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- EMDB-52977: CryoEM structure of the human LRP2 receptor ectodomain in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-52977
タイトルCryoEM structure of the human LRP2 receptor ectodomain in complex with LRPAP1
マップデータ
試料
  • 複合体: Human LRP2 ectodomain in complex with unidentified endogenous ligands and LRPAP1
    • 複合体: LRPAP1
      • タンパク質・ペプチド: x 1種
    • 複合体: Human LRP2 ectodomain in complex with unidentified endogenous ligands
      • タンパク質・ペプチド: x 5種
    • タンパク質・ペプチド: x 1種
  • リガンド: x 5種
キーワードMegalin / LRP2 / LDL receptor / ENDOCYTOSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular negative regulation of signal transduction / regulation of receptor-mediated endocytosis / Transport of RCbl within the body / negative regulation of very-low-density lipoprotein particle clearance / diol metabolic process / pulmonary artery morphogenesis / secondary heart field specification / rough endoplasmic reticulum lumen / lipase binding / positive regulation of oligodendrocyte progenitor proliferation ...extracellular negative regulation of signal transduction / regulation of receptor-mediated endocytosis / Transport of RCbl within the body / negative regulation of very-low-density lipoprotein particle clearance / diol metabolic process / pulmonary artery morphogenesis / secondary heart field specification / rough endoplasmic reticulum lumen / lipase binding / positive regulation of oligodendrocyte progenitor proliferation / positive regulation of lysosomal protein catabolic process / folate import across plasma membrane / cobalamin transport / receptor antagonist activity / amyloid-beta clearance by transcytosis / negative regulation of amyloid-beta clearance / ventricular compact myocardium morphogenesis / response to leptin / protein transporter activity / Vitamin D (calciferol) metabolism / low-density lipoprotein particle receptor activity / metal ion transport / transcytosis / vitamin D metabolic process / very-low-density lipoprotein particle receptor binding / cranial skeletal system development / positive regulation of amyloid-beta clearance / coronary artery morphogenesis / neuron projection arborization / cis-Golgi network / insulin-like growth factor I binding / negative regulation of receptor internalization / outflow tract septum morphogenesis / cargo receptor activity / positive regulation of neurogenesis / ventricular septum development / aorta development / low-density lipoprotein particle receptor binding / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / forebrain development / vagina development / hormone binding / amyloid-beta clearance / negative regulation of BMP signaling pathway / retinoid metabolic process / Retinoid metabolism and transport / transport across blood-brain barrier / clathrin-coated pit / endomembrane system / receptor-mediated endocytosis / endosome lumen / lipid metabolic process / kidney development / neural tube closure / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / brush border membrane / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / sensory perception of sound / SH3 domain binding / Golgi lumen / cellular response to growth factor stimulus / male gonad development / endocytosis / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / heparin binding / protein transport / amyloid-beta binding / Clathrin-mediated endocytosis / protein-folding chaperone binding / gene expression / lysosome / cell population proliferation / signaling receptor complex / endosome / apical plasma membrane / receptor ligand activity / signaling receptor binding / external side of plasma membrane / axon / lysosomal membrane / calcium ion binding / dendrite / negative regulation of apoptotic process / cell surface / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / signal transduction / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Alpha-2-macroglobulin receptor-associated protein, domain 1 / Alpha-2-macroglobulin RAP, C-terminal / RAP domain superfamily / Alpha-2-macroglobulin RAP, domain 3 / Alpha-2-macroglobulin RAP, domain 2 / Alpha-2-macroglobulin receptor-associated protein / Alpha-2-macroglobulin RAP, N-terminal domain / Alpha-2-macroglobulin RAP, C-terminal domain / : / LRP2-like, EGF-like domain ...Alpha-2-macroglobulin receptor-associated protein, domain 1 / Alpha-2-macroglobulin RAP, C-terminal / RAP domain superfamily / Alpha-2-macroglobulin RAP, domain 3 / Alpha-2-macroglobulin RAP, domain 2 / Alpha-2-macroglobulin receptor-associated protein / Alpha-2-macroglobulin RAP, N-terminal domain / Alpha-2-macroglobulin RAP, C-terminal domain / : / LRP2-like, EGF-like domain / Complement Clr-like EGF domain / Complement Clr-like EGF-like / : / Low-density lipoprotein receptor repeat class B / LDL-receptor class B (LDLRB) repeat profile. / LDLR class B repeat / Low-density lipoprotein-receptor YWTD domain / Endoplasmic reticulum targeting sequence. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / : / Calcium-binding EGF domain / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Coagulation Factor Xa inhibitory site / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-2-macroglobulin receptor-associated protein / Low-density lipoprotein receptor-related protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.34 Å
データ登録者Ramanadane K / Coscia F
資金援助European Union, スイス, フランス, 3件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)101041298European Union
Swiss National Science FoundationP500PB_217862 スイス
Human Frontier Science Program (HFSP)LT0024/2024-L フランス
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: CryoEM structure of the human LRP2 receptor ectodomain in complex with LRPAP1
著者: Ramanadane K / Coscia F
履歴
登録2025年2月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年3月11日-
マップ公開2026年3月11日-
更新2026年3月11日-
現状2026年3月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_52977.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_52977.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 669.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.96 Å/pix.
x 560 pix.
= 534.8 Å		0.96 Å/pix.
x 560 pix.
= 534.8 Å		0.96 Å/pix.
x 560 pix.
= 534.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.955 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.095
最小 - 最大-0.015636453 - 0.9424161
平均 (標準偏差)0.009213428 (±0.021321679)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ560560560
Spacing560560560
セルA=B=C: 534.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

