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- EMDB-52846: STRUCTURE OF UNSTACKED C2S2-TYPE PSII-LHCII SUPERCOMPLEX FROM PIS... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-52846
タイトルSTRUCTURE OF UNSTACKED C2S2-TYPE PSII-LHCII SUPERCOMPLEX FROM PISUM SATIVUM
マップデータ
試料
  • 複合体: C2S2-TYPE PSII-LHCII SUPERCOMPLEX FROM PISUM SATIVUM
    • タンパク質・ペプチド: x 24種
  • リガンド: x 18種
キーワードPlant / PSII / Pisum sativum / membrane protein / Cryo-EM / PHOTOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


photoinhibition / photosynthesis, light harvesting / photosystem II oxygen evolving complex / photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II reaction center / photosystem II / photosynthetic electron transport chain / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor ...photoinhibition / photosynthesis, light harvesting / photosystem II oxygen evolving complex / photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II reaction center / photosystem II / photosynthetic electron transport chain / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosystem I / response to herbicide / photosystem II / extrinsic component of membrane / poly(U) RNA binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / chlorophyll binding / phosphate ion binding / photosynthesis, light reaction / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / mRNA binding / heme binding / calcium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem II 5kDa protein, chloroplastic / PsbP, C-terminal / : / PsbP / Mog1/PsbP, alpha/beta/alpha sandwich / Photosystem II PsbW, class 2 / Photosystem II reaction centre W protein (PsbW) / Oxygen-evolving enhancer protein 3 / Oxygen evolving enhancer protein 3 / PsbQ-like domain superfamily ...Photosystem II 5kDa protein, chloroplastic / PsbP, C-terminal / : / PsbP / Mog1/PsbP, alpha/beta/alpha sandwich / Photosystem II PsbW, class 2 / Photosystem II reaction centre W protein (PsbW) / Oxygen-evolving enhancer protein 3 / Oxygen evolving enhancer protein 3 / PsbQ-like domain superfamily / Photosystem II PsbX, type 1 subfamily / Photosystem II PsbJ / Photosystem II PsbJ superfamily / PsbJ / Photosystem II PsbO, manganese-stabilising / Manganese-stabilising protein / photosystem II polypeptide / Photosystem II reaction centre M protein (PsbM) / Photosystem II PsbM superfamily / Photosystem II PsbM / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II PsbZ superfamily / YCF9 / Photosystem II PsbX / Photosystem II reaction centre X protein (PsbX) / Photosystem II PsbT / Photosystem II PsbL / Photosystem II PsbL superfamily / Photosystem II PsbT superfamily / Photosystem II reaction centre T protein / PsbL protein / Photosystem II PsbK / Photosystem II CP43 reaction centre protein / Photosystem II PsbK superfamily / Photosystem II CP43 reaction centre protein superfamily / Photosystem II 4 kDa reaction centre component / Photosystem II PsbI / Photosystem II CP47 reaction centre protein / Photosystem II PsbI superfamily / Photosystem II reaction centre I protein (PSII 4.8 kDa protein) / Photosystem II protein D1 / Photosystem II reaction centre protein H / Photosystem II D2 protein / Photosystem II cytochrome b559, conserved site / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II cytochrome b559, beta subunit / Photosystem II cytochrome b559, N-terminal / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit, lumenal region / Photosystem II reaction centre protein H superfamily / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit superfamily / Cytochrome b559, alpha (gene psbE) and beta (gene psbF)subunits / Lumenal portion of Cytochrome b559, alpha (gene psbE) subunit / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein / Cytochrome b559 subunits heme-binding site signature. / : / Photosystem antenna protein-like / Photosystem antenna protein-like superfamily / Photosystem II protein / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / : / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / PSII 6.1 kDa protein / Photosystem II 5 kDa protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem II reaction center protein K / Photosystem II reaction center protein I / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II CP43 reaction center protein / Photosystem II D2 protein / Photosystem II protein D1 ...Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / PSII 6.1 kDa protein / Photosystem II 5 kDa protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem II reaction center protein K / Photosystem II reaction center protein I / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II CP43 reaction center protein / Photosystem II D2 protein / Photosystem II protein D1 / Chlorophyll a-b binding protein AB80, chloroplastic / Cytochrome b559 subunit alpha / Photosystem II reaction center protein J / Oxygen-evolving enhancer protein 1, chloroplastic / Oxygen-evolving enhancer protein 2, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein 8, chloroplastic / Photosystem II reaction center protein L / Cytochrome b559 subunit beta / Photosystem II reaction center protein M / Photosystem II reaction center protein Z / 16 kDa subunit of oxygen evolving system of photosystem II / Photosystem II reaction center protein T / Ultraviolet-B-repressible protein / Photosystem II reaction center protein H
類似検索 - 構成要素
生物種Pisum sativum (マメ科)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Klaiman D / Fadeeva M / Kandiah E / Nelson N
資金援助 イスラエル, 1件
OrganizationGrant number国
Israel Science Foundation199/21 イスラエル
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: STRUCTURE OF UNSTACKED C2S2-TYPE PSII-LHCII SUPERCOMPLEX FROM PISUM SATIVUM
著者: Klaiman D / Fadeeva M / Nelson N
履歴
登録2025年2月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年1月28日-
マップ公開2026年1月28日-
更新2026年1月28日-
現状2026年1月28日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_52846.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_52846.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 476.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 500 pix.
= 420. Å		0.84 Å/pix.
x 500 pix.
= 420. Å		0.84 Å/pix.
x 500 pix.
= 420. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.84 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.007
最小 - 最大-0.027201986 - 0.059905734
平均 (標準偏差)0.00002883489 (±0.0027838037)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ500500500
Spacing500500500
セルA=B=C: 420.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_52846_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_52846_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : C2S2-TYPE PSII-LHCII SUPERCOMPLEX FROM PISUM SATIVUM

