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- EMDB-53173: Cryo-EM structure of mouse TRPM3 alpha 2 in complex with antagoni... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-53173
タイトルCryo-EM structure of mouse TRPM3 alpha 2 in complex with antagonist Ononetin
マップデータCryo-EM structure of mouse TRPM3 alpha 2 in complex with antagonist Ononetin
試料
  • 複合体: Tetrameric assembly of mouse TRPM3 alpha 2 with inhibitor Ononetin
    • タンパク質・ペプチド: MKIAA1616 protein
  • リガンド: 1-[2,4-bis(oxidanyl)phenyl]-2-(4-methoxyphenyl)ethanone
  • リガンド: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE
  • リガンド: (25R)-14beta,17beta-spirost-5-en-3beta-ol
キーワードCa2+ channel Ononetin-bound Closed conformation / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


protein tetramerization / calcium channel activity / calmodulin binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
TRPM, tetramerisation domain / TRPM, tetramerisation domain superfamily / Tetramerisation domain of TRPM / TRPM, SLOG domain / : / : / SLOG in TRPM / TRPM2-like domain / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Transient receptor potential cation channel subfamily M member 3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.61 Å
データ登録者Shkumatov AV / Schenck S / Brunner JD
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of mouse TRPM3 alpha 2 in complex with antagonist Ononetin
著者: Shkumatov AV / Schenck S / Brunner JD
履歴
登録2025年3月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年2月11日-
マップ公開2026年2月11日-
更新2026年2月11日-
現状2026年2月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_53173.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_53173.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 476.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM structure of mouse TRPM3 alpha 2 in complex with antagonist Ononetin
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.69 Å/pix.
x 500 pix.
= 346.5 Å		0.69 Å/pix.
x 500 pix.
= 346.5 Å		0.69 Å/pix.
x 500 pix.
= 346.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.693 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0189
最小 - 最大-0.043415423 - 0.1264662
平均 (標準偏差)0.000023497943 (±0.0034287015)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ500500500
Spacing500500500
セルA=B=C: 346.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_53173_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Input for consensus map together with main map

ファイルemd_53173_additional_1.map
注釈Input for consensus map together with main map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Consensus map used for model building and phenix validation

ファイルemd_53173_additional_2.map
注釈Consensus map used for model building and phenix validation
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: halfB

ファイルemd_53173_half_map_1.map
注釈halfB
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: halfA

ファイルemd_53173_half_map_2.map
注釈halfA
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Tetrameric assembly of mouse TRPM3 alpha 2 with inhibitor Ononetin

全体名称: Tetrameric assembly of mouse TRPM3 alpha 2 with inhibitor Ononetin
要素
  • 複合体: Tetrameric assembly of mouse TRPM3 alpha 2 with inhibitor Ononetin
    • タンパク質・ペプチド: MKIAA1616 protein
  • リガンド: 1-[2,4-bis(oxidanyl)phenyl]-2-(4-methoxyphenyl)ethanone
  • リガンド: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE
  • リガンド: (25R)-14beta,17beta-spirost-5-en-3beta-ol

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超分子 #1: Tetrameric assembly of mouse TRPM3 alpha 2 with inhibitor Ononetin

超分子名称: Tetrameric assembly of mouse TRPM3 alpha 2 with inhibitor Ononetin
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 161 KDa