-
追加マップ: #1

ファイルemd_52977_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human LRP2 ectodomain in complex with unidentified endogenous lig...

全体名称: Human LRP2 ectodomain in complex with unidentified endogenous ligands and LRPAP1
要素
  • 複合体: Human LRP2 ectodomain in complex with unidentified endogenous ligands and LRPAP1
    • 複合体: LRPAP1
      • タンパク質・ペプチド: Alpha-2-macroglobulin receptor-associated protein
    • 複合体: Human LRP2 ectodomain in complex with unidentified endogenous ligands
      • タンパク質・ペプチド: Low-density lipoprotein receptor-related protein 2
      • タンパク質・ペプチド: Unidentified peptide 1
      • タンパク質・ペプチド: Unidentified peptide 2
      • タンパク質・ペプチド: Unidentified peptide 3
      • タンパク質・ペプチド: Unidentified peptide 4
    • タンパク質・ペプチド: Unidentified peptide 5
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: beta-D-mannopyranose
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: NICKEL (II) ION

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超分子 #1: Human LRP2 ectodomain in complex with unidentified endogenous lig...

超分子名称: Human LRP2 ectodomain in complex with unidentified endogenous ligands and LRPAP1
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #2: LRPAP1

超分子名称: LRPAP1 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #3: Human LRP2 ectodomain in complex with unidentified endogenous ligands

超分子名称: Human LRP2 ectodomain in complex with unidentified endogenous ligands
タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#6
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: Alpha-2-macroglobulin receptor-associated protein

分子名称: Alpha-2-macroglobulin receptor-associated protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 40.404426 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSYSREKNQP KPSPKRESGE EFRMEKLNQL WEKAQRLHLP PVRLAELHAD LKIQERDELA WKKLKLDGLD EDGEKEARLI RNLNVILAK YGLDGKKDAR QVTSNSLSGT QEDGLDDPRL EKLWHKAKTS GKFSGEELDK LWREFLHHKE KVHEYNVLLE T LSRTEEIH ...文字列:
MSYSREKNQP KPSPKRESGE EFRMEKLNQL WEKAQRLHLP PVRLAELHAD LKIQERDELA WKKLKLDGLD EDGEKEARLI RNLNVILAK YGLDGKKDAR QVTSNSLSGT QEDGLDDPRL EKLWHKAKTS GKFSGEELDK LWREFLHHKE KVHEYNVLLE T LSRTEEIH ENVISPSDLS DIKGSVLHSR HTELKEKLRS INQGLDRLRR VSHQGYSTEA EFEEPRVIDL WDLAQSANLT DK ELEAFRE ELKHFEAKIE KHNHYQKQLE IAHEKLRHAE SVGDGERVSR SREKHALLEG RTKELGYTVK KHLQDLSGRI SRA RHNELA LEVLFQGPHH HHHHHHHH