全体名称: C2S2-TYPE PSII-LHCII SUPERCOMPLEX FROM PISUM SATIVUM
要素
  • 複合体: C2S2-TYPE PSII-LHCII SUPERCOMPLEX FROM PISUM SATIVUM
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II protein D1
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II CP47 reaction center protein
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II CP43 reaction center protein
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II D2 protein
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b559 subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b559 subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein 8, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein H
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein J
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein K
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein L
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein M
    • タンパク質・ペプチド: Oxygen-evolving enhancer protein 1, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Oxygen-evolving enhancer protein 2, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Oxygen-evolving enhancer protein 3
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein T
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein W
    • タンパク質・ペプチド: Ultraviolet-B-repressible protein
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein AB80, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein Z
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II 5 kDa protein, chloroplastic
  • リガンド: CA-MN4-O5 CLUSTER
  • リガンド: FE (II) ION
  • リガンド: CHLORIDE ION
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: PHEOPHYTIN A
  • リガンド: BETA-CAROTENE
  • リガンド: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE
  • リガンド: BICARBONATE ION
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: CHLOROPHYLL B
  • リガンド: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
  • リガンド: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL
  • リガンド: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
  • リガンド: water

+
超分子 #1: C2S2-TYPE PSII-LHCII SUPERCOMPLEX FROM PISUM SATIVUM

超分子名称: C2S2-TYPE PSII-LHCII SUPERCOMPLEX FROM PISUM SATIVUM
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#24
由来(天然)生物種: Pisum sativum (マメ科)
分子量理論値: 1.2 MDa

+
分子 #1: Photosystem II protein D1

分子名称: Photosystem II protein D1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem II
由来(天然)生物種: Pisum sativum (マメ科)
分子量理論値: 36.972074 KDa
配列文字列: ENLWGRFCNW ITSTENRLYI GWFGVLMIPT LLTATSVFII AFIAAPPVDI DGIREPVSGS LLYGNNIISG AIIPTSAAIG LHFYPIWEA ASVDEWLYNG GPYELIVLHF LLGVACYMGR EWELSFRLGM RPWIAVAYSA PVAAATAVFL IYPIGQGSFS D GMPLGISG ...文字列:
ENLWGRFCNW ITSTENRLYI GWFGVLMIPT LLTATSVFII AFIAAPPVDI DGIREPVSGS LLYGNNIISG AIIPTSAAIG LHFYPIWEA ASVDEWLYNG GPYELIVLHF LLGVACYMGR EWELSFRLGM RPWIAVAYSA PVAAATAVFL IYPIGQGSFS D GMPLGISG TFNFMIVFQA EHNILMHPFH MLGVAGVFGG SLFSAMHGSL VTSSLIRETT ENESANEGYR FGQEEETYNI VA AHGYFGR LIFQYASFNN SRSLHFFLAA WPVVGIWFTA LGISTMAFNL NGFNFNQSVV DSQGRVINTW ADIINRANLG MEV MHERNA HNFPLDLA

