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- EMDB-51125: Respiratory supercomplex CI1-CIII2-CIV2-(cbb3)1 from alphaproteob... -

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登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51125
タイトルRespiratory supercomplex CI1-CIII2-CIV2-(cbb3)1 from alphaproteobacterium
マップデータThis postprocessed .mrc file has been trimmed to a smaller box size of 375 pixels. This differs from that of the half-maps which has an untrimmed box size of 600 pixels and rescaled to 1.048 A/pix.
試料
  • 複合体: Respiratory supercomplex CI1-CIII2-CIV2 -(cbb3)1 from alphaproteobacterium
    • 複合体: Alphaproteobacterial respiratory complex I (NADH-ubiquinone oxidoreductase)
      • タンパク質・ペプチド: x 19種
    • 複合体: Alphaproteobacterial respiratory complex IV (Cytochrome c oxidase, aa3-type)
      • タンパク質・ペプチド: x 4種
    • 複合体: Transmembrane-anchored cytochrome c (c552)
      • タンパク質・ペプチド: x 1種
    • 複合体: Alphaproteobacterial respiratory complex III (ubiquinone-cytochrome c oxidoreductase, cytochrome bc1)
      • タンパク質・ペプチド: x 3種
    • 複合体: Alphaproteobacterial respiratory complex cbb3-oxidase
      • タンパク質・ペプチド: x 3種
    • 複合体: Interfacial transmembrane helices between CIII and cbb3-oxidase
      • タンパク質・ペプチド: x 2種
  • リガンド: x 15種
キーワードSupercomplex / multi-subunit membrane protein complex / electron transport chain / native purification / respiration / ELECTRON TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


active transmembrane transporter activity / organelle envelope / protein-L-isoaspartate (D-aspartate) O-methyltransferase activity / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / : / membrane protein complex / NADH dehydrogenase (quinone) (non-electrogenic) activity / トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う / NADH dehydrogenase complex / aerobic electron transport chain ...active transmembrane transporter activity / organelle envelope / protein-L-isoaspartate (D-aspartate) O-methyltransferase activity / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / : / membrane protein complex / NADH dehydrogenase (quinone) (non-electrogenic) activity / トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う / NADH dehydrogenase complex / aerobic electron transport chain / respiratory chain complex IV / monoatomic cation transmembrane transporter activity / cytochrome-c oxidase / respiratory chain complex III / oxidative phosphorylation / quinol-cytochrome-c reductase / : / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / quinol-cytochrome-c reductase activity / cytochrome-c oxidase activity / organelle membrane / ubiquinone binding / electron transport coupled proton transport / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / NADH dehydrogenase activity / respiratory chain complex I / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / catalytic complex / quinone binding / ATP synthesis coupled electron transport / endomembrane system / proton transmembrane transport / aerobic respiration / respiratory electron transport chain / electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / NAD binding / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / response to oxidative stress / methylation / electron transfer activity / oxidoreductase activity / iron ion binding / copper ion binding / heme binding / protein-containing complex binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III / Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit CcoP, N-terminal / Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit CcoP, N-terminal domain superfamily / N-terminal domain of cytochrome oxidase-cbb3, FixP / Cytochrome c oxidase, monohaem subunit/FixO / Cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit I / Cytochrome C oxidase, mono-heme subunit/FixO / Cytochrome c oxidase, subunit IV, bacterial aa3 type / Bacterial aa3 type cytochrome c oxidase subunit IV superfamily / Bacterial aa3 type cytochrome c oxidase subunit IV ...Cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III / Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit CcoP, N-terminal / Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit CcoP, N-terminal domain superfamily / N-terminal domain of cytochrome oxidase-cbb3, FixP / Cytochrome c oxidase, monohaem subunit/FixO / Cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit I / Cytochrome C oxidase, mono-heme subunit/FixO / Cytochrome c oxidase, subunit IV, bacterial aa3 type / Bacterial aa3 type cytochrome c oxidase subunit IV superfamily / Bacterial aa3 type cytochrome c oxidase subunit IV / Protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase / Protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase (PCMT) / Cytochrome c, class IC / Ubiquitinol-cytochrome C reductase, Fe-S subunit, TAT signal / Ubiquitinol-cytochrome C reductase Fe-S subunit TAT signal / Cytochrome c oxidase, subunit I bacterial type / : / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 3, bacterial/plastid / NAD(P)H-quinone oxidoreductase, subunit N/subunit 2 / Cytochrome c oxidase subunit III domain / Cytochrome c oxidase, subunit II / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Cytochrome c, class IA/ IB / Cytochrome c oxidase subunit I domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome oxidase subunit II transmembrane region profile. / Cytochrome c oxidase subunit III / Cytochrome c oxidase subunit III-like / Cytochrome c oxidase, subunit III, 4-helical bundle / Cytochrome c oxidase subunit III / Heme-copper oxidase subunit III family profile. / Cytochrome c oxidase subunit III-like superfamily / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II / Cytochrome b / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / Copper centre Cu(A) / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / : / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / : / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Cytochrome c oxidase subunit I / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome c / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / : / NADH-ubiquinone oxidoreductase NDSU1/NuoG-like, 4Fe-4S domain / Zinc finger, CHCC-type / Zinc-finger domain / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4-like superfamily / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4 / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / NADH ubiquinone oxidoreductase subunit NDUFA12 / : / NADH-quinone oxidoreductase, chain G, C-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit G, C-terminal / : / NADH-quinone oxidoreductase subunit 3, ferredoxin-like domain / : / SLBB domain / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 20 Kd subunit signature. / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6, subunit NuoJ / NADH-quinone oxidoreductase, chain I / NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5 subgroup / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/K / NADH-quinone oxidoreductase, chain M/4 / Rieske [2Fe-2S] domain / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 6 / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6 / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/Mnh complex subunit C1-like / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 4L / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit D/H / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 49kDa subunit, conserved site / Respiratory chain NADH dehydrogenase 49 Kd subunit signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Aa3 type cytochrome c oxidase subunit IV / NAD-dependent epimerase/dehydratase / NADH:ubiquinone oxidoreductase 17.2 kD subunit / ETC complex I subunit conserved region / Cytochrome c, class I / Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit CcoP / Cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit II / cytochrome-c oxidase / Zinc finger CHCC-type domain-containing protein / Cytochrome c oxidase subunit 1 ...Aa3 type cytochrome c oxidase subunit IV / NAD-dependent epimerase/dehydratase / NADH:ubiquinone oxidoreductase 17.2 kD subunit / ETC complex I subunit conserved region / Cytochrome c, class I / Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit CcoP / Cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit II / cytochrome-c oxidase / Zinc finger CHCC-type domain-containing protein / Cytochrome c oxidase subunit 1 / NADH-quinone oxidoreductase subunit N / NADH dehydrogenase subunit M / NADH dehydrogenase subunit L / NADH-quinone oxidoreductase subunit K / NADH-quinone oxidoreductase subunit J / NADH-quinone oxidoreductase subunit I / NADH-quinone oxidoreductase subunit H / NADH-quinone oxidoreductase / NADH-quinone oxidoreductase subunit F / NADH dehydrogenase subunit E / NADH-quinone oxidoreductase subunit D / NADH-quinone oxidoreductase subunit C / NADH-quinone oxidoreductase subunit B / NADH-quinone oxidoreductase subunit A / Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit / Cytochrome b / Cytochrome c1 / Protein-L-isoaspartate O-methyltransferase / Cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome c oxidase subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.98 Å
データ登録者Yaikhomba M / Hirst J / Croll TI / Spikes TE / Agip ANA
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UU_00015/2 and MC_UU_00028/1 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Minimal supercomplexes in alphaproteobacteria reveal conserved structural mechanisms for efficient respiration
著者: Yaikhomba M / Hirst J / Croll TI / Spikes TE
履歴
登録2024年7月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年2月4日-
マップ公開2026年2月4日-
更新2026年2月4日-
現状2026年2月4日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_51125.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51125.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 201.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This postprocessed .mrc file has been trimmed to a smaller box size of 375 pixels. This differs from that of the half-maps which has an untrimmed box size of 600 pixels and rescaled to 1.048 A/pix.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 375 pix.
= 393. Å		1.05 Å/pix.
x 375 pix.
= 393. Å		1.05 Å/pix.
x 375 pix.
= 393. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.048 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0112
最小 - 最大-0.011623317 - 0.067635596
平均 (標準偏差)0.0002114068 (±0.0032963555)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ375375375
Spacing375375375
セルA=B=C: 393.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_51125_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: One of the 2 half maps obtained from...