UniProtKB: Alpha-2-macroglobulin receptor-associated protein

+
分子 #2: Low-density lipoprotein receptor-related protein 2

分子名称: Low-density lipoprotein receptor-related protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 502.222469 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDRGPAAVAC TLLLALVACL APASGQECDS AHFRCGSGHC IPADWRCDGT KDCSDDADEI GCAVVTCQQG YFKCQSEGQC IPNSWVCDQ DQDCDDGSDE RQDCSQSTCS SHQITCSNGQ CIPSEYRCDH VRDCPDGADE NDCQYPTCEQ LTCDNGACYN T SQKCDWKV ...文字列:
MDRGPAAVAC TLLLALVACL APASGQECDS AHFRCGSGHC IPADWRCDGT KDCSDDADEI GCAVVTCQQG YFKCQSEGQC IPNSWVCDQ DQDCDDGSDE RQDCSQSTCS SHQITCSNGQ CIPSEYRCDH VRDCPDGADE NDCQYPTCEQ LTCDNGACYN T SQKCDWKV DCRDSSDEIN CTEICLHNEF SCGNGECIPR AYVCDHDNDC QDGSDEHACN YPTCGGYQFT CPSGRCIYQN WV CDGEDDC KDNGDEDGCE SGPHDVHKCS PREWSCPESG RCISIYKVCD GILDCPGRED ENNTSTGKYC SMTLCSALNC QYQ CHETPY GGACFCPPGY IINHNDSRTC VEFDDCQIWG ICDQKCESRP GRHLCHCEEG YILERGQYCK ANDSFGEASI IFSN GRDLL IGDIHGRSFR ILVESQNRGV AVGVAFHYHL QRVFWTDTVQ NKVFSVDING LNIQEVLNVS VETPENLAVD WVNNK IYLV ETKVNRIDMV NLDGSYRVTL ITENLGHPRG IAVDPTVGYL FFSDWESLSG EPKLERAFMD GSNRKDLVKT KLGWPA GVT LDMISKRVYW VDSRFDYIET VTYDGIQRKT VVHGGSLIPH PFGVSLFEGQ VFFTDWTKMA VLKANKFTET NPQVYYQ AS LRPYGVTVYH SLRQPYATNP CKDNNGGCEQ VCVLSHRTDN DGLGFRCKCT FGFQLDTDER HCIAVQNFLI FSSQVAIR G IPFTLSTQED VMVPVSGNPS FFVGIDFDAQ DSTIFFSDMS KHMIFKQKID GTGREILAAN RVENVESLAF DWISKNLYW TDSHYKSISV MRLADKTRRT VVQYLNNPRS VVVHPFAGYL FFTDWFRPAK IMRAWSDGSH LLPVINTTLG WPNGLAIDWA ASRLYWVDA YFDKIEHSTF DGLDRRRLGH IEQMTHPFGL AIFGEHLFFT DWRLGAIIRV RKADGGEMTV IRSGIAYILH L KSYDVNIQ TGSNACNQPT HPNGDCSHFC FPVPNFQRVC GCPYGMRLAS NHLTCEGDPT NEPPTEQCGL FSFPCKNGRC VP NYYLCDG VDDCHDNSDE QLCGTLNNTC SSSAFTCGHG ECIPAHWRCD KRNDCVDGSD EHNCPTHAPA SCLDTQYTCD NHQ CISKNW VCDTDNDCGD GSDEKNCNST ETCQPSQFNC PNHRCIDLSF VCDGDKDCVD GSDEVGCVLN CTASQFKCAS GDKC IGVTN RCDGVFDCSD NSDEAGCPTR PPGMCHSDEF QCQEDGICIP NFWECDGHPD CLYGSDEHNA CVPKTCPSSY FHCDN GNCI HRAWLCDRDN DCGDMSDEKD CPTQPFRCPS WQWQCLGHNI CVNLSVVCDG IFDCPNGTDE SPLCNGNSCS DFNGGC THE CVQEPFGAKC LCPLGFLLAN DSKTCEDIDE CDILGSCSQH CYNMRGSFRC SCDTGYMLES DGRTCKVTAS ESLLLLV AS QNKIIADSVT SQVHNIYSLV ENGSYIVAVD FDSISGRIFW SDATQGKTWS AFQNGTDRRV VFDSSIILTE TIAIDWVG R NLYWTDYALE TIEVSKIDGS HRTVLISKNL TNPRGLALDP RMNEHLLFWS DWGHHPRIER ASMDGSMRTV IVQDKIFWP CGLTIDYPNR LLYFMDSYLD YMDFCDYNGH HRRQVIASDL IIRHPYALTL FEDSVYWTDR ATRRVMRANK WHGGNQSVVM YNIQWPLGI VAVHPSKQPN SVNPCAFSRC SHLCLLSSQG PHFYSCVCPS GWSLSPDLLN CLRDDQPFLI TVRQHIIFGI S LNPEVKSN DAMVPIAGIQ NGLDVEFDDA EQYIYWVENP GEIHRVKTDG TNRTVFASIS MVGPSMNLAL DWISRNLYST NP RTQSIEV LTLHGDIRYR KTLIANDGTA LGVGFPIGIT VDPARGKLYW SDQGTDSGVP AKIASANMDG TSVKTLFTGN LEH LECVTL DIEEQKLYWA VTGRGVIERG NVDGTDRMIL VHQLSHPWGI AVHDSFLYYT DEQYEVIERV DKATGANKIV LRDN VPNLR GLQVYHRRNA