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- EMDB-53953: SsCl at pH 9 + IVM - Opened -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-53953
タイトルSsCl at pH 9 + IVM - Opened
マップデータSharp
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Sarcoptes scabies chloride channel (SsCl)
    • タンパク質・ペプチド: pH gated chloride channel
  • リガンド: (2aE,4E,5'S,6S,6'R,7S,8E,11R,13R,15S,17aR,20R,20aR,20bS)-6'-[(2S)-butan-2-yl]-20,20b-dihydroxy-5',6,8,19-tetramethyl-17 -oxo-3',4',5',6,6',10,11,14,15,17,17a,20,20a,20b-tetradecahydro-2H,7H-spiro[11,15-methanofuro[4,3,2-pq][2,6]benzodioxacy clooctadecine-13,2'-pyran]-7-yl 2,6-dideoxy-4-O-(2,6-dideoxy-3-O-methyl-alpha-L-arabino-hexopyranosyl)-3-O-methyl-alpha-L-arabino-hexopyranoside
  • リガンド: CHLORIDE ION
キーワードIon channel / pLGIC / pH-sensitive channel / Ivermectin / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


ligand-gated monoatomic anion channel activity / chloride channel activity / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Gamma-aminobutyric acid A receptor/Glycine receptor alpha / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
pH gated chloride channel
類似検索 - 構成要素
生物種Sarcoptes scabiei (ひぜんだに)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.65 Å
データ登録者Kleiz-Ferreira J / Brams M / Harrison PJ / Gallagher C / Nys M / Donze Y / Quigley A / Bertrand D / Ulens C
資金援助 ベルギー, 2件
OrganizationGrant number国
KU LeuvenC14/23/128 ベルギー
Research Foundation - Flanders (FWO)G087921N ベルギー
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2026
タイトル: Structure of a pH-sensitive pentameric ligand-gated ion channel from the Sarcoptes scabies mite.
著者: Jessica Kleiz-Ferreira / Marijke Brams / Peter J Harrison / Casey I Gallagher / Mieke Nys / Ysaline Donze / Andrew Quigley / Daniel Bertrand / Chris Ulens /
要旨: Scabies is a skin infestation caused by the mite Sarcoptes scabiei and represents a substantial global health burden exacerbated by emerging resistance to ivermectin. An anionic pentameric ligand- ...Scabies is a skin infestation caused by the mite Sarcoptes scabiei and represents a substantial global health burden exacerbated by emerging resistance to ivermectin. An anionic pentameric ligand-gated ion channel from the mite, SsCl, shows pH-sensitivity and is significantly modulated by ivermectin. Here, we use cryo-EM and electrophysiology to explore the pH-sensing mechanisms of SsCl and the impact of ivermectin on channel activity. Structures of SsCl were resolved in closed (pH 6.5) and desensitized (pH 9) states, alongside ivermectin-bound conformations. The desensitized structure adopts an unexpected hourglass conformation, suggesting a gating mechanism closer related to cation-selective channels. Structural analysis and mutagenesis identify extracellular histidine and glutamic acid residues that impact the pH-sensitivity, likely contributing to a broader pH-sensing network. Ivermectin-bound structures reveal pH-dependent modulation, enhancing open-state prevalence at pH 9 and enabling atypical activation at pH 6.5. These findings offer initial insights into SsCl's pH-sensitivity and ivermectin's activity, informing next-generation antiparasitic design.
履歴
登録2025年6月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年3月18日-
マップ公開2026年3月18日-
更新2026年4月22日-
現状2026年4月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_53953.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_53953.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharp
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 288 pix.
= 238.752 Å		0.83 Å/pix.
x 288 pix.
= 238.752 Å		0.83 Å/pix.
x 288 pix.
= 238.752 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.829 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.315
最小 - 最大-1.2832488 - 1.8676558
平均 (標準偏差)0.006349502 (±0.060895845)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 238.752 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_53953_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Unsharpened

ファイルemd_53953_additional_1.map
注釈Unsharpened
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: HalfB

ファイルemd_53953_half_map_1.map
注釈HalfB
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: HalfA

ファイルemd_53953_half_map_2.map
注釈HalfA
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Sarcoptes scabies chloride channel (SsCl)