ファイルemd_51125_half_map_1.map
注釈One of the 2 half maps obtained from the 3D refinement procedure. The pixel size (1.07) here is the nominal one. The box size of this half map, 600 pixels, is not trimmed.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: One of the 2 half maps obtained from...

ファイルemd_51125_half_map_2.map
注釈One of the 2 half maps obtained from the 3D refinement procedure. The pixel size (1.07) here is the nominal one. The box size of this half map, 600 pixels, is not trimmed.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Respiratory supercomplex CI1-CIII2-CIV2 -(cbb3)1 from alphaproteo...

全体名称: Respiratory supercomplex CI1-CIII2-CIV2 -(cbb3)1 from alphaproteobacterium
要素
  • 複合体: Respiratory supercomplex CI1-CIII2-CIV2 -(cbb3)1 from alphaproteobacterium
    • 複合体: Alphaproteobacterial respiratory complex I (NADH-ubiquinone oxidoreductase)
      • タンパク質・ペプチド: NADH-quinone oxidoreductase subunit A
      • タンパク質・ペプチド: NADH-quinone oxidoreductase subunit B
      • タンパク質・ペプチド: NADH-quinone oxidoreductase subunit C
      • タンパク質・ペプチド: NADH-quinone oxidoreductase subunit D
      • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase subunit E
      • タンパク質・ペプチド: NADH-quinone oxidoreductase subunit F
      • タンパク質・ペプチド: NADH-quinone oxidoreductase
      • タンパク質・ペプチド: NADH-quinone oxidoreductase subunit H
      • タンパク質・ペプチド: NADH-quinone oxidoreductase subunit I
      • タンパク質・ペプチド: NADH-quinone oxidoreductase subunit J
      • タンパク質・ペプチド: NADH-quinone oxidoreductase subunit K
      • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase subunit L
      • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase subunit M
      • タンパク質・ペプチド: NADH-quinone oxidoreductase subunit N
      • タンパク質・ペプチド: NAD-dependent epimerase/dehydratase
      • タンパク質・ペプチド: ETC complex I subunit conserved region
      • タンパク質・ペプチド: Zinc finger CHCC-type domain-containing protein
      • タンパク質・ペプチド: Protein-L-isoaspartate O-methyltransferase
      • タンパク質・ペプチド: NADH:ubiquinone oxidoreductase 17.2 kD subunit
    • 複合体: Alphaproteobacterial respiratory complex IV (Cytochrome c oxidase, aa3-type)
      • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 1
      • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 2
      • タンパク質・ペプチド: cytochrome-c oxidase
      • タンパク質・ペプチド: Aa3 type cytochrome c oxidase subunit IV
    • 複合体: Transmembrane-anchored cytochrome c (c552)
      • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c, class I
    • 複合体: Alphaproteobacterial respiratory complex III (ubiquinone-cytochrome c oxidoreductase, cytochrome bc1)
      • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b
      • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c1
      • タンパク質・ペプチド: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
    • 複合体: Alphaproteobacterial respiratory complex cbb3-oxidase
      • タンパク質・ペプチド: cytochrome-c oxidase
      • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit II
      • タンパク質・ペプチド: Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit CcoP
    • 複合体: Interfacial transmembrane helices between CIII and cbb3-oxidase
      • タンパク質・ペプチド: Transmembrane helix of unknown identity
      • タンパク質・ペプチド: Transmembrane helix of unknown identity
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: SODIUM ION
  • リガンド: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
  • リガンド: FLAVIN MONONUCLEOTIDE
  • リガンド: 2-[2-[(1~{S},2~{S},4~{S},5'~{R},6~{R},7~{S},8~{R},9~{S},12~{S},13~{R},16~{S})-5',7,9,13-tetramethylspiro[5-oxapentacyclo[10.8.0.0^{2,9}.0^{4,8}.0^{13,18}]icos-18-ene-6,2'-oxane]-16-yl]oxyethyl]propane-1,3-diol
  • リガンド: UBIQUINONE-10
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: CARDIOLIPIN
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: HEME C
  • リガンド: HEME-A
  • リガンド: COPPER (II) ION
  • リガンド: MANGANESE (II) ION
  • リガンド: DINUCLEAR COPPER ION

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超分子 #1: Respiratory supercomplex CI1-CIII2-CIV2 -(cbb3)1 from alphaproteo...