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分子 #1: MKIAA1616 protein

分子名称: MKIAA1616 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 161.96325 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSGKKWRDAG ELERGCSDRE DSAESRRRSR SASRGRFAES WKRLSSKQGS TKRSGLPAQQ TPAQKSWIER AFYKRECVHI IPSTKDPHR CCCGRLIGQH VGLTPSISVL QNEKNESRLS RNDIQSEKWS ISKHTQLSPT DAFGTIEFQG GGHSNKAMYV R VSFDTKPD ...文字列:
MSGKKWRDAG ELERGCSDRE DSAESRRRSR SASRGRFAES WKRLSSKQGS TKRSGLPAQQ TPAQKSWIER AFYKRECVHI IPSTKDPHR CCCGRLIGQH VGLTPSISVL QNEKNESRLS RNDIQSEKWS ISKHTQLSPT DAFGTIEFQG GGHSNKAMYV R VSFDTKPD LLLHLMTKEW QLELPKLLIS VHGGLQNFEL QPKLKQVFGK GLIKAAMTTG AWIFTGGVNT GVIRHVGDAL KD HASKSRG KICTIGIAPW GIVENQEDLI GRDVVRPYQT MSNPMSKLTV LNSMHSHFIL ADNGTTGKYG AEVKLRRQLE KHI SLQKIN TRIGQGVPVV ALIVEGGPNV ISIVLEYLRD TPPVPVVVCD GSGRASDILA FGHKYSEEGG LINESLRDQL LVTI QKTFT YTRTQAQHLF IILMECMKKK ELITVFRMGS EGHQDIDLAI LTALLKGANA SAPDQLSLAL AWNRVDIARS QIFIY GQQW PVGSLEQAML DALVLDRVDF VKLLIENGVS MHRFLTISRL EELYNTRHGP SNTLYHLVRD VKKGNLPPDY RISLID IGL VIEYLMGGAY RCNYTRKRFR TLYHNLFGPK RPKALKLLGM EDDIPLRRGR KTTKKREEEV DIDLDDPEIN HFPFPFH EL MVWAVLMKRQ KMALFFWQHG EEAMAKALVA CKLCKAMAHE ASENDMVDDI SQELNHNSRD FGQLAVELLD QSYKQDEQ L AMKLLTYELK NWSNATCLQL AVAAKHRDFI AHTCSQMLLT DMWMGRLRMR KNSGLKVILG ILLPPSILSL EFKNKDDMP YMTQAQEIHL QEKEPEEPEK PTKEKDEEDM ELTAMLGRSN GESSRKKDEE EVQSRHRLIP VGRKIYEFYN APIVKFWFYT LAYIGYLML FNYIVLVKME RWPSTQEWIV ISYIFTLGIE KMREILMSEP GKLLQKVKVW LQEYWNVTDL IAILLFSVGM I LRLQDQPF RSDGRVIYCV NIIYWYIRLL DIFGVNKYLG PYVMMIGKMM IDMMYFVIIM LVVLMSFGVA RQAILFPNEE PS WKLAKNI FYMPYWMIYG EVFADQIDPP CGQNETREDG KTIQLPPCKT GAWIVPAIMA CYLLVANILL VNLLIAVFNN TFF EVKSIS NQVWKFQRYQ LIMTFHERPV LPPPLIIFSH MTMIFQHVCC RWRKHESDQD ERDYGLKLFI TDDELKKVHD FEEQ CIEEY FREKDDRFNS SNDERIRVTS ERVENMSMRL EEVNEREHSM KASLQTVDIR LAQLEDLIGR MATALERLTG LERAE SNKI RSRTSSDCTD AAYIVRQSSF NSQEGNTFKL QESIDPAGEE TISPTSPTLM PRMRSHSFYS VALEVLFQGP QGTEQK LIS EEDLRGASMD EKTTGWRGGH VVEGLAGELE QLRARLEHHP QGQREP

UniProtKB: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 3

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分子 #2: 1-[2,4-bis(oxidanyl)phenyl]-2-(4-methoxyphenyl)ethanone

分子名称: 1-[2,4-bis(oxidanyl)phenyl]-2-(4-methoxyphenyl)ethanone
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: A1D6M
分子量理論値: 258.269 Da

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分子 #3: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE

分子名称: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: 3PH
分子量理論値: 704.998 Da
Chemical component information

ChemComp-3PH:
1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE

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分子 #4: (25R)-14beta,17beta-spirost-5-en-3beta-ol

分子名称: (25R)-14beta,17beta-spirost-5-en-3beta-ol / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 8 / 式: YUV
分子量理論値: 414.621 Da
Chemical component information

ChemComp-YUV:
(25R)-14beta,17beta-spirost-5-en-3beta-ol

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
10.0 mMC8H17N2NaO4SHepes
150.0 mMNaClSodium chloride
0.0063 %C56H92O25Glycodiosgenin
10.0 uMC15H14O4Ononetin

詳細: 10 mM Hepes pH 7.5, 150 mM NaCl, 0.063% Glycodiosgenin, 10 uM Ononetin
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 279.15 K / 装置: LEICA EM GP / 詳細: GP2.

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 62.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm

+
画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

8dds

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.61 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 307949
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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