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万見
- EMDB-53787: Paranemic crossover triangle (PXT) with 2'-Fluoro-modified pyrimi... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-53787
タイトルParanemic crossover triangle (PXT) with 2'-Fluoro-modified pyrimidines (FY RNA)
マップデータcryo-EM map of 2-prime-fluoro-modified pyrimidine RNA Paranemic crossover triangle (PXT) origami structure.
試料
  • 複合体: Single-stranded PXT made of 2'fluoro modified pyrimidine RNA
    • RNA: DNA/RNA (238-MER)
キーワードorigami / modified nucleic acids / XNA / RNA / crossover / tetra-loop / 2'fluoro
生物種synthetic construct (人工物) / synthetic RNA (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.41 Å
データ登録者Kristoffersen EL / Andersen ES / Zwergius NH
資金援助 デンマーク, 1件
OrganizationGrant number国
Novo Nordisk FoundationNNF21OC0070452 デンマーク
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Serum-stable RNA origami nanodevices
著者: Kristoffersen EL / Zwergius NH / Vallina NS / Gluck N / Stange A / Desdorf L / Civit L / Geary C / Kjems J / Valero J / Andersen ES
履歴
登録2025年5月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年2月25日-
マップ公開2026年2月25日-
更新2026年2月25日-
現状2026年2月25日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_53787.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_53787.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈cryo-EM map of 2-prime-fluoro-modified pyrimidine RNA Paranemic crossover triangle (PXT) origami structure.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.65 Å/pix.
x 400 pix.
= 258.8 Å		0.65 Å/pix.
x 400 pix.
= 258.8 Å		0.65 Å/pix.
x 400 pix.
= 258.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.647 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0655
最小 - 最大-0.1005047 - 0.24808745
平均 (標準偏差)-0.00008133533 (±0.006175731)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 258.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half map A of 2-prime-fluoro-modified pyrimidine RNA Paranemic...

ファイルemd_53787_half_map_1.map
注釈Half map A of 2-prime-fluoro-modified pyrimidine RNA Paranemic crossover triangle (PXT) origami structure
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B of 2-prime-fluoro-modified pyrimidine RNA Paranemic...

ファイルemd_53787_half_map_2.map
注釈Half map B of 2-prime-fluoro-modified pyrimidine RNA Paranemic crossover triangle (PXT) origami structure
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Single-stranded PXT made of 2'fluoro modified pyrimidine RNA

全体名称: Single-stranded PXT made of 2'fluoro modified pyrimidine RNA
要素
  • 複合体: Single-stranded PXT made of 2'fluoro modified pyrimidine RNA
    • RNA: DNA/RNA (238-MER)

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超分子 #1: Single-stranded PXT made of 2'fluoro modified pyrimidine RNA

超分子名称: Single-stranded PXT made of 2'fluoro modified pyrimidine RNA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: In vitro transcribed using mutant (Y639F) T7 RNA polymerase
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

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分子 #1: DNA/RNA (238-MER)

分子名称: DNA/RNA (238-MER) / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: synthetic RNA (人工物)
分子量理論値: 76.642805 KDa
配列文字列: GGAA(UFT)A(UFT)(CFZ)G(UFT) (CFZ)A(UFT)GG(UFT)GA(UFT)(UFT) (CFZ)G(UFT)(CFZ)A(CFZ) (CFZ)A(UFT) GAGG(CFZ)(UFT)AGA(UFT) (CFZ)(UFT)(CFZ)A(UFT)A(UFT)(CFZ)(UFT)A G(CFZ)G (CFZ)(UFT)(UFT)(UFT)(CFZ) ...文字列:
GGAA(UFT)A(UFT)(CFZ)G(UFT) (CFZ)A(UFT)GG(UFT)GA(UFT)(UFT) (CFZ)G(UFT)(CFZ)A(CFZ) (CFZ)A(UFT) GAGG(CFZ)(UFT)AGA(UFT) (CFZ)(UFT)(CFZ)A(UFT)A(UFT)(CFZ)(UFT)A G(CFZ)G (CFZ)(UFT)(UFT)(UFT)(CFZ)G AG(CFZ)G(CFZ)(UFT)AGAG (UFT)(CFZ)(CFZ)(UFT)(UFT)A(UFT) (CFZ)(UFT) AG(CFZ)(CFZ)GG(UFT)(UFT)(UFT)A (UFT)A(CFZ)(UFT)(UFT)(UFT)(CFZ)GAG (UFT)G (UFT)GAA(CFZ)(CFZ)(CFZ) GA(UFT)A(UFT)(UFT)(CFZ)(CFZ)G(CFZ) GGA(UFT)(CFZ)A(CFZ) (UFT)A (UFT)GAG(UFT)(CFZ)G(UFT)(UFT)(CFZ) G(CFZ)GG(CFZ)(UFT)(CFZ)A(UFT)A G(UFT) (CFZ)(CFZ)GG(CFZ)(UFT)(CFZ) AAAGGA(CFZ)A(UFT)(CFZ) A(UFT)GG(CFZ)(CFZ)(UFT)G(UFT) (UFT)(CFZ)G(CFZ)AGG(UFT)(UFT)G (UFT)GA(UFT)(UFT)A(UFT)GAG (UFT)GAG(CFZ)(CFZ)GGG (UFT)AAGG(CFZ)A(UFT)A(CFZ) (CFZ)G(UFT)(UFT)(CFZ)G(CFZ)GG(UFT) A(UFT)G(UFT)(CFZ) (UFT)(UFT)A(CFZ) GA(UFT)(CFZ)(CFZ)G(CFZ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称式
40.0 mMHEPES
5.0 mMMagnesium ChlorideMgCl2
50.0 mMPotassium ChlorideKCl
グリッドモデル: Au-flat 1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 前処理 - 気圧: 0.015 kPa / 詳細: 15 mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4449 / 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.41 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 434756
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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