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- EMDB-60059: Structure of the Bacterial Ribosome without hypoxia-induced rRNA ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-60059
タイトルStructure of the Bacterial Ribosome without hypoxia-induced rRNA modifications
マップデータ
試料
  • 複合体: The complex of E. coli 70S ribosome with mRNA and P- site tRNA
    • 複合体: E. coli 70S ribosome
      • RNA: x 3種
      • タンパク質・ペプチド: x 49種
    • 複合体: mRNA and P- site tRNA
      • RNA: x 2種
  • リガンド: x 1種
キーワードrRNA modifications / translation / RIBOSOME
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cytoplasmic translational initiation / transcription antitermination factor activity, RNA binding / ornithine decarboxylase inhibitor activity / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / positive regulation of ribosome biogenesis / RNA-binding transcription regulator activity ...negative regulation of cytoplasmic translational initiation / transcription antitermination factor activity, RNA binding / ornithine decarboxylase inhibitor activity / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / positive regulation of ribosome biogenesis / RNA-binding transcription regulator activity / four-way junction DNA binding / negative regulation of cytoplasmic translation / DnaA-L2 complex / regulation of mRNA stability / translation repressor activity / negative regulation of translational initiation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / regulation of DNA-templated transcription elongation / positive regulation of RNA splicing / transcription elongation factor complex / cytosolic ribosome assembly / response to reactive oxygen species / ribosome assembly / assembly of large subunit precursor of preribosome / transcription antitermination / DNA endonuclease activity / translational initiation / regulation of cell growth / response to radiation / DNA-templated transcription termination / maintenance of translational fidelity / mRNA 5'-UTR binding / regulation of translation / large ribosomal subunit / ribosomal small subunit assembly / transferase activity / ribosome biogenesis / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / 5S rRNA binding / small ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / hydrolase activity / mRNA binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L31 signature. ...Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / : / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / : / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S3, bacterial-type / : / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein S5, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / : / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein L33 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / L28p-like / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein S15, bacterial-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Large ribosomal subunit protein bL32 ...Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL36A / Large ribosomal subunit protein bL9 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein bS21 / Large ribosomal subunit protein bL25
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / Escherichia phage T4 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Ishiguro K / Yokoyama T / Shirouzu M / Ito T / Suzuki T
資金援助 日本, 3件
OrganizationGrant number国
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan) 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)26113003, 26220205 and 18H05272 日本
Japan Science and TechnologyJPMJER2002 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Novel rRNA methylations regulate translational efficiency of the ribosomes in response to oxygen condition
著者: Ishiguro K / Midorikawa K / Miyauchi K / Kimura S / Naoki S / Yokoyama T / Shirouzu M / Liiv A / Remme J / Ito T / Suzuki T
履歴
登録2024年5月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年11月12日-
マップ公開2025年11月12日-
更新2025年12月24日-
現状2025年12月24日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_60059.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_60059.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 567.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 530 pix.
= 439.9 Å		0.83 Å/pix.
x 530 pix.
= 439.9 Å		0.83 Å/pix.
x 530 pix.
= 439.9 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.024
最小 - 最大-0.122126 - 0.2391415
平均 (標準偏差)-0.00053414976 (±0.008432967)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ530530530
Spacing530530530
セルA=B=C: 439.9 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
追加マップ: Before postprocess

ファイルemd_60059_additional_1.map
注釈Before postprocess
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_60059_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_60059_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

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全体 : The complex of E. coli 70S ribosome with mRNA and P- site tRNA

全体名称: The complex of E. coli 70S ribosome with mRNA and P- site tRNA
要素
  • 複合体: The complex of E. coli 70S ribosome with mRNA and P- site tRNA
    • 複合体: E. coli 70S ribosome
      • RNA: 16S rRNA
      • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS2
      • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS3
      • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS4
      • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS5
      • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein bS6, fully modified isoform
      • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS7
      • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS8
      • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS9
      • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS10
      • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS11
      • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS12
      • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS13
      • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS14
      • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS15
      • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein bS16
      • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS17
      • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein bS18
      • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS19
      • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein bS20
      • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein bS21
      • RNA: 23S rRNA
      • RNA: 5S rRNA
      • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL2
      • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL3
      • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL4
      • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL5
      • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL6
      • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL9
      • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL13
      • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL14
      • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL15
      • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL16
      • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL17
      • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL18
      • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL19
      • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL20
      • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL21
      • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL22
      • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL23
      • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL24
      • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL25
      • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL27
      • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL28
      • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL29
      • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL30
      • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL32
      • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL33
      • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL34
      • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL35
      • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL36A
      • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL31
    • 複合体: mRNA and P- site tRNA
      • RNA: mRNA
      • RNA: P-site tRNA-fMet
  • リガンド: MAGNESIUM ION

+
超分子 #1: The complex of E. coli 70S ribosome with mRNA and P- site tRNA

超分子名称: The complex of E. coli 70S ribosome with mRNA and P- site tRNA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#54
詳細: E. coli 70S ribosome without hypoxia-induced rRNA modifications was incubated with mRNA and E.coli tRNA-fMet