超分子名称: Respiratory supercomplex CI1-CIII2-CIV2 -(cbb3)1 from alphaproteobacterium
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#32
由来(天然)生物種: Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)

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超分子 #2: Alphaproteobacterial respiratory complex I (NADH-ubiquinone oxido...

超分子名称: Alphaproteobacterial respiratory complex I (NADH-ubiquinone oxidoreductase)
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#18, #27
由来(天然)生物種: Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)

+
超分子 #3: Alphaproteobacterial respiratory complex IV (Cytochrome c oxidase...

超分子名称: Alphaproteobacterial respiratory complex IV (Cytochrome c oxidase, aa3-type)
タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #22-#25
由来(天然)生物種: Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)

+
超分子 #4: Transmembrane-anchored cytochrome c (c552)

超分子名称: Transmembrane-anchored cytochrome c (c552) / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #26
由来(天然)生物種: Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)

+
超分子 #5: Alphaproteobacterial respiratory complex III (ubiquinone-cytochro...

超分子名称: Alphaproteobacterial respiratory complex III (ubiquinone-cytochrome c oxidoreductase, cytochrome bc1)
タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #19-#21
由来(天然)生物種: Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)

+
超分子 #6: Alphaproteobacterial respiratory complex cbb3-oxidase

超分子名称: Alphaproteobacterial respiratory complex cbb3-oxidase
タイプ: complex / ID: 6 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #30-#32
由来(天然)生物種: Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)

+
超分子 #7: Interfacial transmembrane helices between CIII and cbb3-oxidase

超分子名称: Interfacial transmembrane helices between CIII and cbb3-oxidase
タイプ: complex / ID: 7 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #28-#29
由来(天然)生物種: Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)

+
分子 #1: NADH-quinone oxidoreductase subunit A

分子名称: NADH-quinone oxidoreductase subunit A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
分子量理論値: 13.686093 KDa
配列文字列:
(FME)EYLLQEYLP ILVFLGMASA LAIVLILAAA VIAVRNPDPE KVSAYECGFN AFDDARMKFD VRFYLVSILF IIFDLE VAF LFPWAVSFAS LSDVAFWGMM VFLAVLTVGF AYEWKKGALE WA

UniProtKB: NADH-quinone oxidoreductase subunit A

+
分子 #2: NADH-quinone oxidoreductase subunit B

分子名称: NADH-quinone oxidoreductase subunit B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
分子量理論値: 19.525543 KDa
配列文字列:
MMTGLNTAGA DRDLATAELN RELQDKGFLL TTTEDIINWA RNGSLHWMTF GLACCAVEMM QTSMPRYDLE RFGTAPRASP RQSDLMIVA GTLTNKMAPA LRKVYDQMPE PRYVISMGSC ANGGGYYHYS YSVVRGCDRI VPVDIYVPGC PPTAEALLYG I LQLQRRIR RTGTLVR

UniProtKB: NADH-quinone oxidoreductase subunit B

+
分子 #3: NADH-quinone oxidoreductase subunit C

分子名称: NADH-quinone oxidoreductase subunit C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
分子量理論値: 23.920102 KDa
配列文字列: MSEALSDEAL LELAEHIALR RENDVISTQV AFGELTVNAT LSGVIGLIEF LRNDPNCRFS TLIDITAVDN PARPARFDVV YHLLSMYQN QRIRVKVQVR EDELVPSLIG VFPGANWYER EVFDLFGILF SGHSDLRRIL TDYGFRGHPL RKDFPTTGYV E VRWSDIEK ...文字列:
MSEALSDEAL LELAEHIALR RENDVISTQV AFGELTVNAT LSGVIGLIEF LRNDPNCRFS TLIDITAVDN PARPARFDVV YHLLSMYQN QRIRVKVQVR EDELVPSLIG VFPGANWYER EVFDLFGILF SGHSDLRRIL TDYGFRGHPL RKDFPTTGYV E VRWSDIEK RVVYEPVNLV QEYRQFDFLS PWEGAKYVLP GDEKAPEAKK

UniProtKB: NADH-quinone oxidoreductase subunit C

+
分子 #4: NADH-quinone oxidoreductase subunit D

分子名称: NADH-quinone oxidoreductase subunit D / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
分子量理論値: 46.811484 KDa
配列文字列: MDGDIRKNSY DDGSMDALTG EQSIRNFNIN FGPQHPAAHG VLRMVLELDG EIVERADPHI GLLH(2MR)GTEKL MESRTY LQN LPYLDRLDYV APMNQEHAWC LAIERLTGTV IPRRASLIRV LYSEIGRILN HLMGVTTGAM DVGALTPPLW GFEAREE LM ...文字列:
MDGDIRKNSY DDGSMDALTG EQSIRNFNIN FGPQHPAAHG VLRMVLELDG EIVERADPHI GLLH(2MR)GTEKL MESRTY LQN LPYLDRLDYV APMNQEHAWC LAIERLTGTV IPRRASLIRV LYSEIGRILN HLMGVTTGAM DVGALTPPLW GFEAREE LM IFYERACGAR LHAAYFRPGG VHQDLPPDLL DDIEEWCERF PKLVDDLDTL LTENRIFKQR LVDIGIVTEA DALDWGYT G VMVRGSGLAW DLRRSQPYEC YDEFDFQIPV GRNGDCYDRY LCRMAEMRES CKIMQQAVQK LRAEPAGDVL ARGKLTPPR RAEMKRDMES LIHHFKLYTE GFKVPAGEVY AAVEAPKGEF GVYLVADGTN KPWRAKLRAP GFAHLQSIDW MSRGHMLADV PAIIATLDI VFGEVDR

UniProtKB: NADH-quinone oxidoreductase subunit D

+
分子 #5: NADH dehydrogenase subunit E

分子名称: NADH dehydrogenase subunit E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
分子量理論値: 26.145865 KDa
配列文字列: MLRRLSPIQP DSFEFTPANL EWARAQMTKY PEGRQQSAII PVLWRAQEQE GWLSRPAIEY CADLLGMPYI RALEVATFYF MFQLQPVGS VAHIQICGTT TCMICGAEDL IRVCKEKIAP EPHALSADGR FSWEEVECLG ACTNAPMAQI GKDFYEDLTV E KLAALIDR ...文字列:
MLRRLSPIQP DSFEFTPANL EWARAQMTKY PEGRQQSAII PVLWRAQEQE GWLSRPAIEY CADLLGMPYI RALEVATFYF MFQLQPVGS VAHIQICGTT TCMICGAEDL IRVCKEKIAP EPHALSADGR FSWEEVECLG ACTNAPMAQI GKDFYEDLTV E KLAALIDR FAAGEVPVPG PQNGRFSAEA LGGPTALADL KGGEAHNASV ARALRLGDSI KRIDGTEVPI TTPWLATQNG V

