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- EMDB-60524: Cryo-EM structure of MRCoV RBD in complex with mink ACE2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-60524
タイトルCryo-EM structure of MRCoV RBD in complex with mink ACE2
マップデータ
試料
  • 複合体: MRCoV RBD in complex with mink ACE2
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: Angiotensin-converting enzyme
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードNeogale vison HKU5-related coronavirus / mink ACE2 / Complex / VIRAL PROTEIN/HYDROLASE / VIRAL PROTEIN-HYDROLASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / peptidyl-dipeptidase activity / carboxypeptidase activity / metallopeptidase activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / apical plasma membrane / cilium / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane ...加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / peptidyl-dipeptidase activity / carboxypeptidase activity / metallopeptidase activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / apical plasma membrane / cilium / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / proteolysis / : / membrane / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, MERS-CoV-like / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, MERS-CoV-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Collectrin domain / Renal amino acid transporter / Collectrin-like domain profile. / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / Angiotensin-converting enzyme / Peptidase family M2 domain profile. ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, MERS-CoV-like / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, MERS-CoV-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Collectrin domain / Renal amino acid transporter / Collectrin-like domain profile. / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / Angiotensin-converting enzyme / Peptidase family M2 domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Angiotensin-converting enzyme / Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Neogale vison (哺乳類) / Bat coronavirus HKU5 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Ji W / Zhang S
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32170158 中国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2025
タイトル: A MERS-CoV-like mink coronavirus uses ACE2 as an entry receptor.
著者: Ningning Wang / Weiwei Ji / Houqi Jiao / Michael Veit / Ju Sun / Yanjun Wang / Xing Ma / Yu Wang / Yutong Wang / Xin-Xin Li / Xiaoguang Zhang / Jie Chen / Jiayu Wei / Ying Xu / Dawei Guo / ...著者: Ningning Wang / Weiwei Ji / Houqi Jiao / Michael Veit / Ju Sun / Yanjun Wang / Xing Ma / Yu Wang / Yutong Wang / Xin-Xin Li / Xiaoguang Zhang / Jie Chen / Jiayu Wei / Ying Xu / Dawei Guo / Xiaofeng Zhai / Andres Merits / Chang Li / Félix A Rey / Georgi M Dobrikov / George F Gao / Shuijun Zhang / Yuhai Bi / Shuo Su /
要旨: Despite accumulating evidence that bat-derived coronaviruses often require intermediate hosts to facilitate transmission to humans, the potential role of fur animals in zoonotic coronavirus ...Despite accumulating evidence that bat-derived coronaviruses often require intermediate hosts to facilitate transmission to humans, the potential role of fur animals in zoonotic coronavirus spillovers has largely been overlooked. Here we report the isolation and characterization of a previously undescribed mink respiratory coronavirus (MRCoV) from farmed minks with pneumonia. Notably, MRCoV uses angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) as an entry receptor and can infect mink, bat, monkey and human cells. Cryo-electron microscopy analyses revealed that the MRCoV receptor-binding domain (RBD) binds to the same interface on ACE2 receptors as the RBD of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) despite structural differences. We identify the key determinants on the RBD of MRCoV and ACE2 that confer efficient binding. HKU5-33S, a bat coronavirus closely related to MRCoV, uses ACE2 of the bat Pipistrellus abramus for cell entry and requires only two amino acid substitutions to adapt to mink ACE2. SARS-CoV-2 protease and polymerase inhibitors potently block MRCoV infection, thereby indicating a potential therapeutic strategy. Collectively, these findings enhance our understanding of coronavirus receptor dynamics and highlight their zoonotic potential. Given the risks posed by fur farms as reservoirs for emerging pathogens, our study underscores the need for enhanced surveillance to mitigate future coronavirus outbreaks.
履歴
登録2024年6月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月12日-
マップ公開2025年3月12日-
更新2025年7月23日-
現状2025年7月23日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_60524.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_60524.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.67 Å/pix.
x 280 pix.
= 187.04 Å		0.67 Å/pix.
x 280 pix.
= 187.04 Å		0.67 Å/pix.
x 280 pix.
= 187.04 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

