[日本語] English
万見
- EMDB-61099: Cryo-EM structure of the human glucose transporter, GLUT7 in outw... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-61099
タイトルCryo-EM structure of the human glucose transporter, GLUT7 in outward-facing open conformation
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: human glucose transporter 7, SLC2A7
    • タンパク質・ペプチド: Solute carrier family 2, facilitated glucose transporter member 7
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードHuman glucose transporter 7 / SLC2A7 / Fructose transporter / Intestinal hexose absorption / Membrane protein / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


sugar transmembrane transporter activity / fructose transmembrane transporter activity / fructose transmembrane transport / dehydroascorbic acid transport / hexose transmembrane transport / Cellular hexose transport / D-glucose transmembrane transporter activity / D-glucose transmembrane transport / : / apical plasma membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Glucose transporter GLUT / Sugar/inositol transporter / Sugar transport proteins signature 2. / Sugar transport proteins signature 1. / Sugar transporter, conserved site / Major facilitator, sugar transporter-like / Sugar (and other) transporter / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Solute carrier family 2, facilitated glucose transporter member 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Lee SS / Kim S / Jin MS
資金援助 韓国, 2件
OrganizationGrant number国
National Research Foundation (NRF, Korea)NRF-2021M3A9I4022846 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)NRF-2022R1A2C1091278 韓国
引用ジャーナル: Biochem Biophys Res Commun / 年: 2024
タイトル: Cryo-EM structure of the human glucose transporter GLUT7.
著者: Sang Soo Lee / Subin Kim / Mi Sun Jin /
要旨: GLUT7 is a Class II glucose transporter predominantly expressed at the apical membrane of enterocytes in the small intestine. Here, we report the cryo-EM structure of nanodisc-reconstituted human ...GLUT7 is a Class II glucose transporter predominantly expressed at the apical membrane of enterocytes in the small intestine. Here, we report the cryo-EM structure of nanodisc-reconstituted human GLUT7 in the apo state at 3.3 Å resolution. Our atomic model reveals a typical major facilitator superfamily fold, with the substrate-binding site open to the extracellular side of the membrane. Despite the nearly identical conformation to its closest family member, rat GLUT5, our structure unveils distinct features of the substrate-binding cavity that may influence substrate specificity and binding mode. A homology model of the inward-open human GLUT7 indicates that similar to other members of the GLUT family, it may undergo a global rocker-switch-like reorientation of the transmembrane bundles to facilitate substrate translocation across the membrane. Our work enhances the current structural understanding of the GLUT family, and lays a foundation for rational design of regulators of GLUTs and other sugar transporters.
履歴
登録2024年8月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月25日-
マップ公開2024年9月25日-
更新2025年6月25日-
現状2025年6月25日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_61099.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_61099.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.57 Å/pix.
x 300 pix.
= 172.2 Å		0.57 Å/pix.
x 300 pix.
= 172.2 Å		0.57 Å/pix.
x 300 pix.
= 172.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.574 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.06
最小 - 最大-0.32451326 - 0.6050044
平均 (標準偏差)0.0008429073 (±0.014652633)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 172.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_61099_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_61099_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : human glucose transporter 7, SLC2A7

全体名称: human glucose transporter 7, SLC2A7
要素
  • 細胞器官・細胞要素: human glucose transporter 7, SLC2A7
    • タンパク質・ペプチド: Solute carrier family 2, facilitated glucose transporter member 7
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

-
超分子 #1: human glucose transporter 7, SLC2A7

超分子名称: human glucose transporter 7, SLC2A7 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
分子 #1: Solute carrier family 2, facilitated glucose transporter member 7

分子名称: Solute carrier family 2, facilitated glucose transporter member 7
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 55.777195 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MENKEAGTPP PIPSREGRLQ PTLLLATLSA AFGSAFQYGY NLSVVNTPHK VFKSFYNETY FERHATFMDG KLMLLLWSCT VSMFPLGGL LGSLLVGLLV DSCGRKGTLL INNIFAIIPA ILMGVSKVAK AFELIVFSRV VLGVCAGISY SALPMYLGEL A PKNLRGMV ...文字列:
MENKEAGTPP PIPSREGRLQ PTLLLATLSA AFGSAFQYGY NLSVVNTPHK VFKSFYNETY FERHATFMDG KLMLLLWSCT VSMFPLGGL LGSLLVGLLV DSCGRKGTLL INNIFAIIPA ILMGVSKVAK AFELIVFSRV VLGVCAGISY SALPMYLGEL A PKNLRGMV GTMTEVFVIV GVFLAQIFSL QAILGNPAGW PVLLALTGVP ALLQLLTLPF FPESPRYSLI QKGDEATARQ AL RRLRGHT DMEAELEDMR AEARAERAEG HLSVLHLCAL RSLRWQLLSI IVLMAGQQLS GINAINYYAD TIYTSAGVEA AHS QYVTVG SGVVNIVMTI TSAVLVERLG RRHLLLAGYG ICGSACLVLT VVLLFQNRVP ELSYLGIICV FAYIAGHSIG PSPV PSVVR TEIFLQSSRR AAFMVDGAVH WLTNFIIGFL FPSIQEAIGA YSFIIFAGIC LLTAIYIYVV IPETKGKTFV EINRI FAKR NRVKLPEEKE ETIDAGPPTA SPAKETSF

UniProtKB: Solute carrier family 2, facilitated glucose transporter member 7

-
分子 #2: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 20.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 112978
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る