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万見
- EMDB-51486: Salmonella cap-filament complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51486
タイトルSalmonella cap-filament complex
マップデータThe EM map of cap-filament complex of Salmonella enterica at its native context
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Flagella
    • タンパク質・ペプチド: Flagellin
    • タンパク質・ペプチド: Flagellar hook-associated protein 2
キーワードFliC / FliD / cap / filament / flagella / flagellin / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial-type flagellum filament cap / bacterial-type flagellum hook / bacterial-type flagellum / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / cell adhesion / structural molecule activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Flagellar hook-associated protein 2, N-terminal / Flagellar hook-associated protein 2, C-terminal / Flagellar hook-associated protein 2 / Flagellar hook-associated protein 2 N-terminus / Flagellar hook-associated protein 2 C-terminus / Flagellin D3 / : / Flagellin D3 domain / Flagellin, barrel domain / Flagellin hook, IN motif ...Flagellar hook-associated protein 2, N-terminal / Flagellar hook-associated protein 2, C-terminal / Flagellar hook-associated protein 2 / Flagellar hook-associated protein 2 N-terminus / Flagellar hook-associated protein 2 C-terminus / Flagellin D3 / : / Flagellin D3 domain / Flagellin, barrel domain / Flagellin hook, IN motif / Flagellin hook IN motif / Flagellin, C-terminal domain, subdomain 2 / Flagellin, C-terminal domain / Bacterial flagellin C-terminal helical region / Flagellin / Flagellin, N-terminal domain / Bacterial flagellin N-terminal helical region
類似検索 - ドメイン・相同性
Flagellar hook-associated protein 2 / Flagellin
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica (サルモネラ菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Qin K / Einenkel R / Erhardt M / Bergeron JRC
資金援助 英国, フランス, 2件
OrganizationGrant number国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/R009759/2 英国
Human Frontier Science Program (HFSP)RGY0080/2021 フランス
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the complete extracellular bacterial flagellum reveals mechanism for flagellin incorporation
著者: Qin K / Einenkel R / Al-Otaibi NS / Schmidt J / Mann D / Drobnic T / Cohen EJ / Gonzalez-Rodriguez N / Harrowell J / Shmakova E / Beeby M / Erhardt M / Bergeron JRC
履歴
登録2024年9月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月9日-
マップ公開2025年4月9日-
更新2025年4月9日-
現状2025年4月9日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_51486.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51486.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 476.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈The EM map of cap-filament complex of Salmonella enterica at its native context
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 500 pix.
= 539. Å		1.08 Å/pix.
x 500 pix.
= 539. Å		1.08 Å/pix.
x 500 pix.
= 539. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.078 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.16
最小 - 最大-0.43511844 - 0.6644776
平均 (標準偏差)0.001279335 (±0.033829737)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ500500500
Spacing500500500
セルA=B=C: 539.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_51486_half_map_1.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_51486_half_map_2.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Flagella

全体名称: Flagella
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Flagella
    • タンパク質・ペプチド: Flagellin
    • タンパク質・ペプチド: Flagellar hook-associated protein 2

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超分子 #1: Flagella

超分子名称: Flagella / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Salmonella enterica (サルモネラ菌)

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分子 #1: Flagellin

分子名称: Flagellin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 17 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Salmonella enterica (サルモネラ菌)
分子量理論値: 51.654344 KDa
配列文字列: MAQVINTNSL SLLTQNNLNK SQSALGTAIE RLSSGLRINS AKDDAAGQAI ANRFTANIKG LTQASRNAND GISIAQTTEG ALNEINNNL QRVRELAVQS ANSTNSQSDL DSIQAEITQR LNEIDRVSGQ TQFNGVKVLA QDNTLTIQVG ANDGETIDID L KQINSQTL ...文字列:
MAQVINTNSL SLLTQNNLNK SQSALGTAIE RLSSGLRINS AKDDAAGQAI ANRFTANIKG LTQASRNAND GISIAQTTEG ALNEINNNL QRVRELAVQS ANSTNSQSDL DSIQAEITQR LNEIDRVSGQ TQFNGVKVLA QDNTLTIQVG ANDGETIDID L KQINSQTL GLDTLNVQQK YKVSDTAATV TGYADTTIAL DNSTFKASAT GLGGTDQKID GDLKFDDTTG KYYAKVTVTG GT GKDGYYE VSVDKTNGEV TLAGGATSPL TGGLPATATE DVKNVQVANA DLTEAKAALT AAGVTGTASV VKMSYTDNNG KTI DGGLAV KVGDDYYSAT QNKDGSISIN TTKYTADDGT SKTALNKLGG ADGKTEVVSI GGKTYAASKA EGHNFKAQPD LAEA AATTT ENPLQKIDAA LAQVDTLRSD LGAVQNRFNS AITNLGNTVN NLTSARSRIE DSDYATEVSN MSRAQILQQA GTSVL AQAN QVPQNVLSLL R

UniProtKB: Flagellin

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分子 #2: Flagellar hook-associated protein 2

分子名称: Flagellar hook-associated protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Salmonella enterica (サルモネラ菌)
分子量理論値: 49.887594 KDa
配列文字列: MASISSLGVG SNLPLDQLLT DLTKNEKGRL TPITKQQSAN SAKLTAYGTL KSALEKFQTA NTALNKADLF KSTVASSTTE DLKVSTTAG AAAGTYKINV TQLAAAQSLA TKTTFATTKE QLGDTSVTSR TIKIEQPGRK EPLEIKLDKG DTSMEAIRDA I NDADSGIA ...文字列:
MASISSLGVG SNLPLDQLLT DLTKNEKGRL TPITKQQSAN SAKLTAYGTL KSALEKFQTA NTALNKADLF KSTVASSTTE DLKVSTTAG AAAGTYKINV TQLAAAQSLA TKTTFATTKE QLGDTSVTSR TIKIEQPGRK EPLEIKLDKG DTSMEAIRDA I NDADSGIA ASIVKVKENE FQLVLTANSG TDNTMKITVE GDTKLNDLLA YDSTTNTGNM QELVKAENAK LNVNGIDIER QS NTVTDAP QGITLTLTKK VTDATVTVTK DDTKAKEAIK SWVDAYNSLV DTFSSLTKYT AVEPGEEASD KNGALLGDSV VRT IQTGIR AQFANSGSNS AFKTMAEIGI TQDGTSGKLK IDDDKLTKVL KDNTAAAREL LVGDGKETGI TTKIATEVKS YLAD DGIID NAQDNVNATL KSLTKQYLSV SNSIDETVAR YKAQFTQLDT MMSKLNNTSS YLTQQFTAMN KS

UniProtKB: Flagellar hook-associated protein 2

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 43.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 15225
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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