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- EMDB-51881: Cryo-EM structure of DDB1-CRBN in complex with NK7-902 and NEK7 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51881
タイトルCryo-EM structure of DDB1-CRBN in complex with NK7-902 and NEK7
マップデータsharpened map
試料
  • 複合体: Ternary complex of hDDB1-hCRBN with NK7-902 and hNEK7
    • タンパク質・ペプチド: DNA damage-binding protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein kinase Nek7
    • タンパク質・ペプチド: Protein cereblon
  • リガンド: 2-[(3S)-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-5-[(1S,2R,5S)-2-(ethylamino)-8-azabicyclo[3.2.1]octan-8-yl]isoindole-1,3-dione
キーワードCRBN / DDB1 / NEK7 / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


NEK6-subfamily protein kinase / Activation of NIMA Kinases NEK9, NEK6, NEK7 / negative regulation of monoatomic ion transmembrane transport / Nuclear Pore Complex (NPC) Disassembly / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / spindle assembly involved in female meiosis / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / UV-damage excision repair / cellular response to potassium ion / biological process involved in interaction with symbiont ...NEK6-subfamily protein kinase / Activation of NIMA Kinases NEK9, NEK6, NEK7 / negative regulation of monoatomic ion transmembrane transport / Nuclear Pore Complex (NPC) Disassembly / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / spindle assembly involved in female meiosis / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / UV-damage excision repair / cellular response to potassium ion / biological process involved in interaction with symbiont / regulation of mitotic cell cycle phase transition / WD40-repeat domain binding / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin ligase complex scaffold activity / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / positive regulation of telomere maintenance / locomotory exploration behavior / microtubule organizing center / cullin family protein binding / viral release from host cell / positive regulation of Wnt signaling pathway / ectopic germ cell programmed cell death / negative regulation of protein-containing complex assembly / positive regulation of viral genome replication / proteasomal protein catabolic process / spindle assembly / positive regulation of gluconeogenesis / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / regulation of mitotic cell cycle / molecular function activator activity / nucleotide-excision repair / positive regulation of protein-containing complex assembly / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / regulation of circadian rhythm / DNA Damage Recognition in GG-NER / Dual Incision in GG-NER / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Formation of Incision Complex in GG-NER / Wnt signaling pathway / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / spindle pole / positive regulation of protein catabolic process / cellular response to UV / rhythmic process / site of double-strand break / Neddylation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-macromolecule adaptor activity / Potential therapeutics for SARS / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / damaged DNA binding / microtubule / transmembrane transporter binding / chromosome, telomeric region / protein phosphorylation / protein ubiquitination / protein serine kinase activity / DNA repair / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / DNA damage response / centrosome / negative regulation of apoptotic process / protein-containing complex binding / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / extracellular space / DNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / nucleus / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Yippee/Mis18/Cereblon / Yippee zinc-binding/DNA-binding /Mis18, centromere assembly / CULT domain / CULT domain profile. / Lon N-terminal domain profile. / Lon protease, N-terminal domain / Lon protease, N-terminal domain superfamily / ATP-dependent protease La (LON) substrate-binding domain / Found in ATP-dependent protease La (LON) / RSE1/DDB1/CPSF1 second beta-propeller ...Yippee/Mis18/Cereblon / Yippee zinc-binding/DNA-binding /Mis18, centromere assembly / CULT domain / CULT domain profile. / Lon N-terminal domain profile. / Lon protease, N-terminal domain / Lon protease, N-terminal domain superfamily / ATP-dependent protease La (LON) substrate-binding domain / Found in ATP-dependent protease La (LON) / RSE1/DDB1/CPSF1 second beta-propeller / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, C-terminal / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, N-terminal / : / CPSF A subunit region / RSE1/DDB1/CPSF1 first beta-propeller / PUA-like superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / WD40-repeat-containing domain superfamily / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA damage-binding protein 1 / Serine/threonine-protein kinase Nek7 / Protein cereblon
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Khoshouei M / Schroeder M
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of DDB1-CRBN in complex with NK7-902 and NEK7
著者: Khoshouei M / Schroeder M
履歴
登録2024年10月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年6月25日-
マップ公開2025年6月25日-
更新2025年7月9日-
現状2025年7月9日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_51881.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51881.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 149.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 340 pix.
= 287.3 Å		0.85 Å/pix.
x 340 pix.
= 287.3 Å		0.85 Å/pix.
x 340 pix.
= 287.3 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.845 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.12
最小 - 最大-1.2196026 - 2.1957734
平均 (標準偏差)-0.0004020574 (±0.034498736)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ340340340
Spacing340340340
セルA=B=C: 287.30002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_51881_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: non-sharpened map

