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- EMDB-51910: Cryo-EM structure of an octameric G10-resistosome from wheat in '... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51910
タイトルCryo-EM structure of an octameric G10-resistosome from wheat in 'back-to-back' arrangement
マップデータthis is the final post-processed map
試料
  • 複合体: Wai-3 resistosome as double octamer in back-to-back arrangement
    • タンパク質・ペプチド: NB-ARC domain-containing protein
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
キーワードResistance / G10-NLR / Wheat / resistosome / PLANT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


plant-type hypersensitive response / innate immune response-activating signaling pathway / ADP binding / defense response to bacterium / ATP binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Plant disease resistance protein RPS2-like, leucine-rich repeats / : / Disease resistance protein Winged helix domain / Apoptotic protease-activating factors, helical domain / NB-ARC / NB-ARC domain / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype ...: / : / Plant disease resistance protein RPS2-like, leucine-rich repeats / : / Disease resistance protein Winged helix domain / Apoptotic protease-activating factors, helical domain / NB-ARC / NB-ARC domain / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Triticum aestivum (コムギ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Guo GH / Zhao H / Lukoyanova N / Selvaraj M / Jones J
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Gatsby Charitable Foundation 英国
引用
ジャーナル: Cell / 年: 2026
タイトル: An activated wheat CC-NLR immune receptor forms an octameric resistosome.
著者: Guanghao Guo / He Zhao / Kaihong Bai / Jian Lu / Qiuhong Wu / Lei Lu / Yue Zhang / Lingli Dong / Guangwei Li / Yongxing Chen / Yikun Hou / Ping Lu / Miaomiao Li / Huaizhi Zhang / Gaojie Wang ...著者: Guanghao Guo / He Zhao / Kaihong Bai / Jian Lu / Qiuhong Wu / Lei Lu / Yue Zhang / Lingli Dong / Guangwei Li / Yongxing Chen / Yikun Hou / Ping Lu / Miaomiao Li / Huaizhi Zhang / Gaojie Wang / Keyu Zhu / Baoge Huang / Xuejia Cui / Hongkui Fu / Chenchen Hu / Zhiying Chu / Xue Lyu / Sophien Kamoun / Chao Wang / Zhiyong Liu / Muniyandi Selvaraj / Jonathan D G Jones /
要旨: Nucleotide-binding, leucine-rich repeat (NLR) receptors are widespread intracellular immune sensors across kingdoms. Plant G10-type coiled-coil (CC)-NLRs constitute a distinct phylogenetic clade that ...Nucleotide-binding, leucine-rich repeat (NLR) receptors are widespread intracellular immune sensors across kingdoms. Plant G10-type coiled-coil (CC)-NLRs constitute a distinct phylogenetic clade that remains poorly characterized. Here, we identified a gain-of-function mutant of wheat autoimmunity 3 (WAI3), which encodes a constitutively active CC-NLR resulting from a residue substitution in the leucine-rich repeat (LRR) domain. Cryo-electron microscopy (cryo-EM) analysis reveals that activated WAI3 assembles into a distinctive octameric resistosome. Arabidopsis RPS2, another CC-NLR, also forms an octamer, indicating a conserved structural property across monocot and dicot plants. The WAI3 resistosome induces a prolonged and sustained increase in cytosolic calcium, likely facilitated by a unique channel architecture arising from its divergent coiled-coil (CC) domain configuration. Notably, this domain arrangement may be shared by plant NLRs that lack the conserved EDVID (Glu-Asp-Val-Ile-Asp) motif in their CC domains. Together, our findings uncover a conserved yet previously uncharacterized NLR resistosome structure and provide insights into the plant immune receptor plasticity.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2025
タイトル: An activated wheat CCG10-NLR immune receptor forms an octameric resistosome
著者: Guo G / Zhao H / Bai K / Wu Q / Dong L / Lu L / Chen Y / Hou Y / Lu J / Lu P / Li M / Zhang H / Wang G / Zhu K / Huang B / Cui X / Fu H / Hu C / Chu Z / Lyu X / Kamoun S / Wang C / Liu Z / Selvaraj M / Jones JDG
履歴
登録2024年10月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年9月24日-
マップ公開2025年9月24日-
更新2026年4月1日-
現状2026年4月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_51910.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51910.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈this is the final post-processed map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 512 pix.
= 422.912 Å		0.83 Å/pix.
x 512 pix.
= 422.912 Å		0.83 Å/pix.
x 512 pix.
= 422.912 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.826 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.009
最小 - 最大-0.04183984 - 0.07703998
平均 (標準偏差)0.00030827973 (±0.0024932043)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 422.912 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_51910_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: This is half map 1 flipped to match primary map

