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- EMDB-52169: Cryo-EM structure of VSV-Indiana glycoprotein (MUDD-SUMMERS strai... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-52169
タイトルCryo-EM structure of VSV-Indiana glycoprotein (MUDD-SUMMERS strain) in its pre-fusion conformation in complex with 8G5F11 Fab
マップデータ
試料
  • ウイルス: VSV (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: 8G5F11 VL
    • タンパク質・ペプチド: 8G5F11 VH
キーワードMembrane fusion - virale entry - Rhabdoviruses / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / virion membrane / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Rhabdovirus spike glycoprotein G central domain / Rhabdovirus glycoprotein / Rhabdovirus spike glycoprotein fusion domain
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Vesicular stomatitis virus (ウイルス) / Mus sp. (ネズミ) / VSV (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.93 Å
データ登録者Albertini A / Minoves MJ / OuldAli M / Gaudin Y / Schoehn G / Zarkadas E
資金援助 フランス, 1件
OrganizationGrant number国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-22-CE11-0009-01 フランス
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structures of VSV G alone and in complex with a neutralizing antibody
著者: Albertini A / Minoves MJ / OuldAli M / Gaudin Y / Schoehn G / Zarkadas E
履歴
登録2024年11月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月22日-
マップ公開2025年10月22日-
更新2025年10月22日-
現状2025年10月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_52169.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_52169.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.15 Å/pix.
x 300 pix.
= 343.5 Å		1.15 Å/pix.
x 300 pix.
= 343.5 Å		1.15 Å/pix.
x 300 pix.
= 343.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.145 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.24
最小 - 最大-1.7909777 - 2.6570072
平均 (標準偏差)0.0007276649 (±0.054198682)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 343.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_52169_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_52169_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : VSV

全体名称: VSV (ウイルス)
要素
  • ウイルス: VSV (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: 8G5F11 VL
    • タンパク質・ペプチド: 8G5F11 VH

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超分子 #1: VSV

超分子名称: VSV / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 11276 / 生物種: VSV / Sci species strain: Mudd-summer / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: VSV (ウイルス) / 株: Mudd-summer
分子量理論値: 57 MDa

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分子 #1: Glycoprotein

分子名称: Glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vesicular stomatitis virus (ウイルス)
分子量理論値: 55.722012 KDa
配列文字列: KFTIVFPHNQ KGNWKNVPSN YHYCPSSSDL NWHNDLIGTA LQVKMPKSHK AIQADGWMCH ASKWVTTCDF RWYGPKYITH SIRSFTPSV EQCKESIEQT KQGTWLNPGF PPQSCGYATV TDAEAVIVQV TPHHVLVDEY TGEWVDSQFI NGKCSNYICP T VHNSTTWH ...文字列:
KFTIVFPHNQ KGNWKNVPSN YHYCPSSSDL NWHNDLIGTA LQVKMPKSHK AIQADGWMCH ASKWVTTCDF RWYGPKYITH SIRSFTPSV EQCKESIEQT KQGTWLNPGF PPQSCGYATV TDAEAVIVQV TPHHVLVDEY TGEWVDSQFI NGKCSNYICP T VHNSTTWH SDYKVKGLCD SNLISMDITF FSEDGELSSL GKEGTGFRSN YFAYETGGKA CKMQYCKHWG VRLPSGVWFE MA DKDLFAA ARFPECPEGS SISAPSQTSV DVSLIQDVER ILDYSLCQET WSKIRAGLPI SPVDLSYLAP KNPGTGPAFT IIN GTLKYF ETRYIRVDIA APILSRMVGM ISGTTTEREL WDDWAPYEDV EIGPNGVLRT SSGYKFPLYM IGHGMLDSDL HLSS KAQVF EHPHIQDAAS QLPDDESLFF GDTGLSKNPI ELVEGWFSSW KSSIASFFFI IGLIIGLFLV LRVGIHLCIK LKHTK KRQI YTDIEMNRLG K

UniProtKB: Glycoprotein

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分子 #2: 8G5F11 VL

分子名称: 8G5F11 VL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus sp. (ネズミ)
分子量理論値: 23.858164 KDa
組換発現生物種: Eukaryota (unknown)
配列文字列: DIVMTQSHKF MSTSVGDRVS ITCKASQDVD NDVAWYQQKP GQSPKLLIYW ASTRHTGVPD RFTGSGSGTD FTLTISDVQS EDLSDYFCQ QYSSYPFTFG GGTRLEIKRA DAAPTVSIFP PSSEQLTSGG ASVVCFLNNF YPKDINVKWK IDGSERQNGV L NSWTDQDS ...文字列:
DIVMTQSHKF MSTSVGDRVS ITCKASQDVD NDVAWYQQKP GQSPKLLIYW ASTRHTGVPD RFTGSGSGTD FTLTISDVQS EDLSDYFCQ QYSSYPFTFG GGTRLEIKRA DAAPTVSIFP PSSEQLTSGG ASVVCFLNNF YPKDINVKWK IDGSERQNGV L NSWTDQDS KDSTYSMSST LTLTKDEYER HNSYTCEATH KTSTSPIVKS FNRNEC

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分子 #3: 8G5F11 VH

分子名称: 8G5F11 VH / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus sp. (ネズミ)
分子量理論値: 24.806494 KDa
組換発現生物種: Eukaryota (unknown)
配列文字列: DVQLQESGPD LVKPSQSLSL TCTVTGYSIT SGYSWHWNRQ FPGNKLEWMG YIHYSGLTNY NPSLKSRISI TRHTSKNQFF LQLNSVTTE DTATYYCVRG GYDGRDYYAM DFWGQGTSVT VSSAKTTAPS VYPLAPVCGD TTGSSVTLGC LVKGYFPEPV T LTWNSGSL ...文字列:
DVQLQESGPD LVKPSQSLSL TCTVTGYSIT SGYSWHWNRQ FPGNKLEWMG YIHYSGLTNY NPSLKSRISI TRHTSKNQFF LQLNSVTTE DTATYYCVRG GYDGRDYYAM DFWGQGTSVT VSSAKTTAPS VYPLAPVCGD TTGSSVTLGC LVKGYFPEPV T LTWNSGSL SSGVHTFPAV LQSDLYTLSS SVTVPSSTWP SQTVTCSVAH PASSTTVDKK LEPSGPISTI N

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.83 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.93 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 294045
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る