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画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.668 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.36
最小 - 最大-2.0590618 - 3.0285144
平均 (標準偏差)0.0014256198 (±0.08146318)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 187.04 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_60524_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_60524_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : MRCoV RBD in complex with mink ACE2

全体名称: MRCoV RBD in complex with mink ACE2
要素
  • 複合体: MRCoV RBD in complex with mink ACE2
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: Angiotensin-converting enzyme
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: MRCoV RBD in complex with mink ACE2

超分子名称: MRCoV RBD in complex with mink ACE2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Neogale vison (哺乳類)

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分子 #1: Spike glycoprotein

分子名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bat coronavirus HKU5 (ウイルス)
分子量理論値: 25.879896 KDa
組換発現生物種: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
配列文字列: EASPRGEFIE QSTAKECDFS PMLQGTPPPI YDFKRLVFTN CNYNLTKLLN LFQVSEFSCH QVSPSSLATG CYSSLTVDYF AYPTSMSSY LQPGFAGEIV KFNYKQDFSS PTCRVLATVP SNLTTITKPS NYVHLTECYK GTAYGKNYLY NAPGGYTPCL S LASSGFSS ...文字列:
EASPRGEFIE QSTAKECDFS PMLQGTPPPI YDFKRLVFTN CNYNLTKLLN LFQVSEFSCH QVSPSSLATG CYSSLTVDYF AYPTSMSSY LQPGFAGEIV KFNYKQDFSS PTCRVLATVP SNLTTITKPS NYVHLTECYK GTAYGKNYLY NAPGGYTPCL S LASSGFSS DRQSHRQQLS DGYLVTTGSV YAVNGNLQMA FIISVQYGTD TNSVCPMQAL RNDTSIEDKL DTCVQY

UniProtKB: Spike glycoprotein

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分子 #2: Angiotensin-converting enzyme

分子名称: Angiotensin-converting enzyme / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素
由来(天然)生物種: Neogale vison (哺乳類)
分子量理論値: 69.733297 KDa
組換発現生物種: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
配列文字列: STTEDLAKTF LEKFNYEAEE LSYQNSLASW NYNTNITDEN IQKMNIAGAK WSAFYEEESQ HAKTYPLEEI QDPIIKRQLR ALQQSGSSV LSADKRERLN TILNAMSTIY STGKACNPNN PQECLLLEPG LDDIMENSKD YNERLWAWEG WRSEVGKQLR P LYEEYVAL ...文字列:
STTEDLAKTF LEKFNYEAEE LSYQNSLASW NYNTNITDEN IQKMNIAGAK WSAFYEEESQ HAKTYPLEEI QDPIIKRQLR ALQQSGSSV LSADKRERLN TILNAMSTIY STGKACNPNN PQECLLLEPG LDDIMENSKD YNERLWAWEG WRSEVGKQLR P LYEEYVAL KNEMARANNY EDYGDYWRGD YEEEWADGYN YSRNQLIEDV EHTFTQIKPL YEHLHAYVRA KLMDAYPSRI SP TGCLPAH LLGDMWGRFW TNLYPLMVPF GQKPNIDVTD AMVNQSWDAR RIFKEAEKFF VSVGLPNMTE GFWQNSMLTE PGD NRKVVC HPTAWDLGKH DFRIKMCTKV TMDDFLTAHH EMGHIQYDMA YAAQPFLLRN GANEGFHEAV GEIMSLSAAT PNHL KNIGL LPPDFSEDSE TDINFLLKQA LTIVGTLPFT YMLEKWRWMV FKGEIPKEQW MQKWWEMKRD IVGVVEPLPH DETYC DPAA LFHVANDYSF IRYYTRTIYQ FQFQEALCQI AKHEGPLYKC DISNSREAGQ KLHEMLSLGR SKPWTFALER VVGAKT MDV RPLLNYFEPL FTWLKEQNRN SFVGWNTDWS PYAD

UniProtKB: Angiotensin-converting enzyme

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分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1182781
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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