UniProtKB: Photosystem II protein D1

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分子 #2: Photosystem II CP47 reaction center protein

分子名称: Photosystem II CP47 reaction center protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pisum sativum (マメ科)
分子量理論値: 55.534133 KDa
配列文字列: GLPWYRVHTV VLNDPGRLLS VHIMHTALVA GWAGSMALYE LAVFDPSDPV LDPMWRQGMF VIPFMTRLGI TNSWGGWNIT GGTITNPGI WSYEGVAAAH IVFSGLCFLA AIWHWVYWDL EIFCDERTGK PSLDLPKIFG IHLFLAGVAC FGFGAFHVTG L FGPGIWVS ...文字列:
GLPWYRVHTV VLNDPGRLLS VHIMHTALVA GWAGSMALYE LAVFDPSDPV LDPMWRQGMF VIPFMTRLGI TNSWGGWNIT GGTITNPGI WSYEGVAAAH IVFSGLCFLA AIWHWVYWDL EIFCDERTGK PSLDLPKIFG IHLFLAGVAC FGFGAFHVTG L FGPGIWVS DPYGLTGRVQ SVNPAWGVDG FDPFVPGGIA SHHIAAGTLG ILAGLFHLSV RPPQRLYKGL RMGNIETVLS SS IAAVFFA AFVVAGTMWY GSATTPIELF GPTRYQWDQG YFQQEIYRRV GGGLVENQSL SEAWSKIPEK LAFYDYIGNN PAK GGLFRA GSMDNGDGIA VGWLGHPIFR DKEGRELFVR RMPTFFETFP VVLVDGDGIV RADVPFRRAE SKYSVEQVGV IVEF YGGEL NGVSYSDPAT VKKYARRAQL GEIFELDRAT LKSDGVFRSS PRGWFTFGHA SFALLFFFGH IWHGARTLFR DVFAG IDPD LDAQVEFGAF QKLGDPTTK

UniProtKB: Photosystem II CP47 reaction center protein

+
分子 #3: Photosystem II CP43 reaction center protein

分子名称: Photosystem II CP43 reaction center protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pisum sativum (マメ科)
分子量理論値: 49.275371 KDa
配列文字列: TGRDQETTGF AWWAGNARLI NLSGKLLGAH VAHAGLIVFW AGAMNLFEVA HFVPEKPMYE QGLILLPHLA TLGWGVGPGG EVIDTFPYF VSGVLHLISS AVLGFGGIYH ALLGPETLEE SFPFFGYVWK DRNKMTTILG IHLILLGIGS FLLVFKAFYF G GIYDTWAP ...文字列:
TGRDQETTGF AWWAGNARLI NLSGKLLGAH VAHAGLIVFW AGAMNLFEVA HFVPEKPMYE QGLILLPHLA TLGWGVGPGG EVIDTFPYF VSGVLHLISS AVLGFGGIYH ALLGPETLEE SFPFFGYVWK DRNKMTTILG IHLILLGIGS FLLVFKAFYF G GIYDTWAP GGGDVRKITN FTLSPSILFG YLLKSPFGGE GWIVSVDDLE DIIGGHVWLG SICILGGIWH ILTKPFAWAR RA LVWSGEA YLSYSLGALA VFGFIACCFV WFNNTAYPSE FYGPTGPEAS QAQAFTFLVR DQRLGANVGS AQGPTGLGKY LMR SPTGEV IFGGETMRFW DLRAPWLEPL RGPNGLDLSR LKKDIQPWQE RRSAEYMTHA PLGSLNSVGG VATEINAVNY VSPR SWLAT SHFVLGFFLF VGHLWHAGRA RAAAAGFEKG IDRDFEPVLS MTPLN

