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万見
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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51521
タイトルCryo-electron microscopy structure of glucose/xylose isomerase from Streptomyces rubiginosus with cobalt ions in the active site
マップデータVolume map
試料
  • 複合体: glucose/xylose isomerase with cobalt ions
    • タンパク質・ペプチド: Xylose isomerase
  • リガンド: COBALT (II) ION
  • リガンド: water
キーワードcobalt / isomerase / sugars / glucose / xylose / metal ion / Cryo-EM / METAL BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


xylose isomerase / xylose isomerase activity / D-xylose metabolic process / magnesium ion binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Xylose isomerase, actinobacteria / Xylose isomerase / Xylose isomerase family profile. / Xylose isomerase-like, TIM barrel domain / Xylose isomerase-like TIM barrel / Xylose isomerase-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Streptomyces rubiginosus (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Slawek J / Klonecka A / Rawski M / Kozak M
資金援助 ポーランド, 1件
OrganizationGrant number国
Polish National Science Centre2020/39/O/ST4/03465 ポーランド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-electron microscopy structure of glucose/xylose isomerase from Streptomyces rubiginosus with cobalt ions in the active site
著者: Slawek J / Klonecka A / Kozak M / Rawski M
履歴
登録2024年9月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月2日-
マップ公開2024年10月2日-
更新2024年10月2日-
現状2024年10月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_51521.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51521.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Volume map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 256 pix.
= 215.04 Å		0.84 Å/pix.
x 256 pix.
= 215.04 Å		0.84 Å/pix.
x 256 pix.
= 215.04 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.84 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.03
最小 - 最大-0.26979837 - 1.131513
平均 (標準偏差)0.0014118061 (±0.047303613)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 215.04 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: map sharp

ファイルemd_51521_additional_1.map
注釈map sharp
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_51521_half_map_1.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_51521_half_map_2.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : glucose/xylose isomerase with cobalt ions

全体名称: glucose/xylose isomerase with cobalt ions
要素
  • 複合体: glucose/xylose isomerase with cobalt ions
    • タンパク質・ペプチド: Xylose isomerase
  • リガンド: COBALT (II) ION
  • リガンド: water

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超分子 #1: glucose/xylose isomerase with cobalt ions

超分子名称: glucose/xylose isomerase with cobalt ions / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Streptomyces rubiginosus (バクテリア)
分子量理論値: 43 KDa

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分子 #1: Xylose isomerase

分子名称: Xylose isomerase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: xylose isomerase
由来(天然)生物種: Streptomyces rubiginosus (バクテリア)
分子量理論値: 43.283297 KDa
配列文字列: MNYQPTPEDR FTFGLWTVGW QGRDPFGDAT RRALDPVESV RRLAELGAHG VTFHDDDLIP FGSSDSEREE HVKRFRQALD DTGMKVPMA TTNLFTHPVF KDGGFTANDR DVRRYALRKT IRNIDLAVEL GAETYVAWGG REGAESGGAK DVRDALDRMK E AFDLLGEY ...文字列:
MNYQPTPEDR FTFGLWTVGW QGRDPFGDAT RRALDPVESV RRLAELGAHG VTFHDDDLIP FGSSDSEREE HVKRFRQALD DTGMKVPMA TTNLFTHPVF KDGGFTANDR DVRRYALRKT IRNIDLAVEL GAETYVAWGG REGAESGGAK DVRDALDRMK E AFDLLGEY VTSQGYDIRF AIEPKPNEPR GDILLPTVGH ALAFIERLER PELYGVNPEV GHEQMAGLNF PHGIAQALWA GK LFHIDLN GQNGIKYDQD LRFGAGDLRA AFWLVDLLES AGYSGPRHFD FKPPRTEDFD GVWASAAGCM RNYLILKERA AAF RADPEV QEALRASRLD ELARPTAADG LQALLDDRSA FEEFDVDAAA ARGMAFERLD QLAMDHLLGA RG

UniProtKB: Xylose isomerase

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分子 #2: COBALT (II) ION

分子名称: COBALT (II) ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 8 / 式: CO
分子量理論値: 58.933 Da

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分子 #3: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態3D array

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試料調製

濃度1.04 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 構成要素 - 濃度: 50.0 mM / 構成要素 - 式: PBS / 構成要素 - 名称: Phosphate-buffered saline / 詳細: 50 mM PBS pH 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 5 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 33650959
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D2 (2回x2回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 1.99 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1772170
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類クラス数: 2 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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