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万見
- EMDB-61125: Enterococcus faecalis ncRNA octamer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-61125
タイトルEnterococcus faecalis ncRNA octamer
マップデータ
試料
  • 複合体: Enterococcus faecalis ROOL RNA octamer
    • RNA: RNA (580-MER)
キーワードCryoEM / RNA
生物種Enterococcus faecalis JH1 (乳酸球菌) / Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Wang L / Xie JH / Shang ST / Su ZM
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2022YFC2303700 中国
引用ジャーナル: Science / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM reveals mechanisms of natural RNA multivalency.
著者: Liu Wang / Jiahao Xie / Tao Gong / Hao Wu / Yifan Tu / Xin Peng / Sitong Shang / Xinyu Jia / Haiyun Ma / Jian Zou / Sheng Xu / Xin Zheng / Dong Zhang / Yang Liu / Chong Zhang / Yongbo Luo / ...著者: Liu Wang / Jiahao Xie / Tao Gong / Hao Wu / Yifan Tu / Xin Peng / Sitong Shang / Xinyu Jia / Haiyun Ma / Jian Zou / Sheng Xu / Xin Zheng / Dong Zhang / Yang Liu / Chong Zhang / Yongbo Luo / Zirui Huang / Bin Shao / Binwu Ying / Yu Cheng / Yingqiang Guo / Ying Lai / Dingming Huang / Jianquan Liu / Yuquan Wei / Siqi Sun / Xuedong Zhou / Zhaoming Su /
要旨: Homo-oligomerization of biological macromolecules leads to functional assemblies that are critical to understanding various cellular processes. However, RNA quaternary structures have rarely been ...Homo-oligomerization of biological macromolecules leads to functional assemblies that are critical to understanding various cellular processes. However, RNA quaternary structures have rarely been reported. Comparative genomics analysis has identified RNA families containing hundreds of sequences that adopt conserved secondary structures and likely fold into complex three-dimensional structures. In this study, we used cryo-electron microscopy (cryo-EM) to determine structures from four RNA families, including ARRPOF and OLE forming dimers and ROOL and GOLLD forming hexameric, octameric, and dodecameric nanostructures, at 2.6- to 4.6-angstrom resolutions. These homo-oligomeric assemblies reveal a plethora of structural motifs that contribute to RNA multivalency, including kissing-loop, palindromic base-pairing, A-stacking, metal ion coordination, pseudoknot, and minor-groove interactions. These results provide the molecular basis of intermolecular interactions driving RNA multivalency with potential functional relevance.
履歴
登録2024年8月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月19日-
マップ公開2025年3月19日-
更新2025年5月14日-
現状2025年5月14日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_61125.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_61125.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 384 pix.
= 422.4 Å		1.1 Å/pix.
x 384 pix.
= 422.4 Å		1.1 Å/pix.
x 384 pix.
= 422.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.06
最小 - 最大-0.12698351 - 0.37408087
平均 (標準偏差)0.0020694172 (±0.013734289)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 422.40002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_61125_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_61125_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Enterococcus faecalis ROOL RNA octamer

全体名称: Enterococcus faecalis ROOL RNA octamer
要素
  • 複合体: Enterococcus faecalis ROOL RNA octamer
    • RNA: RNA (580-MER)

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超分子 #1: Enterococcus faecalis ROOL RNA octamer

超分子名称: Enterococcus faecalis ROOL RNA octamer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis JH1 (乳酸球菌)
分子量理論値: 1.45 MDa

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分子 #1: RNA (580-MER)

分子名称: RNA (580-MER) / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 8
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 187.837453 KDa
配列文字列: AAUUGAAAAA UCAAUAGAUU UAAACCUAGU GAAGAGCAUU UGAACAAUGU GCUAGGGUAG UAUGGGAUAA GUCGAUAACU AAAAUGAAU UGGGAUACUG AUUGAUUUUA GUGGUGGAUU UUACAGCAAU GUAAAAAGGA CUAAUAGUAA AAGCUAUUAA U CGCAAAGU ...文字列:
AAUUGAAAAA UCAAUAGAUU UAAACCUAGU GAAGAGCAUU UGAACAAUGU GCUAGGGUAG UAUGGGAUAA GUCGAUAACU AAAAUGAAU UGGGAUACUG AUUGAUUUUA GUGGUGGAUU UUACAGCAAU GUAAAAAGGA CUAAUAGUAA AAGCUAUUAA U CGCAAAGU ACUACGUGGA AUUUGUGCAG GUGUAAGGUA CGAAACUUUC GAGUGUGACA AUAGACGCUC CAGUGGAGAA UA AUCUAAG UUAGGUGGAA GUGUGAGAAG CUUGGCAGAC CUUAGAAAAC UCAAACCAAG CGCUUUGCAG AGAAACUGAG AAA UCAGUG UUUAACGAAA GAAGUCGGUA CGAGUAGCUU AAUGCAGCAA UUUAUUUACA GAUGACAAAU AAUAAAAAUG GGAC UCUUA UGUAAAUGCU GAAUGUUCAA GUGAAAGUUA UUAGCCAGUA GAGCUAGAUC AUACAGAAAA AGCAAAGAGA AGCUA UUGG GUAGCGCCCG AUAGUUCAGC CUCUUUGGGU AUGUGACUGA AUAACACUGU AAACAAAGGA AGCAGGAAGA AAAGCC UAA AUCUGUUGAU UUUUGAG

GENBANK: GENBANK: CP060804.1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.9
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 61.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 76703
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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