+
超分子 #2: E. coli 70S ribosome

超分子名称: E. coli 70S ribosome / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#52
詳細: E. coli 70S ribosome was purified from anaerobically grown KO cells
由来(天然)生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)

+
超分子 #3: mRNA and P- site tRNA

超分子名称: mRNA and P- site tRNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #53-#54

+
分子 #1: 16S rRNA

分子名称: 16S rRNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)
分子量理論値: 499.873406 KDa
配列文字列: AAAUUGAAGA GUUUGAUCAU GGCUCAGAUU GAACGCUGGC GGCAGGCCUA ACACAUGCAA GUCGAACGGU AACAGGAAGA AGCUUGCUU CUUUGCUGAC GAGUGGCGGA CGGGUGAGUA AUGUCUGGGA AACUGCCUGA UGGAGGGGGA UAACUACUGG A AACGGUAG ...文字列:
AAAUUGAAGA GUUUGAUCAU GGCUCAGAUU GAACGCUGGC GGCAGGCCUA ACACAUGCAA GUCGAACGGU AACAGGAAGA AGCUUGCUU CUUUGCUGAC GAGUGGCGGA CGGGUGAGUA AUGUCUGGGA AACUGCCUGA UGGAGGGGGA UAACUACUGG A AACGGUAG CUAAUACCGC AUAACGUCGC AAGACCAAAG AGGGGGACCU UCGGGCCUCU UGCCAUCGGA UGUGCCCAGA UG GGAUUAG CUAGUAGGUG GGGUAACGGC UCACCUAGGC GACGAUCCCU AGCUGGUCUG AGAGGAUGAC CAGCCACACU GGA ACUGAG ACACGGUCCA GACUCCUACG GGAGGCAGCA GUGGGGAAUA UUGCACAAUG GGCGCAAGCC UGAUGCAGCC AUGC CGCGU GUAUGAAGAA GGCCUUCGGG UUGUAAAGUA CUUUCAGCGG GGAGGAAGGG AGUAAAGUUA AUACCUUUGC UCAUU GACG UUACCCGCAG AAGAAGCACC GGCUAACUCC G(PSU)GCCAGCAG CC(G7M)CGGUAAU ACGGAGGGUG CAAGCGUU A AUCGGAAUUA CUGGGCGUAA AGCGCACGCA GGCGGUUUGU UAAGUCAGAU GUGAAAUCCC CGGGCUCAAC CUGGGAACU GCAUCUGAUA CUGGCAAGCU UGAGUCUCGU AGAGGGGGGU AGAAUUCCAG GUGUAGCGGU GAAAUGCGUA GAGAUCUGGA GGAAUACCG GUGGCGAAGG CGGCCCCCUG GACGAAGACU GACGCUCAGG UGCGAAAGCG UGGGGAGCAA ACAGGAUUAG A UACCCUGG UAGUCCACGC CGUAAACGAU GUCGACUUGG AGGUUGUGCC CUUGAGGCGU GGCUUCCGGA GCUAACGCGU UA AGUCGAC CGCCUGGGGA GUACGGCCGC AAGGUUAAAA CUCAAAUGAA UUGACGGGGG CCCGCACAAG CGGUGGAGCA UGU GGUUUA AUUCGAU(2MG)(5MC)A ACGCGAAGAA CCUUACCUGG UCUUGACAUC CACGGAAGUU UUCAGAGAUG AGAAUG UGC CUUCGGGAAC CGUGAGACAG GUGCUGCAUG GCUGUCGUCA GCUCGUGUUG UGAAAUGUUG GGUUAAGUCC CGCAACG AG CGCAACCCUU AUCCUUUGUU GCCAGCGGUC CGGCCGGGAA CUCAAAGGAG ACUGCCAGUG AUAAACUGGA GGAAGGUG G GGAUGACGUC AAGUCAUCAU G(2MG)CCCUUACG ACCAGGGCUA CACACGUGCU ACAAUGGCGC AUACAAAGAG AAGCG ACCU CGCGAGAGCA AGCGGACCUC AUAAAGUGCG UCGUAGUCCG GAUUGGAGUC UGCAACUCGA CUCCAUGAAG UCGGAA UCG CUAGUAAUCG UGGAUCAGAA UGCCACGGUG AAUACGUUCC CGGGCCUUGU ACACACCG(4OC)C CGU(5MC)ACACC AUGGGAGUGG GUUGCAAAAG AAGUAGGUAG CUUAACCUUC GGGAGGGCGC UUACCACUUU GUGAUUCAUG ACUGGGGUGA AGUCG(UR3)AAC AAGGUAACCG UAGG(2MG)G(MA6)(MA6)CC UGCGGUUGGA UCACCUCCUU A

