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- EMDB-53609: CPS secretion pathway Wza-Wzc (Conf 4) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-53609
タイトルCPS secretion pathway Wza-Wzc (Conf 4)
マップデータ
試料
  • 複合体: Wza-WzcK540M complex
    • タンパク質・ペプチド: Putative polysaccharide export protein Wza
    • タンパク質・ペプチド: Tyrosine-protein kinase wzc
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
キーワードCPS transporter / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


colanic acid metabolic process / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; タンパク質-チロシンキナーゼ / polysaccharide transmembrane transporter activity / colanic acid biosynthetic process / polysaccharide transport / polysaccharide biosynthetic process / porin activity / pore complex / monoatomic ion transport / cell outer membrane ...colanic acid metabolic process / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; タンパク質-チロシンキナーゼ / polysaccharide transmembrane transporter activity / colanic acid biosynthetic process / polysaccharide transport / polysaccharide biosynthetic process / porin activity / pore complex / monoatomic ion transport / cell outer membrane / protein tyrosine kinase activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Outer-membrane lipoprotein Wza, C-terminal domain / Outer-membrane lipoprotein Wza C-terminal domain / Polysaccharide export protein / : / Polysaccharide biosynthesis/export protein / Tyrosine-protein kinase Wzc, N-terminal domain / Tyrosine kinase, G-rich domain / G-rich domain on putative tyrosine kinase / Exopolysaccharide synthesis protein / Polysaccharide chain length determinant N-terminal domain ...Outer-membrane lipoprotein Wza, C-terminal domain / Outer-membrane lipoprotein Wza C-terminal domain / Polysaccharide export protein / : / Polysaccharide biosynthesis/export protein / Tyrosine-protein kinase Wzc, N-terminal domain / Tyrosine kinase, G-rich domain / G-rich domain on putative tyrosine kinase / Exopolysaccharide synthesis protein / Polysaccharide chain length determinant N-terminal domain / Chain length determinant protein / : / AAA domain / AAA domain / : / SLBB domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative polysaccharide export protein Wza / Tyrosine-protein kinase wzc
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å
データ登録者Yuan B / Heinz DW
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
Helmholtz Association ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: CPS secretion pathway Wza-Wzc (Conf 4)
著者: Yuan B / Heinz DW
履歴
登録2025年5月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年3月4日-
マップ公開2026年3月4日-
更新2026年3月4日-
現状2026年3月4日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_53609.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_53609.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.91 Å/pix.
x 600 pix.
= 546. Å		0.91 Å/pix.
x 600 pix.
= 546. Å		0.91 Å/pix.
x 600 pix.
= 546. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.91 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02
最小 - 最大-0.096665904 - 0.2806741
平均 (標準偏差)0.0004950196 (±0.009622389)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ600600600
Spacing600600600
セルA=B=C: 546.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_53609_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_53609_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Wza-WzcK540M complex

全体名称: Wza-WzcK540M complex
要素
  • 複合体: Wza-WzcK540M complex
    • タンパク質・ペプチド: Putative polysaccharide export protein Wza
    • タンパク質・ペプチド: Tyrosine-protein kinase wzc
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

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超分子 #1: Wza-WzcK540M complex

超分子名称: Wza-WzcK540M complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

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分子 #1: Putative polysaccharide export protein Wza

分子名称: Putative polysaccharide export protein Wza / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 43.873832 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli B (大腸菌)
配列文字列: MMKSKMKLMP LLVSVTLISG CTVLPGSNMS TMGKDVIKQQ DADFDLDKMV NVYPLTPRLI DQLRPRPNVA RPNMTLESEI ANYQYRVGP GDVLNVTVWD HPELTTPAGQ YRSSSDTGNW VQPDGTMFYP YIGKVHVVGK TLAEIRSDIT GRLATYIADP Q VDVNIAAF ...文字列:
MMKSKMKLMP LLVSVTLISG CTVLPGSNMS TMGKDVIKQQ DADFDLDKMV NVYPLTPRLI DQLRPRPNVA RPNMTLESEI ANYQYRVGP GDVLNVTVWD HPELTTPAGQ YRSSSDTGNW VQPDGTMFYP YIGKVHVVGK TLAEIRSDIT GRLATYIADP Q VDVNIAAF RSQKAYISGQ VNKSGQQAIT NVPLTILDAI NAAGGLTDTA DWRNVVLTHN GREERISLQA LMQNGDLNQN RL LYPGDIL YVPRNDDLKV FVMGEVKKQS TLKMDFSGMT LTEALGNAEG IDMTTSNASG IFVIRPLKGE GGRNGKIANI YQL DMSDAT SLVMATEFRL QPYDVVYVTT APVSRWNRLI NQLLPTISGV RYMTDTASDI HNWENLYFQS WSHPQFEK

UniProtKB: Putative polysaccharide export protein Wza

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分子 #2: Tyrosine-protein kinase wzc

分子名称: Tyrosine-protein kinase wzc / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 転移酵素; リンを含む基を移すもの; タンパク質-チロシンキナーゼ
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 81.557086 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli B (大腸菌)
配列文字列: MTEKVKQHAA PVTGSDEIDI GRLVGTVIEA RWWVIGITTV FALCAVVYTF FATPIYSADA LVQIEQNSGN SLVQDIGSAL ANKPPASDA EIQLIRSRLV LGKTVDDLDL DIAVSKNTFP IFGAGWDRLM GRQNETVKVT TFNRPKEMAD QVFTLNVLDN K NYTLSSDG ...文字列:
MTEKVKQHAA PVTGSDEIDI GRLVGTVIEA RWWVIGITTV FALCAVVYTF FATPIYSADA LVQIEQNSGN SLVQDIGSAL ANKPPASDA EIQLIRSRLV LGKTVDDLDL DIAVSKNTFP IFGAGWDRLM GRQNETVKVT TFNRPKEMAD QVFTLNVLDN K NYTLSSDG GFSARGQAGQ MLKKEGVTLM VEAIHASPGS EFTVTKYSTL GMINQLQNSL TVTENGKDAG VLSLTYTGED RE QIRDILN SIARNYQEQN IERKSAEASK SLAFLAQQLP EVRSRLDVAE NKLNAFRQDK DSVDLPLEAK AVLDSMVNID AQL NELTFK EAEISKLYTK VHPAYRTLLE KRQALEDEKA KLNGRVTAMP KTQQEIVRLT RDVESGQQVY MQLLNKEQEL KITE ASTVG DVRIVDPAIT QPGVLKPKKG LIILGAIILG LMLSIVGVLL RSLFNRGIES PQVLEEHGIS VYASIPLSEW QKARD SVKT IKGIKRYKQS QLLAVGNPTD LAIEAIRSLR TSLHFAMMQA QNNVLMMTGV SPSIGMTFVC ANLAAVISQT NKRVLL IDC DMRKGYTHEL LGTNNVNGLS EILIGQGDIT TAAKPTSIAK FDLIPRGQVP PNPSELLMSE RFAELVNWAS KNYDLVL ID TPPILAVTDA AIVGRHVGTT LMVARYAVNT LKEVETSLSR FEQNGIPVKG VILNSIFRRA SAYQDYGYYE YEYKSDAK S SGENLYFQGW SHPQFEK

UniProtKB: Tyrosine-protein kinase wzc

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分子 #3: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 8 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 40245
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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