AESSNGCSNN MNACQQICLP VPGGLFSCAC ATGFKLNPDN RSCSPYNSFI VVSMLSAIRG FSLEL SDHS ETMVPVAGQG RNALHVDVDV SSGFIYWCDF SSSVASDNAI RRIKPDGSSL MNIVTHGIGE NGVRGIAVDW VAGNLY FTN AFVSETLIEV LRINTTYRRV LLKVTVDMPR HIVVDPKNRY LFWADYGQRP KIERSFLDCT NRTVLVSEGI VTPRGLA VD RSDGYVYWVD DSLDIIARIR INGENSEVIR YGSRYPTPYG ITVFENSIIW VDRNLKKIFQ ASKEPENTEP PTVIRDNI N WLRDVTIFDK QVQPRSPAEV NNNPCLENNG GCSHLCFALP GLHTPKCDCA FGTLQSDGKN CAISTENFLI FALSNSLRS LHLDPENHSP PFQTINVERT VMSLDYDSVS DRIYFTQNLA SGVGQISYAT LSSGIHTPTV IASGIGTADG IAFDWITRRI YYSDYLNQM INSMAEDGSN RTVIARVPKP RAIVLDPCQG YLYWADWDTH AKIERATLGG NFRVPIVNSS LVMPSGLTLD Y EEDLLYWV DASLQRIERS TLTGVDREVI VNAAVHAFGL TLYGQYIYWT DLYTQRIYRA NKYDGSGQIA MTTNLLSQPR GI NTVVKNQ KQQCNNPCEQ FNGGCSHICA PGPNGAECQC PHEGNWYLAN NRKHCIVDNG ERCGASSFTC SNGRCISEEW KCD NDNDCG DGSDEMESVC ALHTCSPTAF TCANGRCVQY SYRCDYYNDC GDGSDEAGCL FRDCNATTEF MCNNRRCIPR EFIC NGVDN CHDNNTSDEK NCPDRTCQSG YTKCHNSNIC IPRVYLCDGD NDCGDNSDEN PTYCTTHTCS SSEFQCASGR CIPQH WYCD QETDCFDASD EPASCGHSER TCLADEFKCD GGRCIPSEWI CDGDNDCGDM SDEDKRHQCQ NQNCSDSEFL CVNDRP PDR RCIPQSWVCD GDVDCTDGYD ENQNCTRRTC SENEFTCGYG LCIPKIFRCD RHNDCGDYSD ERGCLYQTCQ QNQFTCQ NG RCISKTFVCD EDNDCGDGSD ELMHLCHTPE PTCPPHEFKC DNGRCIEMMK LCNHLDDCLD NSDEKGCGIN ECHDPSIS G CDHNCTDTLT SFYCSCRPGY KLMSDKRTCV DIDECTEMPF VCSQKCENVI GSYICKCAPG YLREPDGKTC RQNSNIEPY LIFSNRYYLR NLTIDGYFYS LILEGLDNVV ALDFDRVEKR LYWIDTQRQV IERMFLNKTN KETIINHRLP AAESLAVDWV SRKLYWLDA RLDGLFVSDL NGGHRRMLAQ HCVDANNTFC FDNPRGLALH PQYGYLYWAD WGHRAYIGRV GMDGTNKSVI I STKLEWPN GITIDYTNDL LYWADAHLGY IEYSDLEGHH RHTVYDGALP HPFAITIFED TIYWTDWNTR TVEKGNKYDG SN RQTLVNT THRPFDIHVY HPYRQPIVSN PCGTNNGGCS HLCLIKPGGK GFTCECPDDF RTLQLSGSTY CMPMCSSTQF LCA NNEKCI PIWWKCDGQK DCSDGSDELA LCPQRFCRLG QFQCSDGNCT SPQTLCNAHQ NCPDGSDEDR LLCENHHCDS NEWQ CANKR CIPESWQCDT FNDCEDNSDE DSSHCASRTC RPGQFRCANG RCIPQAWKCD VDNDCGDHSD EPIEECMSSA HLCDN FTEF SCKTNYRCIP KWAVCNGVDD CRDNSDEQGC EERTCHPVGD FRCKNHHCIP LRWQCDGQND CGDNSDEENC APRECT ESE FRCVNQQCIP SRWICDHYND CGDNSDERDC EMRTCHPEYF QCTSGHCVHS ELKCDGSADC LDASDEADCP TRFPDGA YC QATMFECKNH VCIPPYWKCD GDDDCGDGSD EELHLCLDVP CNSPNRFRCD NNRCIYSHEV CNGVDDCGDG TDETEEHC R KPTPKPCTEY EYKCGNGHCI PHDNVCDDAD DCGDWSDELG CNKGKERTCA ENICEQNCTQ LNEGGFICSC TAGFETNVF DRTSCLDINE CEQFGTCPQH CRNTKGSYEC VCADGFTSMS DRPGKRCAAE GSSPLLLLPD NVRIRKYNLS SERFSEYLQD EEYIQAVDY DWDPKDIGLS VVYYTVRGEG SRFGAIKRAY IPNFESGRNN LVQEVDLKLK YVMQPDGIAV DWVGRHIYWS D VKNKRIEV AKLDGRYRKW LISTDLDQPA AIAVNPKLGL MFWTDWGKEP KIESAWMNGE DRNILVFEDL GWPTGLSIDY LN NDRIYWS DFKEDVIETI KYDGTDRRVI AKEAMNPYSL DIFEDQLYWI SKEKGEVWKQ NKFGQGKKEK TLVVNPWLTQ VRI FHQLRY NKSVPNLCKQ ICSHLCLLRP GGYSCACPQG SSFIEGSTTE CDAAIELPIN LPPPCRCMHG GNCYFDETDL PKCK CPSGY TGKYCEMAFS KGISPGTTGW SHPQFEKAGG GSGGGSGGGS WSHPQFEKGG GSGGGSGGGS WSHPQFEK