UniProtKB: Photosystem II CP43 reaction center protein

+
分子 #4: Photosystem II D2 protein

分子名称: Photosystem II D2 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem II
由来(天然)生物種: Pisum sativum (マメ科)
分子量理論値: 39.426 KDa
配列文字列: TIALGKFTKD QNDLFDIMDD WLRRDRFVFV GWSGLLLFPC AYFAVGGWFT GTTFVTSWYT HGLASSYLEG CNFLTAAVST PANSLAHSL LLLWGPEAQG DLTRWCQLGG LWTFVALHGA FGLIGFMLRQ FELARSVQLR PYNAIAFSGP IAVFVSVFLI Y PLGQSGWF ...文字列:
TIALGKFTKD QNDLFDIMDD WLRRDRFVFV GWSGLLLFPC AYFAVGGWFT GTTFVTSWYT HGLASSYLEG CNFLTAAVST PANSLAHSL LLLWGPEAQG DLTRWCQLGG LWTFVALHGA FGLIGFMLRQ FELARSVQLR PYNAIAFSGP IAVFVSVFLI Y PLGQSGWF FAPSFGVAAI FRFILFFQGF HNWTLNPFHM MGVAGVLGAA LLCAIHGATV ENTLFEDGDG ANTFRAFNPT QA EETYSMV TANRFWSQIF GVAFSNKRWL HFFMLFVPVT GLWMSALGVV GLALNLRAYD FVSQEIRAAE DPEFETFYTK NIL LNEGIR AWMATQDQPH ENLIFPEEVL PRGNAL

UniProtKB: Photosystem II D2 protein

+
分子 #5: Cytochrome b559 subunit alpha

分子名称: Cytochrome b559 subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pisum sativum (マメ科)
分子量理論値: 8.624707 KDa
配列文字列:
RSFADIITSI RYWIIHSITI PSLFIAGWLF VSTGLAYDVF GSPRPNEYFT ETRQGIPLIT GRFDSLEQLD EFSRS

UniProtKB: Cytochrome b559 subunit alpha

+
分子 #6: Cytochrome b559 subunit beta

分子名称: Cytochrome b559 subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pisum sativum (マメ科)
分子量理論値: 3.396035 KDa
配列文字列:
FTVRWLAVHG LAVPTVFFLG SISAMQFIQR

UniProtKB: Cytochrome b559 subunit beta

+
分子 #7: Chlorophyll a-b binding protein 8, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein 8, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pisum sativum (マメ科)
分子量理論値: 23.320176 KDa
配列文字列: GSPWYGPDRV KYLGPFSGES PSYLTGEFPG DYGWDTAGLS ADPETFSKNR ELEVIHSRWA MLGALGCVFP ELLSRNGVKF GEAVWFKAG SQIFSEGGLD YLGNPSLVHA QSILAIWATQ VILMGAVEGY RIAGGPLGEV VDPLYPGGSF DPLGLADDPE A FAELKVKE ...文字列:
GSPWYGPDRV KYLGPFSGES PSYLTGEFPG DYGWDTAGLS ADPETFSKNR ELEVIHSRWA MLGALGCVFP ELLSRNGVKF GEAVWFKAG SQIFSEGGLD YLGNPSLVHA QSILAIWATQ VILMGAVEGY RIAGGPLGEV VDPLYPGGSF DPLGLADDPE A FAELKVKE LKNGRLAMFS MFGFFVQAIV TGKGPLENLA DHLSDPVNNN AWSYATNF

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein 8, chloroplastic

+
分子 #8: Photosystem II reaction center protein H

分子名称: Photosystem II reaction center protein H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pisum sativum (マメ科)
分子量理論値: 6.455607 KDa
配列文字列:
GPRRTAVGDL LKPLNSEYGK VAPGWGTTPL MGIAMALFAV FLSIILEIYN SSLLLDQISM

