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- EMDB-51557: Campylobacter hook-filament junction-cap complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51557
タイトルCampylobacter hook-filament junction-cap complex
マップデータCampylobacter cap-junction complex
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Hook-filament junction-cap complex in Campylobacter jejuni
    • タンパク質・ペプチド: Flagellin
    • タンパク質・ペプチド: Flagellar hook-associated protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Flagellar hook-associated protein 2
キーワードCampylobacter jejuni / flagellar cap / hook-filament junction / FliD / FlgK / FlgL / flagella / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial-type flagellum filament cap / bacterial-type flagellum hook / bacterial-type flagellum / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / cell adhesion / structural molecule activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Flagellar hook-associated protein 1 / : / Flagellar hook-associated protein FlgK helical domain / Flagellar hook-associated protein 2, N-terminal / Flagellar hook-associated protein 2, C-terminal / Flagellar hook-associated protein 2 / Flagellar hook-associated protein 2 N-terminus / Flagellar hook-associated protein 2 C-terminus / Flagellin hook, IN motif / Flagellin hook IN motif ...Flagellar hook-associated protein 1 / : / Flagellar hook-associated protein FlgK helical domain / Flagellar hook-associated protein 2, N-terminal / Flagellar hook-associated protein 2, C-terminal / Flagellar hook-associated protein 2 / Flagellar hook-associated protein 2 N-terminus / Flagellar hook-associated protein 2 C-terminus / Flagellin hook, IN motif / Flagellin hook IN motif / Flagellar basal body rod protein, N-terminal / Flagellar basal-body/hook protein, C-terminal domain / Flagella basal body rod protein / Flagellar basal body rod FlgEFG protein C-terminal / Flagellin, C-terminal domain / Bacterial flagellin C-terminal helical region / Flagellin / Flagellin, N-terminal domain / Bacterial flagellin N-terminal helical region
類似検索 - ドメイン・相同性
Flagellin / Flagellar hook-associated protein 1 / Flagellar hook-associated protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.5 Å
データ登録者Qin K / Gonzalez-Rodriguez N / Shmakova E / Beeby M / Bergeron JRC
資金援助 英国, フランス, 2件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/V000799/1 英国
Human Frontier Science Program (HFSP)RGP0028/2021-HOCHBERG フランス
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the complete extracellular bacterial flagellum reveals mechanism for flagellin incorporation
著者: Qin K / Einenkel R / Al-Otaibi NS / Schmidt J / Mann D / Drobnic T / Cohen EJ / Gonzalez-Rodriguez N / Harrowell J / Shmakova E / Beeby M / Erhardt M / Bergeron JRC
履歴
登録2024年9月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月9日-
マップ公開2025年4月9日-
更新2025年4月9日-
現状2025年4月9日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_51557.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51557.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Campylobacter cap-junction complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.2 Å/pix.
x 300 pix.
= 660. Å		2.2 Å/pix.
x 300 pix.
= 660. Å		2.2 Å/pix.
x 300 pix.
= 660. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.2 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.01
最小 - 最大-0.04949203 - 0.06972969
平均 (標準偏差)-0.000000000000005 (±0.00291173)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 660.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half map 1

ファイルemd_51557_half_map_1.map
注釈Half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map 2

ファイルemd_51557_half_map_2.map
注釈Half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Hook-filament junction-cap complex in Campylobacter jejuni

全体名称: Hook-filament junction-cap complex in Campylobacter jejuni
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Hook-filament junction-cap complex in Campylobacter jejuni
    • タンパク質・ペプチド: Flagellin
    • タンパク質・ペプチド: Flagellar hook-associated protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Flagellar hook-associated protein 2

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超分子 #1: Hook-filament junction-cap complex in Campylobacter jejuni

超分子名称: Hook-filament junction-cap complex in Campylobacter jejuni
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Campylobacter jejuni (カンピロバクター)

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分子 #1: Flagellin

分子名称: Flagellin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 11 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
分子量理論値: 82.047 KDa
配列文字列: MRITNKLNFT NSVNNSMGGQ SALYQISQQL ASGLKIQNSY EDASTYIDNT RLEYEIKTLE QVKESTSRAQ EMTQNSMKAL QDMVKLLED FKVKVTQAAS DSNSQTSREA IAKELERIKE SIVQLANTSV NGQYLFAGSQ VANKPFDSNG NYYGDKNNIN V VTGAGTES ...文字列:
MRITNKLNFT NSVNNSMGGQ SALYQISQQL ASGLKIQNSY EDASTYIDNT RLEYEIKTLE QVKESTSRAQ EMTQNSMKAL QDMVKLLED FKVKVTQAAS DSNSQTSREA IAKELERIKE SIVQLANTSV NGQYLFAGSQ VANKPFDSNG NYYGDKNNIN V VTGAGTES PYNIPGWDLF FKADGDYKKQ ISTNVSFTDN RWDLNKDPDK TKYLTGDSKW QQLIGQGYVK DNSLDADKDF EY DDSKLDF PPTTLYVQGT KPDGTSFKSA VLVKPEDTLE DVMENIGALY GNTPNNKVVE VSMNDSGQIQ ITDLKQGNNK LDF HAVAFT PQADTKDELK NIIEAANQEG ISMNEVTNRV MQASTAAPSN GDITKLNNPV TVTINNQQFT IDLKQTDFIK SKMT DTDGN AANGADYDNV YFEKNGNTVY GNVSQVIKGS NAYATDSTKL SEVMAGDSLN GTTLNLKVNS KGGNSYDVTI NLQTS TVSY PDPNNPGQTI SFPIMHTNPA TGNSGVVTGS NDITYGQIND IIGMFAADKI PTTTIQANNG QINNADYTQI QQLMKD SQA TVDVSMDYKG RISVTDKLSS GTNIEISLSD SQSGQFPAPP FTTTSTVQNG PNFSFSANNS LTIDEPNVDI IKDLDSM ID AVLKGNMRAD SESENPRNTG MQGALERLDH LADHVSKLNT TMGAYHNTIE GVNTRTSFLS VNVQSIKSNV IDVDYGEA M MNLMQVQLAY QASLKASTTI SQLSLLNYM

