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万見
- EMDB-53030: CRYO-EM STRUCTURE OF THE YEAST RESPIRATORY COMPLEX II WITH THE IN... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-53030
タイトルCRYO-EM STRUCTURE OF THE YEAST RESPIRATORY COMPLEX II WITH THE INHIBITOR BIXAFEN
マップデータyeast complex II with inhibitor bixafen
試料
  • 複合体: THE YEAST MITOCHONDRIAL COMPLEX II, COMPOSED OF SDH1, SDH2, SDH3 and SDH4 SOAKED WITH THE INHIBITOR BIXAFEN
    • タンパク質・ペプチド: x 4種
  • リガンド: x 8種
キーワードCOMPLEX II / MEMBRANE PROTEIN / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE INHIBITOR COMPLEX / BIXAFEN
機能・相同性
機能・相同性情報


Citric acid cycle (TCA cycle) / Maturation of TCA enzymes and regulation of TCA cycle / TIM22 mitochondrial import inner membrane insertion complex / respiratory chain complex II (succinate dehydrogenase) / mitochondrial electron transport, succinate to ubiquinone / succinate dehydrogenase (quinone) activity / succinate dehydrogenase / protein insertion into mitochondrial inner membrane / cellular respiration / 3 iron, 4 sulfur cluster binding ...Citric acid cycle (TCA cycle) / Maturation of TCA enzymes and regulation of TCA cycle / TIM22 mitochondrial import inner membrane insertion complex / respiratory chain complex II (succinate dehydrogenase) / mitochondrial electron transport, succinate to ubiquinone / succinate dehydrogenase (quinone) activity / succinate dehydrogenase / protein insertion into mitochondrial inner membrane / cellular respiration / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / ubiquinone binding / quinone binding / tricarboxylic acid cycle / aerobic respiration / respiratory electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / mitochondrial membrane / flavin adenine dinucleotide binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / mitochondrial inner membrane / heme binding / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Succinate dehydrogenase [ubiquinone] cytochrome b small subunit, CybS / CybS, succinate dehydrogenase cytochrome B small subunit / Succinate dehydrogenase, cytochrome b subunit, conserved site / Succinate dehydrogenase cytochrome b subunit signature 1. / Succinate dehydrogenase cytochrome b subunit signature 2. / Succinate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit / Succinate dehydrogenase, flavoprotein subunit / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase type B, transmembrane subunit / Succinate dehydrogenase/Fumarate reductase transmembrane subunit / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase, flavoprotein subunit ...Succinate dehydrogenase [ubiquinone] cytochrome b small subunit, CybS / CybS, succinate dehydrogenase cytochrome B small subunit / Succinate dehydrogenase, cytochrome b subunit, conserved site / Succinate dehydrogenase cytochrome b subunit signature 1. / Succinate dehydrogenase cytochrome b subunit signature 2. / Succinate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit / Succinate dehydrogenase, flavoprotein subunit / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase type B, transmembrane subunit / Succinate dehydrogenase/Fumarate reductase transmembrane subunit / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase, flavoprotein subunit / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase, FAD-binding site / Fumarate reductase / succinate dehydrogenase FAD-binding site. / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase, transmembrane subunit / : / 4Fe-4S dicluster domain / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase iron-sulphur protein / FAD-dependent oxidoreductase SdhA/FrdA/AprA / Succinate dehydogenase/fumarate reductase N-terminal / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein-like, C-terminal / Fumarate reductase flavoprotein C-term / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein-like, C-terminal domain superfamily / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein, catalytic domain superfamily / FAD-dependent oxidoreductase 2, FAD binding domain / FAD binding domain / Alpha-helical ferredoxin / 2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Succinate dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur subunit, mitochondrial / Succinate dehydrogenase [ubiquinone] cytochrome b subunit, mitochondrial / Succinate dehydrogenase [ubiquinone] cytochrome b small subunit, mitochondrial / Succinate dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein subunit, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Pinotsis N / Marechal A / Berry EA / Shu C
資金援助 英国, 3件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/T032154/1 英国
Wellcome Trust202679/Z/16/Z 英国
Wellcome Trust206166/Z/17/Z 英国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2026
タイトル: Cryo-EM structure of bixafen-bound S. cerevisiae complex II unravels SDHI specificity against pathogenic fungi.
著者: Nikos Pinotsis / Claudia Burn-Leefe / Sarah Jones / Shu Chen / Natalya Lukoyanova / Brigitte Meunier / Edward A Berry / Amandine Maréchal /
要旨: Respiratory complex II (CII), or succinate dehydrogenase, couples succinate oxidation in the Krebs cycle with electron transfer to the respiratory chain. Owing to this pivotal role, CII inhibitors ...Respiratory complex II (CII), or succinate dehydrogenase, couples succinate oxidation in the Krebs cycle with electron transfer to the respiratory chain. Owing to this pivotal role, CII inhibitors are widely used fungicides globally; however, their development has largely proceeded without structural insights from fungal targets. Here, we report cryo-electron microscopy structures of the 128 kDa mitochondrial CII from Saccharomyces cerevisiae in two states: active, with endogenous ubiquinone-6 bound (3.15 Å), and inhibited with the fungicide bixafen (3.00 Å). Although closely related to the mammalian type C enzyme, our structures show that the yeast CII has lost the canonical heme cofactor. They also reveal how clade-specific sequence extensions of the membrane subunits Sdh3 and Sdh4 - conserved in pathogenic fungi - uniquely contribute to complex stability and fungicide binding. Our findings provide a foundation for rational design of next-generation CII inhibitors and combatting resistance, in both agriculture and human health.
履歴
登録2025年3月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年2月11日-
マップ公開2026年2月11日-
更新2026年4月22日-
現状2026年4月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_53030.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_53030.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 149.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈yeast complex II with inhibitor bixafen
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 340 pix.
= 281.52 Å		0.83 Å/pix.
x 340 pix.
= 281.52 Å		0.83 Å/pix.
x 340 pix.
= 281.52 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.828 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.316
最小 - 最大-1.8458108 - 3.685111
平均 (標準偏差)0.0014395183 (±0.061926942)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ340340340
Spacing340340340
セルA=B=C: 281.52 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map A yeast complex II with inhibitor bixafen