UniProtKB: NADH dehydrogenase subunit E

+
分子 #6: NADH-quinone oxidoreductase subunit F

分子名称: NADH-quinone oxidoreductase subunit F / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
分子量理論値: 47.281141 KDa
配列文字列: MLNDQDRIFT NLYGMGDRSL AGAKKRGHWD GTAAIIQRGR DKIIDEMKAS GLRGRGGAGF PTGMKWSFMP KESDGRPSYL VINADESEP ATCKDREIMR HDPHTLIEGA LIASFAMGAH AAYIYIRGEF IREREALQAA IDECYDAGLL GRNAAGSGWD F DLYLHHGA ...文字列:
MLNDQDRIFT NLYGMGDRSL AGAKKRGHWD GTAAIIQRGR DKIIDEMKAS GLRGRGGAGF PTGMKWSFMP KESDGRPSYL VINADESEP ATCKDREIMR HDPHTLIEGA LIASFAMGAH AAYIYIRGEF IREREALQAA IDECYDAGLL GRNAAGSGWD F DLYLHHGA GAYICGEETA LLESLEGKKG MPRMKPPFPA GAGLYGCPTT VNNVESIAVV PTILRRGAEW FASFGRPNNA GV KLFGLTG HVNTPCVVEE AMSIPMRELI EKHGGGIRGG WKNLKAVIPG GASCPVLTAE QCENAIMDYD GMRELRSSFG TAC MIVMDQ STDVVKAIWR LSKFFKHESC GQCTPCREGT GWMMRVMERL VRGDAEVEEI DMLFDVTKQV EGHTICALGD AAAW PIQGL IRNFREEIED RIKAKRTGRM GAMAAE

UniProtKB: NADH-quinone oxidoreductase subunit F

+
分子 #7: NADH-quinone oxidoreductase

分子名称: NADH-quinone oxidoreductase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
由来(天然)生物種: Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
分子量理論値: 73.289398 KDa
配列文字列: MADLRKIKID DTIIEVDPNM TLIQACEMAG IEVPRFCYHE RLSIAGNCRM CLVEVVGGPP KPAASCAMQV KDLRPGPEGA PSEIRTNSP MVKKAREGVM EFLLINHPLD CPICDQGGEC DLQDQAMAYG VDFSRYREPK RATEDLNLGP LVETHMTRCI S CTRCVRFT ...文字列:
MADLRKIKID DTIIEVDPNM TLIQACEMAG IEVPRFCYHE RLSIAGNCRM CLVEVVGGPP KPAASCAMQV KDLRPGPEGA PSEIRTNSP MVKKAREGVM EFLLINHPLD CPICDQGGEC DLQDQAMAYG VDFSRYREPK RATEDLNLGP LVETHMTRCI S CTRCVRFT TEVAGITQMG QTGRGEDSEI TSYLNQTLES NMQGNIIDLC PVGALVSKPY AFTARPWELT KTESIDVMDA LG SSIRIDT KGREVMRILP RNHDGVNEEW ISDKTRFVWD GLRRQRLDRP YIRENGRLRP ASWPEALEAA ARAMKGKKIA GLI GDLVPA EAAFSLKQLV EGLGGKVECR VDGARLPAGN RSAYVGTARI EDIDDAEMIQ LIGTNPRDEA PVLNARIRKA WSKG AKVGL VGEPVDLTYD YAHVGTDRAA LESLSSREIS DETKARPSIV IVGQGAIREA DGEAVLAHAM KLAENSNSGL LILHT AAGR VGAMDVGAVT EGGLLAAIDG AEVVYNLGAD EVDIDQGPFV IYQGSHGDRG AHRADIILPG ACYTEESGLF VNTEGR PQL AMRANFAPGE GKENWAILRA LSAELGATQP WDSLAGLRRK LVEAVPHLAQ IDQVPQNEWQ PLGRFDLGQA SFRYAIR DF YLTNPIARSS PLMGELSAMA AARKAPAPLA AE

UniProtKB: NADH-quinone oxidoreductase

+
分子 #8: NADH-quinone oxidoreductase subunit H

分子名称: NADH-quinone oxidoreductase subunit H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
分子量理論値: 38.861152 KDa
配列文字列: MAEFWASPYG FALSMLLQGL AVIAFVMGSL IFMVYGDRKI WAAVQMRRGP NVVGPWGLLQ TFADALKYIV KEIVIPAGAD KFVYFLAPF LSMMLALFAF VVIPFDEGWV MANINVGILF IFAASSLEVY GVIMGGWASN SKYPFLASLR SAAQMISYEV S LGLIIIGI ...文字列:
MAEFWASPYG FALSMLLQGL AVIAFVMGSL IFMVYGDRKI WAAVQMRRGP NVVGPWGLLQ TFADALKYIV KEIVIPAGAD KFVYFLAPF LSMMLALFAF VVIPFDEGWV MANINVGILF IFAASSLEVY GVIMGGWASN SKYPFLASLR SAAQMISYEV S LGLIIIGI IISTGSMNLT AIVEAQRGDY GLLNWYWLPH LPMVVLFFVS ALAECNRPPF DLVEAESELV AGFMTEYSST PY LLFMAGE YIAMYLMCAL LSLLFFGGWL SPVPFIADGW WWMVIKMWFW FYMFAMVKAI VPRYRYDQLM RIGWKVFLPL SLG WVVLVA ILARYEILGG FWARFAVGG

UniProtKB: NADH-quinone oxidoreductase subunit H

+
分子 #9: NADH-quinone oxidoreductase subunit I

分子名称: NADH-quinone oxidoreductase subunit I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
分子量理論値: 18.925561 KDa
配列文字列:
MAFDFARATK YFLMWDFIKG FGLGMRYFVS PKPTLNYPHE KGPLSPRFRG EHALRRYPNG EERCIACKLC EAVCPAQAIT IDAEPREDG SRRTTRYDID MTKCIYCGFC QEACPVDAIV EGPNFEYATE TREELFYDKQ KLLANGERWE AEIARNLQLD A PYR