ファイルemd_51881_additional_1.map
注釈non-sharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half A map

ファイルemd_51881_half_map_1.map
注釈half A map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half B map

ファイルemd_51881_half_map_2.map
注釈half B map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ternary complex of hDDB1-hCRBN with NK7-902 and hNEK7

全体名称: Ternary complex of hDDB1-hCRBN with NK7-902 and hNEK7
要素
  • 複合体: Ternary complex of hDDB1-hCRBN with NK7-902 and hNEK7
    • タンパク質・ペプチド: DNA damage-binding protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein kinase Nek7
    • タンパク質・ペプチド: Protein cereblon
  • リガンド: 2-[(3S)-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-5-[(1S,2R,5S)-2-(ethylamino)-8-azabicyclo[3.2.1]octan-8-yl]isoindole-1,3-dione

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超分子 #1: Ternary complex of hDDB1-hCRBN with NK7-902 and hNEK7

超分子名称: Ternary complex of hDDB1-hCRBN with NK7-902 and hNEK7
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: DNA damage-binding protein 1

分子名称: DNA damage-binding protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 127.097469 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSYNYVVTAQ KPTAVNGCVT GHFTSAEDLN LLIAKNTRLE IYVVTAEGLR PVKEVGMYGK IAVMELFRPK GESKDLLFIL TAKYNACIL EYKQSGESID IITRAHGNVQ DRIGRPSETG IIGIIDPECR MIGLRLYDGL FKVIPLDRDN KELKAFNIRL E ELHVIDVK ...文字列:
MSYNYVVTAQ KPTAVNGCVT GHFTSAEDLN LLIAKNTRLE IYVVTAEGLR PVKEVGMYGK IAVMELFRPK GESKDLLFIL TAKYNACIL EYKQSGESID IITRAHGNVQ DRIGRPSETG IIGIIDPECR MIGLRLYDGL FKVIPLDRDN KELKAFNIRL E ELHVIDVK FLYGCQAPTI CFVYQDPQGR HVKTYEVSLR EKEFNKGPWK QENVEAEASM VIAVPEPFGG AIIIGQESIT YH NGDKYLA IAPPIIKQST IVCHNRVDPN GSRYLLGDME GRLFMLLLEK EEQMDGTVTL KDLRVELLGE TSIAECLTYL DNG VVFVGS RLGDSQLVKL NVDSNEQGSY VVAMETFTNL GPIVDMCVVD LERQGQGQLV TCSGAFKEGS LRIIRNGIGI HEHA SIDLP GIKGLWPLRS DPNRETDDTL VLSFVGQTRV LMLNGEEVEE TELMGFVDDQ QTFFCGNVAH QQLIQITSAS VRLVS QEPK ALVSEWKEPQ AKNISVASCN SSQVVVAVGR ALYYLQIHPQ ELRQISHTEM EHEVACLDIT PLGDSNGLSP LCAIGL WTD ISARILKLPS FELLHKEMLG GEIIPRSILM TTFESSHYLL CALGDGALFY FGLNIETGLL SDRKKVTLGT QPTVLRT FR SLSTTNVFAC SDRPTVIYSS NHKLVFSNVN LKEVNYMCPL NSDGYPDSLA LANNSTLTIG TIDEIQKLHI RTVPLYES P RKICYQEVSQ CFGVLSSRIE VQDTSGGTTA LRPSASTQAL SSSVSSSKLF SSSTAPHETS FGEEVEVHNL LIIDQHTFE VLHAHQFLQN EYALSLVSCK LGKDPNTYFI VGTAMVYPEE AEPKQGRIVV FQYSDGKLQT VAEKEVKGAV YSMVEFNGKL LASINSTVR LYEWTTEKEL RTECNHYNNI MALYLKTKGD FILVGDLMRS VLLLAYKPME GNFEEIARDF NPNWMSAVEI L DDDNFLGA ENAFNLFVCQ KDSAATTDEE RQHLQEVGLF HLGEFVNVFC HGSLVMQNLG ETSTPTQGSV LFGTVNGMIG LV TSLSESW YNLLLDMQNR LNKVIKSVGK IEHSFWRSFH TERKTEPATG FIDGDLIESF LDISRPKMQE VVANLQYDDG SGM KREATA DDLIKVVEEL TRIH

