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万見
- EMDB-61327: Structure of Engineered Coagulation Factor VIII with Enhanced Sec... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-61327
タイトルStructure of Engineered Coagulation Factor VIII with Enhanced Secretion and Coagulation Potential
マップデータunsharpened map
試料
  • 複合体: Engineered Coagulation Factor VIII with Enhanced Secretion and Coagulation Potential
    • タンパク質・ペプチド: Coagulation factor VIII
キーワードhemophilia / BLOOD CLOTTING
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective F8 accelerates dissociation of the A2 domain / Defective F8 binding to the cell membrane / Defective F8 secretion / Defective F8 sulfation at Y1699 / Gamma carboxylation, hypusinylation, hydroxylation, and arylsulfatase activation / Defective F8 binding to von Willebrand factor / blood coagulation, intrinsic pathway / Cargo concentration in the ER / Defective factor IX causes thrombophilia / Defective cofactor function of FVIIIa variant ...Defective F8 accelerates dissociation of the A2 domain / Defective F8 binding to the cell membrane / Defective F8 secretion / Defective F8 sulfation at Y1699 / Gamma carboxylation, hypusinylation, hydroxylation, and arylsulfatase activation / Defective F8 binding to von Willebrand factor / blood coagulation, intrinsic pathway / Cargo concentration in the ER / Defective factor IX causes thrombophilia / Defective cofactor function of FVIIIa variant / Defective F9 variant does not activate FX / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / COPII-mediated vesicle transport / Defective F8 cleavage by thrombin / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / platelet alpha granule lumen / acute-phase response / Golgi lumen / blood coagulation / Platelet degranulation / oxidoreductase activity / endoplasmic reticulum lumen / copper ion binding / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Coagulation factor 5/8-like / : / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / Multicopper oxidases, conserved site / Multicopper oxidases signature 1. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1. / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / Multicopper oxidase, C-terminal / Multicopper oxidase ...Coagulation factor 5/8-like / : / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / Multicopper oxidases, conserved site / Multicopper oxidases signature 1. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1. / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / Multicopper oxidase, C-terminal / Multicopper oxidase / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxin / Galactose-binding-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Coagulation factor VIII
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.17 Å
データ登録者Kio H / Osamu N / Tsukasa O
資金援助 日本, 1件
OrganizationGrant number国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED) 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Engineered Coagulation Factor VIII with Enhanced Secretion and Coagulation Potential for Hemophilia Gene Therapy
著者: Yuji K / Yuto N / Kio H / Tiago L / Yuma F / Yuki Y / Nemekhbayar B / Morisada H / Yuko K / Susumu U / Osamu N / Keiji N / Tsukasa O
履歴
登録2024年8月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年9月10日-
マップ公開2025年9月10日-
更新2025年9月10日-
現状2025年9月10日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_61327.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_61327.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 14.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈unsharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.11 Å/pix.
x 156 pix.
= 172.645 Å		1.11 Å/pix.
x 156 pix.
= 172.645 Å		1.11 Å/pix.
x 156 pix.
= 172.645 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1067 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.035
最小 - 最大-0.10909623 - 0.29203698
平均 (標準偏差)-0.001702833 (±0.011236227)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin343434
サイズ156156156
Spacing156156156
セルA=B=C: 172.64519 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_61327_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_61327_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_61327_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Engineered Coagulation Factor VIII with Enhanced Secretion and Co...

全体名称: Engineered Coagulation Factor VIII with Enhanced Secretion and Coagulation Potential
要素
  • 複合体: Engineered Coagulation Factor VIII with Enhanced Secretion and Coagulation Potential
    • タンパク質・ペプチド: Coagulation factor VIII

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超分子 #1: Engineered Coagulation Factor VIII with Enhanced Secretion and Co...

