[日本語] English
万見
- EMDB-60037: Cryo-EM structure of the E. coli BrxX methyltransferase complexed... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-60037
タイトルCryo-EM structure of the E. coli BrxX methyltransferase complexed with Ocr
マップデータ
試料
  • 複合体: The complex of E. coli BrxX methyltransferase with Ocr from bacteriophage T7
    • タンパク質・ペプチド: site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)
    • タンパク質・ペプチド: Protein Ocr
キーワードmethyltransferase / complex / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated evasion of host restriction-modification system / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity / DNA modification / methylation / nucleic acid binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / :
類似検索 - 分子機能
: / B-form DNA mimic Ocr / DNA mimic ocr / Protein Ocr / Type II restriction enzyme and methyltransferase RM.Eco57I-like / Eco57I restriction-modification methylase / : / N-6 Adenine-specific DNA methylases signature. / DNA methylase, N-6 adenine-specific, conserved site / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) / Protein Ocr
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌) / Escherichia phage T7 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Zhu L / Xu TH / Sun LT
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32271314 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31600593 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2024
タイトル: Ocr-mediated suppression of BrxX unveils a phage counter-defense mechanism.
著者: Shen Li / Tianhao Xu / Xinru Meng / Yujuan Yan / Ying Zhou / Lei Duan / Yulong Tang / Li Zhu / Litao Sun /
要旨: The burgeoning crisis of antibiotic resistance has directed attention to bacteriophages as natural antibacterial agents capable of circumventing bacterial defenses. Central to this are the bacterial ...The burgeoning crisis of antibiotic resistance has directed attention to bacteriophages as natural antibacterial agents capable of circumventing bacterial defenses. Central to this are the bacterial defense mechanisms, such as the BREX system, which utilizes the methyltransferase BrxX to protect against phage infection. This study presents the first in vitro characterization of BrxX from Escherichia coli, revealing its substrate-specific recognition and catalytic activity. We demonstrate that BrxX exhibits nonspecific DNA binding but selectively methylates adenine within specific motifs. Kinetic analysis indicates a potential regulation of BrxX by the concentration of its co-substrate, S-adenosylmethionine, and suggests a role for other BREX components in modulating BrxX activity. Furthermore, we elucidate the molecular mechanism by which the T7 phage protein Ocr (Overcoming classical restriction) inhibits BrxX. Despite low sequence homology between BrxX from different bacterial species, Ocr effectively suppresses BrxX's enzymatic activity through high-affinity binding. Cryo-electron microscopy and biophysical analyses reveal that Ocr, a DNA mimic, forms a stable complex with BrxX, highlighting a conserved interaction interface across diverse BrxX variants. Our findings provide insights into the strategic counteraction by phages against bacterial defense systems and offer a foundational understanding of the complex interplay between phages and their bacterial hosts, with implications for the development of phage therapy to combat antibiotic resistance.
履歴
登録2024年5月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月11日-
マップ公開2024年12月11日-
更新2024年12月11日-
現状2024年12月11日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_60037.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_60037.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 480 pix.
= 412.8 Å		0.86 Å/pix.
x 480 pix.
= 412.8 Å		0.86 Å/pix.
x 480 pix.
= 412.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.86 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.18722077 - 0.57299167
平均 (標準偏差)0.00004334798 (±0.008771785)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 412.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_60037_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_60037_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : The complex of E. coli BrxX methyltransferase with Ocr from bacte...

全体名称: The complex of E. coli BrxX methyltransferase with Ocr from bacteriophage T7
要素
  • 複合体: The complex of E. coli BrxX methyltransferase with Ocr from bacteriophage T7
    • タンパク質・ペプチド: site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)
    • タンパク質・ペプチド: Protein Ocr

-
超分子 #1: The complex of E. coli BrxX methyltransferase with Ocr from bacte...

