[日本語] English
万見
- EMDB-61257: Substrate-engaged TIM23 complex from yeast -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-61257
タイトルSubstrate-engaged TIM23 complex from yeast
マップデータ
試料
  • 複合体: Substrate-engaged TIM23 complex from yeast
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM17
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM23
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM44,L-lactate dehydrogenase (cytochrome),sfGFP
    • タンパク質・ペプチド: Protein MGR2
    • タンパク質・ペプチド: anti-Tim44-Fab H chain
    • タンパク質・ペプチド: anti-Tim44-Fab L chain
    • タンパク質・ペプチド: Substrate
  • リガンド: CARDIOLIPIN
キーワードMitochondrial protein import / TOM / TIM23 protein translocation / PROTEIN TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


PAM complex, Tim23 associated import motor / L-lactate dehydrogenase (cytochrome) / L-lactate dehydrogenase (cytochrome) activity / extrinsic component of mitochondrial inner membrane / Mitochondrial protein import / TIM23 mitochondrial import inner membrane translocase complex / mitochondrion targeting sequence binding / protein insertion into mitochondrial inner membrane / : / lactate metabolic process ...PAM complex, Tim23 associated import motor / L-lactate dehydrogenase (cytochrome) / L-lactate dehydrogenase (cytochrome) activity / extrinsic component of mitochondrial inner membrane / Mitochondrial protein import / TIM23 mitochondrial import inner membrane translocase complex / mitochondrion targeting sequence binding / protein insertion into mitochondrial inner membrane / : / lactate metabolic process / protein import into mitochondrial matrix / protein transmembrane transporter activity / intracellular protein transport / mitochondrial intermembrane space / protein-folding chaperone binding / protein-macromolecule adaptor activity / mitochondrial inner membrane / heme binding / mitochondrion / ATP binding / metal ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Romo1/Mgr2 / Reactive mitochondrial oxygen species modulator 1 / Reactive mitochondrial oxygen species modulator 1 / Mitochondrial inner membrane translocase complex, subunit Tim17 / Mitochondrial inner membrane translocase complex, subunit Tim23 / Tim23-like / Mitochondrial import inner membrane translocase subunit Tim44 / Tim44-like / L-mandelate/L-lactate dehydrogenase, FMN-binding domain / Cytochrome b5, heme-binding site ...Romo1/Mgr2 / Reactive mitochondrial oxygen species modulator 1 / Reactive mitochondrial oxygen species modulator 1 / Mitochondrial inner membrane translocase complex, subunit Tim17 / Mitochondrial inner membrane translocase complex, subunit Tim23 / Tim23-like / Mitochondrial import inner membrane translocase subunit Tim44 / Tim44-like / L-mandelate/L-lactate dehydrogenase, FMN-binding domain / Cytochrome b5, heme-binding site / Cytochrome b5 family, heme-binding domain signature. / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase, active site / FMN hydroxy acid dehydrogenase domain / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenases active site. / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase domain profile. / Cytochrome b5 family, heme-binding domain profile. / Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain / Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain superfamily / Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain / Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain / FMN-dependent dehydrogenase / FMN-dependent dehydrogenase / Tim44-like domain / Tim44-like domain / Tim44 / Tim17/Tim22/Tim23/Pmp24 family / NTF2-like domain superfamily / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
L-lactate dehydrogenase (cytochrome) / Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM23 / Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM17 / Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM44 / Protein MGR2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.83 Å
データ登録者Yang YQ / Wang GP / Wang SS
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32271269 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Substrate-engaged TIM23 complex from yeast
著者: Yang YQ / Wang GP
履歴
登録2024年8月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年9月10日-
マップ公開2025年9月10日-
更新2025年9月10日-
現状2025年9月10日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_61257.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_61257.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.95 Å/pix.
x 300 pix.
= 285. Å		0.95 Å/pix.
x 300 pix.
= 285. Å		0.95 Å/pix.
x 300 pix.
= 285. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.95 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.44
最小 - 最大-1.3860798 - 2.1961918
平均 (標準偏差)0.0025949138 (±0.04197791)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 285.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_61257_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_61257_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Substrate-engaged TIM23 complex from yeast

