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- EMDB-51414: Surface-layer (S-layer) PS2 protein from Corynebacterium glutamicum -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51414
タイトルSurface-layer (S-layer) PS2 protein from Corynebacterium glutamicum
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Ex vivo PS2 S-layer
    • タンパク質・ペプチド: PS2
キーワードS-layer / Corynebacterium / Surface / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性PS2
機能・相同性情報
生物種Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Sogues A / Remaut H / Sleutel M
資金援助European Union, 2件
OrganizationGrant number国
European Molecular Biology Organization (EMBO)ALTF-709-2021European Union
H2020 Marie Curie Actions of the European CommissionSLYDIVEuropean Union
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2024
タイトル: Cryo-EM structure and polar assembly of the PS2 S-layer of .
著者: Adrià Sogues / Mike Sleutel / Julienne Petit / Daniela Megrian / Nicolas Bayan / Anne Marie Wehenkel / Han Remaut /
要旨: The polar-growing Corynebacteriales have a complex cell envelope architecture characterized by the presence of a specialized outer membrane composed of mycolic acids. In some Corynebacteriales, this ...The polar-growing Corynebacteriales have a complex cell envelope architecture characterized by the presence of a specialized outer membrane composed of mycolic acids. In some Corynebacteriales, this mycomembrane is further supported by a proteinaceous surface layer or 'S-layer', whose function, structure and mode of assembly remain largely enigmatic. Here, we isolated PS2 S-layers from the industrially important and determined its atomic structure by 3D cryoEM reconstruction. PS2 monomers consist of a six-helix bundle 'core', a three-helix bundle 'arm', and a C-terminal transmembrane (TM) helix. The PS2 core oligomerizes into hexameric units anchored in the mycomembrane by a channel-like coiled-coil of the TM helices. The PS2 arms mediate trimeric lattice contacts, crystallizing the hexameric units into an intricate semipermeable lattice. Using pulse-chase live cell imaging, we show that the PS2 lattice is incorporated at the poles, coincident with the actinobacterial elongasome. Finally, phylogenetic analysis shows a paraphyletic distribution and dispersed chromosomal location of PS2 in Corynebacteriales as a result of multiple recombination events and losses. These findings expand our understanding of S-layer biology and enable applications of membrane-supported self-assembling bioengineered materials.
履歴
登録2024年8月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月2日-
マップ公開2024年10月2日-
更新2026年3月4日-
現状2026年3月4日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_51414.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51414.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.71 Å/pix.
x 600 pix.
= 426. Å		0.71 Å/pix.
x 600 pix.
= 426. Å		0.71 Å/pix.
x 600 pix.
= 426. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.71 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0155
最小 - 最大-0.05604492 - 0.109315455
平均 (標準偏差)0.000063907144 (±0.003121721)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ600600600
Spacing600600600
セルA=B=C: 426.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_51414_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_51414_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_51414_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ex vivo PS2 S-layer

全体名称: Ex vivo PS2 S-layer
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Ex vivo PS2 S-layer
    • タンパク質・ペプチド: PS2

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超分子 #1: Ex vivo PS2 S-layer

超分子名称: Ex vivo PS2 S-layer / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Corynebacterium glutamicum (バクテリア)

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分子 #1: PS2

分子名称: PS2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 18 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
分子量理論値: 47.666859 KDa
組換発現生物種: Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
配列文字列: ETNPTFNITN GFNDADGSTI QPVGPVNHTE ETLRDLTDST GAYLEEFQNG TVEEIVEAYL QVQASADGFD PSEQAAYEAF EAARVRASQ ELAASAETIT KTRESVAYAL KVDQEATAAF EAYRNALRDA AISINPDGSI NPDTSINLLI DAANAANRTD R AEIEDYAH ...文字列:
ETNPTFNITN GFNDADGSTI QPVGPVNHTE ETLRDLTDST GAYLEEFQNG TVEEIVEAYL QVQASADGFD PSEQAAYEAF EAARVRASQ ELAASAETIT KTRESVAYAL KVDQEATAAF EAYRNALRDA AISINPDGSI NPDTSINLLI DAANAANRTD R AEIEDYAH LYTQTDIALE TPQLAYAFQD LKALQAEVDA DFEWLGEFGI DQEDGNYVQR YHLPAVEALK AEVDARVAAI EP LRADSIA KNLEAQKSDV LVRQLFLERA TAQRDTLRVV EAIFSTSARY VELYENVENV NVENKTLRQH YSALIPNLFI AAV ANISEL NAADAEAAAY YLHWDTDLAT NDEDEAYYKA KLDFAIETYA KILFNGEVWQ EPLAYVQNLD AGARQEAADR EAAR AADEA YRAEQLRIAQ EAADAQKAIA EALAKEA

UniProtKB: PS2

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態2D array

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.3 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 521917
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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