GENBANK: GENBANK: CP047127.1

+
分子 #22: 23S rRNA

分子名称: 23S rRNA / タイプ: rna / ID: 22 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)
分子量理論値: 941.811562 KDa
配列文字列: GGUUAAGCGA CUAAGCGUAC ACGGUGGAUG CCCUGGCAGU CAGAGGCGAU GAAGGACGUG CUAAUCUGCG AUAAGCGUCG GUAAGGUGA UAUGAACCGU UAUAACCGGC GAUUUCCGAA UGGGGAAACC CAGUGUGUUU CGACACACUA UCAUUAACUG A AUCCAUAG ...文字列:
GGUUAAGCGA CUAAGCGUAC ACGGUGGAUG CCCUGGCAGU CAGAGGCGAU GAAGGACGUG CUAAUCUGCG AUAAGCGUCG GUAAGGUGA UAUGAACCGU UAUAACCGGC GAUUUCCGAA UGGGGAAACC CAGUGUGUUU CGACACACUA UCAUUAACUG A AUCCAUAG GUUAAUGAGG CGAACCGGGG GAACUGAAAC AUCUAAGUAC CCCGAGGAAA AGAAAUCAAC CGAGAUUCCC CC AGUAGCG GCGAGCGAAC GGGGAGCAGC CCAGAGCCUG AAUCAGUGUG UGUGUUAGUG GAAGCGUCUG GAAAGGCGCG CGA UACAGG GUGACAGCCC CGUACACAAA AAUGCACAUG CUGUGAGCUC GAUGAGUAGG GCGGGACACG UGGUAUCCUG UCUG AAUAU GGGGGGACCA UCCUCCAAGG CUAAAUACUC CUGACUGACC GAUAGUGAAC CAGUACCGUG AGGGAAAGGC GAAAA GAAC CCCGGCGAGG GGAGUGAAAA AGAACCUGAA ACCGUGUACG UACAAGCAGU GGGAGCACGC UUAGGCGUGU GACUGC GUA CCUUUUGUAU AAUGGGUCAG CGACUUAUAU UCUGUAGCAA GGUUAACCGA AUAGGGGAGC CGAAGGGAAA CCGAGUC UU AACUGGGCGU UAAGUUGCAG GGUAUAGACC CGAAACCCGG UGAUCUAGCC AUGGGCAGGU UGAAGGUUGG GUAACACU A ACUGGAGGAC CGAACCGACU AAU(1MG)(PSU)(5MU)GAAA AAUUAGCGGA UGACUUGUGG CUGGGGGUGA AAGGCCA AU CAAACCGGGA GAUAGCUGGU UCUCCCCGAA AGCUAUUUAG GUAGCGCCUC GUGAAUUCAU CUCCGGGGGU AGAGCACU G UUUCGGCAAG GGGGUCAUCC CGACUUACCA ACCCGAUGCA AACUGCGAAU ACCGGAGAAU GUUAUCACGG GAGACACAC GGCGGG(PSU)GCU AACGUCCGUC GUGAAGAGGG AAACAACCCA GACCGCCAGC UAAGGUCCCA AAGUCAUGGU UAAGUG GGA AACGAUGUGG GAAGGCCCAG ACAGCCAGGA UGUUGGCUUA GAAGCAGCCA UCAUUUAAAG AAAGCGUAAU AGCUCAC UG GUCGAGUCGG CCUGCGCGGA AGAUGUAACG GGGCUAAACC AUGCACCGAA GCUGCGGCAG CGACGCUUAU GCGUUGUU G GGUAGGGGAG CGUUCUGUAA GCCUGCGAAG GUGUGCUGUG AGGCAUGCUG GAGGUAUCAG AAGUGCGAAU GCUGACAUA AGUAACGAUA AAGCGGGUGA AAAGCCCGCU CGCCGGAAGA CCAAGGGUUC CUGUCCAACG UUAAUCGGGG CAGGGUGAGU CGACCCCUA AGGCGAGGCC GAAAGGCGUA GUCGAUGGGA AACAGGUUAA UAUUCCUGUA CUUGGUGUUA CUGCGAAGGG G GGACGGAG AAGGCUAUGU UGGCCGGGCG ACGGUUGUCC CGGUUUAAGC GUGUAGGCUG GUUUUCCAGG CAAAUCCGGA AA AUCAAGG CUGAGGCGUG AUGACGAGGC ACUACGGUGC UGAAGCAACA AAUGCCCUGC UUCCAGGAAA AGCCUCUAAG CAU CAGGUA ACAUCAAAUC GUACCCCAAA CCGACAC(6MZ)GG UGGUCAGGUA GAGAAUACCA AGGCGCUUGA GAGAACUCGG GUGAAGGAA CUAGGCAAAA UGGUGCCGUA ACUUCGGGAG AAGGCACGCU GAUAUGUAGG UGAGGUCCCU CGCGGAUGGA G CUGAAAUC AGUCGAAGAU ACCAGCUGGC UGCAACUGUU UAUUAAAAAC ACAGCACUGU GCAAACACGA AAGUGGACGU AU ACGGUGU GACGCCU(2MG)CC CGGUGCCGGA AGGUUAAUUG AUGGGGUUAG CGCAAGCGAA GCUCUUGAUC GAAGCCCCG GUAAACGGCG GCCG(PSU)AAC(3TD)A (PSU)AACGGUCCU AAGGUAGCGA AA(5MU)UCCUUGU CGGGUAAGUU CCGA C(5MC)UGC ACGAAUGGCG UAAUGAUGGC CAGGCUGUCU CCACCCGAGA CUCAGUGAAA UUGAACUCGC UGUG(6MZ)AG AU GCAGUGUACC CGCGGCAAGA CGGAAAGACC CCGU(G7M)AACCU UUACUAUAGC UUGACACUGA ACAUUGAGCC UUGA UGUGU AGGAUAGGUG GGAGGCUUUG AAGUGUGGAC GCCAGUCUGC AUGGAGCCGA CCUUGAAAUA CCACCCUUUA AUGUU UGAU GUUCUAACGU UGACCCGUAA UCCGGGUUGC GGACAGUGUC UGGUGGGUAG UUUGACUG(OMG)G GCGGUCUCCU CC UAAAGAG UAACGGAGGA GCACGAAGGU UGGCUAAUCC UGGUCGGACA UCAGGAGGUU AGUGCAAUGG CAUAAGCCAG CUU GACUGC GAGCGUGACG GCGCGAGCAG GUGCGAAAGC AGGUCAUAGU GAUCCGGUGG UUCUGAAUGG AAGGGCCAUC GCUC AACGG AUAAAAGGUA CUCCG(2MG)GGA(H2U) AACAGGC(PSU)GA UACCGCCCAA GAGUUCAUAU CGACGGCGGU GUU UGGCA(OMC) CUCG(2MA)(PSU)GUCG GCUCAUCACA UCCUGGGGCU GAAGUAGGUC CCAAGGGUAU GGC(OMU)GUUC G CCAUUUAAAG UGGUACGCGA GC(PSU)GGGUUUA GAACGUCGUG AGACAG(PSU)(PSU)CG GUCCCUAUCU GCCGUGG GC GCUGGAGAAC UGAGGGGGGC UGCUCCUAGU ACGAGAGGAC CGGAGUGGAC GCAUCACUGG UGUUCGGGUU GUCAUGCC A AUGGCACUGC CCGGUAGCUA AAUGCGGAAG AGAUAAGUGC UGAAAGCAUC UAAGCACGAA ACUUGCCCCG AGAUGAGUU CUCCCUGACC CUUUAAGGGU CCUGAAGGAA CGUUGAAGAC GACGACGUUG AUAGGCCGGG UGUGUAAGCG CAGCGAUGCG UUGAGCUAA CCGGUACUAA UGAACCGUGA GGCUUAACCU U