全体名称: Substrate-engaged TIM23 complex from yeast
要素
  • 複合体: Substrate-engaged TIM23 complex from yeast
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM17
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM23
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM44,L-lactate dehydrogenase (cytochrome),sfGFP
    • タンパク質・ペプチド: Protein MGR2
    • タンパク質・ペプチド: anti-Tim44-Fab H chain
    • タンパク質・ペプチド: anti-Tim44-Fab L chain
    • タンパク質・ペプチド: Substrate
  • リガンド: CARDIOLIPIN

-
超分子 #1: Substrate-engaged TIM23 complex from yeast

超分子名称: Substrate-engaged TIM23 complex from yeast / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)

-
分子 #1: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM17

分子名称: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM17
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
分子量理論値: 16.602156 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
MSADHSRDPC PIVILNDFGG AFAMGAIGGV VWHGIKGFRN SPLGERGSGA MSAIKARAPV LGGNFGVWGG LFSTFDCAVK AVRKREDPW NAIIAGFFTG GALAVRGGWR HTRNSSITCA CLLGVIEGVG LMFQRYAAWQ AKPMAPPLPE APSSQPLQA

UniProtKB: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM17

-
分子 #2: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM23

分子名称: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM23
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
分子量理論値: 23.266527 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSWLFGDKTP TDDANAAVGG QDTTKPKELS LKQSLGFEPN INNIISGPGG MHVDTARLHP LAGLDKGVEY LDLEEEQLSS LEGSQGLIP SRGWTDDLCY GTGAVYLLGL GIGGFSGMMQ GLQNIPPNSP GKLQLNTVLN HITKRGPFLG NNAGILALSY N IINSTIDA ...文字列:
MSWLFGDKTP TDDANAAVGG QDTTKPKELS LKQSLGFEPN INNIISGPGG MHVDTARLHP LAGLDKGVEY LDLEEEQLSS LEGSQGLIP SRGWTDDLCY GTGAVYLLGL GIGGFSGMMQ GLQNIPPNSP GKLQLNTVLN HITKRGPFLG NNAGILALSY N IINSTIDA LRGKHDTAGS IGAGALTGAL FKSSKGLKPM GYSSAMVAAA CAVWCSVKKR LLEK

UniProtKB: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM23

-
分子 #3: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM44,L-l...

分子名称: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM44,L-lactate dehydrogenase (cytochrome),sfGFP
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: L-lactate dehydrogenase (cytochrome)
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 84.451133 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MHRSTFIRTS GTSSRTLTAR YRSQYTGLLV ARVLFSTSTT RAQGGNPRSP LQIFRDTFKK EWEKSQELQE NIKTLQDASG KLGESEAYK KAREAYLKAQ RGSTIVGKTL KKTGETMEHI ATKAWESELG KNTRKAAAAT AKKLDESFEP VRQTKIYKEV S EVIDDGES ...文字列:
MHRSTFIRTS GTSSRTLTAR YRSQYTGLLV ARVLFSTSTT RAQGGNPRSP LQIFRDTFKK EWEKSQELQE NIKTLQDASG KLGESEAYK KAREAYLKAQ RGSTIVGKTL KKTGETMEHI ATKAWESELG KNTRKAAAAT AKKLDESFEP VRQTKIYKEV S EVIDDGES SRYGGFITKE QRRLKRERDL ASGKRHRAVK SNEDAGTAVV ATNIESKESF GKKVEDFKEK TVVGRSIQSL KN KLWDESE NPLIVVMRKI TNKVGGFFAE TESSRVYSQF KLMDPTFSNE SFTRHLREYI VPEILEAYVK GDVKVLKKWF SEA PFNVYA AQQKIFKEQD VYADGRILDI RGVEIVSAKL LAPQDIPVLV VGCRAQEINL YRKKKTGEIA AGDEANILMS SYAM VFTRD PEQIDDDETE GWKILEFVRG GSRQFTPNHP GGQDVIKFNA GKDVTAIFEP LHAPNVIDKY IAPEKKLGPL QGSGS GSKG EELFTGVVPI LVELDGDVNG HKFSVRGEGE GDATNGKLTL KFICTTGKLP VPWPTLVTTL TYGVQCFSRY PDHMKR HDF FKSAMPEGYV QERTISFKDD GTYKTRAEVK FEGDTLVNRI ELKGIDFKED GNILGHKLEY NFNSHNVYIT ADKQKNG IK ANFKIRHNVE DGSVQLADHY QQNTPIGDGP VLLPDNHYLS TQSVLSKDPN EKRDHMVLLE FVTAAGITHG SAGLEVLF Q GPANGGSAWS HPQFEKGGGS GGGSGGGSWS HPQFEK