UniProtKB: NADH-quinone oxidoreductase subunit I

+
分子 #10: NADH-quinone oxidoreductase subunit J

分子名称: NADH-quinone oxidoreductase subunit J / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
由来(天然)生物種: Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
分子量理論値: 21.73202 KDa
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(FME)TFAFYLFAI SACVAGFMVV IGRNPVHSVL WLILAFLSAA GLFVLQGAEF VAMLLVVVYV GAVAVLFLFV VMMLDV DFA ELKGELARYL PLALVIGVVL LAQLGIAFSG WTPSDQAESL RAAPVDAAVE NTLGLGLVLY DRYVLMFQLA GLVLLVA MI GAIVLTMRHR KDVKRQNVLE QMWRDPAKTM ELKDVKPGQG L

UniProtKB: NADH-quinone oxidoreductase subunit J

+
分子 #11: NADH-quinone oxidoreductase subunit K

分子名称: NADH-quinone oxidoreductase subunit K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
由来(天然)生物種: Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
分子量理論値: 10.863054 KDa
配列文字列:
MIGLTHYLVV GAILFVTGIF GIFVNRKNVI VILMSIELML LAVNINFVAF STHLGDLAGQ VFTMFVLTVA AAEAAIGLAI LVVFFRNRG TIAVEDVNVM KG

UniProtKB: NADH-quinone oxidoreductase subunit K

+
分子 #12: NADH dehydrogenase subunit L

分子名称: NADH dehydrogenase subunit L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
分子量理論値: 77.839367 KDa
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(FME)EKFVLFAPL IASLIAGLGW RAIGEKAAQY LTTGVLFLSC LISWYLFLSF DGVPRHIPVL DWVVTGDFHA EWAIRL DRL TAIMLIVVTT VSALVHMYSL GYMAHDDNWT HDEHYKARFF AYLSFFTFAM LMLVTADNLL QMFFGWEGVG VASYLLI GF YYKKASANAA AMKAFIVNRV GDFGFLLGIF GIYWLTGSVQ FDEIFRQVPQ LAQTEMHFLW RDWNAANLLG FLLFVGAM G KSAQLLLHTW LPDAMEGPTP VSALIHAATM VTAGVFLVCR MSPLYEFAPD AKNFIVIIGA TTAFFAATVG LVQNDIKRV IAYSTCSQLG YMFVAAGVGV YSAAMFHLLT HAFFKAMLFL GAGSVIHAMH HEQDMRNYGG LRKKIPLTFW AMMIGTFAIT GVGIPLTHL GFAGFLSKDA IIESAYAGSG YAFWLLVIAA CFTSFYSWRL IFLTFYGKPR GDHHAHDHAH ESPPVMTIPL G VLAIGAVF AGMVWYGPFF GDHHKVTEYF HIAGAHHEAA EGEEAEHATA EAPVEHAVAD TATAEGEAAA EAEHAEIAAP VG GAIYMHP DNHIMDEAHH APAWVKVSPF VAMVLGLITA WTFYIANPSL PRRLAAQQPA LYRFLLNKWY FDEIYEFIFV RPA KWLGRV LWKGGDGAVI DGTINGVAMG LIPRLTRAAV RVQSGYLFHY AFAMVLGIVG LLIWVMMRGA H

UniProtKB: NADH dehydrogenase subunit L

+
分子 #13: NADH dehydrogenase subunit M

分子名称: NADH dehydrogenase subunit M / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
分子量理論値: 56.547914 KDa
配列文字列: (FME)TNLLSIITF LPIVAAIIMA LFLRGQDEAA ARNAKWLALL TTTATFVISL FVLFRFDPAN TGFQFVEDHA WIMGLR YKM GVDGISVLFV LLTTFMMPLT ILSTWQVQDK VKEYMIAFLV LEGLMIGVFT ALDLVLFYLF FEAGLIPMFL IIGIWGG KD ...文字列:
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UniProtKB: NADH dehydrogenase subunit M

+
分子 #14: NADH-quinone oxidoreductase subunit N

分子名称: NADH-quinone oxidoreductase subunit N / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
分子量理論値: 52.56482 KDa
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MTSLDFSTIL PEVVLAGYAL AALMAGAYLG KDRLARTLLW VTVAAFLVVA AMVGLGNHVD GAAFHGMFID DGFSRFAKVV TLVAAAGVL AMSADYMQRR NMLRFEFPII VALAVLGMMF MVSAGDLLTL YMGLELQSLA LYVVAAMRRD SVRSSEAGLK Y FVLGSLSS GLLLYGASLV YGFAGTTGFE GIISTIEAGH LSLGVLFGLV FMLVGLSFKV SAVPFHMWTP DVYEGSPTPV TA FFATAPK VAAMALIARL VFDAFGHVIG DWSQIVAALA VMSMFLGSIA GIGQTNIKRL MAYSSIAHMG FALVGLAAGT AIG VQNMLL YMTIYAVMNI GTFAFILSME RDGVPVTDLA ALNRFAWTDP VKALAMLVLM FSLAGVPPTL GFFAKFGVLT AAVD AGMGW LAVLGVIASV IGAFYYLRIV YYMYFGGESE GMTSRMGAVQ YLALMVPALA MLVGAISMFG VDSAAGRAAE TLVGP VAAI EQPAEAAQAE PVQGE

UniProtKB: NADH-quinone oxidoreductase subunit N

+
分子 #15: NAD-dependent epimerase/dehydratase

分子名称: NAD-dependent epimerase/dehydratase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
分子量理論値: 35.386566 KDa
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MSAAKLVTIY GGSGFLGRQI ARTMAAQGWR IRVAVRRPNE AGVVRTYGAP GQVEPVPCNV RDDLSVTACM ADADAVINCV GIMVREGKN TFDAIHEEAA GRIARIAAET GVKRFVHVSA IGADPDSASR YAASKGRGEA AVLAHRPDAM ILRPSVIFGP D DHFYNRIA SMTRLGPILF VPGANTLMQP VYVEDVARAA AMGAEGTAQP GIYELGGPDM LTMREVAQQV LVAIDRRRAI VG LPHWLAR VTGSALDLVQ AATGGLLTNR ILTRDQARLL RLPNRVSGEV KTFADLDIEP TAAPAVIADY LWRFRSSGQY EAI TASAKN LRNS

UniProtKB: NAD-dependent epimerase/dehydratase

+
分子 #16: ETC complex I subunit conserved region

分子名称: ETC complex I subunit conserved region / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
分子量理論値: 12.048399 KDa
配列文字列:
MRVRIYKPAR NAMQSGTART RNWVLDFPPA DPRAIDPLMG WTSSDDTQSQ VRLRFETRKQ AEDYAREHGL DYEVIEPHTR AANIRPRGY GENFASDRRA PWTH