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein H

+
分子 #9: Photosystem II reaction center protein I

分子名称: Photosystem II reaction center protein I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pisum sativum (マメ科)
分子量理論値: 3.926691 KDa
配列文字列:
MLTLKLFVYT IVIFFVSLFI FGFLSNDPGR NPGR

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein I

+
分子 #10: Photosystem II reaction center protein J

分子名称: Photosystem II reaction center protein J / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pisum sativum (マメ科)
分子量理論値: 3.598264 KDa
配列文字列:
GRIPLWIIGT VAGIVVIGLI GLFFYGSYSG LGSSL

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein J

+
分子 #11: Photosystem II reaction center protein K

分子名称: Photosystem II reaction center protein K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pisum sativum (マメ科)
分子量理論値: 4.287155 KDa
配列文字列:
KLPEAYAFLN PIVDFMPVIP LLFFLLAFVW QAAVSFR

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein K

+
分子 #12: Photosystem II reaction center protein L

分子名称: Photosystem II reaction center protein L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pisum sativum (マメ科)
分子量理論値: 4.2658 KDa
配列文字列:
QSNPNEQNVE LNRTSLYWGL LLIFVLAVLF SNYFFN

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein L

+
分子 #13: Photosystem II reaction center protein M

分子名称: Photosystem II reaction center protein M / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pisum sativum (マメ科)
分子量理論値: 3.641425 KDa
配列文字列:
MEVNILAFIA TALFILVPTA FLLIIYVKTV SQS

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein M

+
分子 #14: Oxygen-evolving enhancer protein 1, chloroplastic

分子名称: Oxygen-evolving enhancer protein 1, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pisum sativum (マメ科)
分子量理論値: 26.554646 KDa
配列文字列: EGAPKRLTFD EIQSKTYLEV KGTGTANQCP TIDGGVDSFS FKPGKYNAKK LCLEPTSFTV KSEGVTKNTP LAFQNTKLMT RLTYTLDEI EGPFEVSADG SVKFEEKDGI DYAAVTVQLP GGERVPFLFT IKQLVASGKP DSFSGEFLVP SYRGSSFLDP K GRGASTGY ...文字列:
EGAPKRLTFD EIQSKTYLEV KGTGTANQCP TIDGGVDSFS FKPGKYNAKK LCLEPTSFTV KSEGVTKNTP LAFQNTKLMT RLTYTLDEI EGPFEVSADG SVKFEEKDGI DYAAVTVQLP GGERVPFLFT IKQLVASGKP DSFSGEFLVP SYRGSSFLDP K GRGASTGY DNAVALPAGG RGDEEELGKE NNKSAASSKG KITLSVTQTK PETGEVIGVF ESIQPSDTDL GAKAPKDVKI QG VWYAQLE S

UniProtKB: Oxygen-evolving enhancer protein 1, chloroplastic

+
分子 #15: Oxygen-evolving enhancer protein 2, chloroplastic

分子名称: Oxygen-evolving enhancer protein 2, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pisum sativum (マメ科)
分子量理論値: 20.287494 KDa
配列文字列:
AYGEAANVFG KAKTNTDYLP YNGDGFKLLV PAKWNPSKER EFPGQVLRYE DNFDATSNVS VLVQTTDKKS ITDYGSPEEF LSKVDYLLG KQAFFGQTDS EGGFDTNAVA VANILESSAP VIGGKQYYNI SVLTRTADGD EGGKHQLITA TVKDGKLYIC K AQAGDKRW FKGARKFVED TASSFSVA

UniProtKB: Oxygen-evolving enhancer protein 2, chloroplastic

+
分子 #16: Oxygen-evolving enhancer protein 3

分子名称: Oxygen-evolving enhancer protein 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pisum sativum (マメ科)
分子量理論値: 16.398898 KDa
配列文字列:
EAIPIKVGGP PPLSGGLPGT LNSDEARDLK LPLKERFFIQ PLAPTEAAAR TKESAKEIVA AKKFIDQKAW PFLQNDLRLR AGYLRYDLK TIISSKPKDQ KQSLKELTDK LFQDISNLDH AAKIKSPSEA EKYYAIAVST LNDVLSKIA

