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- EMDB-51810: Cryo-EM structure of an octameric G10-resistosome from wheat -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51810
タイトルCryo-EM structure of an octameric G10-resistosome from wheat
マップデータpostprocess map used for model building
試料
  • 複合体: Wheat auto immunity -3 Protein
    • タンパク質・ペプチド: NB-ARC domain-containing protein
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
キーワードG10-NLR / Octamer / Resistance / LRR / PLANT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response / ADP binding
類似検索 - 分子機能
: / Plant disease resistance protein RPS2-like, leucine-rich repeats / Disease resistance protein Winged helix domain / Apoptotic protease-activating factors, helical domain / NB-ARC / NB-ARC domain / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. ...: / Plant disease resistance protein RPS2-like, leucine-rich repeats / Disease resistance protein Winged helix domain / Apoptotic protease-activating factors, helical domain / NB-ARC / NB-ARC domain / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
NB-ARC domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Triticum aestivum (コムギ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.95 Å
データ登録者Guo GH / Zhao H / Lukoyanova N / Selvaraj M / Jones J
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Gatsby Charitable Foundation 英国
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2025
タイトル: An activated wheat CCG10-NLR immune receptor forms an octameric resistosome
著者: Guo G / Zhao H / Bai K / Wu Q / Dong L / Lu L / Chen Y / Hou Y / Lu J / Lu P / Li M / Zhang H / Wang G / Zhu K / Huang B / Cui X / Fu H / Hu C / Chu Z / Lyu X / Kamoun S / Wang C / Liu Z / Selvaraj M / Jones JDG
履歴
登録2024年10月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年9月24日-
マップ公開2025年9月24日-
更新2025年9月24日-
現状2025年9月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_51810.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51810.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈postprocess map used for model building
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 512 pix.
= 422.912 Å		0.83 Å/pix.
x 512 pix.
= 422.912 Å		0.83 Å/pix.
x 512 pix.
= 422.912 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.826 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.008
最小 - 最大-0.02534979 - 0.05313489
平均 (標準偏差)0.0002070895 (±0.0015597356)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 422.912 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_51810_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Thisis half map 1

ファイルemd_51810_half_map_1.map
注釈Thisis half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: This is half map 2

ファイルemd_51810_half_map_2.map
注釈This is half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Wheat auto immunity -3 Protein

全体名称: Wheat auto immunity -3 Protein
要素
  • 複合体: Wheat auto immunity -3 Protein
    • タンパク質・ペプチド: NB-ARC domain-containing protein
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

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超分子 #1: Wheat auto immunity -3 Protein

超分子名称: Wheat auto immunity -3 Protein / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / 詳細: This is a resistance protein in the wheat plant
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ) / 器官: Leaves / 組織: leaf
分子量理論値: 856 KDa

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分子 #1: NB-ARC domain-containing protein

分子名称: NB-ARC domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: This is a wheat resistance protein in G10-clade. / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ) / 株: M3405
分子量理論値: 107.700422 KDa
組換発現生物種: Nicotiana benthamiana (ナス科)
配列文字列: MADAISAAGS CEQPECECLD GTGMLDAAAR EVASFLHLKS NWSDLDKAKK LLLAVETTVR ARVTAEVDKL NICDPQVQVW LRRVEELQL DAIDEDYSQL RKYSCLGQCT IHAHRRASIG RRVLEALDEA NKLIEEGRRF KKFGFKPLPK IVDPLPQIKT F GLETMLSQ ...文字列:
MADAISAAGS CEQPECECLD GTGMLDAAAR EVASFLHLKS NWSDLDKAKK LLLAVETTVR ARVTAEVDKL NICDPQVQVW LRRVEELQL DAIDEDYSQL RKYSCLGQCT IHAHRRASIG RRVLEALDEA NKLIEEGRRF KKFGFKPLPK IVDPLPQIKT F GLETMLSQ LYDLFEKGDS NIIGVWGQGG VGKTTLLHVF NNDLEKKAHD YQVVIFIEVS NSEALNTVEI QQTISERLNL PW NDAEPIA KRARFLIKAL GRKRFVILLD DVRKKFCLED VGIPTPDINS QSKLILTSRY REVCFQMNAQ RSLIEMQILG NDA SWELFL SKLSTETSAA VEPLGSQSAT REHAMKIAQS CGGLPLALNV IGTAVAGLEE GEWQSAADAI ATNMDNIDGV DEMF GRLKY SFDRLTPTQQ QCFLYCTLFP EYGSISKEQL IGYWLAEGLL LNDSEKGYQI IRSLVSACLL QVSGSMSSKV KMHHV IRQL GLWLVNKSDT KFLVQPGMAL DNAPSAEEWN EATRISIMSN NITELSFSPK CKNVTTLLMQ NNPNLNKMSY GFFRTM SSL KVLDLSHTAI TSLPECDALV ALEHLNLSHT HIMRLPERLW LLKELRHLDL SVTVAFEDTM NNCSKLHKLK VLNLFRS HY GIRDVDNLNL DSLKELLFLG ITIYAEDVLK KLNMPRPLAK STHRLNLKYC AEMQSIKISD LSHMEHLEEL YVESCYDL N TVVADAELTT SQLQFLTLSV LPSLESVLVA PMSHNFQYIR KLIISHCPKL SNITWVRRLQ LLERLVISHC DGVLEIVED EEQYGEQMKM QDHASYEQEE HAMVETSRND TGQSDFPKLR LIVLTGLKKL RSICKAREFP CLETLRVEDC PNLRSIPLSC THNYWKLKQ ICGSVEWWEK LQWENRKEVA CLDSKYFIPI GSDYKDHDGD YKDHDLDAAA ADYKDDDDK

UniProtKB: NB-ARC domain-containing protein

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分子 #2: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 8 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5 / 構成要素 - 濃度: 150.0 mM / 構成要素 - 式: NaCl / 構成要素 - 名称: Sodium chloride / 詳細: 150mM Tris HCl pH 7.5 150mM NaCl 1mM EDTA 1mM MgCl2
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: 3 microlitre of the sample was applied on a graphene coated Quantafoil grid R1.2/1.3 copper grid and vitrification was performed using vitrobot.
詳細this is a protein sample purified from plant cell extract after over expression in leaf tissues

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7044 / 平均露光時間: 1.94 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
詳細: One grid was imaged at areas with good ice and several images
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.3 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0) / タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: ab-initio model reconstruction in relion
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C8 (8回回転対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.95 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5.0)
詳細: The half-maps and resolution were obtained using RELION software
使用した粒子像数: 12203
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
詳細The atomic model was fitted flexibly using coot and refined using Phenix realspace refinement module
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-9h2l:
Cryo-EM structure of an octameric G10-resistosome from wheat

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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