UniProtKB: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM44, L-lactate dehydrogenase (cytochrome)

-
分子 #4: Protein MGR2

分子名称: Protein MGR2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
分子量理論値: 12.264158 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
MPPLPQNYAQ QQPSNWDKFK MGLMMGTTVG VCTGILFGGF AIATQGPGPD GVVRTLGKYI AGSAGTFGLF MSIGSIIRSD SESSPMSHP NLNLQQQARL EMWKLRAKYG IRKD

UniProtKB: Protein MGR2

-
分子 #5: anti-Tim44-Fab H chain

分子名称: anti-Tim44-Fab H chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
分子量理論値: 25.635932 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MDWTWRVFCL LAVAPGAHSQ VQLKQSGPGL VQPSQSLSIT CTVSGFSLTT YGVHWVRQSP GKGLEWLGVM WRGGSTDFNA AFMSRLSIT KDNSKSQVFF KMNSLQADDT AIYYCARYGN YDAMDYWGQG TSVTVSSAKT TPPSVYPLAP GSAAQTNSMV T LGCLVKGY ...文字列:
MDWTWRVFCL LAVAPGAHSQ VQLKQSGPGL VQPSQSLSIT CTVSGFSLTT YGVHWVRQSP GKGLEWLGVM WRGGSTDFNA AFMSRLSIT KDNSKSQVFF KMNSLQADDT AIYYCARYGN YDAMDYWGQG TSVTVSSAKT TPPSVYPLAP GSAAQTNSMV T LGCLVKGY FPEPVTVTWN SGSLSSGVHT FPAVLQSDLY TLSSSVTVPS SPRPSETVTC NVAHPASSTK VDKKIVPRDC

-
分子 #6: anti-Tim44-Fab L chain

分子名称: anti-Tim44-Fab L chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
分子量理論値: 26.14015 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MVLQTQVFIS LLLWISGAYG DIVLTQSPAS LAVSLGQRAT ISCRASESVD IYGISFMNWF QQKPGQPPKL LIYATSNQGS GVPARFSGS GSGTDFSLNI HPMEEDDTAM YFCQQSKEVP RTFGGGTKLE IKRADAAPTV SIFPPSSEQL TSGGASVVCF L NNFYPKDI ...文字列:
MVLQTQVFIS LLLWISGAYG DIVLTQSPAS LAVSLGQRAT ISCRASESVD IYGISFMNWF QQKPGQPPKL LIYATSNQGS GVPARFSGS GSGTDFSLNI HPMEEDDTAM YFCQQSKEVP RTFGGGTKLE IKRADAAPTV SIFPPSSEQL TSGGASVVCF L NNFYPKDI NVKWKIDGSE RQNGVLNSWT DQDSKDSTYS MSSTLTLTKD EYERHNSYTC EATHKTSTSP IVKSFNRNEC

-
分子 #7: Substrate

分子名称: Substrate / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
分子量理論値: 1.294587 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

-
分子 #8: CARDIOLIPIN

分子名称: CARDIOLIPIN / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: CDL
分子量理論値: 1.464043 KDa
Chemical component information

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.83 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 160770
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る