UniProtKB: Flagellin

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分子 #2: Flagellar hook-associated protein 1

分子名称: Flagellar hook-associated protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 11 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
分子量理論値: 67.121469 KDa
配列文字列: MGIFGTLYTG VTGLKASEVQ IATTGNNISN ANATFYTRQR VVQTTNGYIT TGGVQVGTGT AVESIVRLHD EYSYYKLKGA SNQLEYTKY MASTLQEIAQ RFPDLQNTGI LQDLENYNKA WNDFASNPNE NATKIALVKA SQTLTESVNN TFATLDKIQK K VNDDIKNT ...文字列:
MGIFGTLYTG VTGLKASEVQ IATTGNNISN ANATFYTRQR VVQTTNGYIT TGGVQVGTGT AVESIVRLHD EYSYYKLKGA SNQLEYTKY MASTLQEIAQ RFPDLQNTGI LQDLENYNKA WNDFASNPNE NATKIALVKA SQTLTESVNN TFATLDKIQK K VNDDIKNT VDEINKIGEE IATINKQIYG QEALPTEHAN ELRDRRDELE LTLSKLVSAV ASKNEINQDN RLDTTITDPG HQ YNLSIEG FSIVDGINFH PLKLDYDDKN KSYSIYYETP DEKVRDLTAK ISGGQLGAQL DLRGRNYSKS EGKYEDGIIQ GYM DSLDTF AKTMINETNN LYASSAKSSV TSDYLSGLKG DIPLVNYDRT IQPGSFDIVI YDDKGDKKLT KTITIDVNTT MNDI MRQIN ANTDDNDNKN SNDDVDDHIN ASFSYDAKTG DGLFQINAKS GFKVAIEDKG TNFAGAFSIG GFFSGTDASD MKVKD SILN DPSTVRASSN GVDSGNDMAN KIIQLQYDKV NFYNEDGTID NLTMEEYYRK LTGKIASDGE NNNVVNSSNE TLYNSV YSE YQSKSGVNTN EELAALIQYQ SSYGAAAKIV STVDQMLDTL LGLKS

UniProtKB: Flagellar hook-associated protein 1

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分子 #3: Flagellar hook-associated protein 2

分子名称: Flagellar hook-associated protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
分子量理論値: 69.843852 KDa
配列文字列: MAFGSLSSLG FGSGVLTQDT IDKLKEAEQK ARIDPYTKKI EENTTKQKDL TEIKTKLLSF QTAVSSLADA TVFAKRKVVG SISDNPPAS LTVNSGVALQ SMNINVTQLA QKDVYQSKGL ANDGGFVNAQ LNGTADLTFF SNGKEYTVTV DKNTTYRDLA D KINEASGG ...文字列:
MAFGSLSSLG FGSGVLTQDT IDKLKEAEQK ARIDPYTKKI EENTTKQKDL TEIKTKLLSF QTAVSSLADA TVFAKRKVVG SISDNPPAS LTVNSGVALQ SMNINVTQLA QKDVYQSKGL ANDGGFVNAQ LNGTADLTFF SNGKEYTVTV DKNTTYRDLA D KINEASGG EIVAKIVNTG EKGTPYRLTL TSKETGEDSA ISFYAGKKDS NGKYQKDINA EKIFDDLGWG LDVSASIDPD KD KKGYGIK DASLHIQTAQ NAEFTLDGIK MFRSSNTVTD LGVGMTLTLN KTGEINFDVQ QDFEGVTKAM QDLVDAYNDL VTN LNAATD YNSETGTKGT LQGISEVNSI RSSILADLFD SQVVDGTTED ANGNKVNTKV MLSMQDFGLS LNDAGTLSFD SSKF EQKVK EDPDSTESFF SNITKYEDIN HTGEVIKTGS LSKYLNSNGG NTNGLEFKPG DFTIVFNNQT YDLSKNSDGT NFKLT GKTE EELLQNLANH INSKGIEGLK VKVESYNQNN VTGFRLNFSG DGSSDFSIKG DANILKELGL SDVNITSKPI EGKGIF SKL KATLQEMTGK DGSITKYDES LTNDIKSLNT SKDSTQAMID TRYDTMANQW LQYESILNKL NQQLNTVTNM INAANNS NN

UniProtKB: Flagellar hook-associated protein 2

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 BASE (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 15077
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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