超分子名称: Engineered Coagulation Factor VIII with Enhanced Secretion and Coagulation Potential
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Coagulation factor VIII

分子名称: Coagulation factor VIII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 167.452469 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MQIELSTCFF LCLLPFCFSA TRRYYLGAVE LSWDYMQSDL GELHVDTRFP PRVPKSFPFN TSVVYKKTLF VEFTDHLFNI AKPRPPWMG LLGPTIQAEV YDTVVITLKN MASHPVSLHA VGVSYWKASE GAEYDDQTSQ REKEDDKVFP GGSHTYVWQV L KENGPMAS ...文字列:
MQIELSTCFF LCLLPFCFSA TRRYYLGAVE LSWDYMQSDL GELHVDTRFP PRVPKSFPFN TSVVYKKTLF VEFTDHLFNI AKPRPPWMG LLGPTIQAEV YDTVVITLKN MASHPVSLHA VGVSYWKASE GAEYDDQTSQ REKEDDKVFP GGSHTYVWQV L KENGPMAS DPPCLTYSYL SHVDLVKDLN SGLIGALLVC REGSLAKEKT QTLHKFILLF AVFDEGKSWH SETNNSLTQD RD AASARAQ PKMHTVNGYV NRSLPGLIGC HRKSVYWHVI GMGTTPEVHS IFLEGHTFLV RNHRQASLEI SPITFLTAQT LLM DLGQFL LFCHISSHQH DGMEAYVKVD SCPEEPQLRM KNNEEAEDYD DDLTDSEMDV VRFDDDNSPP FIQIRSVAKK HPKT WVHYI AAEEEDWDYA PLVLAPDDRS YKSLYLNNGP QRIGRKYKKV RFMAYTDETF KTREAIQHES GILGPLLYGE VGDTL LIIF KNQASRPYNI YPHGITDVRP LHSGRLPKGV KHLKDMPILP GEIFKYKWTV TVEDGPTKSD PRCLTRYYSS FVNLER DLA SGLIGPLLIC YKESVDQRGN QMMSDKRNVI LFSVFDENRS WYLTENIQRF LPNPAGVQPE DPEFQASNIM HSINGYV FD SLQLSVCLHE VAYWYILSVG AQTDFLSVFF SGYTFKHKMV YEDTLTLFPF SGETVFMSME NPGLWILGCH NSDFRNRG M TALLKVSSCD KNTGDYYEDS YEDIPAYLLS KNNVIEPRSF SQNPPVLKRH QREITRTTLQ PDEEKIDYDD TFSVEMKKE DFDIYGEDEN QSPRSFQKKT RHYFIAAVER LWDYGMSSSP HVLRNRAQSG SVPQFKKVVF QEFTDGSFTQ PLYRGELNEH LGLLGPYIR AEVEDNIMVT FKNQASRPYS FYSSLISYEE DQRQGAEPRK NFVKPNETKT YFWKVQHHMA PTKDEFDCKA W AYFSDVDL EKDVHSGLIG PLLVCRTNTL NPAHGRQVTV QEFALFFTIF DETKSWYFTE NMERNCRAPC NIQMEDPTFK EN YRFHAIN GYIMDTLPGL VMAQDQRIRW YLLSMGSNEN IHSIHFSGHV FTVRKKEEYK MALYNLYPGV FETVEMLPSK VGI WRVECL IGEHLQAGMS TLFLVYSKKC QTPLGMASGH IRDFQITASG QYGQWAPKLA RLHYSGSINA WSTKEPFSWI KVDL LAPMI IHGIMTQGAR QKFSSLYISQ FIIMYSLDGK KWQTYRGNST GTLMVFFGNV DSSGIKHNIF NPPIIARYIR LHPTH YSIR STLRMELMGC DLNSCSMPLG MESKAISDAQ ITASSYLTNM FATWSPSQAR LHLQGRSNAW RPQVNNPKEW LQVDFQ KTM KVTGVTTQGV KSLLTSMYVK EFLISSSQDG HQWTLFLQNG KVKVFQGNQD SFTPVVNALD PPLLTRYLRI HPQSWAH HI ALRLEVLGCE AQDLY

UniProtKB: Coagulation factor VIII, Coagulation factor VIII

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.3
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.17 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 218890
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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