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- EMDB-54017: Agrobacterium phage 7-7-1 portal -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-54017
タイトルAgrobacterium phage 7-7-1 portal
マップデータAgrobacterium phage 7-7-1 portal
試料
  • ウイルス: Agrobacterium phage 7-7-1 (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Portal protein
キーワードFlagella phage / Agrobacterium sp. H13-3 / Tail spike / VIRUS
機能・相同性Bacteriophage/Gene transfer agent portal protein / Phage portal protein / Portal protein
機能・相同性情報
生物種Agrobacterium phage 7-7-1 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.21 Å
データ登録者Noteborn WEM / Hoeksma T / Briegel A
資金援助 オランダ, 1件
OrganizationGrant number国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)184.034.014 オランダ
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2025
タイトル: Insights into the structure and initial host attachment of the flagellotropic bacteriophage 7-7-1.
著者: W E M Noteborn / R Ouyang / T Hoeksma / A Sidi Mabrouk / N C Esteves / D M Pelt / B E Scharf / A Briegel /
要旨: Understanding the structural and functional mechanisms of bacteriophage 7-7-1, the flagellotropic phage infecting Agrobacterium sp. H13-3, offers promising insights into phage-host interactions. ...Understanding the structural and functional mechanisms of bacteriophage 7-7-1, the flagellotropic phage infecting Agrobacterium sp. H13-3, offers promising insights into phage-host interactions. Using single particle analysis (SPA) cryo-electron microscopy (cryo-EM), we determined the capsid, neck region, tail, and baseplate complex structures. Combined with cryo-electron tomography (cryo-ET) and machine learning methodologies, our findings indicate that phage 7-7-1 uses capsid fibers to establish initial contact with the host flagellum, followed by subsequent attachment to cell surface receptors. The study also demonstrated that capsid fibers are flexible and can interact with other phages and host flagella, suggesting a cooperative infection strategy. These results provide crucial structural insights and may open avenues for developing phage-based therapeutics against resistant bacterial pathogens.
履歴
登録2025年6月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月10日-
マップ公開2025年12月10日-
更新2026年1月21日-
現状2026年1月21日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_54017.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_54017.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 669.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Agrobacterium phage 7-7-1 portal
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.37 Å/pix.
x 560 pix.
= 767.2 Å		1.37 Å/pix.
x 560 pix.
= 767.2 Å		1.37 Å/pix.
x 560 pix.
= 767.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.37 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.35
最小 - 最大-1.6603602 - 2.8200145
平均 (標準偏差)-0.0019404824 (±0.09986115)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ560560560
Spacing560560560
セルA=B=C: 767.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_54017_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Agrobacterium phage 7-7-1 portal

ファイルemd_54017_half_map_1.map
注釈Agrobacterium phage 7-7-1 portal
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Agrobacterium phage 7-7-1 portal

ファイルemd_54017_half_map_2.map
注釈Agrobacterium phage 7-7-1 portal
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Agrobacterium phage 7-7-1

全体名称: Agrobacterium phage 7-7-1 (ファージ)
要素
  • ウイルス: Agrobacterium phage 7-7-1 (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Portal protein

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超分子 #1: Agrobacterium phage 7-7-1

超分子名称: Agrobacterium phage 7-7-1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 1161931 / 生物種: Agrobacterium phage 7-7-1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No

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分子 #1: Portal protein

分子名称: Portal protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Agrobacterium phage 7-7-1 (ファージ)
分子量理論値: 45.526648 KDa
配列文字列: MRIPFIQQKA AITPPAPSAN PAKIFIRRLF NSGIAKSVVS YSNVMAAARA MEHPVVFRCL DKLGLTVQSV KWYVGADPDI SGTGMSAKE RKALQQVLNR PNSAMSGAQL RYAATLSWAC FGRMAFKVSV MGDGSVNAIW PLGIPFLKQE FNKYGEVTTF Q YGDEGNRE ...文字列:
MRIPFIQQKA AITPPAPSAN PAKIFIRRLF NSGIAKSVVS YSNVMAAARA MEHPVVFRCL DKLGLTVQSV KWYVGADPDI SGTGMSAKE RKALQQVLNR PNSAMSGAQL RYAATLSWAC FGRMAFKVSV MGDGSVNAIW PLGIPFLKQE FNKYGEVTTF Q YGDEGNRE SIKSFYSAAK NEKGRPIENY AFMIVKPSIN GAMNLDVQNT PLQAVGMPVA LYNGLMERAL EQCDGTPNSK WF VTAGRDI GEVQSKEIKD GIDDTKPGGD SAGEIIFVFG EDVKLQEIKN DLSDIHSKIP LDDQARTIAG NFGIPIALLG FAA ADGSKF ASNYDESRKA FFEDTIEPGY LTPMEDGFSM FLCAPGSRVI FDRDSIPALK KSRADIAAVY EKVTFIDENE KREV TGWPK KEGQKPNDDA

UniProtKB: Portal protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 64000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C12 (12回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.21 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 4871
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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