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- EMDB-53000: Legobody dimer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-53000
タイトルLegobody dimer
マップデータ
試料
  • 複合体: Legobody dimer
    • タンパク質・ペプチド: Nanobody ALFA-H6
    • タンパク質・ペプチド: Fab antibody 8D3_2_H-H6
    • タンパク質・ペプチド: Fa antibody 8D3_2_L
    • タンパク質・ペプチド: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Immunoglobulin G-binding protein A,Immunoglobulin G-binding protein G
  • タンパク質・ペプチド: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Immunoglobulin G-binding protein A,Immunoglobulin G-binding protein G
キーワードlegobody / dimer / anti-alfa / BIOSYNTHETIC PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


IgG binding / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / outer membrane-bounded periplasmic space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Octapeptide repeat / Octapeptide repeat / Protein A, Ig-binding domain / B domain / IgG-binding B / B domain / M protein-type anchor domain / GA-like domain / GA-like domain / Lysin motif ...Octapeptide repeat / Octapeptide repeat / Protein A, Ig-binding domain / B domain / IgG-binding B / B domain / M protein-type anchor domain / GA-like domain / GA-like domain / Lysin motif / LysM domain superfamily / LysM domain / LysM domain profile. / LysM domain / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily / YSIRK type signal peptide / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin G-binding protein A / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Immunoglobulin G-binding protein G / Immunoglobulin G-binding protein A
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ) / Vicugna pacos (アルパカ) / Streptococcus sp. 'group G' (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Pacesa M / Van Hall-Beauvais A / Marchand A / Georgeon S / Correia BE
資金援助 スイス, 1件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation スイス
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of a cryoEM scaffold
著者: Pacesa M / Van Hall-Beauvais A / Marchand A / Georgeon S / Correia BE
履歴
登録2025年3月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年6月11日-
マップ公開2025年6月11日-
更新2025年6月11日-
現状2025年6月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_53000.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_53000.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.93 Å/pix.
x 280 pix.
= 259.28 Å		0.93 Å/pix.
x 280 pix.
= 259.28 Å		0.93 Å/pix.
x 280 pix.
= 259.28 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.926 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.06
最小 - 最大-0.25093457 - 0.49222967
平均 (標準偏差)0.00021730733 (±0.01426387)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 259.28 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_53000_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_53000_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_53000_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Legobody dimer

全体名称: Legobody dimer
要素
  • 複合体: Legobody dimer
    • タンパク質・ペプチド: Nanobody ALFA-H6
    • タンパク質・ペプチド: Fab antibody 8D3_2_H-H6
    • タンパク質・ペプチド: Fa antibody 8D3_2_L
    • タンパク質・ペプチド: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Immunoglobulin G-binding protein A,Immunoglobulin G-binding protein G
  • タンパク質・ペプチド: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Immunoglobulin G-binding protein A,Immunoglobulin G-binding protein G

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超分子 #1: Legobody dimer

超分子名称: Legobody dimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: Nanobody ALFA-H6

分子名称: Nanobody ALFA-H6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vicugna pacos (アルパカ)
分子量理論値: 14.81354 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
EVQLQESGGG LVQPGGSLRL SCTASGVTIS ALNAMAMGWY RQAPGERRVM VAAVSERGNA MYRESVQGRF TVTRDFTNKM VSLQMDNLK PEDTAVYYCH VLEDRVDSFH DYWGQGTQVT VSSLEGTKHH HHHH

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分子 #2: Fab antibody 8D3_2_H-H6

分子名称: Fab antibody 8D3_2_H-H6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 25.539551 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DVQLVESGGG LVQPGKSLRL SCAASGFTFS NFGMHWVRQA PEMGLEWVAY ISSGSTTKYY GDTVKGRFTI SRDNPKNTLY LQMNSLRSE DTAMYYCARR PLYDGDYGYP MDYWGQGTSV TVSSASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP V TVSWNSGA ...文字列:
DVQLVESGGG LVQPGKSLRL SCAASGFTFS NFGMHWVRQA PEMGLEWVAY ISSGSTTKYY GDTVKGRFTI SRDNPKNTLY LQMNSLRSE DTAMYYCARR PLYDGDYGYP MDYWGQGTSV TVSSASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP V TVSWNSGA LTSGVHTFPA VLQSSGLYSL SSVVTVPSSS LGTQTYICNV NHKPSNTKVD KKVEPKSCGS GTKHHHHHH