ファイルemd_53030_half_map_1.map
注釈half map A yeast complex II with inhibitor bixafen
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B yeast complex II with inhibitor bixafen

ファイルemd_53030_half_map_2.map
注釈half map B yeast complex II with inhibitor bixafen
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : THE YEAST MITOCHONDRIAL COMPLEX II, COMPOSED OF SDH1, SDH2, SDH3 ...

全体名称: THE YEAST MITOCHONDRIAL COMPLEX II, COMPOSED OF SDH1, SDH2, SDH3 and SDH4 SOAKED WITH THE INHIBITOR BIXAFEN
要素
  • 複合体: THE YEAST MITOCHONDRIAL COMPLEX II, COMPOSED OF SDH1, SDH2, SDH3 and SDH4 SOAKED WITH THE INHIBITOR BIXAFEN
    • タンパク質・ペプチド: Succinate dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein subunit, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Succinate dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur subunit, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Succinate dehydrogenase [ubiquinone] cytochrome b subunit, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Succinate dehydrogenase [ubiquinone] cytochrome b small subunit, mitochondrial
  • リガンド: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
  • リガンド: POTASSIUM ION
  • リガンド: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: FE3-S4 CLUSTER
  • リガンド: bixafen
  • リガンド: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
  • リガンド: water

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超分子 #1: THE YEAST MITOCHONDRIAL COMPLEX II, COMPOSED OF SDH1, SDH2, SDH3 ...