+
分子 #23: 5S rRNA

分子名称: 5S rRNA / タイプ: rna / ID: 23 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)
分子量理論値: 38.79009 KDa
配列文字列:
UGCCUGGCGG CCGUAGCGCG GUGGUCCCAC CUGACCCCAU GCCGAACUCA GAAGUGAAAC GCCGUAGCGC CGAUGGUAGU GUGGGGUCU CCCCAUGCGA GAGUAGGGAA CUGCCAGGCA U

GENBANK: GENBANK: CP049050.1

+
分子 #53: mRNA

分子名称: mRNA / タイプ: rna / ID: 53 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia phage T4 (ファージ)
分子量理論値: 21.199773 KDa
配列文字列:
GGCAACCUAA AACUUACACA AAUUAAAAAG GAAAUAGACA UGUUCAAAGU CGAAAAAUCU ACUACU

+
分子 #54: P-site tRNA-fMet

分子名称: P-site tRNA-fMet / タイプ: rna / ID: 54 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)
分子量理論値: 24.832918 KDa
配列文字列:
CGCGGGG(4SU)GG AGCAGCCUGG (H2U)AGCUCGUCG GG(OMC)UCAUAAC CCGAAGAUCG UCGG(5MU)(PSU)CAAA UCCGGCCCC CGCAACCA

GENBANK: GENBANK: LN832404.1

+
分子 #2: Small ribosomal subunit protein uS2

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)
分子量理論値: 26.78167 KDa
配列文字列: MATVSMRDML KAGVHFGHQT RYWNPKMKPF IFGARNKVHI INLEKTVPMF NEALAELNKI ASRKGKILFV GTKRAASEAV KDAALSCDQ FFVNHRWLGG MLTNWKTVRQ SIKRLKDLET QSQDGTFDKL TKKEALMRTR ELEKLENSLG GIKDMGGLPD A LFVIDADH ...文字列:
MATVSMRDML KAGVHFGHQT RYWNPKMKPF IFGARNKVHI INLEKTVPMF NEALAELNKI ASRKGKILFV GTKRAASEAV KDAALSCDQ FFVNHRWLGG MLTNWKTVRQ SIKRLKDLET QSQDGTFDKL TKKEALMRTR ELEKLENSLG GIKDMGGLPD A LFVIDADH EHIAIKEANN LGIPVFAIVD TNSDPDGVDF VIPGNDDAIR AVTLYLGAVA ATVREGRSQD LASQAEESFV EA E

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS2

+
分子 #3: Small ribosomal subunit protein uS3

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)
分子量理論値: 26.031316 KDa
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MGQKVHPNGI RLGIVKPWNS TWFANTKEFA DNLDSDFKVR QYLTKELAKA SVSRIVIERP AKSIRVTIHT ARPGIVIGKK GEDVEKLRK VVADIAGVPA QINIAEVRKP ELDAKLVADS ITSQLERRVM FRRAMKRAVQ NAMRLGAKGI KVEVSGRLGG A EIARTEWY REGRVPLHTL RADIDYNTSE AHTTYGVIGV KVWIFKGEIL GGMAAVEQPE KPAAQPKKQQ RKGRK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS3