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分子 #3: Fa antibody 8D3_2_L

分子名称: Fa antibody 8D3_2_L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 24.095852 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: NIMLTQSPSS LAVSAGERVT MSCKSTQSIL YNSNQKTYLA WYQQKPGQSP KLLIYWASTR ASGVPDRFTG SGSGTDFTLT INSVQPEDL AVYYCHQYLS AWTFGGGTKL EIKRTVAAPS VFIFPPSDEQ LKSGTASVVC LLNNFYPREA KVQWKVDNAL Q SGNSQESV ...文字列:
NIMLTQSPSS LAVSAGERVT MSCKSTQSIL YNSNQKTYLA WYQQKPGQSP KLLIYWASTR ASGVPDRFTG SGSGTDFTLT INSVQPEDL AVYYCHQYLS AWTFGGGTKL EIKRTVAAPS VFIFPPSDEQ LKSGTASVVC LLNNFYPREA KVQWKVDNAL Q SGNSQESV TEQDSKDSTY SLSSTLTLSK ADYEKHKVYA CEVTHQGLSS PVTKSFNRGE C

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分子 #4: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Immunoglobulin G...

分子名称: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Immunoglobulin G-binding protein A,Immunoglobulin G-binding protein G
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Streptococcus sp. 'group G' (バクテリア)
分子量理論値: 59.047051 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MHHHHHHGSK IEEGKLVIWI NGDKGYNGLA EVGKKFEKDT GIKVTVEHPD KLEEKFPQVA ATGDGPDIIF WAHDRFGGYA QSGLLAEIT PDKAFQDKLY PFTWDAVRYN GKLIAYPIAV EALSLIYNKD LLPNPPKTWE EIPALDKELK AKGKSALMFN L QEPYFTWP ...文字列:
MHHHHHHGSK IEEGKLVIWI NGDKGYNGLA EVGKKFEKDT GIKVTVEHPD KLEEKFPQVA ATGDGPDIIF WAHDRFGGYA QSGLLAEIT PDKAFQDKLY PFTWDAVRYN GKLIAYPIAV EALSLIYNKD LLPNPPKTWE EIPALDKELK AKGKSALMFN L QEPYFTWP LIAADGGYAF KYENGKYDIK DVGVDNAGAK AGLTFLVDLI KNKHMNADTD YSIAEAAFNK GETAMTINGP WA WSNIDTS KVNYGVTVLP TFKGQPSKPF VGVLSAGINA ASPNKELAKE FLENYLLTDE GLEAVNKDKP LGAVALKSYE EEL AKDPRI AATMENAQKG EIMPNIPQMS AFWYAVRTAV INAASGRQTV DQALAFAQIL IMPNLTEEQR NGFIQSLKDD PSVS KEILA EAKKLNEHQA PKGGSGGAGS GDQQSAFYEI LNMPNLNEAQ RNGFIQSLKD DPSQSTNVLG EAKKLNESQA GGGSG GGSG GSAVTTYKLV INGKTLKGET TTKAVDAETA EKAFKQYAND NGVDGVWTYD DATKTFTVT

UniProtKB: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein, Immunoglobulin G-binding protein A, Immunoglobulin G-binding protein A, Immunoglobulin G-binding protein G

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分子 #5: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Immunoglobulin G...

分子名称: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Immunoglobulin G-binding protein A,Immunoglobulin G-binding protein G
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Streptococcus sp. 'group G' (バクテリア)
分子量理論値: 59.176168 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MHHHHHHGSK IEEGKLVIWI NGDKGYNGLA EVGKKFEKDT GIKVTVEHPD KLEEKFPQVA ATGDGPDIIF WAHDRFGGYA QSGLLAEIT PDKAFQDKLY PFTWDAVRYN GKLIAYPIAV EALSLIYNKD LLPNPPKTWE EIPALDKELK AKGKSALMFN L QEPYFTWP ...文字列:
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UniProtKB: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein, Immunoglobulin G-binding protein A, Immunoglobulin G-binding protein A, Immunoglobulin G-binding protein G

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 114803
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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