UniProtKB: DNA damage-binding protein 1

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分子 #2: Serine/threonine-protein kinase Nek7

分子名称: Serine/threonine-protein kinase Nek7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NEK6-subfamily protein kinase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 34.753137 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GPMDEQSQGM QGPPVPQFQP QKALRPDMGY NTLANFRIEK KIGRGQFSEV YRAACLLDGV PVALKKVQIF DLMDAKARAD CIKEIDLLK QLNHPNVIKY YASFIEDNEL NIVLELADAG DLSRMIKHFK KQKRLIPERT VWKYFVQLCS ALEHMHSRRV M HRDIKPAN ...文字列:
GPMDEQSQGM QGPPVPQFQP QKALRPDMGY NTLANFRIEK KIGRGQFSEV YRAACLLDGV PVALKKVQIF DLMDAKARAD CIKEIDLLK QLNHPNVIKY YASFIEDNEL NIVLELADAG DLSRMIKHFK KQKRLIPERT VWKYFVQLCS ALEHMHSRRV M HRDIKPAN VFITATGVVK LGDLGLGRFF SSKTTAAHSL VGTPYYMSPE RIHENGYNFK SDIWSLGCLL YEMAALQSPF YG DKMNLYS LCKKIEQCDY PPLPSDHYSE ELRQLVNMCI NPDPEKRPDV TYVYDVAKRM HACTASS

UniProtKB: Serine/threonine-protein kinase Nek7

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分子 #3: Protein cereblon

分子名称: Protein cereblon / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 52.517762 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGGSHHHHHH LEVLFQGPAG EGDQQDAAHN MGNHLPLLPA ESEEEDEMEV EDQDSKEAKK PNIINFDTSL PTSHTYLGAD MEEFHGRTL HDDDSCQVIP VLPQVMMILI PGQTLPLQLF HPQEVSMVRN LIQKDRTFAV LAYSNVQERE AQFGTTAEIY A YREEQDFG ...文字列:
MGGSHHHHHH LEVLFQGPAG EGDQQDAAHN MGNHLPLLPA ESEEEDEMEV EDQDSKEAKK PNIINFDTSL PTSHTYLGAD MEEFHGRTL HDDDSCQVIP VLPQVMMILI PGQTLPLQLF HPQEVSMVRN LIQKDRTFAV LAYSNVQERE AQFGTTAEIY A YREEQDFG IEIVKVKAIG RQRFKVLELR TQSDGIQQAK VQILPECVLP STMSAVQLES LNKCQIFPSK PVSREDQCSY KW WQKYQKR KFHCANLTSW PRWLYSLYDA ETLMDRIKKQ LREWDENLKD DSLPSNPIDF SYRVAACLPI DDVLRIQLLK IGS AIQRLR CELDIMNKCT SLCCKQCQET EITTKNEIFS LSLCGPMAAY VNPHGYVHET LTVYKACNLN LIGRPSTEHS WFPG YAWTV AQCKICASHI GWKFTATKKD MSPQKFWGLT RSALLPTIPD TEDEISPDKV ILCL

UniProtKB: Protein cereblon

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分子 #4: 2-[(3S)-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-5-[(1S,2R,5S)-2-(et...

分子名称: 2-[(3S)-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-5-[(1S,2R,5S)-2-(ethylamino)-8-azabicyclo[3.2.1]octan-8-yl]isoindole-1,3-dione
タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: A1ISP
分子量理論値: 410.466 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 16.09 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5fqd

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 327074
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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