全体名称: Sarcoptes scabies chloride channel (SsCl)
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Sarcoptes scabies chloride channel (SsCl)
    • タンパク質・ペプチド: pH gated chloride channel
  • リガンド: (2aE,4E,5'S,6S,6'R,7S,8E,11R,13R,15S,17aR,20R,20aR,20bS)-6'-[(2S)-butan-2-yl]-20,20b-dihydroxy-5',6,8,19-tetramethyl-17 -oxo-3',4',5',6,6',10,11,14,15,17,17a,20,20a,20b-tetradecahydro-2H,7H-spiro[11,15-methanofuro[4,3,2-pq][2,6]benzodioxacy clooctadecine-13,2'-pyran]-7-yl 2,6-dideoxy-4-O-(2,6-dideoxy-3-O-methyl-alpha-L-arabino-hexopyranosyl)-3-O-methyl-alpha-L-arabino-hexopyranoside
  • リガンド: CHLORIDE ION

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超分子 #1: Sarcoptes scabies chloride channel (SsCl)

超分子名称: Sarcoptes scabies chloride channel (SsCl) / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Sarcoptes scabiei (ひぜんだに)

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分子 #1: pH gated chloride channel

分子名称: pH gated chloride channel / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sarcoptes scabiei (ひぜんだに)
分子量理論値: 35.564023 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: NNVIIDETFI KTFNKTDRLI RPSFNDKADV IDVSMLIDRF AYYHDIESIL EIQAQFEYHW FDQRVKFDCD RSSRIEGNHY HEQIWVPDL RVSRTEDIDV FESENLTRLI SIQIDCDGHV RMRFRSNLDL ICVMNYQNYP FDEQTCEIEL IPSYMEINRL Q LRWKDQNI ...文字列:
NNVIIDETFI KTFNKTDRLI RPSFNDKADV IDVSMLIDRF AYYHDIESIL EIQAQFEYHW FDQRVKFDCD RSSRIEGNHY HEQIWVPDL RVSRTEDIDV FESENLTRLI SIQIDCDGHV RMRFRSNLDL ICVMNYQNYP FDEQTCEIEL IPSYMEINRL Q LRWKDQNI MIRDDFYMSG HLLKGYSVHQ KDVELMPYNE IYSALFVHLH LKRQFIYHIL VLFLPSIFIV LTSWISFWIE IT CIPARVT LCVTTLLAMV TVSKESKQNI PKVPYVKAVD LWFAGCIVSI FITLIEYIFV C

UniProtKB: pH gated chloride channel

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分子 #2: (2aE,4E,5'S,6S,6'R,7S,8E,11R,13R,15S,17aR,20R,20aR,20bS)-6'-[(2S)...

分子名称: (2aE,4E,5'S,6S,6'R,7S,8E,11R,13R,15S,17aR,20R,20aR,20bS)-6'-[(2S)-butan-2-yl]-20,20b-dihydroxy-5',6,8,19-tetramethyl-17 -oxo-3',4',5',6,6',10,11,14,15,17,17a,20,20a,20b-tetradecahydro-2H,7H- ...名称: (2aE,4E,5'S,6S,6'R,7S,8E,11R,13R,15S,17aR,20R,20aR,20bS)-6'-[(2S)-butan-2-yl]-20,20b-dihydroxy-5',6,8,19-tetramethyl-17 -oxo-3',4',5',6,6',10,11,14,15,17,17a,20,20a,20b-tetradecahydro-2H,7H-spiro[11,15-methanofuro[4,3,2-pq][2,6]benzodioxacy clooctadecine-13,2'-pyran]-7-yl 2,6-dideoxy-4-O-(2,6-dideoxy-3-O-methyl-alpha-L-arabino-hexopyranosyl)-3-O-methyl-alpha-L-arabino-hexopyranoside
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 5 / 式: IVM
分子量理論値: 875.093 Da

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分子 #3: CHLORIDE ION

分子名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: CL
分子量理論値: 35.453 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 9
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: LEICA PLUNGER

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 1.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: OTHER
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 10143236
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND / タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.65 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 87619
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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