UniProtKB: Low-density lipoprotein receptor-related protein 2

+
分子 #3: Unidentified peptide 1

分子名称: Unidentified peptide 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 869.063 Da
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

+
分子 #4: Unidentified peptide 2

分子名称: Unidentified peptide 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 613.749 Da
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

+
分子 #5: Unidentified peptide 3

分子名称: Unidentified peptide 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 1.039273 KDa
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)

+
分子 #6: Unidentified peptide 4

分子名称: Unidentified peptide 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 698.854 Da
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

+
分子 #7: Unidentified peptide 5

分子名称: Unidentified peptide 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 1.124378 KDa
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)

+
分子 #10: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 19 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

+
分子 #11: beta-D-mannopyranose

分子名称: beta-D-mannopyranose / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 2 / 式: BMA
分子量理論値: 180.156 Da
Chemical component information

ChemComp-BMA:
beta-D-mannopyranose

+
分子 #12: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 7 / 式: NGA
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NGA:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose

+
分子 #13: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 25 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

+
分子 #14: NICKEL (II) ION

分子名称: NICKEL (II) ION / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 2 / 式: NI
分子量理論値: 58.693 Da
Chemical component information

ChemComp-NI:
NICKEL (II) ION

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度3 mg/mL
緩衝液pH: 7.9
構成要素:
濃度式名称
40.0 mMNaClsodium chloride
20.0 mMHEPESHEPES
0.2 %OGOG
0.0075 %Tween-20Tween-20
3.0 mMCaCl2calcium chloride
グリッドモデル: UltrAuFoil R2/2 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 詳細: 30 mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.75 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.34 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF
詳細: Composite map (please refer to related focused map and initial consensus map)
使用した粒子像数: 318131
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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