ファイルemd_51910_half_map_1.map
注釈This is half map 1 flipped to match primary map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: This is half map 2 flipped to match primary map

ファイルemd_51910_half_map_2.map
注釈This is half map 2 flipped to match primary map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Wai-3 resistosome as double octamer in back-to-back arrangement

全体名称: Wai-3 resistosome as double octamer in back-to-back arrangement
要素
  • 複合体: Wai-3 resistosome as double octamer in back-to-back arrangement
    • タンパク質・ペプチド: NB-ARC domain-containing protein
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

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超分子 #1: Wai-3 resistosome as double octamer in back-to-back arrangement

超分子名称: Wai-3 resistosome as double octamer in back-to-back arrangement
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
詳細: This is an assembly of Wai-3 resistance protein containing 16 chains, in D8 symmetry in a back-to-back arrangement of two octamer
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 1.7 MDa

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分子 #1: NB-ARC domain-containing protein

分子名称: NB-ARC domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 16 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ) / 株: M3405
分子量理論値: 107.700422 KDa
組換発現生物種: Nicotiana benthamiana (ナス科)
配列文字列: MADAISAAGS CEQPECECLD GTGMLDAAAR EVASFLHLKS NWSDLDKAKK LLLAVETTVR ARVTAEVDKL NICDPQVQVW LRRVEELQL DAIDEDYSQL RKYSCLGQCT IHAHRRASIG RRVLEALDEA NKLIEEGRRF KKFGFKPLPK IVDPLPQIKT F GLETMLSQ ...文字列:
MADAISAAGS CEQPECECLD GTGMLDAAAR EVASFLHLKS NWSDLDKAKK LLLAVETTVR ARVTAEVDKL NICDPQVQVW LRRVEELQL DAIDEDYSQL RKYSCLGQCT IHAHRRASIG RRVLEALDEA NKLIEEGRRF KKFGFKPLPK IVDPLPQIKT F GLETMLSQ LYDLFEKGDS NIIGVWGQGG VGKTTLLHVF NNDLEKKAHD YQVVIFIEVS NSEALNTVEI QQTISERLNL PW NDAEPIA KRARFLIKAL GRKRFVILLD DVRKKFCLED VGIPTPDINS QSKLILTSRY REVCFQMNAQ RSLIEMQILG NDA SWELFL SKLSTETSAA VEPLGSQSAT REHAMKIAQS CGGLPLALNV IGTAVAGLEE GEWQSAADAI ATNMDNIDGV DEMF GRLKY SFDRLTPTQQ QCFLYCTLFP EYGSISKEQL IGYWLAEGLL LNDSEKGYQI IRSLVSACLL QVSGSMSSKV KMHHV IRQL GLWLVNKSDT KFLVQPGMAL DNAPSAEEWN EATRISIMSN NITELSFSPK CKNVTTLLMQ NNPNLNKMSY GFFRTM SSL KVLDLSHTAI TSLPECDALV ALEHLNLSHT HIMRLPERLW LLKELRHLDL SVTVAFEDTM NNCSKLHKLK VLNLFRS HY GIRDVDNLNL DSLKELLFLG ITIYAEDVLK KLNMPRPLAK STHRLNLKYC AEMQSIKISD LSHMEHLEEL YVESCYDL N TVVADAELTT SQLQFLTLSV LPSLESVLVA PMSHNFQYIR KLIISHCPKL SNITWVRRLQ LLERLVISHC DGVLEIVED EEQYGEQMKM QDHASYEQEE HAMVETSRND TGQSDFPKLR LIVLTGLKKL RSICKAREFP CLETLRVEDC PNLRSIPLSC THNYWKLKQ ICGSVEWWEK LQWENRKEVA CLDSKYFIPI GSDYKDHDGD YKDHDLDAAA ADYKDDDDK

UniProtKB: Uncharacterized protein

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分子 #2: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 16 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.3 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 構成要素 - 濃度: 150.0 mM / 構成要素 - 式: NaCl / 構成要素 - 名称: sodium chloride
詳細: 150mM NaCl 150mM Tris (pH 7.5) 1mM MgCl2 1mM EDTA 10% glycerol 0.2% NP40
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細This is a wheat resistosome protein purified from Nicotiana benthamiana

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV / 詳細: Detector post GIF
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7000 / 平均露光時間: 1.94 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
詳細: 7000 micrographs collected as movies. 5 images per hole. (Fast data 660 images per hour)
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.3 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND / タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: Ab initio starting model in Relion
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D8 (2回x8回 2面回転対称)
アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 27667
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5.0)
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 137
得られたモデル

PDB-9h73:
Cryo-EM structure of an octameric G10-resistosome from wheat in 'back-to-back' arrangement

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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