超分子名称: THE YEAST MITOCHONDRIAL COMPLEX II, COMPOSED OF SDH1, SDH2, SDH3 and SDH4 SOAKED WITH THE INHIBITOR BIXAFEN
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 128 KDa

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分子 #1: Succinate dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein subunit, mitoch...

分子名称: Succinate dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein subunit, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: succinate dehydrogenase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 70.404453 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MLSLKKSALS KLTLLRNTRT FTSSALVRQT QGSVNGSASR SADGKYHIID HEYDCVVIGA GGAGLRAAFG LAEAGYKTAC ISKLFPTRS HTVAAQGGIN AALGNMHKDN WKWHMYDTVK GSDWLGDQDS IHYMTREAPK SIIELEHYGV PFSRTENGKI Y QRAFGGQT ...文字列:
MLSLKKSALS KLTLLRNTRT FTSSALVRQT QGSVNGSASR SADGKYHIID HEYDCVVIGA GGAGLRAAFG LAEAGYKTAC ISKLFPTRS HTVAAQGGIN AALGNMHKDN WKWHMYDTVK GSDWLGDQDS IHYMTREAPK SIIELEHYGV PFSRTENGKI Y QRAFGGQT KEYGKGAQAY RTCAVADRTG HALLHTLYGQ ALRHDTHFFI EYFALDLLTH NGEVVGVIAY NQEDGTIHRF RA HKTIIAT GGYGRAYFSC TSAHT(CME)TGDG NAMVSRAGFP LQDLEFVQFH PSGIYGSGCL ITEGARGEGG FLVNSEGER FMERYAPTAK DLACRDVVSR AITMEIREGR GVGKKKDHMY LQLSHLPPEV LKERLPGISE TAAIFAGVDV TKEPIPIIPT VHYNMGGIP TKWNGEALTI DEETGEDKVI PGLMACGEAA CVSVHGANRL GANSLLDLVV FGRAVAHTVA DTLQPGLPHK P LPSDLGKE SIANLDKLRN ANGSRSTAEI RMNMKQTMQK DVSVFRTQSS LDEGVRNITA VEKTFDDVKT TDRSMIWNSD LV ETLELQN LLTCASQTAV SAANRKESRG AHAREDYPNR DDEHWMKHTL SWQKDVAAPV TLKYRRVIDH TLDEKECPSV PPT VRAY

UniProtKB: Succinate dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein subunit, mitochondrial

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分子 #2: Succinate dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur subunit, mitocho...

分子名称: Succinate dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur subunit, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: succinate dehydrogenase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 30.34741 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MLNVLLRRKA FCLVTKKGMA TATTAAATHT PRLKTFKVYR WNPDEPSAKP HLQSYQVDLN DCGPMVLDAL LKIKDEQDST LTFRRSCRE GICGSCAMNI GGRNTLACI(CME) KIDQNESKQL KIYPLPHMFI VKDLVPDLTN FYQQYKSIQP YLQRSSF PK ...文字列:
MLNVLLRRKA FCLVTKKGMA TATTAAATHT PRLKTFKVYR WNPDEPSAKP HLQSYQVDLN DCGPMVLDAL LKIKDEQDST LTFRRSCRE GICGSCAMNI GGRNTLACI(CME) KIDQNESKQL KIYPLPHMFI VKDLVPDLTN FYQQYKSIQP YLQRSSF PK DGTEVLQSIE DRKKLDGLYE CILCACCSTS CPSYWWNQEQ YLGPAVLMQA YRWLIDSRDQ ATKTRKAMLN NSMSLYRC H TIMNCTRTCP KGLNPGLAIA EIKKSLAFA

UniProtKB: Succinate dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur subunit, mitochondrial

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分子 #3: Succinate dehydrogenase [ubiquinone] cytochrome b subunit, mitoch...