UniProtKB: ETC complex I subunit conserved region

+
分子 #17: Zinc finger CHCC-type domain-containing protein

分子名称: Zinc finger CHCC-type domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
分子量理論値: 7.069931 KDa
配列文字列:
MTIPAPEIQT VTSWKVACDG DEARGLGHPR VWLAIPRDTG WVECGYCDKR FVIDREHAHD DH

UniProtKB: Zinc finger CHCC-type domain-containing protein

+
分子 #18: Protein-L-isoaspartate O-methyltransferase

分子名称: Protein-L-isoaspartate O-methyltransferase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
分子量理論値: 23.528947 KDa
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MTDFAQRRTM MVDTQVRPNE VTSYPVIEAM LNVPREQFVP ESRRDVAYVG NNIDLAPGRV LLEPRTLGKM MDILNLQNGD LVLDVGCGY GYSAAVMARI AEAVVAVEED AAMAAEAEGR LAAQDVFNVA VVQGALAEGC PGQAPYDAIL IEGAVEQVPE A LTEQLREG GRIVALFREG NLGIVRLGHK LDGRVNWRFA FNAVAPLLPG FARPRGFVL

UniProtKB: Protein-L-isoaspartate O-methyltransferase

+
分子 #19: Cytochrome b

分子名称: Cytochrome b / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
分子量理論値: 50.154727 KDa
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MAGIPHDHYE PKTGFERWLH RRLPIVSLVY DTLMIPTPKN LNWWWIWGIV LAFCLVLQIA TGIVLVMHYT PHVDLAFASV EHIMRDVNG GYMLRYLHAN GASLFFLAVY IHIFRGLYYG SYKAPREVTW IVGMLIYLMM MGTAFMGYVL PWGQMSFWGA T VITGLFGA IPGVGEAIQT WLLGGPAVDN PTLNRFFSLH YLLPFVIAAL VVVHIWAFHT TGNNNPTGVE VRRGSKEEAK KD TLPFWPY FVIKDLFALA VVLVVFFAIV GFMPNYLGHP DNYIEANPLV TPAHIVPEWY FLPFYAILRA FTADVWVVML VNW LSFGII DAKFFGVIAM FGAILVMALV PWLDTSRVRS GQYRPLFKWW FWLLAVDFVV LMWVGAMPAE GIYPYIALAG SAYW FAYFL IILPLLGIIE KPDAMPQTIE EDFNAHYGPE THPAE

UniProtKB: Cytochrome b

+
分子 #20: Cytochrome c1

分子名称: Cytochrome c1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
分子量理論値: 46.904332 KDa
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MTLRNASLTA VAALTVALAG GAVAQDASTA PGTTAPAGSS YHTNEAAPAA ADTAPAAEAA DEPAAEEAEA GEAEVTEEPA ATETPAEEP AADEPAATEE PDAEAEPAAE EAQATTEEAP AEEPAAEEPA AEEPAEEPAA DAPAEEAAAE EAPAEPEAAA E EPAAEEPE ATEEEAPAEE AAAEEAPAEE VVEDEAAADH GDAAAQEAGD SHAAAHIEDI SFSFEGPFGK FDQHQLQRGL QV YTEVCSA CHGLRYVPLR TLADEGGPQL PEDQVRAYAA NFDITDPETE EDRPRVPTDH FPTVSGEGMG PDLSLMAKAR AGF HGPYGT GLSQLFNGIG GPEYIHAVLT GYDGEEKEEA GAVLYHNAAF AGNWIQMAAP LSDDQVTYED GTPATVDQMA TDVA AFLMW TAEPKMMDRK QVGFVSVIFL IVLAALLYLT NKKLWQPIKH PRKPE

UniProtKB: Cytochrome c1

+
分子 #21: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit

分子名称: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: quinol-cytochrome-c reductase
由来(天然)生物種: Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
分子量理論値: 20.889236 KDa
配列文字列: MEIKPVSHAD EHAGDHGATR RDFLYYATAG AGTVAAGAAA WTLVNQMNPS ADVQALASIQ VDVSGVETGT QLTVKWLGKP VFIRRRTED EIQAGREVDL GQLIDRSAQN SNKPDAPATD ENRTMDEAGE WLVMIGVCTH LGCVPIGDGA GDFGGWFCPC H GSHYDTSG ...文字列:
MEIKPVSHAD EHAGDHGATR RDFLYYATAG AGTVAAGAAA WTLVNQMNPS ADVQALASIQ VDVSGVETGT QLTVKWLGKP VFIRRRTED EIQAGREVDL GQLIDRSAQN SNKPDAPATD ENRTMDEAGE WLVMIGVCTH LGCVPIGDGA GDFGGWFCPC H GSHYDTSG RIRRGPAPQN LHIPVAEFLD DTTIKLG

UniProtKB: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit

+
分子 #22: Cytochrome c oxidase subunit 1

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cytochrome-c oxidase
由来(天然)生物種: Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
分子量理論値: 62.486645 KDa
配列文字列: MADAAVHGHG DHHDTRGFFT RWFMSTNHKD IGILYLFTAG IVGLISVCFT VYMRMELQHP GVQYMCLEGA RLIADASAEC TPNGHLWNV MITYHGVLMM FFVVIPALFG GFGNYFMPLH IGAPDMAFPR LNNLSYWMYV CGVALGVASL LAPGGNDQMG S GVGWVLYP ...文字列:
MADAAVHGHG DHHDTRGFFT RWFMSTNHKD IGILYLFTAG IVGLISVCFT VYMRMELQHP GVQYMCLEGA RLIADASAEC TPNGHLWNV MITYHGVLMM FFVVIPALFG GFGNYFMPLH IGAPDMAFPR LNNLSYWMYV CGVALGVASL LAPGGNDQMG S GVGWVLYP PLSTTEAGYS MDLAIFAVHV SGASSILGAI NIITTFLNMR APGMTLFKVP LFAWSVFITA WLILLSLPVL AG AITMLLM DRNFGTQFFD PAGGGDPVLY QHILWFFGHP EVYIIILPGF GIISHVISTF AKKPIFGYLP MVLAMAAIGI LGF VVWAHH MYTAGMSLTQ QAYFMLATMT IAVPTGIKVF SWIATMWGGS IEFKTPMLWA FGFLFLFTVG GVTGVVLSQA PLDR VYHDT YYVVAHFHYV MSLGAVFGIF AGVYYWIGKM SGRQYPEWAG QLHFWMMFIG SNLIFFPQHF LGRQGMPRRY IDYPV EFAY WNNISSIGAY ISFASFLFFI GIVFYTLFAG KRVNVPNYWN EHADTLEWTL PSPPPEHTFE TLPKREDWDR AHAH