UniProtKB: 16 kDa subunit of oxygen evolving system of photosystem II

+
分子 #17: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pisum sativum (マメ科)
分子量理論値: 24.791123 KDa
配列文字列: RPLWFPGAKS PEYLDGSLVG DYGFDPFGLG KPAEYLQFDL DSLDQNLAKN LAGDVIGTRT EFEDVKSTPF QPYTEVFGLQ RFRECELIH GRWAMLATLG ALTVEWLTGV TWQDAGKVEL VEGSTYLGQP LPFSITTLIW IEVLVIGYIE FQRNAELDSE K RLYPGGKF ...文字列:
RPLWFPGAKS PEYLDGSLVG DYGFDPFGLG KPAEYLQFDL DSLDQNLAKN LAGDVIGTRT EFEDVKSTPF QPYTEVFGLQ RFRECELIH GRWAMLATLG ALTVEWLTGV TWQDAGKVEL VEGSTYLGQP LPFSITTLIW IEVLVIGYIE FQRNAELDSE K RLYPGGKF FDPLGLAADP EKKATLQLAE IKHARLAMVA FLGFAVQAAA TGKGPLNNWA THLSDP

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

+
分子 #18: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pisum sativum (マメ科)
分子量理論値: 23.839139 KDa
配列文字列: ANEELAKWYG PDRRIFLPDG LLDRSEIPEY LTGEVPGDYG YDPFGLSKKP EDFAKYQGYE LIHARWAMLG AAGFIIPEAF NKYGANCGP EAVWFKTGAL LLDGGTLNYF GKPIPINLIL AVVAEVVLLG GAEYYRITNG LDLEDKFHPG GPFDPLGLAN D PDQAAILK ...文字列:
ANEELAKWYG PDRRIFLPDG LLDRSEIPEY LTGEVPGDYG YDPFGLSKKP EDFAKYQGYE LIHARWAMLG AAGFIIPEAF NKYGANCGP EAVWFKTGAL LLDGGTLNYF GKPIPINLIL AVVAEVVLLG GAEYYRITNG LDLEDKFHPG GPFDPLGLAN D PDQAAILK VKEIKNGRLA MFAMLGFFIQ AYVTGEGPVE NFAKHLSDPF GNNLLTVIAG

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

+
分子 #19: Photosystem II reaction center protein T

分子名称: Photosystem II reaction center protein T / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pisum sativum (マメ科)
分子量理論値: 3.563292 KDa
配列文字列:
MEALVYTFLL VSTLGIIFFA IFFREPPKVP T

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein T

+
分子 #20: Photosystem II reaction center protein W

分子名称: Photosystem II reaction center protein W / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pisum sativum (マメ科)
分子量理論値: 5.914629 KDa
配列文字列:
LVDDRMSTEG TGLPFGLSNN LLGWILFGVF GLIWALYFIY ASGLDEDEES GLSL

UniProtKB: PSII 6.1 kDa protein

+
分子 #21: Ultraviolet-B-repressible protein

分子名称: Ultraviolet-B-repressible protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pisum sativum (マメ科)
分子量理論値: 3.929627 KDa
配列文字列:
ATVSPSLKNF LLSIVSGGVV VTAILGAVIG VSNFDPVKR

UniProtKB: Ultraviolet-B-repressible protein

+
分子 #22: Chlorophyll a-b binding protein AB80, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein AB80, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pisum sativum (マメ科)
分子量理論値: 23.557473 KDa
配列文字列: GSPWYGPDRV KYLGPFSGES PSYLTGEFPG DYGWDTAGLS ADPETFSKNR ELEVIHSRWA MLGALGCVFP ELLSRNGVKF GEAVWFKAG SQIFSEGGLD YLGNPSLVHA QSILAIWATQ VILMGAVEGY RIAGGPLGEV VDPLYPGGSF DPLGLADDPE A FAELKVKE ...文字列:
GSPWYGPDRV KYLGPFSGES PSYLTGEFPG DYGWDTAGLS ADPETFSKNR ELEVIHSRWA MLGALGCVFP ELLSRNGVKF GEAVWFKAG SQIFSEGGLD YLGNPSLVHA QSILAIWATQ VILMGAVEGY RIAGGPLGEV VDPLYPGGSF DPLGLADDPE A FAELKVKE LKNGRLAMFS MFGFFVQAIV TGKGPLENLA DHLADPVNNN AWSYATNFVP G