超分子名称: The complex of E. coli BrxX methyltransferase with Ocr from bacteriophage T7
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

-
分子 #1: site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)

分子名称: site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 138.043219 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MNTNNIKKYA PQARNDFRDA VIQKLTTLGI AADKKGNLQI AEAETIGETV RYGQFDYPLS TLPRRERLVK RAREQGFEVL VEHCAYTWF NRLCAIRYME LHGYLDHGFR MLSHPETPTA FEVLDHVPEV AEALLPESKA QLVEMKLSGN QDEALYRELL L GQCHALHH ...文字列:
MNTNNIKKYA PQARNDFRDA VIQKLTTLGI AADKKGNLQI AEAETIGETV RYGQFDYPLS TLPRRERLVK RAREQGFEVL VEHCAYTWF NRLCAIRYME LHGYLDHGFR MLSHPETPTA FEVLDHVPEV AEALLPESKA QLVEMKLSGN QDEALYRELL L GQCHALHH AMPFLFEAVD DEAELLLPDN LTRTDSILRG LVDDIPEEDW EQVEVIGWLY QFYISEKKDA VIGKVVKSED IP AATQLFT PNWIVQYLVQ NSVGRQWLQT YPDSPLKDKM EYYIEPAEQT PEVQAQLAAI TPASIEPESI KVLDPACGSG HIL TEAYNV LKAIYEERGY RTRDIPQLIL ENNIFGLDID DRAAQLSGFA MLMLARQDDR RILGRGVRLN IVSLQESKLD IAEV WTKLN FHQHMQRGSM GDMFTQGTAL ANTDSAEYKL LMRTLALFTS AKTLGSLIQV PQEDEAALKA FLEGLYRLAV EGDIQ QKEA AAELIPYIQQ AWILAQRYDA VVANPPYMGG KGMNGDLKEF AKKQFPDSKS DLFAMFMQHA FSLLKENGFN AQVNMQ SWM FLSSYEALRG WLLDNKTFIT MAHLGARAFG QISGEVVQTT AWVIKNNHSG FYKPVFFRLV DDNEEHKKNN LLNRMNC FK NTLQNDFKKI PGSPIAYWAT LAFINSFLKL PALGTRAVKG LDTNGSIDVF LRRWPEVSIN SFDALGKGNS KWFPIAKG G ELRKWFGNHE YIINYENDGI ELRKNKANLR NKDMYFQEGG TWTVVSTTGF SMRYMPKGFL FDQGGSAVFC ENNDELSIY NILACMNSKY INYSASLICP TLNFTTGDVR KFPVIKNNHL EDLAKKAIEI SKADWNQFET SWEFSKNKLI EHKGNVAYSY ASYCNFQDK LYEQLVNIEK NINNIIEEIL GFKIETTENS ELITLNSNKI YRYGQSETND TFLNRHRSDT ISELISYSVG C QMGRYSLD REGLVYAHEG NKGFADLVAE GAYKTFPADS DGILPLMDDE WFEDDVTSRV KEFVRTVWGE EHLQENLEFI AE SLCLYAI KPKKGESALE TIRRYLSTQF WKDHMKMYKK RPIYWLFSSG KEKAFECLVY LHRYNDATLS RMRTEYVVPL LAR YQANID RLNDQLDEAS GGEATRLKRE RDSLIKKFSE LRSYDDRLRH YADMRISIDL DDGVKVNYGK FGDLLADVKA ITGN APEVI

UniProtKB: site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)

-
分子 #2: Protein Ocr

分子名称: Protein Ocr / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage T7 (ファージ)
分子量理論値: 13.819015 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MAMSNMTYNN VFDHAYEMLK ENIRYDDIRD TDDLHDAIHM AADNAVPHYY ADIFSVMASE GIDLEFEDSG LMPDTKDVIR ILQARIYEQ LTIDLWEDAE DLLNEYLEEV EEYEEDEE

UniProtKB: Protein Ocr

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 54.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.15 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 448285
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8zek:
Cryo-EM structure of the E. coli BrxX methyltransferase complexed with Ocr

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る