+
分子 #4: Small ribosomal subunit protein uS4

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)
分子量理論値: 23.514199 KDa
配列文字列: MARYLGPKLK LSRREGTDLF LKSGVRAIDT KCKIEQAPGQ HGARKPRLSD YGVQLREKQK VRRIYGVLER QFRNYYKEAA RLKGNTGEN LLALLEGRLD NVVYRMGFGA TRAEARQLVS HKAIMVNGRV VNIASYQVSP NDVVSIREKA KKQSRVKAAL E LAEQREKP ...文字列:
MARYLGPKLK LSRREGTDLF LKSGVRAIDT KCKIEQAPGQ HGARKPRLSD YGVQLREKQK VRRIYGVLER QFRNYYKEAA RLKGNTGEN LLALLEGRLD NVVYRMGFGA TRAEARQLVS HKAIMVNGRV VNIASYQVSP NDVVSIREKA KKQSRVKAAL E LAEQREKP TWLEVDAGKM EGTFKRKPER SDLSADINEH LIVELYSK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS4

+
分子 #5: Small ribosomal subunit protein uS5

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)
分子量理論値: 17.629398 KDa
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MAHIEKQAGE LQEKLIAVNR VSKTVKGGRI FSFTALTVVG DGNGRVGFGY GKAREVPAAI QKAMEKARRN MINVALNNGT LQHPVKGVH TGSRVFMQPA SEGTGIIAGG AMRAVLEVAG VHNVLAKAYG STNPINVVRA TIDGLENMNS PEMVAAKRGK S VEEILGK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS5

+
分子 #6: Small ribosomal subunit protein bS6, fully modified isoform

分子名称: Small ribosomal subunit protein bS6, fully modified isoform
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)
分子量理論値: 15.727512 KDa
配列文字列:
MRHYEIVFMV HPDQSEQVPG MIERYTAAIT GAEGKIHRLE DWGRRQLAYP INKLHKAHYV LMNVEAPQEV IDELETTFRF NDAVIRSMV MRTKHAVTEA SPMVKAKDER RERRDDFANE TADDAEAGDS EEEEEE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS6

+
分子 #7: Small ribosomal subunit protein uS7

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)
分子量理論値: 20.055156 KDa
配列文字列:
MPRRRVIGQR KILPDPKFGS ELLAKFVNIL MVDGKKSTAE SIVYSALETL AQRSGKSELE AFEVALENVR PTVEVKSRRV GGSTYQVPV EVRPVRRNAL AMRWIVEAAR KRGDKSMALR LANELSDAAE NKGTAVKKRE DVHRMAEANK AFAHYRWLSL R SFSHQAGA SSKQPALGYL N

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS7

+
分子 #8: Small ribosomal subunit protein uS8

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)
分子量理論値: 14.146557 KDa
配列文字列:
MSMQDPIADM LTRIRNGQAA NKAAVTMPSS KLKVAIANVL KEEGFIEDFK VEGDTKPELE LTLKYFQGKA VVESIQRVSR PGLRIYKRK DELPKVMAGL GIAVVSTSKG VMTDRAARQA GLGGEIICYV A

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS8

+
分子 #9: Small ribosomal subunit protein uS9

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)
分子量理論値: 14.88627 KDa
配列文字列:
MAENQYYGTG RRKSSAARVF IKPGNGKIVI NQRSLEQYFG RETARMVVRQ PLELVDMVEK LDLYITVKGG GISGQAGAIR HGITRALME YDESLRSELR KAGFVTRDAR QVERKKVGLR KARRRPQFSK R

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS9

+
分子 #10: Small ribosomal subunit protein uS10

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)
分子量理論値: 11.755597 KDa
配列文字列:
MQNQRIRIRL KAFDHRLIDQ ATAEIVETAK RTGAQVRGPI PLPTRKERFT VLISPHVNKD ARDQYEIRTH LRLVDIVEPT EKTVDALMR LDLAAGVDVQ ISLG

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS10

+
分子 #11: Small ribosomal subunit protein uS11

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)
分子量理論値: 13.871959 KDa
配列文字列:
MAKAPIRARK RVRKQVSDGV AHIHASFNNT IVTITDRQGN ALGWATAGGS GFRGSRKSTP FAAQVAAERC ADAVKEYGIK NLEVMVKGP GPGRESTIRA LNAAGFRITN ITDVTPIPH(IAS) GCRPPKKRRV

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS11

+
分子 #12: Small ribosomal subunit protein uS12

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)
分子量理論値: 13.814249 KDa
配列文字列:
MATVNQLVRK PRARKVAKSN VPALEACPQK RGVCTRVYTT TPKKPNSALR KVCRVRLTNG FEVTSYIGGE GHNLQEHSVI LIRGGRVK(D2T) LPGVRYHTVR GALDCSGVKD RKQARSKYGV KRPKA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS12

+
分子 #13: Small ribosomal subunit protein uS13

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)
分子量理論値: 13.128467 KDa
配列文字列:
MARIAGINIP DHKHAVIALT SIYGVGKTRS KAILAAAGIA EDVKISELSE GQIDTLRDEV AKFVVEGDLR REISMSIKRL MDLGCYRGL RHRRGLPVRG QRTKTNARTR KGPRKPIKK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS13

