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- EMDB-55831: PhiC31 excisive synapse: P'-bound subregion -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-55831
タイトルPhiC31 excisive synapse: P'-bound subregion
マップデータ
試料
  • 複合体: PhiC31 excisive synapse: P'-bound subregion
    • タンパク質・ペプチド: Integrase
    • DNA: attL60_Fw
    • DNA: attL60_Rv
    • タンパク質・ペプチド: Recombination directionality factor
  • リガンド: ZINC ION
キーワードSerine integrase / Recombinase / Site-specific recombination / RDF / DNA / RECOMBINATION
機能・相同性
機能・相同性情報


provirus excision / DNA strand exchange activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Recombination directionality factor-like / Recombination directionality factor-like / DNA-binding recombinase domain / DNA-binding recombinase domain superfamily / DNA-binding recombinase domain profile. / : / Resolvase, N-terminal catalytic domain / Resolvase-like, N-terminal catalytic domain superfamily / Resolvase, N terminal domain / Resolvase, N terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Recombination directionality factor / Integrase
類似検索 - 構成要素
生物種Lomovskayavirus C31 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.27 Å
データ登録者Sun YE / Spagnolo L
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/W017571/1 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural mechanisms of unidirectional prophage integration and excision by serine integrases
著者: Sun YE / Aspinall L / Joseph AP / Colloms SD / Stark WM / Spagnolo L
履歴
登録2025年11月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年2月11日-
マップ公開2026年2月11日-
更新2026年2月11日-
現状2026年2月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_55831.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_55831.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 360 pix.
= 381.6 Å		1.06 Å/pix.
x 360 pix.
= 381.6 Å		1.06 Å/pix.
x 360 pix.
= 381.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.013
最小 - 最大-0.017241186 - 0.05824343
平均 (標準偏差)0.000034833152 (±0.0010387019)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 381.59998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_55831_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_55831_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_55831_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : PhiC31 excisive synapse: P'-bound subregion

全体名称: PhiC31 excisive synapse: P'-bound subregion
要素
  • 複合体: PhiC31 excisive synapse: P'-bound subregion
    • タンパク質・ペプチド: Integrase
    • DNA: attL60_Fw
    • DNA: attL60_Rv
    • タンパク質・ペプチド: Recombination directionality factor
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: PhiC31 excisive synapse: P'-bound subregion

超分子名称: PhiC31 excisive synapse: P'-bound subregion / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Lomovskayavirus C31 (ウイルス)
分子量理論値: 117 KDa

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分子 #1: Integrase

分子名称: Integrase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lomovskayavirus C31 (ウイルス)
分子量理論値: 69.566398 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MDTYAGAYDR QARERENSSA ASPATQRSAN EDKAADLQRE VERDGGRFRF VGHFSEAPGT SAFGTAERP EFERILNECR AGRLNMIIVY DVSRFSRLKV MDAIPIVSEL LALGVTIVST QEGVFRQGNV MDLIHLIMRL D ASHKESSL ...文字列:
MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MDTYAGAYDR QARERENSSA ASPATQRSAN EDKAADLQRE VERDGGRFRF VGHFSEAPGT SAFGTAERP EFERILNECR AGRLNMIIVY DVSRFSRLKV MDAIPIVSEL LALGVTIVST QEGVFRQGNV MDLIHLIMRL D ASHKESSL KSAKILDTKN LQRELGGYVG GKAPYGFELV SETKEITRNG RMVNVVINKL AHSTTPLTGP FEFEPDVIRW WW REIKTHK HLPFKPGSQA AIHPGSITGL CKRMDADAVP TRGETIGKKT ASSAWDPATV MRILRDPRIA GFAAEVIYKK KPD GTPTTK IEGYRIQRDP ITLRPVELDC GPIIEPAEWY ELQAWLDGRG RGKGLSRGQA ILSAMDKLYC ECGAVMTSKR GEES IKDSY RCRRRKVVDP SAPGQHEGTC NVSMAALDKF VAERIFNKIR HAEGDEETLA LLWEAARRFG KLTEAPEKSG ERANL VAER ADALNALEEL YEDRAAGAYD GPVGRKHFRK QQAALTLRQQ GAEERLAELE AAEAPKLPLD QWFPEDADAD PTGPKS WWG RASVDDKRVF VGLFVDKIVV TKSTTGRGQG TPIEKRASIT WAKPPTDDDE DDAQDGTEDV AATS

UniProtKB: Integrase

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分子 #4: Recombination directionality factor

分子名称: Recombination directionality factor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lomovskayavirus C31 (ウイルス)
分子量理論値: 30.669271 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MSYYHHHHHH DYDIPTTENL YFQGAMAMAK RSIWAGDEDN KPKKRETYAD DTVGRFHSGY SETNERGKVV PVALDKWRIS TGEQSVADA VAQLFGGTPV ENEESTSENF IDVFTDRPKV PVIIEADGIH WDMKLWLNGK LKHHCDGFDF VSHADEEMIG Q PCGCPKLF ...文字列:
MSYYHHHHHH DYDIPTTENL YFQGAMAMAK RSIWAGDEDN KPKKRETYAD DTVGRFHSGY SETNERGKVV PVALDKWRIS TGEQSVADA VAQLFGGTPV ENEESTSENF IDVFTDRPKV PVIIEADGIH WDMKLWLNGK LKHHCDGFDF VSHADEEMIG Q PCGCPKLF DERKAAAKEY DAPNPAITVT FTLADDPELG RFKFQTGSWT LFKVLHEAED DVERVGKGGA VLANLELELV EY TPKRGPM RNKLVSYYKP TITVLKSYND AIAD

UniProtKB: Recombination directionality factor

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分子 #2: attL60_Fw

分子名称: attL60_Fw / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Lomovskayavirus C31 (ウイルス)
分子量理論値: 18.701863 KDa
配列文字列: (DA)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG) (DC)(DG)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DA)(DG) (DG)(DG)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DC) (DT)(DT)(DG)(DA)(DG)(DT)(DT)(DC)(DT)(DC) (DT) (DC)(DA)(DG)(DT)(DT) ...文字列:
(DA)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG) (DC)(DG)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DA)(DG) (DG)(DG)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DC) (DT)(DT)(DG)(DA)(DG)(DT)(DT)(DC)(DT)(DC) (DT) (DC)(DA)(DG)(DT)(DT)(DG)(DG)(DG) (DG)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DT) (DC)(DG)

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分子 #3: attL60_Rv

分子名称: attL60_Rv / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Lomovskayavirus C31 (ウイルス)
分子量理論値: 18.293691 KDa
配列文字列: (DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG) (DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DA)(DA)(DC)(DT)(DG) (DA)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DC)(DT)(DC) (DA)(DA)(DG)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DC) (DC) (DC)(DT)(DG)(DG)(DC) ...文字列:
(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG) (DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DA)(DA)(DC)(DT)(DG) (DA)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DC)(DT)(DC) (DA)(DA)(DG)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DC) (DC) (DC)(DT)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC) (DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG) (DC)(DT)

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分子 #5: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7611 / 平均露光時間: 4.5 sec. / 平均電子線量: 60.07 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 4359047
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.27 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 66541
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-9teo:
PhiC31 excisive synapse: P'-bound subregion

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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