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- EMDB-53306: GH161 phosphorylase in complex with beta-1,3 glucooligosaccharide -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-53306
タイトルGH161 phosphorylase in complex with beta-1,3 glucooligosaccharide
マップデータ
試料
  • 複合体: gh161 phosphorylase
    • タンパク質・ペプチド: gh161 phosphorylase
キーワードphosphorylase / gh161 / laminarin / CYTOSOLIC PROTEIN
生物種uncultured bacterium (環境試料) / gut metagenome (メタゲノム)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.14 Å
データ登録者Cooper N / Cioci G / Ladeveze S / Potocki-Veronese G / Moulis C / Remaud-Simeon M
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2025
タイトル: Structural and Functional Dissection of GH161 beta-Glucan Phosphorylases: Molecular Specificities and Dynamics of Catalysis of Dimeric GH-Q Enzymes
著者: Cooper NJ / Ladeveze S / Li A / Shayan R / Faure R / Ropartz D / Terrapon N / Lombard V / Henrissat B / Remaud-Simeon M / Potocki-Veronese G / Moulis C / Cioci G
履歴
登録2025年4月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月10日-
マップ公開2025年12月10日-
更新2025年12月10日-
現状2025年12月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_53306.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_53306.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.96 Å/pix.
x 300 pix.
= 288. Å		0.96 Å/pix.
x 300 pix.
= 288. Å		0.96 Å/pix.
x 300 pix.
= 288. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.96 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.3120219 - 0.70308745
平均 (標準偏差)-0.0004020573 (±0.02399481)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 288.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_53306_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_53306_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : gh161 phosphorylase

全体名称: gh161 phosphorylase
要素
  • 複合体: gh161 phosphorylase
    • タンパク質・ペプチド: gh161 phosphorylase

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超分子 #1: gh161 phosphorylase

超分子名称: gh161 phosphorylase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: uncultured bacterium (環境試料)
分子量理論値: 120 KDa

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分子 #1: gh161 phosphorylase

分子名称: gh161 phosphorylase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: gut metagenome (メタゲノム)
分子量理論値: 119.868008 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MTGKNETFVM DDYGKKSTFA SFLPGIAGIR GIPIWCYYVN RGQCVVSFGV DNKDHAIMEF YPAHQAYQNV KTTGFRTFLK KNGTVFEPF SDENITHRMQ IHMNGLAIEE QNRSSGMDTK VVYYTLPGEN VGALVRVVSV TNQSGEPIEL ELIDGMPAVI P YGVSMDSM ...文字列:
MTGKNETFVM DDYGKKSTFA SFLPGIAGIR GIPIWCYYVN RGQCVVSFGV DNKDHAIMEF YPAHQAYQNV KTTGFRTFLK KNGTVFEPF SDENITHRMQ IHMNGLAIEE QNRSSGMDTK VVYYTLPGEN VGALVRVVSV TNQSGEPIEL ELIDGMPAVI P YGVSMDSM KNMGQTAKAW MQVEDLSEGL PYYRVRASMD DTAAVRRIDG GNFSACCEAD GRRLQPIVDP SLIFSYDLSL KR PVGFEER PLKELLLEEQ MTQNLLPCSF YGITRTLAPG GSVTLYELIG QVENKQLLKE YFAEKKDAAY FEAKKREADE LAE ALTDGI RTRTASAAFD AYCRYTYMDN VLRGGYPMQL GNNKIFYVYS RKHGDLERDY NYFSMLPEFY SQGNGNFRDV NQNR RCDTF FAPFVGRKNI QEFYSLIQLD GYNPLGVEKL TYRLSKERAK KLLTDVKEEQ RSALIDFATK PFTPGALCRK FGEVF GDTW DETLFIRVID FAEEMVNGSF GEGYWSDHWT YNLDLILDYL SVFPEQEKEM LYEEVYTTFL SRINVNRRFR RYVETE NGL RQYRALNEAS RRADLGEKLV RTEYGSGDVL TMTLMEKLIL LGAVKFATLD AYGMGIEMEG GKPGWYDALN GMPGLFG SS MAETYELARM LSYTIEALKQ YPGEVALIEE LGCFLDELNL ITRLEHDNIM RDEELLSFWN RINDAKEIYR DKTYQGVS G KKMVYHTEQL AAILEGFLEI VTCGIKKARR ISGEICPTYF TYEVPEYEKL KDGGIRPLKF VPQNMPYFLE GPVRYLKLP VEQGEKRALY EAVKESDLYD GELSMYKVNA SLADSSFELG RARAFTPGWL ENESIWLHME YKYLLELLRS GLYEEFFADF KKAAIPFQN PEIYGRSIYE NSSFIASSRN PNPSCRGRGF VARLSGSTIE FISMWKEMMF GAHPFRTEQE ELVFSLAPAI P AYLIPEDG RLSAAFMSKT TVCYEFGGHR DYVPGTYRIR HMVFFYENGS QATVEGEKVS GKLAEDIRAG RVRKMEVAVD LE HHHHHH

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 4 K / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5242 / 平均露光時間: 5.0 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
最大 デフォーカス（公称値）: 2.8000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 倍率（公称値）: 150000

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画像解析

粒子像選択選択した数: 81913
CTF補正ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.14 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 22729
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類クラス数: 1

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

9h2r
PDB 未公開エントリ


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
得られたモデル

PDB-9qqk:
GH161 phosphorylase in complex with beta-1,3 glucooligosaccharide

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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