+
分子 #14: Small ribosomal subunit protein uS14

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)
分子量理論値: 11.60656 KDa
配列文字列:
MAKQSMKARE VKRVALADKY FAKRAELKAI ISDVNASDED RWNAVLKLQT LPRDSSPSRQ RNRCRQTGRP HGFLRKFGLS RIKVREAAM RGEIPGLKKA SW

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS14

+
分子 #15: Small ribosomal subunit protein uS15

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)
分子量理論値: 10.290816 KDa
配列文字列:
MSLSTEATAK IVSEFGRDAN DTGSTEVQVA LLTAQINHLQ GHFAEHKKDH HSRRGLLRMV SQRRKLLDYL KRKDVARYTQ LIERLGLRR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS15

+
分子 #16: Small ribosomal subunit protein bS16

分子名称: Small ribosomal subunit protein bS16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)
分子量理論値: 9.207572 KDa
配列文字列:
MVTIRLARHG AKKRPFYQVV VADSRNARNG RFIERVGFFN PIASEKEEGT RLDLDRIAHW VGQGATISDR VAALIKEVNK AA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS16

+
分子 #17: Small ribosomal subunit protein uS17

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)
分子量理論値: 9.724491 KDa
配列文字列:
MTDKIRTLQG RVVSDKMEKS IVVAIERFVK HPIYGKFIKR TTKLHVHDEN NECGIGDVVE IRECRPLSKT KSWTLVRVVE KAVL

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS17

+
分子 #18: Small ribosomal subunit protein bS18

分子名称: Small ribosomal subunit protein bS18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)
分子量理論値: 9.005472 KDa
配列文字列:
MARYFRRRKF CRFTAEGVQE IDYKDIATLK NYITESGKIV PSRITGTRAK YQRQLARAIK RARYLSLLPY TDRHQ

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS18

+
分子 #19: Small ribosomal subunit protein uS19

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)
分子量理論値: 10.455355 KDa
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MPRSLKKGPF IDLHLLKKVE KAVESGDKKP LRTWSRRSTI FPNMIGLTIA VHNGRQHVPV FVTDEMVGHK LGEFAPTRTY RGHAADKKA KKK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS19

+
分子 #20: Small ribosomal subunit protein bS20

分子名称: Small ribosomal subunit protein bS20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)
分子量理論値: 9.708464 KDa
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MANIKSAKKR AIQSEKARKH NASRRSMMRT FIKKVYAAIE AGDKAAAQKA FNEMQPIVDR QAAKGLIHKN KAARHKANLT AQINKLA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS20

+
分子 #21: Small ribosomal subunit protein bS21

分子名称: Small ribosomal subunit protein bS21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)
分子量理論値: 8.524039 KDa
配列文字列:
MPVIKVRENE PFDVALRRFK RSCEKAGVLA EVRRREFYEK PTTERKRAKA SAVKRHAKKL ARENARRTRL Y

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS21

+
分子 #24: Large ribosomal subunit protein uL2

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)
分子量理論値: 29.923619 KDa
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MAVVKCKPTS PGRRHVVKVV NPELHKGKPF APLLEKNSKS GGRNNNGRIT TRHIGGGHKQ AYRIVDFKRN KDGIPAVVER LEYDPNRSA NIALVLYKDG ERRYILAPKG LKAGDQIQSG VDAAIKPGNT LPMRNIPVGS TVHNVEMKPG KGGQLARSAG T YVQIVARD GAYVTLRLRS GEMRKVEADC RATLGEVGNA EHMLRVLGKA GAARWRGVRP TVRGTAMNPV DHPHGGGEGR NF GKHPVTP WGVQTKGKKT RSNKRTDKFI VRRRSK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL2

+
分子 #25: Large ribosomal subunit protein uL3

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)
分子量理論値: 22.291562 KDa
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MIGLVGKKVG MTRIFTEDGV SIPVTVIEVE ANRVTQVKDL ANDGYRAIQV TTGAKKANRV TKPEAGHFAK AGVEAGRGLW EFRLAEGEE FTVGQSISVE LFADVKKVDV TGTSKGKGFA GTVKRWNFRT QDATHGNSLS HRVPGSIGQN (MEQ)TPGKVF KG KKMAGQMGNE RVTVQSLDVV RVDAERNLLL VKGAVPGATG SDLIVKPAVK A

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL3

+
分子 #26: Large ribosomal subunit protein uL4

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)
分子量理論値: 22.121566 KDa
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UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL4

+
分子 #27: Large ribosomal subunit protein uL5

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)
分子量理論値: 20.333611 KDa
配列文字列:
MAKLHDYYKD EVVKKLMTEF NYNSVMQVPR VEKITLNMGV GEAIADKKLL DNAAADLAAI SGQKPLITKA RKSVAGFKIR QGYPIGCKV TLRGERMWEF FERLITIAVP RIRDFRGLSA KSFDGRGNYS MGVREQIIFP EIDYDKVDRV RGLDITITTT A KSDEEGRA LLAAFDFPFR K