分子名称: Succinate dehydrogenase [ubiquinone] cytochrome b subunit, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) / 株: ATCC 204508/S288c
分子量理論値: 22.167031 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
配列文字列: MSAMMVKLGL NKPALLLKPS AFSRAAALSS SRRLLFNTAR TNFLSTSPLK NVASEMNTKA AIAEEQILNK QRARRPISPH LTIYQPQLT WYLSSFHRIS LVLMGLGFYL FTILFGVSGL LGLGLTTEKV SNWYHQKFSK ITEWSIKGSF AYLFAIHYGG A IRHLIWDT ...文字列:
MSAMMVKLGL NKPALLLKPS AFSRAAALSS SRRLLFNTAR TNFLSTSPLK NVASEMNTKA AIAEEQILNK QRARRPISPH LTIYQPQLT WYLSSFHRIS LVLMGLGFYL FTILFGVSGL LGLGLTTEKV SNWYHQKFSK ITEWSIKGSF AYLFAIHYGG A IRHLIWDT AKELTLKGVY RTGYALIGFT AVLGTYLLTL

UniProtKB: Succinate dehydrogenase [ubiquinone] cytochrome b subunit, mitochondrial

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分子 #4: Succinate dehydrogenase [ubiquinone] cytochrome b small subunit, ...

分子名称: Succinate dehydrogenase [ubiquinone] cytochrome b small subunit, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 詳細: Modified with an N-terminal His-Tag / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508/S288c
分子量理論値: 22.081473 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MMLPRSMKFM TGRRIFHTAT VRAFQSTAKK SLTIPFLPVL PQKPGGVRGT PNDAYVPPPE NKLEGSYHWY MEKIFALSVV PLATTAMLT TGPLSTAADS FFSVMLLGYC YMEFNSCITD YISERVYGVW HKYAMYMLGL GSAVSLFGIY KLETENDGVV G LVKSLWDS ...文字列:
MMLPRSMKFM TGRRIFHTAT VRAFQSTAKK SLTIPFLPVL PQKPGGVRGT PNDAYVPPPE NKLEGSYHWY MEKIFALSVV PLATTAMLT TGPLSTAADS FFSVMLLGYC YMEFNSCITD YISERVYGVW HKYAMYMLGL GSAVSLFGIY KLETENDGVV G LVKSLWDS SEKDNSQKIE AKKGARGSHH HHHHHHHH

UniProtKB: Succinate dehydrogenase [ubiquinone] cytochrome b small subunit, mitochondrial

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分子 #5: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE

分子名称: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: FAD
分子量理論値: 785.55 Da
Chemical component information

ChemComp-FAD:
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD*YM

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分子 #6: POTASSIUM ION

分子名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: K
分子量理論値: 39.098 Da

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分子 #7: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

分子名称: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: FES
分子量理論値: 175.82 Da
Chemical component information

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

+
分子 #8: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER

+
分子 #9: FE3-S4 CLUSTER

分子名称: FE3-S4 CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 1 / 式: F3S
分子量理論値: 295.795 Da
Chemical component information

ChemComp-F3S:
FE3-S4 CLUSTER

+
分子 #10: bixafen

分子名称: bixafen / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 1 / 式: A1I6X
分子量理論値: 414.209 Da

+
分子 #11: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine

分子名称: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 1 / 式: 3PE
分子量理論値: 748.065 Da
Chemical component information

ChemComp-3PE:
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / リン脂質*YM

+
分子 #12: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 27 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.021 mg/mL
緩衝液pH: 7.2 / 構成要素 - 濃度: 50.0 mM / 構成要素 - 名称: HEPES / 詳細: 150 mM NaCl 0.05% GDN
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: GRAPHENE OXIDE / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 279 K / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 実像数: 20000 / 平均露光時間: 2.5 sec. / 平均電子線量: 19.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3) / 使用した粒子像数: 146416
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

0711

source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model

1801

source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model

3421

source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model

7298

source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-9qdm:
CRYO-EM STRUCTURE OF THE YEAST RESPIRATORY COMPLEX II WITH THE INHIBITOR BIXAFEN

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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