D-fructose dehydrogenase Variant from Gluconobacter japonicus Tru...

超分子名称: D-fructose dehydrogenase Variant from Gluconobacter japonicus Truncating Heme 1c and C-terminal Hydrophobic Regions
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Gluconobacter japonicus (バクテリア)
分子量理論値: 110 KDa

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分子 #1: Fructose dehydrogenase large subunit

分子名称: Fructose dehydrogenase large subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ec: 1.1.99.11
由来(天然)生物種: Gluconobacter japonicus (バクテリア)
分子量理論値: 59.798309 KDa
組換発現生物種: Gluconobacter oxydans (バクテリア)
配列文字列: MSNETLSADV VIIGAGICGS LLAHKLVRNG LSVLLLDAGP RRDRSQIVEN WRNMPPDNKS QYDYATPYPS VPWAPHTNYF PDNNYLIVK GPDRTAYKQG IIKGVGGTTW HWAASSWRYL PNDFKLHSTY GVGRDYAMSY DELEPYYYEA ECEMGVMGPN G EEITPSAP ...文字列:
MSNETLSADV VIIGAGICGS LLAHKLVRNG LSVLLLDAGP RRDRSQIVEN WRNMPPDNKS QYDYATPYPS VPWAPHTNYF PDNNYLIVK GPDRTAYKQG IIKGVGGTTW HWAASSWRYL PNDFKLHSTY GVGRDYAMSY DELEPYYYEA ECEMGVMGPN G EEITPSAP RQNPWPMTSM PYGYGDRTFT EIVSKLGFSN TPVPQARNSR PYDGRPQCCG NNNCMPICPI GAMYNGVYAA IK AEKLGAK IIPNAVVYAM ETDAKNRITA ISFYDPDKQS HRVVAKTFVI AANGIETPKL LLLAANDRNP HGIANSSDLV GRN MMDHPG IGMSFQSAEP IWAGGGSVQM SSITNFRDGD FRSEYAATQI GYNNTAQNSR AGMKALSMGL VGKKLDEEIR RRTA HGVDI YANHEVLPDP NNRLVLSKDY KDALGIPHPE VTYDVGEYVR KSAAISRQRL MDIAKAMGGT EIEMTPYFTP NNHIT GGTI MGHDPRDSVV DKWLRTHDHS NLFLATGATM AASGTVNSTL TMAALSLRAA DAILNDLKQG

UniProtKB: Fructose dehydrogenase large subunit

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分子 #2: Fructose dehydrogenase small subunit

分子名称: Fructose dehydrogenase small subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Gluconobacter japonicus (バクテリア)
分子量理論値: 20.106732 KDa
組換発現生物種: Gluconobacter oxydans (バクテリア)
配列文字列:
MEKIADSGPV QIFLSRRKLL AFSGASLTVA AIGAPSKGST QDVVASNRDS ISDFMQLSAF ATGHKNLDLN IGSALLLAFE AQKHDFSTQ IKALREHITK NNYQDVEALD AAMKDDPLHP TLIQIIRAWY SGVIEDETNA KVYAFEKALM YQPSRDVVVI P TYAHNGPN YWVSEPASVD VMPAF

UniProtKB: Fructose dehydrogenase small subunit

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分子 #3: Fructose dehydrogenase cytochrome subunit

分子名称: Fructose dehydrogenase cytochrome subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: deltaP27-I169 deltaG454-W476 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Gluconobacter japonicus (バクテリア)
分子量理論値: 34.431387 KDa
組換発現生物種: Gluconobacter oxydans (バクテリア)
配列文字列: MRYFRPLSAT AMTTVLLLAG TNVRAQAARI EGKPYVFDHT HNDDWNRGRY LVDELAHCGE CHTPRNFLLA PNQSAYLAGA DIGSWRAPN ITNAPQSGIG SWSDQDLFQY LKTGKTAHAR AAGPMAEAIE HSLQYLPDAD ISAIVTYLRS VPAKAESGQT V ANFEHAGR ...文字列:
MRYFRPLSAT AMTTVLLLAG TNVRAQAARI EGKPYVFDHT HNDDWNRGRY LVDELAHCGE CHTPRNFLLA PNQSAYLAGA DIGSWRAPN ITNAPQSGIG SWSDQDLFQY LKTGKTAHAR AAGPMAEAIE HSLQYLPDAD ISAIVTYLRS VPAKAESGQT V ANFEHAGR PSSYSVANAN SRRSNSTLTK TTDGAALYEA VCASCHQSDG KGSKDGYYPS LVGNTTTGQL NPNDLIASIL YG VDRTTDN HEILMPAFGP DSLVQPLTDE QIATIADYVL SHFGNAQATV SADAVKQVRA GGKQVPLAKL ASPLISRRKK RSA

UniProtKB: Fructose dehydrogenase cytochrome subunit, Fructose dehydrogenase cytochrome subunit

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分子 #4: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE

分子名称: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: FAD
分子量理論値: 785.55 Da
Chemical component information

ChemComp-FAD:
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD*YM

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分子 #5: FE3-S4 CLUSTER

分子名称: FE3-S4 CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: F3S
分子量理論値: 295.795 Da
Chemical component information

ChemComp-F3S:
FE3-S4 CLUSTER

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分子 #6: HEME C

分子名称: HEME C / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: HEC
分子量理論値: 618.503 Da
Chemical component information

ChemComp-HEC:
HEME C

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 6
構成要素:
濃度式名称
88.0 mmol/LNaH2PO4Sodium dihydrogen phosphate
12.0 mmol/LNa2HPO4Sodium hydrogen phosphate
9.0 mg/mLC14H28O6n-Octylglucoside
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 500 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
温度最低: 80.0 K / 最高: 80.0 K
アライメント法Coma free - Residual tilt: 0.01 mrad
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega Filter
エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 20066 / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 80.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.5 µm / 倍率（補正後）: 56754 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 60000
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL CRYOSPECPORTER / ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

粒子像選択選択した数: 7016675
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.0) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: 3D initial model from cryoSPARC ver. 4.2.0
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.15 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.0) / 使用した粒子像数: 1703212
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.0)
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-9jqa:
Cryo-EM Structure of Fructose Dehydrogenase Variant from Gluconobacter japonicus Truncating Heme 1c and C-Terminal Hydrophobic Regions

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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