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL5

+
分子 #28: Large ribosomal subunit protein uL6

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)
分子量理論値: 18.932791 KDa
配列文字列:
MSRVAKAPVV VPAGVDVKIN GQVITIKGKN GELTRTLNDA VEVKHADNTL TFGPRDGYAD GWAQAGTARA LLNSMVIGVT EGFTKKLQL VGVGYRAAVK GNVINLSLGF SHPVDHQLPA GITAECPTQT EIVLKGADKQ VIGQVAADLR AYRRPEPYKG K GVRYADEV VRTKEAKKK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL6

+
分子 #29: Large ribosomal subunit protein bL9

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)
分子量理論値: 15.78902 KDa
配列文字列:
MQVILLDKVA NLGSLGDQVN VKAGYARNFL VPQGKAVPAT KKNIEFFEAR RAELEAKLAE VLAAANARAE KINALETVTI ASKAGDEGK LFGSIGTRDI ADAVTAAGVE VAKSEVRLPN GVLRTTGEHE VSFQVHSEVF AKVIVNVVAE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL9

+
分子 #30: Large ribosomal subunit protein uL13

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)
分子量理論値: 16.050606 KDa
配列文字列:
MKTFTAKPET VKRDWYVVDA TGKTLGRLAT ELARRLRGKH KAEYTPHVDT GDYIIVLNAD KVAVTGNKRT DKVYYHHTGH IGGIKQATF EEMIARRPER VIEIAVKGML PKGPLGRAMF RKLKVYAGNE HNHAAQQPQV LDI

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL13

+
分子 #31: Large ribosomal subunit protein uL14

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)
分子量理論値: 13.565067 KDa
配列文字列:
MIQEQTMLNV ADNSGARRVM CIKVLGGSHR RYAGVGDIIK ITIKEAIPRG KVKKGDVLKA VVVRTKKGVR RPDGSVIRFD GNACVLLNN NSEQPIGTRI FGPVTRELRS EKFMKIISLA PEVL

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL14

+
分子 #32: Large ribosomal subunit protein uL15

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)
分子量理論値: 15.008471 KDa
配列文字列:
MRLNTLSPAE GSKKAGKRLG RGIGSGLGKT GGRGHKGQKS RSGGGVRRGF EGGQMPLYRR LPKFGFTSRK AAITAEIRLS DLAKVEGGV VDLNTLKAAN IIGIQIEFAK VILAGEVTTP VTVRGLRVTK GARAAIEAAG GKIEE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL15

+
分子 #33: Large ribosomal subunit protein uL16

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)
分子量理論値: 15.343327 KDa
配列文字列:
MLQPKRTKFR KMHKGRNRGL AQGTDVSFGS FGLKAVGRGR LTARQIEAAR RAMTRAVKRQ GKIWIRVFPD KPITEKPLAV (4D4)(MS6)GKGKGNV EYWVALIQPG KVLYEMDGVP EELAREAFKL AAAKLPIKTT FVTKTVM

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL16

+
分子 #34: Large ribosomal subunit protein bL17

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)
分子量理論値: 14.393657 KDa
配列文字列:
MRHRKSGRQL NRNSSHRQAM FRNMAGSLVR HEIIKTTLPK AKELRRVVEP LITLAKTDSV ANRRLAFART RDNEIVAKLF NELGPRFAS RAGGYTRILK CGFRAGDNAP MAYIELVDRS EKAEAAAE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL17

+
分子 #35: Large ribosomal subunit protein uL18

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)
分子量理論値: 12.794668 KDa
配列文字列:
MDKKSARIRR ATRARRKLQE LGATRLVVHR TPRHIYAQVI APNGSEVLVA ASTVEKAIAE QLKYTGNKDA AAAVGKAVAE RALEKGIKD VSFDRSGFQY HGRVQALADA AREAGLQF

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL18

+
分子 #36: Large ribosomal subunit protein bL19

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)
分子量理論値: 13.159278 KDa
配列文字列:
MSNIIKQLEQ EQMKQDVPSF RPGDTVEVKV WVVEGSKKRL QAFEGVVIAI RNRGLHSAFT VRKISNGEGV ERVFQTHSPV VDSISVKRR GAVRKAKLYY LRERTGKAAR IKERLN

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL19

+
分子 #37: Large ribosomal subunit protein bL20

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 37 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)
分子量理論値: 13.528024 KDa
配列文字列:
MARVKRGVIA RARHKKILKQ AKGYYGARSR VYRVAFQAVI KAGQYAYRDR RQRKRQFRQL WIARINAAAR QNGISYSKFI NGLKKASVE IDRKILADIA VFDKVAFTAL VEKAKAALA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL20

+
分子 #38: Large ribosomal subunit protein bL21

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 38 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)
分子量理論値: 11.586374 KDa
配列文字列:
MYAVFQSGGK QHRVSEGQTV RLEKLDIATG ETVEFAEVLM IANGEEVKIG VPFVDGGVIK AEVVAHGRGE KVKIVKFRRR KHYRKQQGH RQWFTDVKIT GISA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL21

