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万見
- EMDB-60778: Hemichannel sub-structure of Cx36/GJD2 gap junction intercellular... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-60778
タイトルHemichannel sub-structure of Cx36/GJD2 gap junction intercellular channel (FN conformation) in soybean polar lipid nanodiscs, treated with a 10-fold molar excess of carbenoxolone and incubated shortly
マップデータ
試料
  • 複合体: Connexin36
    • タンパク質・ペプチド: Gap junction delta-2 protein,Soluble cytochrome b562
  • リガンド: 1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: TETRADECANE
キーワードGap junction / Connexin36 / Inhibitor / Carbenoxolone / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Electric Transmission Across Gap Junctions / connexin complex / Gap junction assembly / gap junction channel activity / neuronal action potential / visual perception / electron transport chain / cell-cell signaling / chemical synaptic transmission / periplasmic space ...Electric Transmission Across Gap Junctions / connexin complex / Gap junction assembly / gap junction channel activity / neuronal action potential / visual perception / electron transport chain / cell-cell signaling / chemical synaptic transmission / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / synapse / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Gap junction delta-2 protein (Cx36) / Connexin / Connexin, N-terminal / Connexin, conserved site / Gap junction protein, cysteine-rich domain / Connexin, N-terminal domain superfamily / Connexin / Connexins signature 1. / Connexins signature 2. / Connexin homologues ...Gap junction delta-2 protein (Cx36) / Connexin / Connexin, N-terminal / Connexin, conserved site / Gap junction protein, cysteine-rich domain / Connexin, N-terminal domain superfamily / Connexin / Connexins signature 1. / Connexins signature 2. / Connexin homologues / Gap junction channel protein cysteine-rich domain / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562
類似検索 - ドメイン・相同性
Soluble cytochrome b562 / Gap junction delta-2 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.46 Å
データ登録者Jang HS
資金援助 韓国, 3件
OrganizationGrant number国
National Research Foundation (NRF, Korea)RS-2023-00217798 韓国
Other privateSUHF-18010097 韓国
Other private 韓国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural insights into the closing mechanism of gap junction intercellular channels by carbenoxolone
著者: Lee CW / Jang HS / Woo JS
履歴
登録2024年7月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年1月21日-
マップ公開2026年1月21日-
更新2026年1月21日-
現状2026年1月21日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_60778.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_60778.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 59.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.81 Å/pix.
x 250 pix.
= 202.5 Å		0.81 Å/pix.
x 250 pix.
= 202.5 Å		0.81 Å/pix.
x 250 pix.
= 202.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.81 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05
最小 - 最大-0.25162736 - 0.55772626
平均 (標準偏差)0.0008211613 (±0.019122655)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ250250250
Spacing250250250
セルA=B=C: 202.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_60778_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_60778_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Connexin36

全体名称: Connexin36
要素
  • 複合体: Connexin36
    • タンパク質・ペプチド: Gap junction delta-2 protein,Soluble cytochrome b562
  • リガンド: 1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: TETRADECANE

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超分子 #1: Connexin36

超分子名称: Connexin36 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
詳細: BRIL-fused connexin36 gap junction intercellular channel is reconstituted into lipid nanodiscs with soybean polar lipids and MSP1E1. Carbenoxolone dissolved in 10% (v/v) DMSO is treated to ...詳細: BRIL-fused connexin36 gap junction intercellular channel is reconstituted into lipid nanodiscs with soybean polar lipids and MSP1E1. Carbenoxolone dissolved in 10% (v/v) DMSO is treated to the sample with 14-fold molar excess to Cx36 protomer. Sample was incubated for 1 min before grid loading.
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Gap junction delta-2 protein,Soluble cytochrome b562

分子名称: Gap junction delta-2 protein,Soluble cytochrome b562
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 41.035426 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGEWTILERL LEAAVQQHST MIGRILLTVV VIFRILIVAI VGETVYDDEQ TMFVCNTLQP GCNQACYDRA FPISHIRYWV FQIIMVCTP SLCFITYSVH QSAKQRERRA DLEDNWETLN DNLKVIEKAD NAAQVKDALT KMRAAALDAQ KATPPKLEDK S PDSPEMKD ...文字列:
MGEWTILERL LEAAVQQHST MIGRILLTVV VIFRILIVAI VGETVYDDEQ TMFVCNTLQP GCNQACYDRA FPISHIRYWV FQIIMVCTP SLCFITYSVH QSAKQRERRA DLEDNWETLN DNLKVIEKAD NAAQVKDALT KMRAAALDAQ KATPPKLEDK S PDSPEMKD FRHGFDILVG QIDDALKLAN EGKVKEAQAA AEQLKTTRNA YIQKYLKLRR QEGISRFYII QVVFRNALEI GF LVGQYFL YGFSVPGLYE CNRYPCIKEV ECYVSRPTEK TVFLVFMFAV SGICVVLNLA ELNHLGWRKI KLAVRGAQAK RKS IYEIRN KDLPRVSVPN FGRTQSSDSA YVSRGDMLEV LFQ

UniProtKB: Gap junction delta-2 protein, Soluble cytochrome b562, Gap junction delta-2 protein

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分子 #2: 1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 6 / 式: MC3
分子量理論値: 677.933 Da
Chemical component information

ChemComp-MC3:
1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / リン脂質*YM

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分子 #3: TETRADECANE

分子名称: TETRADECANE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 6 / 式: C14
分子量理論値: 198.388 Da
Chemical component information

ChemComp-C14:
TETRADECANE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES
150.0 mMKClPotassium chloride
2.0 mMC2H6OSbeta-mercaptoethanol

詳細: 20mM HEPES(pH 7.5), 150mM KCl, 2mM beta-mercaptoethanol
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 実像数: 5001 / 平均露光時間: 6.79 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.25 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.75 µm / 倍率（公称値）: 96000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2151580
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.46 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 75602
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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