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- EMDB-51916: Structure of the outer membrane exopolysaccharide transporter PelBC -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51916
タイトルStructure of the outer membrane exopolysaccharide transporter PelBC
マップデータ
試料
  • 複合体: Exopolysaccharide transporter PelBC
    • タンパク質・ペプチド: PelB
    • タンパク質・ペプチド: PelC
  • リガンド: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
キーワードExopolysaccharide / Complex / Acyl-chain / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


polysaccharide transport / polysaccharide biosynthetic process / single-species biofilm formation / membrane
類似検索 - 分子機能
PelB, C-terminal beta barrel domain / Tetratricopeptide repeat / : / Tetratricopeptide repeat / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Benedens M / Rosales C / Beckmann R / Kedrov A
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Assembly and the gating mechanism of the Pel exopolysaccharide export complex PelBC of Pseudomonas aeruginosa.
著者: Marius Benedens / Cristian Rosales-Hernandez / Sabine A P Straathof / Jennifer Loschwitz / Otto Berninghausen / Giovanni Maglia / Roland Beckmann / Alexej Kedrov /
要旨: The pathogen Pseudomonas aeruginosa enhances its virulence and antibiotic resistance upon formation of durable biofilms. The exopolysaccharides Pel, Psl and alginate essentially contribute to the ...The pathogen Pseudomonas aeruginosa enhances its virulence and antibiotic resistance upon formation of durable biofilms. The exopolysaccharides Pel, Psl and alginate essentially contribute to the biofilm matrix, but their secretion mechanisms are barely understood. Here, we reveal the architecture of the outer membrane complex PelBC for Pel export, where the essential periplasmic ring of twelve lipoproteins PelC is mounted on top of the nanodisc-embedded β-barrel PelB. The PelC assembly is stabilized by electrostatic contacts with the periplasmic rim of PelB and via the membrane-anchored acyl chains. The negatively charged interior of the PelB β-barrel forms a route for the cationic Pel exopolysaccharide. The β-barrel is sealed at the extracellular side, but molecular dynamic simulations suggest that the short loop Plug-S is sufficiently flexible to open a tunnel for the exopolysaccharide transport. This gating model is corroborated by single-channel conductivity measurements, where a deletion of Plug-S renders a constitutively open β-barrel. Our structural and functional analysis offers a comprehensive view on this pathogenicity-relevant complex and suggests the route taken by the exopolysaccharide at the final secretion step.
履歴
登録2024年10月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年6月11日-
マップ公開2025年6月11日-
更新2025年6月18日-
現状2025年6月18日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_51916.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51916.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.73 Å/pix.
x 360 pix.
= 261.72 Å		0.73 Å/pix.
x 360 pix.
= 261.72 Å		0.73 Å/pix.
x 360 pix.
= 261.72 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.727 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.3
最小 - 最大-0.47410968 - 1.0162237
平均 (標準偏差)-0.0008344693 (±0.039134275)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 261.72 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_51916_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_51916_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Exopolysaccharide transporter PelBC

全体名称: Exopolysaccharide transporter PelBC
要素
  • 複合体: Exopolysaccharide transporter PelBC
    • タンパク質・ペプチド: PelB
    • タンパク質・ペプチド: PelC
  • リガンド: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE

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超分子 #1: Exopolysaccharide transporter PelBC

超分子名称: Exopolysaccharide transporter PelBC / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

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分子 #1: PelB

分子名称: PelB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 135.273703 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MANSSAADKH PQARLLNPWA LLPVALGVAL VLWLTFNSEE VFMPSGDGEP DAVSVNYAEL LLQAHPENDA LRLTLIDLLV KLGDFEQAR HHLARLRGKD RLATPFYEVE LDILGALARP EGMDEEQTRR LLERLRKIEH VSLNDAMLER LARHALALDA P DLAARTFA ...文字列:
MANSSAADKH PQARLLNPWA LLPVALGVAL VLWLTFNSEE VFMPSGDGEP DAVSVNYAEL LLQAHPENDA LRLTLIDLLV KLGDFEQAR HHLARLRGKD RLATPFYEVE LDILGALARP EGMDEEQTRR LLERLRKIEH VSLNDAMLER LARHALALDA P DLAARTFA ELAGRDPQGR QRWLDEAARW YLASGEPLPA ADIQRQLAEA QTEPAKRLAY LRQAFASLLA GERGEQAALL LD ERLDALP EDESTLAWLA QGVRAAEGSQ RYDLAERFIR RWRELRPEDH EALAADLRLN MAAGRVERAW EVGQELLALR PED RTLLAD LARLGEWTGN GPRALGFWKQ LLAGADDPAL REHAWRLSLQ MFDFDSAIEL LAPIGAQRQM TDEELDALVY SHET RGTPE EGEAWLRGYV QRYPKQRLAW QRLQQILEHT QQLQEETGVW ARMARHFPLS VKERMQWAET HWNLFDPRQA WKVLA GVDT RAIREPEFWR LRAALAWALE QDDDARAAYE RMLALDIRLN SRDEDQLIAL YRDSNPKQAL QVLIGSWQRS RDPRRL ASA LQLAENLHDW PALKSLLAEA EGLPEAQGSP YYWVARARLA EQEGHGDVAE RLYREALVRF PGENLVRERL LWFYIDR GR RDSLAPLLAQ WHGLALRDST LWLPFASASL LLERNDQALA WFRLYLKSNP NDWLVQAAYA DALDASGYQD KALRLRRL L LRRLDREAVR ATPDSFATYL RLLAVAQGPL LAQGEARRAW NGEPAMLQLW FEQFLDQLAA TNQEPLKDNW LAWARGRGL KIGRNEEIQA ALRSQNRAAL QRLLERGELD PAQRVEALVR LGHGGEALGE ALGALGDGHS RDNREQLRRQ AAEILERTPQ GLQLGWNKR DFGGLDFKGP TLRAARHLGD DWYADLELGS GRYHGDALDS SLLGSERNAR LTLRRELADG FAAATLDGSW R DDEDRHGL GVLRNWRLSS RDELEAGLDW HRETDETGLM RALGMRDSLR LGGRHTLSGR DQLSWSLAHN RFSTRQGDDL GN GEALSLE WAHTLFFDGP AWQLRGGIDY QRNRLENRVP DDLLAAHGGA LALDGARSQD LLQDRYGQVY LGSTWRRGFP GAL NRSRPQ YTWIVDTLAG WQWTEKEFNY GIDLGIGMEL LGDDELAFTF GYQSAPQGGG GDAGGTLGVT YSTRFGR

UniProtKB: PelB

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分子 #2: PelC

分子名称: PelC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 18.693111 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MQSIRCLALA AVALFMAGCS SFTSESATPL ARGAQWGLVP LLNYSQAPQA GERAEQILLS VLAEEGVRPR LYPAQPQGDL QLVDDRERQ QRALDWARQQ KLAYVVTGSV EEWQYKNGLD GEPAVGVSLQ VLEPASGRVL WSTSGARAGW SRESLAGAAQ K VLRELVGD LRLE

UniProtKB: PelC

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分子 #3: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE

分子名称: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 27 / 式: PTY
分子量理論値: 734.039 Da
Chemical component information

ChemComp-PTY:
PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / リン脂質*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 123975
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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