+
分子 #39: Large ribosomal subunit protein uL22

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 39 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)
分子量理論値: 12.253359 KDa
配列文字列:
METIAKHRHA RSSAQKVRLV ADLIRGKKVS QALDILTYTN KKAAVLVKKV LESAIANAEH NDGADIDDLK VTKIFVDEGP SMKRIMPRA KGRADRILKR TSHITVVVSD R

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL22

+
分子 #40: Large ribosomal subunit protein uL23

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 40 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
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分子量理論値: 11.22216 KDa
配列文字列:
MIREERLLKV LRAPHVSEKA STAMEKSNTI VLKVAKDATK AEIKAAVQKL FEVEVEVVNT LVVKGKVKRH GQRIGRRSDW KKAYVTLKE GQNLDFVGGA E

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL23

+
分子 #41: Large ribosomal subunit protein uL24

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 41 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)
分子量理論値: 11.33925 KDa
配列文字列:
MAAKIRRDDE VIVLTGKDKG KRGKVKNVLS SGKVIVEGIN LVKKHQKPVP ALNQPGGIVE KEAAIQVSNV AIFNAATGKA DRVGFRFED GKKVRFFKSN SETIK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL24

+
分子 #42: Large ribosomal subunit protein bL25

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 42 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)
分子量理論値: 10.713465 KDa
配列文字列:
MFTINAEVRK EQGKGASRRL RAANKFPAII YGGKEAPLAI ELDHDKVMNM QAKAEFYSEV LTIVVDGKEI KVKAQDVQRH PYKPKLQHI DFVRA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL25

+
分子 #43: Large ribosomal subunit protein bL27

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 43 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)
分子量理論値: 9.14654 KDa
配列文字列:
MAHKKAGGST RNGRDSEAKR LGVKRFGGES VLAGSIIVRQ RGTKFHAGAN VGCGRDHTLF AKADGKVKFE VKGPKNRKFI SIEAE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL27

+
分子 #44: Large ribosomal subunit protein bL28

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 44 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)
分子量理論値: 9.027551 KDa
配列文字列:
MSRVCQVTGK RPVTGNNRSH ALNATKRRFL PNLHSHRFWV ESEKRFVTLR VSAKGMRVID KKGIDTVLAE LRARGEKY

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL28

+
分子 #45: Large ribosomal subunit protein uL29

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 45 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)
分子量理論値: 7.286464 KDa
配列文字列:
MKAKELREKS VEELNTELLN LLREQFNLRM QAASGQLQQS HLLKQVRRDV ARVKTLLNEK AGA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL29

+
分子 #46: Large ribosomal subunit protein uL30

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 46 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)
分子量理論値: 6.55482 KDa
配列文字列:
MAKTIKITQT RSAIGRLPKH KATLLGLGLR RIGHTVERED TPAIRGMINA VSFMVKVEE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL30

+
分子 #47: Large ribosomal subunit protein bL32

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 47 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)
分子量理論値: 6.463445 KDa
配列文字列:
MAVQQNKPTR SKRGMRRSHD ALTAVTSLSV DKTSGEKHLR HHITADGYYR GRKVIAK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL32

+
分子 #48: Large ribosomal subunit protein bL33

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL33 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 48 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)
分子量理論値: 6.388631 KDa
配列文字列:
MAKGIREKIK LVSSAGTGHF YTTTKNKRTK PEKLELKKFD PVVRQHVIYK EAKIK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL33

+
分子 #49: Large ribosomal subunit protein bL34

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 49 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)
分子量理論値: 5.397463 KDa
配列文字列:
MKRTFQPSVL KRNRSHGFRA RMATKNGRQV LARRRAKGRA RLTVSK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL34

+
分子 #50: Large ribosomal subunit protein bL35

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 50 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)
分子量理論値: 7.313032 KDa
配列文字列:
MPKIKTVRGA AKRFKKTGKG GFKHKHANLR HILTKKATKR KRHLRPKAMV SKGDLGLVIA CLPYA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL35

+
分子 #51: Large ribosomal subunit protein bL36A

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL36A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 51 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)
分子量理論値: 4.37739 KDa
配列文字列:
MKVRASVKKL CRNCKIVKRD GVIRVICSAE PKHKQRQG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL36A

+
分子 #52: Large ribosomal subunit protein bL31

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL31 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 52 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)
分子量理論値: 7.887117 KDa
配列文字列:
MKKDIHPKYE EITASCSCGN VMKIRSTVGH DLNLDVCSKC HPFFTGKQRD VATGGRVDRF NKRFNIPGSK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL31

+
分子 #55: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 55 / コピー数: 457 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.6
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES, 4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid
10.0 mMMg(C2H3O2)2Magnesium acetate
100.0 mMNH4ClAmmonium chloride
6.0 mMC2H6OS2-mercaptoethanol

詳細: The Buffer pH was adjusted to 7.6 using KOH.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細50nM ribosomes were incubated with 250nM tRNA and mRNA

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6057 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 105000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 764584
CTF補正ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.3) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 5 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.59 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.3) / 使用した粒子像数: 244856
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.3)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: crYOLO (ver. 1.8.2)
最終 3次元分類クラス数: 10 / 平均メンバー数/クラス: 39006 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.3)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

7k00


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8zff:
Structure of the Bacterial Ribosome without hypoxia-induced rRNA modifications

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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