UniProtKB: Cytochrome c oxidase subunit 1

+
分子 #23: Cytochrome c oxidase subunit 2

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cytochrome-c oxidase
由来(天然)生物種: Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
分子量理論値: 32.563643 KDa
配列文字列: MMAIATKRRG VAAVMSLGVA TMTAVPALAQ DVLGDLPVIG KPVNGGMNFQ PASSPLAHDQ QWLDHFVLYI ITAVTIFVCL LLLICIVRF NRRANPVPAR FTHNTPIEVI WTLVPVLILV AIGAFSLPIL FRSQEMPNDP DLVIKAIGHQ WYWSYEYPND G VAFDALML ...文字列:
MMAIATKRRG VAAVMSLGVA TMTAVPALAQ DVLGDLPVIG KPVNGGMNFQ PASSPLAHDQ QWLDHFVLYI ITAVTIFVCL LLLICIVRF NRRANPVPAR FTHNTPIEVI WTLVPVLILV AIGAFSLPIL FRSQEMPNDP DLVIKAIGHQ WYWSYEYPND G VAFDALML EKEALADAGY SEDEYLLATD NPVVVPVGKK VLVQVTATDV IHAWTIPAFA VKQDAVPGRI AQLWFSVDQE GV YFGQCSE LCGINHAYMP IVVKAVSQEK YEAWLAGAKE EFAADASDYL PASPVKLASA E

UniProtKB: Cytochrome c oxidase subunit 2

+
分子 #24: cytochrome-c oxidase

分子名称: cytochrome-c oxidase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cytochrome-c oxidase
由来(天然)生物種: Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
分子量理論値: 30.833162 KDa
配列文字列: MAHVKNHDYQ ILPPSIWPFF GAIGAFVMLT GAVAWMKGIT FFGLPVEGPW MFLIGLVGVL YVMFGWWADV VNEGETGEHT PVVRIGLQY GFILFIMSEV MFFVAWFWAF IKNALYPMGP DSPIKDGVWP PEGIVTFDPW HLPLINTLIL LLSGVAVTWA H HAFVHEGD ...文字列:
MAHVKNHDYQ ILPPSIWPFF GAIGAFVMLT GAVAWMKGIT FFGLPVEGPW MFLIGLVGVL YVMFGWWADV VNEGETGEHT PVVRIGLQY GFILFIMSEV MFFVAWFWAF IKNALYPMGP DSPIKDGVWP PEGIVTFDPW HLPLINTLIL LLSGVAVTWA H HAFVHEGD RKTTINGLIV AVILGVCFTG LQAYEYSHAA FGLADTVYAG AFYMATGFHG AHVIIGTIFL FVCLIRLLKG QM TQKQHVG FEAAAWYWHF VDVVWLFLFV VIYIWGR

UniProtKB: Cytochrome c oxidase subunit 3

+
分子 #25: Aa3 type cytochrome c oxidase subunit IV

分子名称: Aa3 type cytochrome c oxidase subunit IV / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
分子量理論値: 7.351497 KDa
配列文字列:
MGYPCARRIA SFTDRIMASH HEITDHKHGE MDIRHQQATF AGFIKGATWV SILSIAVLVF LALANS

UniProtKB: Aa3 type cytochrome c oxidase subunit IV

+
分子 #26: Cytochrome c, class I

分子名称: Cytochrome c, class I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
分子量理論値: 18.177406 KDa
配列文字列:
MFDTMTVTKA AGALIGSLLF LLLMSWAASG IFHVGTSGHG AEGEEHAQAY TIPVESAGGA EGEAVDEGPD FATVLASADP AAGEKVFGK CKACHKLDGN DGVGPHLNGV VGRTVAGVDG FNYSDPMKAH GGDWTPEALQ EFLTNPKAVV KGTKMAFAGL P KIEDRANL IAYLEGQQ

UniProtKB: Cytochrome c, class I

+
分子 #27: NADH:ubiquinone oxidoreductase 17.2 kD subunit

分子名称: NADH:ubiquinone oxidoreductase 17.2 kD subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
分子量理論値: 14.460885 KDa
配列文字列:
(FME)SFLLRFLTW WNSQTLNTQV WTKLYGEKVG EDDQGNVYYQ SGGGKRRWVI YNGESEASRI SPEWHGWLHH TYKEPP TAA PLAHKPWEKP HEPNLTGSSG AYHPAGSLYR AQPVERRDYD AWQPE

UniProtKB: NADH:ubiquinone oxidoreductase 17.2 kD subunit

+
分子 #28: Transmembrane helix of unknown identity

分子名称: Transmembrane helix of unknown identity / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
分子量理論値: 2.996685 KDa
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)

+
分子 #29: Transmembrane helix of unknown identity

分子名称: Transmembrane helix of unknown identity / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
分子量理論値: 2.571161 KDa
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)

+
分子 #30: cytochrome-c oxidase

分子名称: cytochrome-c oxidase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cytochrome-c oxidase
由来(天然)生物種: Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
分子量理論値: 60.042113 KDa
配列文字列: MLDTIKLIAL GTIAVLAAIA ANYARPDDLA YLVNALIIML AAGIMFLRVL RQMGNEQPAL EPHPETQYMD DVVRAGVIAT AFWGVVGFL VGVVIAFQLA FPALNLSDIT MGYTNFGKLR PLHTSAVIFA FGGNALIATS FYVVQRTSAA RLWGGNAAWF V FWGYQLFI ...文字列:
MLDTIKLIAL GTIAVLAAIA ANYARPDDLA YLVNALIIML AAGIMFLRVL RQMGNEQPAL EPHPETQYMD DVVRAGVIAT AFWGVVGFL VGVVIAFQLA FPALNLSDIT MGYTNFGKLR PLHTSAVIFA FGGNALIATS FYVVQRTSAA RLWGGNAAWF V FWGYQLFI VLAATGYILG ATQSKEYAEP EWYVDWWLTV VWVVYLAVFL GTILKRKEPH IYVANWFYLS FIVTIAMLHI VN NLAIPVS LFGSKSVQLF SGVQDAMTQW WYGHNAVGFF LTAGFLGMMY YFIPKQAERP VYSYKLSIIH FWALIFLYIW AGP HHLHYT ALPDWASTLG MVFSIILWMP SWGGMINGLM TLSGAWDKLR TDPIIRMMVV AVGFYGMATF EGPMMSIKAV NSLS HYTDW TIGHVHSGAL GWNGMITFGA LYYLVPRLWG RERLYSTGLV SWHFWLATIG LVLYAASMWV SGIMEGLMWR EVDAQ GFLV NAFADTVAAK FPMNVVRALG GVLYLGGALI MCYNLWATVA KQPKTQSTAA AVPAE

