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万見
- EMDB-54372: Single particle reconstruction of Rhodospirillum rubrum encapsulin -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-54372
タイトルSingle particle reconstruction of Rhodospirillum rubrum encapsulin
マップデータCryosparc map
試料
  • 複合体: Rhodospirillum rubrum encapsulin
    • タンパク質・ペプチド: Type 1 encapsulin shell protein
キーワードEncapsulin / nanocompartment / encapsulated ferritin / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性Type 1 encapsulin shell protein / Encapsulating protein for peroxidase / : / encapsulin nanocompartment / Type 1 encapsulin shell protein
機能・相同性情報
生物種Rhodospirillum rubrum (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.0 Å
データ登録者McIver Z / McCorvie TJ / Basle A / Marles-Wright J
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)2306768 英国
引用ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2026
タイトル: Single particle cryo-EM analysis of the Rhodospirillum rubrum encapsulin nanocompartment shows variable loading of encapsulated ferritin cargo proteins and differences in the fivefold pore.
著者: Zak McIver / Didi He / Jennifer Ross / Marta Cozzaglio / Cecilia Piergentili / Aritha Dornau / Natasha Sumpner / Finn Brady / Kathleen Bialik / Thomas McCorvie / Claudia Sissi / Arnaud Baslé ...著者: Zak McIver / Didi He / Jennifer Ross / Marta Cozzaglio / Cecilia Piergentili / Aritha Dornau / Natasha Sumpner / Finn Brady / Kathleen Bialik / Thomas McCorvie / Claudia Sissi / Arnaud Baslé / David J Clarke / Jon Marles-Wright /
要旨: Encapsulins are self-assembling protein nanocompartments found in bacteria and archaea that encapsulate cargo enzymes to protect the cell from their toxic reaction products or intermediates. ...Encapsulins are self-assembling protein nanocompartments found in bacteria and archaea that encapsulate cargo enzymes to protect the cell from their toxic reaction products or intermediates. Developments in cryo-electron microscopy (cryo-EM) data processing strategies have enabled encapsulins and their cargo proteins to be investigated together in greater detail. In this study, we present the single particle cryo-EM structure of the Rhodospirillum rubrum encapsulin in both the presence and absence of its partner encapsulated ferritin (EncFtn). Single particle icosahedral reconstructions of empty and loaded encapsulins revealed a higher degree of conformational flexibility at the five-fold pore in the cargo loaded encapsulin. We applied a new non-point group averaging workflow to analyze the encapsulated ferritins within the encapsulin nanocompartment, to produce the first fully refined in situ atomic model of the EncFtn at 2.8 Å resolution. Masked 2D classification and particle subtraction demonstrate that cargo loading is heterogeneous in this recombinant complex, with the encapsulin able to house up to five of the decameric EncFtn complexes. Our data provides new insights into the dynamics and cargo arrangement in encapsulins and demonstrates an adaptable workflow for high resolution reconstruction of encapsulin cargoes.
履歴
登録2025年7月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年7月22日-
マップ公開2026年7月22日-
更新2026年9月2日-
現状2026年9月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_54372.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_54372.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryosparc map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 512 pix.
= 425.472 Å		0.83 Å/pix.
x 512 pix.
= 425.472 Å		0.83 Å/pix.
x 512 pix.
= 425.472 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.831 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.04
最小 - 最大-0.019355064 - 0.14040527
平均 (標準偏差)0.0010370236 (±0.007586906)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 425.472 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_54372_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: B-factor sharpened map

ファイルemd_54372_additional_1.map
注釈B-factor sharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map

ファイルemd_54372_half_map_1.map
注釈Half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map

ファイルemd_54372_half_map_2.map
注釈Half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Rhodospirillum rubrum encapsulin

全体名称: Rhodospirillum rubrum encapsulin
要素
  • 複合体: Rhodospirillum rubrum encapsulin
    • タンパク質・ペプチド: Type 1 encapsulin shell protein

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超分子 #1: Rhodospirillum rubrum encapsulin

超分子名称: Rhodospirillum rubrum encapsulin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Rhodospirillum rubrum (バクテリア)
分子量理論値: 1.8 MDa

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分子 #1: Type 1 encapsulin shell protein

分子名称: Type 1 encapsulin shell protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodospirillum rubrum (バクテリア)
分子量理論値: 29.765936 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MNDLMRDLAP ISAKAWAEIE TEARGTLTVT LAARKVVDFK GPLGWDASSV SLGRTEALAE EPKAAGSAAV VTVRKRAVQP LIELCVPFT LKRAELEAIA RGASDADLDP VIEAARAIAI AEDRAVFHGF AAGGITGIGE ASAEHALDLP ADLADFPGVL V RALAVLRD ...文字列:
MNDLMRDLAP ISAKAWAEIE TEARGTLTVT LAARKVVDFK GPLGWDASSV SLGRTEALAE EPKAAGSAAV VTVRKRAVQP LIELCVPFT LKRAELEAIA RGASDADLDP VIEAARAIAI AEDRAVFHGF AAGGITGIGE ASAEHALDLP ADLADFPGVL V RALAVLRD RGVDGPYALV LGRTVYQQLM ETTTPGGYPV LQHVRRLFEG PLIWAPGVDG AMLISQRGGD FELTVGRDFS IG YHDHDAQ SVHLYLQESM TFRCLGPEAA VPLRGLSQAA TKA

UniProtKB: Type 1 encapsulin shell protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClSodium Chloride
50.0 mMC4H11NO3Tris

詳細: Sample in 50 mM Tris.HCl pH8, 150 mM NaCl
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: blot force 5, wait time 10 s, and blot time 3 seconds.
詳細Sample purified by Size-exclusion on Sephacryl S400

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 42.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 3438531 / 詳細: Blob picker
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.7) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: Ab initio model / 詳細: C1 startup model
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.7) / 使用した粒子像数: 639134
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.7)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.7)
最終 3次元分類クラス数: 9 / 平均メンバー数/クラス: 71000 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.7)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: Other / Chain - Initial model type: in silico model / 詳細: ModelAngelo model from sequence
詳細Real space refinement in phenix
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 70 / 当てはまり具合の基準: Cross correlation
得られたモデル

PDB-9ry4:
Single particle reconstruction of Rhodospirillum rubrum encapsulin

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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