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein AB80, chloroplastic

+
分子 #23: Photosystem II reaction center protein Z

分子名称: Photosystem II reaction center protein Z / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pisum sativum (マメ科)
分子量理論値: 6.468664 KDa
配列文字列:
MTIAFQLAVF ALIVTSSILL ISVPVVFASP DGWSSNKNVV FSGTSLWIGL VFLVGILNSL I

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein Z

+
分子 #24: Photosystem II 5 kDa protein, chloroplastic

分子名称: Photosystem II 5 kDa protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pisum sativum (マメ科)
分子量理論値: 3.080648 KDa
配列文字列:
EPKRGSPEAK KAYAPVCVTM PTARICRN

UniProtKB: Photosystem II 5 kDa protein, chloroplastic

+
分子 #25: CA-MN4-O5 CLUSTER

分子名称: CA-MN4-O5 CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 2 / 式: OEX
分子量理論値: 339.827 Da
Chemical component information

ChemComp-OEX:
CA-MN4-O5 CLUSTER

+
分子 #26: FE (II) ION

分子名称: FE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 2 / 式: FE2
分子量理論値: 55.845 Da

+
分子 #27: CHLORIDE ION

分子名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 4 / 式: CL
分子量理論値: 35.453 Da

+
分子 #28: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 156 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #29: PHEOPHYTIN A

分子名称: PHEOPHYTIN A / タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 4 / 式: PHO
分子量理論値: 871.2 Da
Chemical component information

ChemComp-PHO:
PHEOPHYTIN A

+
分子 #30: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 30 / コピー数: 22 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE

+
分子 #31: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

分子名称: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
タイプ: ligand / ID: 31 / コピー数: 8 / 式: SQD
分子量理論値: 795.116 Da
Chemical component information

ChemComp-SQD:
1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

+
分子 #32: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 14 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #33: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,...

分子名称: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE
タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 4 / 式: PL9
分子量理論値: 749.201 Da
Chemical component information

ChemComp-PL9:
2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE

+
分子 #34: BICARBONATE ION

分子名称: BICARBONATE ION / タイプ: ligand / ID: 34 / コピー数: 2 / 式: BCT
分子量理論値: 61.017 Da
Chemical component information

ChemComp-BCT:
BICARBONATE ION

+
分子 #35: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 35 / コピー数: 28 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / リン脂質*YM

+
分子 #36: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 36 / コピー数: 10 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

+
分子 #37: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 37 / コピー数: 2 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

+
分子 #38: CHLOROPHYLL B

分子名称: CHLOROPHYLL B / タイプ: ligand / ID: 38 / コピー数: 50 / 式: CHL
分子量理論値: 907.472 Da
Chemical component information

ChemComp-CHL:
CHLOROPHYLL B

+
分子 #39: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

分子名称: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
タイプ: ligand / ID: 39 / コピー数: 18 / 式: LUT
分子量理論値: 568.871 Da
Chemical component information

ChemComp-LUT:
(3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

+
分子 #40: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY...

分子名称: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5- ...名称: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL
タイプ: ligand / ID: 40 / コピー数: 9 / 式: NEX
分子量理論値: 600.87 Da
Chemical component information

ChemComp-NEX:
(1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL

+
分子 #41: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BE...

分子名称: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
タイプ: ligand / ID: 41 / コピー数: 4 / 式: XAT
分子量理論値: 600.87 Da
Chemical component information

ChemComp-XAT:
(3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

+
分子 #42: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 42 / コピー数: 1711 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 6
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 40 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 288 K / 装置: LEICA EM GP

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 29624 / 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 49.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 2.3000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 5998672
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.1) / タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5xnl

最終 再構成使用したクラス数: 3 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0.0) / 使用した粒子像数: 200827
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0.0)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0.0)
最終 3次元分類クラス数: 6 / 平均メンバー数/クラス: 33471 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る