UniProtKB: cytochrome-c oxidase

+
分子 #31: Cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit II

分子名称: Cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit II / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
分子量理論値: 27.362098 KDa
配列文字列: MAILEKHKVL EKNATLLLVF SFLVVTIGGI VEIAPLFYLQ NTIEKVQGMR PYTPLELKGR DIYVREGCYV CHSQMIRPMR DEVERYGHY SLAAESMYDH PFQWGSKRTG PDLARVGGRY SDEWHLDHLV DPQAVVPESI MPKYGFLLNR QVDASNMQQR L KTDALVGV ...文字列:
MAILEKHKVL EKNATLLLVF SFLVVTIGGI VEIAPLFYLQ NTIEKVQGMR PYTPLELKGR DIYVREGCYV CHSQMIRPMR DEVERYGHY SLAAESMYDH PFQWGSKRTG PDLARVGGRY SDEWHLDHLV DPQAVVPESI MPKYGFLLNR QVDASNMQQR L KTDALVGV PYDDAMIAAA VEDFRAQADP DADASGLEER YPGAQQRNFD RRPGVSEMDA LIAYLQVLGT MVDFSTFEPD PN R

UniProtKB: Cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit II

+
分子 #32: Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit CcoP

分子名称: Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit CcoP / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
分子量理論値: 37.597531 KDa
配列文字列: MADTDDEHAS PQNPDNRIEL ERQAADEAHK AKILAHPPEG PGGDPLHPPV TPRPGATRVV RDRKGGRRVV EVPSTGHSWD GIEEYDNPL PRWWLWTFYA TIVWGVLYLI AYPAIPLVNG ATQGLLGQNY RSDVAAEIQR FNEANAPIQA KLVETPLEEI A ADPELANY ...文字列:
MADTDDEHAS PQNPDNRIEL ERQAADEAHK AKILAHPPEG PGGDPLHPPV TPRPGATRVV RDRKGGRRVV EVPSTGHSWD GIEEYDNPL PRWWLWTFYA TIVWGVLYLI AYPAIPLVNG ATQGLLGQNY RSDVAAEIQR FNEANAPIQA KLVETPLEEI A ADPELANY TANAGAAIFR TWCAQCHGSG AGGATGYPSL LDNDWLWGGT LEEIHTTVMH GIRDPKDADT RYSEMPRFGI DG LLENAQI SQVVNHVLEL GGLPHDAALA AEGVEVFADN CSSCHAEDGT GDRAQGAPDL TDAVWLYGSD PATITRIVRD GPF GVMPAW TGRLSEADIV AVAAYVHSLG GGE

UniProtKB: Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit CcoP

+
分子 #33: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 6 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER

+
分子 #34: SODIUM ION

分子名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 34 / コピー数: 1
分子量理論値: 22.99 Da

+
分子 #35: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

分子名称: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 35 / コピー数: 4 / 式: FES
分子量理論値: 175.82 Da
Chemical component information

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

+
分子 #36: FLAVIN MONONUCLEOTIDE

分子名称: FLAVIN MONONUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 36 / コピー数: 1 / 式: FMN
分子量理論値: 456.344 Da
Chemical component information

ChemComp-FMN:
FLAVIN MONONUCLEOTIDE

+
分子 #37: 2-[2-[(1~{S},2~{S},4~{S},5'~{R},6~{R},7~{S},8~{R},9~{S},12~{S},13...

分子名称: 2-[2-[(1~{S},2~{S},4~{S},5'~{R},6~{R},7~{S},8~{R},9~{S},12~{S},13~{R},16~{S})-5',7,9,13-tetramethylspiro[5-oxapentacyclo[10.8.0.0^{2,9}.0^{4,8}.0^{13,18}]icos-18-ene-6,2'-oxane]-16-yl]oxyethyl]propane-1,3-diol
タイプ: ligand / ID: 37 / コピー数: 3 / 式: DU0
分子量理論値: 516.752 Da
Chemical component information

ChemComp-DU0:
2-[2-[(1~{S},2~{S},4~{S},5'~{R},6~{R},7~{S},8~{R},9~{S},12~{S},13~{R},16~{S})-5',7,9,13-tetramethylspiro[5-oxapentacyclo[10.8.0.0^{2,9}.0^{4,8}.0^{13,18}]icos-18-ene-6,2'-oxane]-16-yl]oxyethyl]propane-1,3-diol

+
分子 #38: UBIQUINONE-10

分子名称: UBIQUINONE-10 / タイプ: ligand / ID: 38 / コピー数: 5 / 式: U10
分子量理論値: 863.343 Da
Chemical component information

ChemComp-U10:
UBIQUINONE-10

+
分子 #39: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 39 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #40: CARDIOLIPIN

分子名称: CARDIOLIPIN / タイプ: ligand / ID: 40 / コピー数: 1 / 式: CDL
分子量理論値: 1.464043 KDa
Chemical component information

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

+
分子 #41: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 41 / コピー数: 6 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

+
分子 #42: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 42 / コピー数: 6 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

+
分子 #43: HEME C

分子名称: HEME C / タイプ: ligand / ID: 43 / コピー数: 5 / 式: HEC
分子量理論値: 618.503 Da
Chemical component information

ChemComp-HEC:
HEME C

+
分子 #44: HEME-A

分子名称: HEME-A / タイプ: ligand / ID: 44 / コピー数: 4 / 式: HEA
分子量理論値: 852.837 Da
Chemical component information

ChemComp-HEA:
HEME-A

+
分子 #45: COPPER (II) ION

分子名称: COPPER (II) ION / タイプ: ligand / ID: 45 / コピー数: 3 / 式: CU
分子量理論値: 63.546 Da
Chemical component information

ChemComp-CU:
COPPER (II) ION

+
分子 #46: MANGANESE (II) ION

分子名称: MANGANESE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 46 / コピー数: 1 / 式: MN
分子量理論値: 54.938 Da

+
分子 #47: DINUCLEAR COPPER ION

分子名称: DINUCLEAR COPPER ION / タイプ: ligand / ID: 47 / コピー数: 2 / 式: CUA
分子量理論値: 127.092 Da
Chemical component information

ChemComp-CUA:
DINUCLEAR COPPER ION

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度2.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 55.2 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.98 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 4238
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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